PDBCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.*;\r
  30 \r
  31 import java.util.*;\r
  32 \r
  33 import javax.swing.*;\r
  34 \r
  35 \r
  36 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener\r
  37 {\r
  38     MCMatrix idmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  39     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
  40     boolean redrawneeded = true;\r
  41     int omx = 0;\r
  42     int mx = 0;\r
  43     int omy = 0;\r
  44     int my = 0;\r
  45     public PDBfile pdb;\r
  46     int bsize;\r
  47     Image img;\r
  48     Graphics ig;\r
  49     Dimension prefsize;\r
  50     float[] centre = new float[3];\r
  51     float[] width = new float[3];\r
  52     float maxwidth;\r
  53     float scale;\r
  54     String inStr;\r
  55     String inType;\r
  56     boolean bysequence = true;\r
  57     boolean depthcue = true;\r
  58     boolean wire = false;\r
  59     boolean bymolecule = false;\r
  60     boolean zbuffer = true;\r
  61     boolean dragging;\r
  62     int xstart;\r
  63     int xend;\r
  64     int ystart;\r
  65     int yend;\r
  66     int xmid;\r
  67     int ymid;\r
  68     Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);\r
  69     jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;\r
  70     public Sequence sequence;\r
  71     final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();\r
  72     PDBChain mainchain;\r
  73     Vector highlightRes;\r
  74     boolean pdbAction = false;\r
  75     boolean seqColoursReady = false;\r
  76     jalview.gui.FeatureRenderer fr;\r
  77 \r
  78     public PDBCanvas(jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas, Sequence seq)\r
  79     {\r
  80       this.seqcanvas = seqcanvas;\r
  81       this.sequence = seq;\r
  82       seqcanvas.setPDBCanvas(this);\r
  83     }\r
  84 \r
  85   public void setPDBFile(PDBfile pdb)\r
  86    {\r
  87         int max = -10;\r
  88         int maxchain = -1;\r
  89         int pdbstart = 0;\r
  90         int pdbend = 0;\r
  91         int seqstart = 0;\r
  92         int seqend = 0;\r
  93         AlignSeq maxAlignseq = null;\r
  94 \r
  95         for (int i = 0; i < pdb.chains.size(); i++)\r
  96         {\r
  97 \r
  98           mappingDetails.append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence.getSequence());\r
  99           mappingDetails.append("\nNo of residues = " + ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).residues.size()+"\n\n");\r
 100 \r
 101             // Now lets compare the sequences to get\r
 102             // the start and end points.\r
 103             // Align the sequence to the pdb\r
 104             AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,\r
 105                     ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(i)).sequence, "pep");\r
 106             as.calcScoreMatrix();\r
 107             as.traceAlignment();\r
 108             PrintStream  ps = new PrintStream(System.out)\r
 109            {\r
 110               public void print(String x) {\r
 111                    mappingDetails.append(x);\r
 112                }\r
 113                public void println()\r
 114                {\r
 115                  mappingDetails.append("\n");\r
 116                }\r
 117             };\r
 118 \r
 119             as.printAlignment(ps);\r
 120 \r
 121 \r
 122 \r
 123             if (as.maxscore > max)\r
 124             {\r
 125                 max = as.maxscore;\r
 126                 maxchain = i;\r
 127                 pdbstart = as.seq2start;\r
 128                 pdbend = as.seq2end;\r
 129                 seqstart = as.seq1start + sequence.getStart()-1;\r
 130                 seqend = as.seq1end + sequence.getEnd()-1;\r
 131                 maxAlignseq = as;\r
 132             }\r
 133 \r
 134             mappingDetails.append("\nPDB start/end "  + pdbstart + " " + pdbend);\r
 135             mappingDetails.append("\nSEQ start/end "+ seqstart + " " + seqend);\r
 136         }\r
 137 \r
 138         mainchain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain);\r
 139 \r
 140         mainchain.pdbstart = pdbstart;\r
 141         mainchain.pdbend = pdbend;\r
 142         mainchain.seqstart = seqstart;\r
 143         mainchain.seqend = seqend;\r
 144         mainchain.isVisible = true;\r
 145         mainchain.makeExactMapping(maxAlignseq, sequence);\r
 146 \r
 147         this.pdb = pdb;\r
 148         this.prefsize = new Dimension(getWidth(), getHeight());\r
 149 \r
 150         //Initialize the matrices to identity\r
 151         for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 152             for (int j = 0; j < 3; j++) {\r
 153                 if (i != j) {\r
 154                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 155                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 156                 } else {\r
 157                     idmat.addElement(i, j, 1);\r
 158                     objmat.addElement(i, j, 1);\r
 159                 }\r
 160             }\r
 161         }\r
 162 \r
 163         addMouseMotionListener(this);\r
 164         addMouseListener(this);\r
 165 \r
 166         addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
 167         {\r
 168           public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 169           {\r
 170             if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 171             {\r
 172               scale = (float) (scale * 1.1);\r
 173               redrawneeded = true;\r
 174               repaint();\r
 175             }\r
 176 \r
 177             else\r
 178             {\r
 179               scale = (float) (scale * 0.9);\r
 180               redrawneeded = true;\r
 181               repaint();\r
