JSeq.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class JSeq.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class JSeq implements java.io.Serializable {
  23
  24
  25       //--------------------------/
  26      //- Class/Member Variables -/
  27     //--------------------------/
  28
  29     /**
  30      * Field _colour.
  31      */
  32     private int _colour;
  33
  34     /**
  35      * keeps track of state for field: _colour
  36      */
  37     private boolean _has_colour;
  38
  39     /**
  40      * Field _start.
  41      */
  42     private int _start;
  43
  44     /**
  45      * keeps track of state for field: _start
  46      */
  47     private boolean _has_start;
  48
  49     /**
  50      * Field _end.
  51      */
  52     private int _end;
  53
  54     /**
  55      * keeps track of state for field: _end
  56      */
  57     private boolean _has_end;
  58
  59     /**
  60      * Field _id.
  61      */
  62     private java.lang.String _id;
  63
  64     /**
  65      * Field _hidden.
  66      */
  67     private boolean _hidden;
  68
  69     /**
  70      * keeps track of state for field: _hidden
  71      */
  72     private boolean _has_hidden;
  73
  74     /**
  75      * Field _featuresList.
  76      */
  77     private java.util.Vector _featuresList;
  78
  79     /**
  80      * Field _pdbidsList.
  81      */
  82     private java.util.Vector _pdbidsList;
  83
  84     /**
  85      * Field _hiddenSequencesList.
  86      */
  87     private java.util.Vector _hiddenSequencesList;
  88
  89
  90       //----------------/
  91      //- Constructors -/
  92     //----------------/
  93
  94     public JSeq() {
  95         super();
  96         this._featuresList = new java.util.Vector();
  97         this._pdbidsList = new java.util.Vector();
  98         this._hiddenSequencesList = new java.util.Vector();
  99     }
 100
 101
 102       //-----------/
 103      //- Methods -/
 104     //-----------/
 105
 106     /**
 107      *
 108      *
 109      * @param vFeatures
 110      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 111      * given is outside the bounds of the collection
 112      */
 113     public void addFeatures(
 114             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 115     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 116         this._featuresList.addElement(vFeatures);
 117     }
 118
 119     /**
 120      *
 121      *
 122      * @param index
 123      * @param vFeatures
 124      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 125      * given is outside the bounds of the collection
 126      */
 127     public void addFeatures(
 128             final int index,
 129             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 130     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 131         this._featuresList.add(index, vFeatures);
 132     }
 133
 134     /**
 135      *
 136      *
 137      * @param vHiddenSequences
 138      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 139      * given is outside the bounds of the collection
 140      */
 141     public void addHiddenSequences(
 142             final int vHiddenSequences)
 143     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 144         this._hiddenSequencesList.addElement(new java.lang.Integer(vHiddenSequences));
 145     }
 146
 147     /**
 148      *
 149      *
 150      * @param index
 151      * @param vHiddenSequences
 152      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 153      * given is outside the bounds of the collection
 154      */
 155     public void addHiddenSequences(
 156             final int index,
 157             final int vHiddenSequences)
 158     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 159         this._hiddenSequencesList.add(index, new java.lang.Integer(vHiddenSequences));
 160     }
 161
 162     /**
 163      *
 164      *
 165      * @param vPdbids
 166      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 167      * given is outside the bounds of the collection
 168      */
 169     public void addPdbids(
 170             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 171     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 172         this._pdbidsList.addElement(vPdbids);
 173     }
 174
 175     /**
 176      *
 177      *
 178      * @param index
 179      * @param vPdbids
 180      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 181      * given is outside the bounds of the collection
 182      */
 183     public void addPdbids(
 184             final int index,
 185             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 186     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 187         this._pdbidsList.add(index, vPdbids);
 188     }
 189
 190     /**
 191      */
 192     public void deleteColour(
 193     ) {
 194         this._has_colour= false;
 195     }
 196
 197     /**
 198      */
 199     public void deleteEnd(
 200     ) {
 201         this._has_end= false;
 202     }
 203
 204     /**
 205      */
 206     public void deleteHidden(
 207     ) {
 208         this._has_hidden= false;
 209     }
 210
 211     /**
 212      */
 213     public void deleteStart(
 214     ) {
 215         this._has_start= false;
 216     }
 217
 218     /**
 219      * Method enumerateFeatures.
