IdPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.Sequence;
  24 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.urls.api.UrlProviderFactoryI;
  28 import jalview.urls.api.UrlProviderI;
  29 import jalview.urls.applet.AppletUrlProviderFactory;
  30 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  31
  32 import java.awt.BorderLayout;
  33 import java.awt.Panel;
  34 import java.awt.event.InputEvent;
  35 import java.awt.event.MouseEvent;
  36 import java.awt.event.MouseListener;
  37 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  38 import java.util.HashMap;
  39 import java.util.List;
  40
  41 public class IdPanel extends Panel implements MouseListener,
  42         MouseMotionListener
  43 {
  44
  45   protected IdCanvas idCanvas;
  46
  47   protected AlignmentViewport av;
  48
  49   protected AlignmentPanel alignPanel;
  50
  51   ScrollThread scrollThread = null;
  52
  53   int lastid = -1;
  54
  55   boolean mouseDragging = false;
  56
  57   UrlProviderI urlProvider = null;
  58
  59   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)
  60   {
  61     this.av = av;
  62     alignPanel = parent;
  63     idCanvas = new IdCanvas(av);
  64     setLayout(new BorderLayout());
  65     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);
  66     idCanvas.addMouseListener(this);
  67     idCanvas.addMouseMotionListener(this);
  68
  69     String label, url;
  70     // TODO: add in group link parameter
  71
  72     // make a list of label,url pairs
  73     HashMap<String, String> urlList = new HashMap<String, String>();
  74     if (av.applet != null)
  75     {
  76       for (int i = 1; i < 10; i++)
  77       {
  78         label = av.applet.getParameter("linkLabel_" + i);
  79         url = av.applet.getParameter("linkURL_" + i);
  80
  81         // only add non-null parameters
  82         if (label != null)
  83         {
  84           urlList.put(label, url);
  85         }
  86       }
  87
  88       if (!urlList.isEmpty())
  89       {
  90         // set default as first entry in list
  91         String defaultUrl = av.applet.getParameter("linkLabel_1");
  92         UrlProviderFactoryI factory = new AppletUrlProviderFactory(
  93                 defaultUrl, urlList);
  94         urlProvider = factory.createUrlProvider();
  95       }
  96     }
  97   }
  98
  99   Tooltip tooltip;
 100
 101   @Override
 102   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 103   {
 104     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
 105
 106     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 107
 108     // look for non-pos features
 109     StringBuffer tooltiptext = new StringBuffer();
 110     if (sequence != null)
 111     {
 112       if (sequence.getDescription() != null)
 113       {
 114         tooltiptext.append(sequence.getDescription());
 115         tooltiptext.append("\n");
 116       }
 117
 118       SequenceFeature sf[] = sequence.getSequenceFeatures();
 119       for (int sl = 0; sf != null && sl < sf.length; sl++)
 120       {
 121         if (sf[sl].begin == sf[sl].end && sf[sl].begin == 0)
 122         {
 123           boolean nl = false;
 124           if (sf[sl].getFeatureGroup() != null)
 125           {
 126             tooltiptext.append(sf[sl].getFeatureGroup());
 127             nl = true;
 128           }
 129           ;
 130           if (sf[sl].getType() != null)
 131           {
 132             tooltiptext.append(" ");
 133             tooltiptext.append(sf[sl].getType());
 134             nl = true;
 135           }
 136           ;
 137           if (sf[sl].getDescription() != null)
 138           {
 139             tooltiptext.append(" ");
 140             tooltiptext.append(sf[sl].getDescription());
 141             nl = true;
 142           }
 143           ;
 144           if (!Float.isNaN(sf[sl].getScore()) && sf[sl].getScore() != 0f)
 145           {
 146             tooltiptext.append(" Score = ");
 147             tooltiptext.append(sf[sl].getScore());
 148             nl = true;
 149           }
 150           ;
 151           if (sf[sl].getStatus() != null && sf[sl].getStatus().length() > 0)
 152           {