 182             }\r
 183           }\r
 184        });\r
 185 \r
 186 \r
 187         findCentre();\r
 188         findWidth();\r
 189 \r
 190         setupBonds();\r
 191 \r
 192         scale = findScale();\r
 193 \r
 194         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 195         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
 196         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
 197     }\r
 198 \r
 199 \r
 200     Vector visiblebonds;\r
 201     void setupBonds()\r
 202     {\r
 203       seqColoursReady = false;\r
 204       // Sort the bonds by z coord\r
 205       visiblebonds = new Vector();\r
 206 \r
 207       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 208       {\r
 209         if ( ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible)\r
 210         {\r
 211           Vector tmp = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 212 \r
 213           for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)\r
 214           {\r
 215             visiblebonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 216           }\r
 217         }\r
 218       }\r
 219 \r
 220       updateSeqColours();\r
 221       seqColoursReady = true;\r
 222       redrawneeded = true;\r
 223       repaint();\r
 224     }\r
 225 \r
 226 \r
 227     public void findWidth() {\r
 228         float[] max = new float[3];\r
 229         float[] min = new float[3];\r
 230 \r
 231         max[0] = (float) -1e30;\r
 232         max[1] = (float) -1e30;\r
 233         max[2] = (float) -1e30;\r
 234 \r
 235         min[0] = (float) 1e30;\r
 236         min[1] = (float) 1e30;\r
 237         min[2] = (float) 1e30;\r
 238 \r
 239         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 240             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 241                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 242 \r
 243                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 244                     Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 245 \r
 246                     if (tmp.start[0] >= max[0]) {\r
 247                         max[0] = tmp.start[0];\r
 248                     }\r
 249 \r
 250                     if (tmp.start[1] >= max[1]) {\r
 251                         max[1] = tmp.start[1];\r
 252                     }\r
 253 \r
 254                     if (tmp.start[2] >= max[2]) {\r
 255                         max[2] = tmp.start[2];\r
 256                     }\r
 257 \r
 258                     if (tmp.start[0] <= min[0]) {\r
 259                         min[0] = tmp.start[0];\r
 260                     }\r
 261 \r
 262                     if (tmp.start[1] <= min[1]) {\r
 263                         min[1] = tmp.start[1];\r
 264                     }\r
 265 \r
 266                     if (tmp.start[2] <= min[2]) {\r
 267                         min[2] = tmp.start[2];\r
 268                     }\r
 269 \r
 270                     if (tmp.end[0] >= max[0]) {\r
 271                         max[0] = tmp.end[0];\r
 272                     }\r
 273 \r
 274                     if (tmp.end[1] >= max[1]) {\r
 275                         max[1] = tmp.end[1];\r
 276                     }\r
 277 \r
 278                     if (tmp.end[2] >= max[2]) {\r
 279                         max[2] = tmp.end[2];\r
 280                     }\r
 281 \r
 282                     if (tmp.end[0] <= min[0]) {\r
 283                         min[0] = tmp.end[0];\r
 284                     }\r
 285 \r
 286                     if (tmp.end[1] <= min[1]) {\r
 287                         min[1] = tmp.end[1];\r
 288                     }\r
 289 \r
 290                     if (tmp.end[2] <= min[2]) {\r
 291                         min[2] = tmp.end[2];\r
 292                     }\r
 293                 }\r
 294             }\r
 295         }\r
 296         /*\r
 297         System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 298         System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 299         System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);*/\r
 300 \r
 301         width[0] = (float) Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 302         width[1] = (float) Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 303         width[2] = (float) Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 304 \r
 305         maxwidth = width[0];\r
 306 \r
 307         if (width[1] > width[0]) {\r
 308             maxwidth = width[1];\r
 309         }\r
 310 \r
 311         if (width[2] > width[1]) {\r
 312             maxwidth = width[2];\r
 313         }\r
 314 \r
 315        // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 316     }\r
 317 \r
 318     public float findScale() {\r
 319         int dim;\r
 320         int width;\r
 321         int height;\r
 322 \r
 323         if (getWidth() != 0) {\r
 324             width = getWidth();\r
 325             height = getHeight();\r
 326         } else {\r
 327             width = prefsize.width;\r
 328             height = prefsize.height;\r
 329         }\r
 330 \r
 331         if (width < height) {\r
 332             dim = width;\r
 333         } else {\r
 334             dim = height;\r
 335         }\r
 336 \r
 337         return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));\r
 338     }\r
 339 \r
 340     public void findCentre() {\r
 341         float xtot = 0;\r
 342         float ytot = 0;\r
 343         float ztot = 0;\r
 344 \r
 345         int bsize = 0;\r
 346 \r
 347         //Find centre coordinate\r
 348         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 349             if (((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 350                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 351 \r
