OverviewPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  25 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.awt.Dimension;
  29 import java.awt.Frame;
  30 import java.awt.Graphics;
  31 import java.awt.Image;
  32 import java.awt.Panel;
  33 import java.awt.event.ComponentAdapter;
  34 import java.awt.event.ComponentEvent;
  35 import java.awt.event.MouseEvent;
  36 import java.awt.event.MouseListener;
  37 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  38
  39 public class OverviewPanel extends Panel implements Runnable,
  40         MouseMotionListener, MouseListener
  41 {
  42   private OverviewDimensions od;
  43
  44   private Image miniMe;
  45
  46   private Image offscreen;
  47
  48   private AlignViewport av;
  49
  50   private AlignmentPanel ap;
  51
  52   private boolean resizing = false;
  53
  54   // This is set true if the user resizes whilst
  55   // the overview is being calculated
  56   private boolean resizeAgain = false;
  57
  58   // Can set different properties in this seqCanvas than
  59   // main visible SeqCanvas
  60   private SequenceRenderer sr;
  61
  62   private FeatureRenderer fr;
  63
  64   private Frame nullFrame;
  65
  66   public OverviewPanel(AlignmentPanel alPanel)
  67   {
  68     this.av = alPanel.av;
  69     this.ap = alPanel;
  70     setLayout(null);
  71     nullFrame = new Frame();
  72     nullFrame.addNotify();
  73
  74     sr = new SequenceRenderer(av);
  75     sr.graphics = nullFrame.getGraphics();
  76     sr.renderGaps = false;
  77     sr.forOverview = true;
  78     fr = new FeatureRenderer(av);
  79
  80     od = new OverviewDimensions(av.getRanges(),
  81             (av.isShowAnnotation() && av.getSequenceConsensusHash() != null));
  82
  83     setSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
  84     addComponentListener(new ComponentAdapter()
  85     {
  86
  87       @Override
  88       public void componentResized(ComponentEvent evt)
  89       {
  90         if ((getWidth() != od.getWidth())
  91                 || (getHeight() != (od.getHeight())))
  92         {
  93           updateOverviewImage();
  94         }
  95       }
  96     });
  97
  98     addMouseMotionListener(this);
  99
 100     addMouseListener(this);
 101
 102     updateOverviewImage();
 103
 104   }
 105
 106   @Override
 107   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 108   {
 109   }
 110
 111   @Override
 112   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 113   {
 114   }
 115
 116   @Override
 117   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 118   {
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 123   {
 124   }
 125
 126   @Override
 127   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 128   {
 129     mouseAction(evt);
 130   }
 131
 132   @Override
 133   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 134   {
 135     mouseAction(evt);
 136   }
 137
 138   @Override
 139   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 140   {
 141     mouseAction(evt);
 142   }
 143
 144   private void mouseAction(MouseEvent evt)
 145   {
 146     od.updateViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(), av.getAlignment()
 147             .getHiddenSequences(), av.getColumnSelection(), av
 148             .getRanges());
 149     ap.setScrollValues(od.getScrollCol(), od.getScrollRow());
 150     ap.paintAlignment(false);
 151   }
 152
 153   /**
 154    * Updates the overview image when the related alignment panel is updated
 155    */
 156   public void updateOverviewImage()
 157   {
 158     if (resizing)
 159     {
 160       resizeAgain = true;
 161       return;
 162     }
 163
 164     if (av.isShowSequenceFeatures())
 165     {
 166       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.fr);
 167     }
 168
 169     resizing = true;
 170
 171     if ((getSize().width > 0) && (getSize().height > 0))
 172     {
 173       od.setWidth(getSize().width);
 174       od.setHeight(getSize().height);
 175     }
 176     setSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
 177
 178     Thread thread = new Thread(this);
 179     thread.start();
 180     repaint();
 181   }
 182
 183   @Override
 184   public void run()
 185   {
 186     miniMe = null;
 187
 188     if (av.isShowSequenceFeatures())
 189     {
 190       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 191     }
 192
 193     if (getSize().width > 0 && getSize().height > 0)
 194     {
 195       od.setWidth(getSize().width);
 196       od.setHeight(getSize().height);
 197     }
 198
 199     setSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
 200
 201     miniMe = nullFrame.createImage(od.getWidth(), od.getHeight());
 202     offscreen = nullFrame.createImage(od.getWidth(), od.getHeight());
 203
 204     Graphics mg = miniMe.getGraphics();
 205