 153             tooltiptext.append(" (");
 154             tooltiptext.append(sf[sl].getStatus());
 155             tooltiptext.append(")");
 156             nl = true;
 157           }
 158           ;
 159           if (nl)
 160           {
 161             tooltiptext.append("\n");
 162           }
 163         }
 164       }
 165     }
 166     if (tooltiptext.length() == 0)
 167     {
 168       // nothing to display - so clear tooltip if one is visible
 169       if (tooltip != null)
 170       {
 171         tooltip.setVisible(false);
 172       }
 173       tooltip = null;
 174       tooltiptext = null;
 175       return;
 176     }
 177     if (tooltip == null)
 178     {
 179       tooltip = new Tooltip(sequence.getDisplayId(true) + "\n"
 180               + tooltiptext.toString(), idCanvas);
 181     }
 182     else
 183     {
 184       tooltip.setTip(sequence.getDisplayId(true) + "\n"
 185               + tooltiptext.toString());
 186     }
 187     tooltiptext = null;
 188   }
 189
 190   @Override
 191   public void mouseDragged(MouseEvent e)
 192   {
 193     mouseDragging = true;
 194
 195     int seq = Math.max(0, alignPanel.seqPanel.findSeq(e));
 196
 197     if (seq < lastid)
 198     {
 199       selectSeqs(lastid - 1, seq);
 200     }
 201     else if (seq > lastid)
 202     {
 203       selectSeqs(lastid + 1, seq);
 204     }
 205
 206     lastid = seq;
 207     alignPanel.paintAlignment(false);
 208   }
 209
 210   @Override
 211   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 212   {
 213     if (e.getClickCount() < 2)
 214     {
 215       return;
 216     }
 217
 218     // get the sequence details
 219     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
 220     SequenceI sq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 221     if (sq == null)
 222     {
 223       return;
 224     }
 225     String id = sq.getName();
 226
 227     // get the default url with the sequence details filled in
 228     String url = urlProvider.getPrimaryUrl(id);
 229     String target = urlProvider.getPrimaryTarget(id);
 230     try
 231     {
 232       alignPanel.alignFrame.showURL(url, target);
 233     } catch (Exception ex)
 234     {
 235       ex.printStackTrace();
 236     }
 237   }
 238
 239   @Override
 240   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 241   {
 242     if (scrollThread != null)
 243     {
 244       scrollThread.running = false;
 245     }
 246   }
 247
 248   @Override
 249   public void mouseExited(MouseEvent e)
 250   {
 251     if (av.getWrapAlignment())
 252     {
 253       return;
 254     }
 255
 256     if (mouseDragging && e.getY() < 0 && av.getRanges().getStartSeq() > 0)
 257     {
 258       scrollThread = new ScrollThread(true);
 259     }
 260
 261     if (mouseDragging && e.getY() >= getSize().height
 262             && av.getAlignment().getHeight() > av.getRanges().getEndSeq())
 263     {
 264       scrollThread = new ScrollThread(false);
 265     }
 266   }
 267
 268   @Override
 269   public void mousePressed(MouseEvent e)
 270   {
 271     if (e.getClickCount() > 1)
 272     {
 273       return;
 274     }
 275
 276     int y = e.getY();
 277     if (av.getWrapAlignment())
 278     {
 279       y -= 2 * av.getCharHeight();
 280     }
 281
 282     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
 283
 284     if ((e.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
 285     {
 286       Sequence sq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 287
 288       // build a new links menu based on the current links + any non-positional
 289       // features
 290       List<String> nlinks = urlProvider.getLinksForMenu();
 291
 292       SequenceFeature sf[] = sq == null ? null : sq.getSequenceFeatures();
 293       for (int sl = 0; sf != null && sl < sf.length; sl++)
 294       {
 295         if (sf[sl].begin == sf[sl].end && sf[sl].begin == 0)
 296         {
 297           if (sf[sl].links != null && sf[sl].links.size() > 0)
 298           {
 299             for (int l = 0, lSize = sf[sl].links.size(); l < lSize; l++)
 300             {
 301               nlinks.add(sf[sl].links.elementAt(l));
 302             }
 303           }
 304         }
 305       }