 352                 bsize += bonds.size();\r
 353 \r
 354                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 355                     xtot = xtot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 356                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 357 \r
 358                     ytot = ytot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 359                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 360 \r
 361                     ztot = ztot + ((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 362                         ((Bond) bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 363                 }\r
 364             }\r
 365         }\r
 366 \r
 367         centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);\r
 368         centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);\r
 369         centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);\r
 370     }\r
 371 \r
 372     public void paintComponent(Graphics g)\r
 373     {\r
 374       super.paintComponent(g);\r
 375 \r
 376       if(!seqColoursReady)\r
 377       {\r
 378         g.setColor(Color.black);\r
 379         g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));\r
 380         g.drawString("Retrieving PDB data....", 20, getHeight()/2);\r
 381         return;\r
 382       }\r
 383 \r
 384 \r
 385         //Only create the image at the beginning -\r
 386         //this saves much memory usage\r
 387         if ((img == null)\r
 388             || (prefsize.width != getWidth())\r
 389             || (prefsize.height != getHeight()))\r
 390 \r
 391       {\r
 392             prefsize.width = getWidth();\r
 393             prefsize.height = getHeight();\r
 394 \r
 395             scale = findScale();\r
 396             img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);\r
 397             ig = img.getGraphics();\r
 398             Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;\r
 399 \r
 400             ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 401                                  RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 402 \r
 403             redrawneeded = true;\r
 404         }\r
 405 \r
 406 \r
 407         if (redrawneeded)\r
 408         {\r
 409           drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);\r
 410           redrawneeded = false;\r
 411         }\r
 412 \r
 413         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 414 \r
 415         pdbAction = false;\r
 416     }\r
 417 \r
 418     public void drawAll(Graphics g, int width, int height)\r
 419     {\r
 420       g.setColor(Color.black);\r
 421       g.fillRect(0, 0, width, height);\r
 422       drawScene(g);\r
 423       drawLabels(g);\r
 424     }\r
 425 \r
 426 \r
 427     public void updateSeqColours()\r
 428     {\r
 429       if(pdbAction)\r
 430       {\r
 431         return;\r
 432       }\r
 433 \r
 434      // System.out.println("update seq colours");\r
 435       if(bysequence && pdb!=null)\r
 436       {\r
 437         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 438         {\r
 439           colourBySequence( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii));\r
 440         }\r
 441       }\r
 442 \r
 443       redrawneeded=true;\r
 444       repaint();\r
 445     }\r
 446 \r
 447     int findTrueIndex(int pos)\r
 448     {\r
 449       // returns the alignment position for a residue\r
 450       int j = sequence.getStart();\r
 451       int i = 0;\r
 452 \r
 453       while ( (i < sequence.getLength()) && (j <= sequence.getEnd()) && (j <= pos+1))\r
 454       {\r
 455         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence.getCharAt(i)))\r
 456         {\r
 457           j++;\r
 458         }\r
 459 \r
 460         i++;\r
 461       }\r
 462 \r
 463       if(i>1)\r
 464          i--;\r
 465 \r
 466       if ( (j == sequence.getEnd()) && (j < pos))\r
 467       {\r
 468         return sequence.getEnd() + 1;\r
 469       }\r
 470       else\r
 471       {\r
 472         return i;\r
 473       }\r
 474     }\r
 475 \r
 476     // This method has been taken out of PDBChain to allow\r
 477     // Applet and Application specific sequence renderers to be used\r
 478     void colourBySequence(PDBChain chain)\r
 479     {\r
 480      // System.out.println("colour by seq");\r
 481      boolean showFeatures = false;\r
 482      if(seqcanvas.getViewport().getShowSequenceFeatures())\r
 483      {\r
 484        showFeatures = true;\r
 485        if (fr == null)\r
 486          fr = new jalview.gui.FeatureRenderer(seqcanvas.getViewport());\r
 487 \r
 488        fr.transferSettings( seqcanvas.getFeatureRenderer() );\r
 489      }\r
 490 \r
 491       for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)\r
 492       {\r
 493         Bond tmp = (Bond) chain.bonds.elementAt(i);\r
 494         tmp.startCol = Color.lightGray;\r
 495         tmp.endCol = Color.lightGray;\r
 496 \r
 497         if(chain!=mainchain)\r
 498           continue;\r
 499 \r
 500         if ( (tmp.at1.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 501             (tmp.at1.resNumber <= ( (chain.offset + chain.pdbend) - 1)))\r
 502         {\r
 503             int index = findTrueIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 504                 //sequence.findIndex(tmp.at1.alignmentMapping);\r
 505             if (index != -1)\r
 506             {\r
 507               tmp.startCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 508                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 509               if(tmp.startCol==null)\r
 510                 tmp.startCol = Color.white;\r
 511 \r
 512               if(showFeatures)\r