 220      *
 221      * @return an Enumeration over all
 222      * jalview.schemabinding.version2.Features elements
 223      */
 224     public java.util.Enumeration enumerateFeatures(
 225     ) {
 226         return this._featuresList.elements();
 227     }
 228
 229     /**
 230      * Method enumerateHiddenSequences.
 231      *
 232      * @return an Enumeration over all int elements
 233      */
 234     public java.util.Enumeration enumerateHiddenSequences(
 235     ) {
 236         return this._hiddenSequencesList.elements();
 237     }
 238
 239     /**
 240      * Method enumeratePdbids.
 241      *
 242      * @return an Enumeration over all
 243      * jalview.schemabinding.version2.Pdbids elements
 244      */
 245     public java.util.Enumeration enumeratePdbids(
 246     ) {
 247         return this._pdbidsList.elements();
 248     }
 249
 250     /**
 251      * Returns the value of field 'colour'.
 252      *
 253      * @return the value of field 'Colour'.
 254      */
 255     public int getColour(
 256     ) {
 257         return this._colour;
 258     }
 259
 260     /**
 261      * Returns the value of field 'end'.
 262      *
 263      * @return the value of field 'End'.
 264      */
 265     public int getEnd(
 266     ) {
 267         return this._end;
 268     }
 269
 270     /**
 271      * Method getFeatures.
 272      *
 273      * @param index
 274      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 275      * given is outside the bounds of the collection
 276      * @return the value of the
 277      * jalview.schemabinding.version2.Features at the given index
 278      */
 279     public jalview.schemabinding.version2.Features getFeatures(
 280             final int index)
 281     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 282         // check bounds for index
 283         if (index < 0 || index >= this._featuresList.size()) {
 284             throw new IndexOutOfBoundsException("getFeatures: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._featuresList.size() - 1) + "]");
 285         }
 286
 287         return (jalview.schemabinding.version2.Features) _featuresList.get(index);
 288     }
 289
 290     /**
 291      * Method getFeatures.Returns the contents of the collection in
 292      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 293      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 294      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 295      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 296      *
 297      * @return this collection as an Array
 298      */
 299     public jalview.schemabinding.version2.Features[] getFeatures(
 300     ) {
 301         jalview.schemabinding.version2.Features[] array = new jalview.schemabinding.version2.Features[0];
 302         return (jalview.schemabinding.version2.Features[]) this._featuresList.toArray(array);
 303     }
 304
 305     /**
 306      * Method getFeaturesCount.
 307      *
 308      * @return the size of this collection
 309      */
 310     public int getFeaturesCount(
 311     ) {
 312         return this._featuresList.size();
 313     }
 314
 315     /**
 316      * Returns the value of field 'hidden'.
 317      *
 318      * @return the value of field 'Hidden'.
 319      */
 320     public boolean getHidden(
 321     ) {
 322         return this._hidden;
 323     }
 324
 325     /**
 326      * Method getHiddenSequences.
 327      *
 328      * @param index
 329      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 330      * given is outside the bounds of the collection
 331      * @return the value of the int at the given index
 332      */
 333     public int getHiddenSequences(
 334             final int index)
 335     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 336         // check bounds for index
 337         if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size()) {
 338             throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenSequences: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");
 339         }
 340
 341         return ((java.lang.Integer) _hiddenSequencesList.get(index)).intValue();
 342     }
 343
 344     /**
 345      * Method getHiddenSequences.Returns the contents of the
 346      * collection in an Array.