 206     int alwidth = av.getAlignment().getWidth();
 207     int alheight = av.getAlignment().getAbsoluteHeight();
 208     float sampleCol = alwidth / (float) od.getWidth();
 209     float sampleRow = alheight / (float) od.getSequencesHeight();
 210
 211     buildImage(sampleRow, sampleCol, mg);
 212
 213     // check for conservation annotation to make sure overview works for DNA too
 214     if (av.isShowAnnotation()
 215             && (av.getAlignmentConservationAnnotation() != null))
 216     {
 217       for (int col = 0; col < od.getWidth() && !resizeAgain; col++)
 218       {
 219         mg.translate(col, od.getSequencesHeight());
 220         ap.annotationPanel.renderer.drawGraph(mg,
 221                 av.getAlignmentConservationAnnotation(),
 222                 av.getAlignmentConservationAnnotation().annotations,
 223                 (int) (sampleCol) + 1, od.getGraphHeight(),
 224                 (int) (col * sampleCol), (int) (col * sampleCol) + 1);
 225         mg.translate(-col, -od.getSequencesHeight());
 226       }
 227     }
 228     System.gc();
 229
 230     resizing = false;
 231
 232     setBoxPosition();
 233
 234     if (resizeAgain)
 235     {
 236       resizeAgain = false;
 237       updateOverviewImage();
 238     }
 239   }
 240
 241   /*
 242    * Build the overview panel image
 243    */
 244   private void buildImage(float sampleRow, float sampleCol, Graphics mg)
 245   {
 246     int lastcol = 0;
 247     int lastrow = 0;
 248     int xstart = 0;
 249     int ystart = 0;
 250     Color color = Color.yellow;
 251     int sameRow = 0;
 252     int sameCol = 0;
 253
 254     SequenceI seq = null;
 255     FeatureColourFinder finder = new FeatureColourFinder(fr);
 256
 257     final boolean hasHiddenCols = av.hasHiddenColumns();
 258     boolean hiddenRow = false;
 259
 260     for (int row = 0; row <= od.getSequencesHeight() && !resizeAgain; row++)
 261     {
 262       if ((int) (row * sampleRow) == lastrow)
 263       {
 264         sameRow++;
 265       }
 266       else
 267       {
 268         // get the sequence which would be at alignment index 'lastrow' if no
 269         // columns were hidden, and determine whether it is hidden or not
 270         hiddenRow = av.getAlignment().isHidden(lastrow);
 271         seq = av.getAlignment().getSequenceAtAbsoluteIndex(lastrow);
 272
 273         for (int col = 0; col < od.getWidth(); col++)
 274         {
 275           if ((int) (col * sampleCol) == lastcol
 276                   && (int) (row * sampleRow) == lastrow)
 277           {
 278             sameCol++;
 279           }
 280           else
 281           {
 282             lastcol = (int) (col * sampleCol);
 283
 284             color = getColumnColourFromSequence(seq, hiddenRow,
 285                     hasHiddenCols, lastcol, finder);
 286
 287             mg.setColor(color);
 288             if (sameCol == 1 && sameRow == 1)
 289             {
 290               mg.drawLine(xstart, ystart, xstart, ystart);
 291             }
 292             else
 293             {
 294               mg.fillRect(xstart, ystart, sameCol, sameRow);
 295             }
 296
 297             xstart = col;
 298             sameCol = 1;
 299           }
 300         }
 301         lastrow = (int) (row * sampleRow);
 302         ystart = row;
 303         sameRow = 1;
 304       }
 305     }
 306   }
 307
 308   /*
 309    * Find the colour of a sequence at a specified column position
 310    */
 311   private Color getColumnColourFromSequence(
 312           jalview.datamodel.SequenceI seq, boolean hiddenRow,
 313           boolean hasHiddenCols, int lastcol, FeatureColourFinder finder)
 314   {
 315     Color color = Color.white;
 316     if (seq.getLength() > lastcol)
 317     {
 318       color = sr.getResidueColour(seq, lastcol, finder);
 319     }
 320
 321     if (hiddenRow
 322             || (hasHiddenCols && !av.getColumnSelection()
 323                     .isVisible(lastcol)))
 324     {
 325       color = color.darker().darker();
 326     }
 327     return color;
 328   }
 329
 330   /**
 331    * Update the overview panel box when the associated alignment panel is
 332    * changed
 333    *
 334    */
 335   public void setBoxPosition()
 336   {
 337     od.setBoxPosition(av.getAlignment()
 338             .getHiddenSequences(), av.getColumnSelection(), av.getRanges());
 339     repaint();
 340   }
 341
 342   @Override
 343   public void update(Graphics g)
 344   {
 345     paint(g);
 346   }
 347
 348   @Override
 349   public void paint(Graphics g)
 350   {
 351     Graphics og = offscreen.getGraphics();
 352     if (miniMe != null)
 353     {
 354       og.drawImage(miniMe, 0, 0, this);
 355       og.setColor(Color.red);
 356       od.drawBox(og);
 357       g.drawImage(offscreen, 0, 0, this);
 358     }
 359   }
 360
 361 }