 513                 tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol, sequence, index);\r
 514             }\r
 515         }\r
 516 \r
 517         if ( (tmp.at2.resNumber >= ( (chain.offset + chain.pdbstart) - 1)) &&\r
 518             (tmp.at2.resNumber <= ( (chain.pdbend + chain.offset) - 1)))\r
 519         {\r
 520 \r
 521             int index =  findTrueIndex(tmp.at2.alignmentMapping);\r
 522                 //sequence.findIndex( tmp.at2.alignmentMapping );\r
 523             if (index != -1)\r
 524             {\r
 525               tmp.endCol = seqcanvas.getSequenceRenderer().\r
 526                   getResidueBoxColour( sequence, index);\r
 527               if(tmp.endCol==null)\r
 528                 tmp.endCol = Color.white;\r
 529               if(showFeatures)\r
 530                 tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol, sequence, index);\r
 531             }\r
 532         }\r
 533       }\r
 534     }\r
 535 \r
 536 \r
 537     Zsort zsort;\r
 538     public void drawScene(Graphics g)\r
 539     {\r
 540         if (zbuffer)\r
 541         {\r
 542           if(zsort==null)\r
 543             zsort = new Zsort();\r
 544 \r
 545           zsort.Zsort(visiblebonds);\r
 546         }\r
 547 \r
 548         Bond tmpBond=null;\r
 549         for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)\r
 550         {\r
 551             tmpBond = (Bond) visiblebonds.elementAt(i);\r
 552 \r
 553             xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 554                 (getWidth() / 2));\r
 555             ystart = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 556                 (getHeight() / 2));\r
 557 \r
 558             xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 559                 (getWidth() / 2));\r
 560             yend = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 561                 (getHeight() / 2));\r
 562 \r
 563             xmid = (xend + xstart) / 2;\r
 564             ymid = (yend + ystart) / 2;\r
 565 \r
 566             if (depthcue && !bymolecule)\r
 567             {\r
 568                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))\r
 569                 {\r
 570                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 571                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 572                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 573                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 574                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 575                     g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 576                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 577 \r
 578                     g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 579                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 580                 } else {\r
 581                     g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 582                     drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 583 \r
 584                     g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 585                     drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 586                 }\r
 587             } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 588                 if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6))) {\r
 589                     g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 590                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 591                 } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6))) {\r
 592                     g.setColor(Color.green.darker());\r
 593                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 594                 } else {\r
 595                     g.setColor(Color.green);\r
 596                     drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 597                 }\r
 598             } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 599                 g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 600                 drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 601                 g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 602                 drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 603             } else {\r
 604                 drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);\r
 605             }\r
 606 \r
 607             if(highlightBond1!=null && highlightBond1==tmpBond)\r
 608             {\r
 609               g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 610               drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);\r
 611             }\r
 612 \r
 613             if(highlightBond2!=null && highlightBond2==tmpBond)\r
 614             {\r
 615               g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter().brighter());\r
 616               drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);\r
 617             }\r
 618 \r
 619         }\r
 620 \r
 621 \r
 622     }\r
 623 \r
 624     public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 625         if (!wire) {\r
 626             if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5) {\r
 627                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 628                 g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);\r
 629                 g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);\r
 630             } else {\r
 631                 g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 632                 g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 633                 g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);\r
