MCMatrix.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 public class MCMatrix {\r
  22     float[][] matrix;\r
  23     float[][] tmp;\r
  24     float mycos;\r
  25     float mysin;\r
  26     float myconst = (float) (Math.PI / 180);\r
  27 \r
  28     public MCMatrix(int rows, int cols) {\r
  29         matrix = new float[rows][cols];\r
  30         tmp = new float[rows][cols];\r
  31     }\r
  32 \r
  33     public void addElement(int i, int j, float value) {\r
  34         matrix[i][j] = value;\r
  35     }\r
  36 \r
  37     public void rotatex(float degrees) {\r
  38         mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));\r
  39         mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));\r
  40 \r
  41         tmp[0][0] = 1;\r
  42         tmp[0][1] = 0;\r
  43         tmp[0][2] = 0;\r
  44         tmp[1][0] = 0;\r
  45         tmp[1][1] = mycos;\r
  46         tmp[1][2] = mysin;\r
  47         tmp[2][0] = 0;\r
  48         tmp[2][1] = -mysin;\r
  49         tmp[2][2] = mycos;\r
  50         preMultiply(tmp);\r
  51     }\r
  52 \r
  53     public void rotatez(float degrees) {\r
  54         mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));\r
  55         mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));\r
  56 \r
  57         tmp[0][0] = mycos;\r
  58         tmp[0][1] = -mysin;\r
  59         tmp[0][2] = 0;\r
  60         tmp[1][0] = mysin;\r
  61         tmp[1][1] = mycos;\r
  62         tmp[1][2] = 0;\r
  63         tmp[2][0] = 0;\r
  64         tmp[2][1] = 0;\r
  65         tmp[2][2] = 1;\r
  66 \r
  67         preMultiply(tmp);\r
  68     }\r
  69 \r
  70     public void rotatey(float degrees) {\r
  71         mycos = (float) (Math.cos(degrees * myconst));\r
  72         mysin = (float) (Math.sin(degrees * myconst));\r
  73 \r
  74         tmp[0][0] = mycos;\r
  75         tmp[0][1] = 0;\r
  76         tmp[0][2] = -mysin;\r
  77         tmp[1][0] = 0;\r
  78         tmp[1][1] = 1;\r
  79         tmp[1][2] = 0;\r
  80         tmp[2][0] = mysin;\r
  81         tmp[2][1] = 0;\r
  82         tmp[2][2] = mycos;\r
  83 \r
  84         preMultiply(tmp);\r
  85     }\r
  86 \r
  87     public float[] vectorMultiply(float[] vect) {\r
  88         float[] temp = new float[3];\r
  89 \r
  90         temp[0] = vect[0];\r
  91         temp[1] = vect[1];\r
  92         temp[2] = vect[2];\r
  93 \r
  94         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
  95             temp[i] = ((float) matrix[i][0] * vect[0]) +\r
  96                 ((float) matrix[i][1] * vect[1]) +\r
  97                 ((float) matrix[i][2] * vect[2]);\r
  98         }\r
  99 \r
 100         vect[0] = temp[0];\r
 101         vect[1] = temp[1];\r
 102         vect[2] = temp[2];\r
 103 \r
 104         return vect;\r
 105     }\r
 106 \r
 107     public void preMultiply(float[][] mat) {\r
 108         float[][] tmp = new float[3][3];\r
 109 \r
 110         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 111             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 112                 tmp[i][j] = (mat[i][0] * matrix[0][j]) +\r
 113                     (mat[i][1] * matrix[1][j]) + (mat[i][2] * matrix[2][j]);\r
 114             }\r
 115         }\r
 116 \r
 117         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 118             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 119                 matrix[i][j] = tmp[i][j];\r
 120             }\r
 121         }\r
 122     }\r
 123 \r
 124     public void postMultiply(float[][] mat) {\r
 125         float[][] tmp = new float[3][3];\r
 126 \r
 127         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 128             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 129                 tmp[i][j] = (matrix[i][0] * mat[0][j]) +\r
 130                     (matrix[i][1] * mat[1][j]) + (matrix[i][2] * mat[2][j]);\r
 131             }\r
 132         }\r
 133 \r
 134         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 135             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 136                 matrix[i][j] = tmp[i][j];\r
 137             }\r
 138         }\r
 139     }\r
 140 \r
 141     public void setIdentity() {\r
 142         matrix[0][0] = 1;\r
 143         matrix[1][1] = 1;\r
 144         matrix[2][2] = 1;\r
 145         matrix[0][1] = 0;\r
 146         matrix[0][2] = 0;\r
 147         matrix[1][0] = 0;\r
 148         matrix[1][2] = 0;\r
 149         matrix[2][0] = 0;\r
 150         matrix[2][1] = 0;\r
 151     }\r
 152 }\r