 306
 307       APopupMenu popup = new APopupMenu(alignPanel, sq, nlinks);
 308       this.add(popup);
 309       popup.show(this, e.getX(), e.getY());
 310       return;
 311     }
 312
 313     if ((av.getSelectionGroup() == null)
 314             || ((!jalview.util.Platform.isControlDown(e) && !e
 315                     .isShiftDown()) && av.getSelectionGroup() != null))
 316     {
 317       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());
 318       av.getSelectionGroup().setStartRes(0);
 319       av.getSelectionGroup().setEndRes(av.getAlignment().getWidth() - 1);
 320     }
 321
 322     if (e.isShiftDown() && lastid != -1)
 323     {
 324       selectSeqs(lastid, seq);
 325     }
 326     else
 327     {
 328       selectSeq(seq);
 329     }
 330
 331     alignPanel.paintAlignment(false);
 332   }
 333
 334   void selectSeq(int seq)
 335   {
 336     lastid = seq;
 337     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 338     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, true);
 339   }
 340
 341   void selectSeqs(int start, int end)
 342   {
 343
 344     lastid = start;
 345
 346     if (end >= av.getAlignment().getHeight())
 347     {
 348       end = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 349     }
 350
 351     if (end < start)
 352     {
 353       int tmp = start;
 354       start = end;
 355       end = tmp;
 356       lastid = end;
 357     }
 358     if (av.getSelectionGroup() == null)
 359     {
 360       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());
 361     }
 362     for (int i = start; i <= end; i++)
 363     {
 364       av.getSelectionGroup().addSequence(
 365               av.getAlignment().getSequenceAt(i), i == end);
 366     }
 367
 368   }
 369
 370   @Override
 371   public void mouseReleased(MouseEvent e)
 372   {
 373     if (scrollThread != null)
 374     {
 375       scrollThread.running = false;
 376     }
 377
 378     if (av.getSelectionGroup() != null)
 379     {
 380       av.getSelectionGroup().recalcConservation();
 381     }
 382
 383     mouseDragging = false;
 384     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
 385     // always send selection message when mouse is released
 386     av.sendSelection();
 387   }
 388
 389   public void highlightSearchResults(List<SequenceI> list)
 390   {
 391     idCanvas.setHighlighted(list);
 392
 393     if (list == null)
 394     {
 395       return;
 396     }
 397
 398     int index = av.getAlignment().findIndex(list.get(0));
 399
 400     // do we need to scroll the panel?
 401     if (av.getRanges().getStartSeq() > index
 402             || av.getRanges().getEndSeq() < index)
 403     {
 404       alignPanel.setScrollValues(av.getRanges().getStartRes(), index);
 405     }
 406   }
 407
 408   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
 409   class ScrollThread extends Thread
 410   {
 411     boolean running = false;
 412
 413     boolean up = true;
 414
 415     public ScrollThread(boolean up)
 416     {
 417       this.up = up;
 418       start();
 419     }
 420
 421     public void stopScrolling()
 422     {
 423       running = false;
 424     }
 425
 426     @Override
 427     public void run()
 428     {
 429       running = true;
 430       while (running)
 431       {
 432         if (alignPanel.scrollUp(up))
 433         {
 434           // scroll was ok, so add new sequence to selection
 435           int seq = av.getRanges().getStartSeq();
 436           if (!up)
 437           {
 438             seq = av.getRanges().getEndSeq();
 439           }
 440
 441           if (seq < lastid)
 442           {
 443             selectSeqs(lastid - 1, seq);
 444           }
 445           else if (seq > lastid && seq < av.getAlignment().getHeight())
 446           {
 447             selectSeqs(lastid + 1, seq);
 448           }
 449
 450           lastid = seq;
 451         }
 452         else
 453         {
 454           running = false;
 455         }
 456
 457         alignPanel.paintAlignment(true);
 458         try
 459         {
 460           Thread.sleep(100);
 461         } catch (Exception ex)
 462         {
 463         }
 464       }
 465     }
 466   }
 467 }