 347      *
 348      * @return this collection as an Array
 349      */
 350     public int[] getHiddenSequences(
 351     ) {
 352         int size = this._hiddenSequencesList.size();
 353         int[] array = new int[size];
 354         java.util.Iterator iter = _hiddenSequencesList.iterator();
 355         for (int index = 0; index < size; index++) {
 356             array[index] = ((java.lang.Integer) iter.next()).intValue();
 357         }
 358         return array;
 359     }
 360
 361     /**
 362      * Method getHiddenSequencesCount.
 363      *
 364      * @return the size of this collection
 365      */
 366     public int getHiddenSequencesCount(
 367     ) {
 368         return this._hiddenSequencesList.size();
 369     }
 370
 371     /**
 372      * Returns the value of field 'id'.
 373      *
 374      * @return the value of field 'Id'.
 375      */
 376     public java.lang.String getId(
 377     ) {
 378         return this._id;
 379     }
 380
 381     /**
 382      * Method getPdbids.
 383      *
 384      * @param index
 385      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 386      * given is outside the bounds of the collection
 387      * @return the value of the
 388      * jalview.schemabinding.version2.Pdbids at the given index
 389      */
 390     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids getPdbids(
 391             final int index)
 392     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 393         // check bounds for index
 394         if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size()) {
 395             throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbids: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");
 396         }
 397
 398         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) _pdbidsList.get(index);
 399     }
 400
 401     /**
 402      * Method getPdbids.Returns the contents of the collection in
 403      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 404      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 405      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 406      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 407      *
 408      * @return this collection as an Array
 409      */
 410     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] getPdbids(
 411     ) {
 412         jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] array = new jalview.schemabinding.version2.Pdbids[0];
 413         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids[]) this._pdbidsList.toArray(array);
 414     }
 415
 416     /**
 417      * Method getPdbidsCount.
 418      *
 419      * @return the size of this collection
 420      */
 421     public int getPdbidsCount(
 422     ) {
 423         return this._pdbidsList.size();
 424     }
 425
 426     /**
 427      * Returns the value of field 'start'.
 428      *
 429      * @return the value of field 'Start'.
 430      */
 431     public int getStart(
 432     ) {
 433         return this._start;
 434     }
 435
 436     /**
 437      * Method hasColour.
 438      *
 439      * @return true if at least one Colour has been added
 440      */
 441     public boolean hasColour(
 442     ) {
 443         return this._has_colour;
 444     }
 445
 446     /**
 447      * Method hasEnd.
 448      *
 449      * @return true if at least one End has been added
 450      */
 451     public boolean hasEnd(
 452     ) {
 453         return this._has_end;
 454     }
 455
 456     /**
 457      * Method hasHidden.
 458      *
 459      * @return true if at least one Hidden has been added
 460      */
 461     public boolean hasHidden(
 462     ) {
 463         return this._has_hidden;
 464     }
 465
 466     /**
 467      * Method hasStart.
 468      *
 469      * @return true if at least one Start has been added
 470      */
 471     public boolean hasStart(
 472     ) {
 473         return this._has_start;
 474     }
 475
 476     /**
 477      * Returns the value of field 'hidden'.
 478      *
 479      * @return the value of field 'Hidden'.
 480      */
 481     public boolean isHidden(
 482     ) {
 483         return this._hidden;
 484     }
 485
 486     /**
 487      * Method isValid.
