IdentifiersUrlProvider.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.urls;
  23
  24 import static jalview.util.UrlConstants.DB_ACCESSION;
  25 import static jalview.util.UrlConstants.DELIM;
  26 import static jalview.util.UrlConstants.SEP;
  27
  28 import jalview.util.JSONUtils;
  29 import jalview.util.UrlLink;
  30
  31 import java.io.FileReader;
  32 import java.io.IOException;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.HashMap;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Map;
  38 import java.util.StringTokenizer;
  39
  40 import org.json.simple.parser.ParseException;
  41
  42 /**
  43  *
  44  * Implements the UrlProviderI interface for a UrlProvider object which serves
  45  * URLs from identifiers.org
  46  *
  47  * @author $author$
  48  * @version $Revision$
  49  */
  50 public class IdentifiersUrlProvider extends UrlProviderImpl
  51 {
  52
  53   private static final String LOCAL_KEY = "Local";
  54
  55   private static final String ID_ORG_KEY = "identifiers.org";
  56
  57   // map of string ids to urls
  58   private HashMap<String, UrlLink> urls;
  59
  60   // list of selected urls
  61   private ArrayList<String> selectedUrls;
  62
  63   public IdentifiersUrlProvider(String cachedUrlList)
  64   {
  65     urls = readIdentifiers(IdOrgSettings.getDownloadLocation());
  66     selectedUrls = new ArrayList<>();
  67     checkSelectionMatchesUrls(cachedUrlList);
  68   }
  69
  70   /**
  71    * Read data from an identifiers.org download file
  72    *
  73    * @param idFileName
  74    *          name of identifiers.org download file
  75    * @return hashmap of identifiers.org data, keyed by MIRIAM id
  76    */
  77   @SuppressWarnings("unchecked")
  78 private HashMap<String, UrlLink> readIdentifiers(String idFileName)
  79   {
  80     // identifiers.org data
  81     HashMap<String, UrlLink> idData = new HashMap<>();
  82
  83     String errorMessage = null;
  84     try
  85     {
  86         // NOTE: THIS WILL FAIL IN SWINGJS BECAUSE IT INVOLVES A FILE READER
  87
  88       System.out.println("IDentifiersURL " + idFileName);
  89       FileReader reader = new FileReader(idFileName);
  90       String key = "";
  91       Map<String, Object> obj = (Map<String, Object>) JSONUtils.parse(reader);
  92       if (obj.containsKey(ID_ORG_KEY))
  93       {
  94         key = ID_ORG_KEY;
  95       }
  96       else if (obj.containsKey(LOCAL_KEY))
  97       {
  98         key = LOCAL_KEY;
  99       }
 100       else
 101       {
 102         System.out.println(
 103                 "Unexpected key returned from identifiers jalview service");
 104         return idData;
 105       }
 106
 107       List<Object> jsonarray = (List<Object>) obj.get(key);
 108
 109       // loop over each entry in JSON array and build HashMap entry
 110       for (int i = 0; i < jsonarray.size(); i++)
 111       {
 112         Map<String, Object> item = (Map<String, Object>) jsonarray.get(i);
 113
 114         String url = (String) item.get("url") + "/" + DELIM + DB_ACCESSION
 115                 + DELIM;
 116         UrlLink link = new UrlLink((String) item.get("name"), url,
 117                 (String) item.get("prefix"));
 118         idData.put((String) item.get("id"), link);
 119       }
 120     } catch (IOException | ParseException e)
 121     {
 122       // unnecessary
 123       e.printStackTrace();
 124       // Note how in JavaScript we can grab the first bytes from any file reader.
 125       // Typical report here is "NetworkError" because the file does not exist.
 126       // "https://." is coming from System.getProperty("user.home"), but this could
 127       // be set by the page developer to anything, of course.
 128       errorMessage = e.toString();
 129       idData.clear();
 130     }
 131     // BH 2018 -- added more valuable report
 132     if (errorMessage != null)
 133     {
 134       System.err.println("IdentifiersUrlProvider: cannot read " + idFileName + ": " + errorMessage);
 135     }
 136     return idData;
 137   }
 138
 139   private void checkSelectionMatchesUrls(String cachedUrlList)
 140   {
 141     StringTokenizer st = new StringTokenizer(cachedUrlList, SEP);
 142     while (st.hasMoreElements())
 143     {
 144       String id = st.nextToken();
 145
 146       if (isMiriamId(id))
 147       {
 148         // this is an identifiers.org MIRIAM id
 149         if (urls.containsKey(id))
 150         {
 151           selectedUrls.add(id);
 152         }
 153       }
 154     }
 155
 156     // reset defaultUrl in case it is no longer selected
 157     setPrimaryUrl(primaryUrl);
 158   }
 159
 160   @Override
 161   public boolean setPrimaryUrl(String id)
 162   {
 163     if (urls.containsKey(id))
 164     {
 165       primaryUrl = id;
 166     }
 167     else
 168     {
 169       primaryUrl = null;
 170     }
 171
 172     return urls.containsKey(id);
 173   }
 174
 175   @Override
 176   public String writeUrlsAsString(boolean selected)
 177   {
 178     if (!selected)
 179     {
 180       return ""; // we don't cache unselected identifiers.org urls
 181     }
 182
 183     StringBuffer links = new StringBuffer();
 184     if (!selectedUrls.isEmpty())
 185     {
 186       for (String k : selectedUrls)
 187       {
 188         links.append(k);
 189         links.append(SEP);
 190       }
 191       // remove last SEP
 192       links.setLength(links.length() - 1);
 193     }
 194     return links.toString();
 195   }
 196
 197   @Override
 198   public List<String> getLinksForMenu()
 199   {
 200     List<String> links = new ArrayList<>();
 201     for (String key : selectedUrls)
 202     {
 203       links.add(urls.get(key).toStringWithTarget());
 204     }
 205     return links;
 206   }
 207
 208   @Override
 209   public List<UrlLinkDisplay> getLinksForTable()
 210   {
 211     return super.getLinksForTable(urls, selectedUrls, false);
 212   }
 213
 214   @Override
 215   public void setUrlData(List<UrlLinkDisplay> links)
 216   {
 217     selectedUrls = new ArrayList<>();
 218
 219     Iterator<UrlLinkDisplay> it = links.iterator();
 220     while (it.hasNext())
 221     {
 222       UrlLinkDisplay link = it.next();
 223
 224       // Handle links with MIRIAM ids only
 225       if (isMiriamId(link.getId()))
 226       {
 227         // select/deselect links accordingly and set default url
 228         if (urls.containsKey(link.getId()))
 229         {
 230           if (link.getIsSelected())
 231           {
 232             selectedUrls.add(link.getId());
 233           }
 234           if (link.getIsPrimary())
 235           {
 236             setPrimaryUrl(link.getId());
 237           }
 238         }
 239       }
 240     }
 241   }
 242
 243   @Override
 244   public String getPrimaryUrl(String seqid)
 245   {
 246     return super.getPrimaryUrl(seqid, urls);
 247   }
 248
 249   @Override
 250   public String getPrimaryUrlId()
 251   {
 252     return primaryUrl;
 253   }
 254
 255   @Override
 256   public String getPrimaryTarget(String seqid)
 257   {
 258     return null;
 259   }
 260
 261   @Override
 262   public String choosePrimaryUrl()
 263   {
 264     return null;
 265   }
 266
 267   @Override
 268   public boolean contains(String id)
 269   {
 270     return (urls.containsKey(id));
 271   }
 272 }