 488      *
 489      * @return true if this object is valid according to the schema
 490      */
 491     public boolean isValid(
 492     ) {
 493         try {
 494             validate();
 495         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 496             return false;
 497         }
 498         return true;
 499     }
 500
 501     /**
 502      *
 503      *
 504      * @param out
 505      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 506      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 507      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 508      * object is an invalid instance according to the schema
 509      */
 510     public void marshal(
 511             final java.io.Writer out)
 512     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 513         Marshaller.marshal(this, out);
 514     }
 515
 516     /**
 517      *
 518      *
 519      * @param handler
 520      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 521      * marshaling
 522      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 523      * object is an invalid instance according to the schema
 524      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 525      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 526      */
 527     public void marshal(
 528             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 529     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 530         Marshaller.marshal(this, handler);
 531     }
 532
 533     /**
 534      */
 535     public void removeAllFeatures(
 536     ) {
 537         this._featuresList.clear();
 538     }
 539
 540     /**
 541      */
 542     public void removeAllHiddenSequences(
 543     ) {
 544         this._hiddenSequencesList.clear();
 545     }
 546
 547     /**
 548      */
 549     public void removeAllPdbids(
 550     ) {
 551         this._pdbidsList.clear();
 552     }
 553
 554     /**
 555      * Method removeFeatures.
 556      *
 557      * @param vFeatures
 558      * @return true if the object was removed from the collection.
 559      */
 560     public boolean removeFeatures(
 561             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures) {
 562         boolean removed = _featuresList.remove(vFeatures);
 563         return removed;
 564     }
 565
 566     /**
 567      * Method removeFeaturesAt.
 568      *
 569      * @param index
 570      * @return the element removed from the collection
 571      */
 572     public jalview.schemabinding.version2.Features removeFeaturesAt(
 573             final int index) {
 574         java.lang.Object obj = this._featuresList.remove(index);
 575         return (jalview.schemabinding.version2.Features) obj;
 576     }
 577
 578     /**
 579      * Method removeHiddenSequences.
 580      *
 581      * @param vHiddenSequences
 582      * @return true if the object was removed from the collection.
 583      */
 584     public boolean removeHiddenSequences(
 585             final int vHiddenSequences) {
 586         boolean removed = _hiddenSequencesList.remove(new java.lang.Integer(vHiddenSequences));
 587         return removed;
 588     }
 589
 590     /**
 591      * Method removeHiddenSequencesAt.
 592      *
 593      * @param index
 594      * @return the element removed from the collection
 595      */
 596     public int removeHiddenSequencesAt(
 597             final int index) {
 598         java.lang.Object obj = this._hiddenSequencesList.remove(index);
 599         return ((java.lang.Integer) obj).intValue();
 600     }
 601
 602     /**
 603      * Method removePdbids.
 604      *
 605      * @param vPdbids
 606      * @return true if the object was removed from the collection.
 607      */
 608     public boolean removePdbids(
 609             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids) {
 610         boolean removed = _pdbidsList.remove(vPdbids);
 611         return removed;
 612     }
 613
 614     /**
 615      * Method removePdbidsAt.
 616      *
 617      * @param index
 618      * @return the element removed from the collection
 619      */
 620     public jalview.schemabinding.version2.Pdbids removePdbidsAt(
 621             final int index) {
 622         java.lang.Object obj = this._pdbidsList.remove(index);
 623         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbids) obj;
 624     }
 625
 626     /**
 627      * Sets the value of field 'colour'.
 628      *
 629      * @param colour the value of field 'colour'.
 630      */
 631     public void setColour(
 632             final int colour) {
 633         this._colour = colour;
 634         this._has_colour = true;
 635     }
 636
 637     /**
 638      * Sets the value of field 'end'.
 639      *
 640      * @param end the value of field 'end'.
 641      */
 642     public void setEnd(
 643             final int end) {
 644         this._end = end;
 645         this._has_end = true;
 646     }
 647
 648     /**
 649      *
 650      *
 651      * @param index
 652      * @param vFeatures
 653      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 654      * given is outside the bounds of the collection
 655      */
 656     public void setFeatures(
 657             final int index,
 658             final jalview.schemabinding.version2.Features vFeatures)
 659     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 660         // check bounds for index
 661         if (index < 0 || index >= this._featuresList.size()) {
 662             throw new IndexOutOfBoundsException("setFeatures: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._featuresList.size() - 1) + "]");
 663         }
 664
 665         this._featuresList.set(index, vFeatures);
 666     }
 667
 668     /**
 669      *
 670      *
 671      * @param vFeaturesArray
 672      */
 673     public void setFeatures(
 674             final jalview.schemabinding.version2.Features[] vFeaturesArray) {
 675         //-- copy array
 676         _featuresList.clear();
 677
 678         for (int i = 0; i < vFeaturesArray.length; i++) {
 679                 this._featuresList.add(vFeaturesArray[i]);
 680         }
 681     }
 682
 683     /**
 684      * Sets the value of field 'hidden'.
 685      *
 686      * @param hidden the value of field 'hidden'.
 687      */
 688     public void setHidden(
 689             final boolean hidden) {
 690         this._hidden = hidden;
 691         this._has_hidden = true;
 692     }
 693
 694     /**
 695      *
 696      *
 697      * @param index
 698      * @param vHiddenSequences
 699      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 700      * given is outside the bounds of the collection
 701      */
 702     public void setHiddenSequences(
 703             final int index,
 704             final int vHiddenSequences)
 705     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 706         // check bounds for index
 707         if (index < 0 || index >= this._hiddenSequencesList.size()) {
 708             throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenSequences: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenSequencesList.size() - 1) + "]");
 709         }
 710
 711         this._hiddenSequencesList.set(index, new java.lang.Integer(vHiddenSequences));
 712     }
 713
 714     /**
 715      *
 716      *
 717      * @param vHiddenSequencesArray
 718      */
 719     public void setHiddenSequences(
 720             final int[] vHiddenSequencesArray) {
 721         //-- copy array
 722         _hiddenSequencesList.clear();
 723
 724         for (int i = 0; i < vHiddenSequencesArray.length; i++) {
 725                 this._hiddenSequencesList.add(new java.lang.Integer(vHiddenSequencesArray[i]));
 726         }
 727     }
 728
 729     /**
 730      * Sets the value of field 'id'.
 731      *
 732      * @param id the value of field 'id'.
 733      */
 734     public void setId(
 735             final java.lang.String id) {
 736         this._id = id;
 737     }
 738
 739     /**
 740      *
 741      *
 742      * @param index
 743      * @param vPdbids
 744      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 745      * given is outside the bounds of the collection
 746      */
 747     public void setPdbids(
 748             final int index,
 749             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids vPdbids)
 750     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 751         // check bounds for index
 752         if (index < 0 || index >= this._pdbidsList.size()) {
 753             throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbids: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._pdbidsList.size() - 1) + "]");
 754         }
 755
 756         this._pdbidsList.set(index, vPdbids);
 757     }
 758
 759     /**
 760      *
 761      *
 762      * @param vPdbidsArray
 763      */
 764     public void setPdbids(
 765             final jalview.schemabinding.version2.Pdbids[] vPdbidsArray) {
 766         //-- copy array
 767         _pdbidsList.clear();
 768
 769         for (int i = 0; i < vPdbidsArray.length; i++) {
 770                 this._pdbidsList.add(vPdbidsArray[i]);
 771         }
 772     }
 773
 774     /**
 775      * Sets the value of field 'start'.
 776      *
 777      * @param start the value of field 'start'.
 778      */
 779     public void setStart(
 780             final int start) {
 781         this._start = start;
 782         this._has_start = true;
 783     }
 784
 785     /**
 786      * Method unmarshal.
 787      *
 788      * @param reader
 789      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 790      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 791      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 792      * object is an invalid instance according to the schema
 793      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.JSeq
 794      */
 795     public static jalview.schemabinding.version2.JSeq unmarshal(
 796             final java.io.Reader reader)
 797     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 798         return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JSeq.class, reader);
 799     }
 800
 801     /**
 802      *
 803      *
 804      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 805      * object is an invalid instance according to the schema
 806      */
 807     public void validate(
 808     )
 809     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 810         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 811         validator.validate(this);
 812     }
 813
 814 }