 634                 g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);\r
 635             }\r
 636         } else {\r
 637             g.drawLine(x1, y1, x2, y2);\r
 638         }\r
 639     }\r
 640 \r
 641     public Dimension minimumsize() {\r
 642         return prefsize;\r
 643     }\r
 644 \r
 645     public Dimension preferredsize() {\r
 646         return prefsize;\r
 647     }\r
 648 \r
 649     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 650     {\r
 651       if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 652       {\r
 653         scale = (float) (scale * 1.1);\r
 654         redrawneeded = true;\r
 655         repaint();\r
 656       }\r
 657       else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 658       {\r
 659         scale = (float) (scale * 0.9);\r
 660         redrawneeded = true;\r
 661         repaint();\r
 662       }\r
 663     }\r
 664 \r
 665     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 666     {\r
 667         pdbAction = true;\r
 668         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 669         if(fatom!=null)\r
 670         {\r
 671           fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 672 \r
 673           redrawneeded = true;\r
 674           repaint();\r
 675           if (foundchain != -1)\r
 676           {\r
 677             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 678             if (chain == mainchain)\r
 679             {\r
 680               if (fatom.alignmentMapping != -1)\r
 681               {\r
 682                 if (highlightRes == null)\r
 683                   highlightRes = new Vector();\r
 684 \r
 685                 if (highlightRes.contains(fatom.alignmentMapping+""))\r
 686                   highlightRes.remove(fatom.alignmentMapping + "");\r
 687                 else\r
 688                   highlightRes.add(fatom.alignmentMapping + "");\r
 689               }\r
 690             }\r
 691           }\r
 692 \r
 693         }\r
 694         mx = e.getX();\r
 695         my = e.getY();\r
 696         omx = mx;\r
 697         omy = my;\r
 698         dragging = false;\r
 699     }\r
 700 \r
 701     public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
 702     {\r
 703       pdbAction = true;\r
 704       if(highlightBond1!=null)\r
 705       {\r
 706         highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 707         highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 708         highlightBond1 = null;\r
 709         highlightBond2 = null;\r
 710       }\r
 711 \r
 712         Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());\r
 713 \r
 714         PDBChain chain = null;\r
 715         if(foundchain!=-1)\r
 716         {\r
 717           chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 718           if(chain == mainchain)\r
 719           {\r
 720             highlightSeqcanvas( fatom.alignmentMapping );\r
 721           }\r
 722         }\r
 723 \r
 724         if (fatom != null)\r
 725         {\r
 726             this.setToolTipText(chain.id+":"+ fatom.resNumber+" "+ fatom.resName);\r
 727         } else\r
 728         {\r
 729             highlightSeqcanvas( -1);\r
 730             this.setToolTipText(null);\r
 731         }\r
 732     }\r
 733 \r
 734 \r
 735     void highlightSeqcanvas(int pos)\r
 736     {\r
 737       SearchResults searchResults = new SearchResults();\r
 738       if(highlightRes!=null)\r
 739       {\r
 740         for (int i = 0; i < highlightRes.size(); i++)\r
 741         {\r
 742           int a = Integer.parseInt(highlightRes.elementAt(\r
 743               i).toString())+1;\r
 744 \r
 745           searchResults.addResult(sequence, a, a);\r
 746         }\r
 747       }\r
 748 \r
 749       if(pos!=-1)\r
 750       {\r
 751         searchResults.addResult(sequence, pos+1, pos+1);\r
 752       }\r
 753 \r
 754       seqcanvas.highlightSearchResults(searchResults);\r
 755     }\r
 756 \r
 757 \r
 758     public void mouseClicked(MouseEvent e)  { }\r
 759 \r
 760     public void mouseEntered(MouseEvent e) {  }\r
 761 \r
 762     public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
 763 \r
 764     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 765     {\r
 766         int x = evt.getX();\r
 767         int y = evt.getY();\r
 768         mx = x;\r
 769         my = y;\r
 770 \r
 771 \r
 772         MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);\r
 773         objmat.setIdentity();\r
 774 \r
 775         if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0) {\r
 776             objmat.rotatez((float) ((mx - omx)));\r
 777         } else {\r
 778             objmat.rotatex((float) ((my - omy)));\r
 779             objmat.rotatey((float) ((omx - mx)));\r
 780         }\r
 781 \r
 782         //Alter the bonds\r
 783         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 784             Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 785 \r
 786             for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 787                 Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 788 \r
 789                 //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 790                 tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);\r
 791 \r
 792                 //Now apply the rotation matrix\r
 793                 tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 794                 tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 795 \r
 796                 //Now translate back again\r
 797                 tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);\r
 798             }\r
 799         }\r
 800 \r
 801         objmat = null;\r
 802 \r
 803         omx = mx;\r
 804         omy = my;\r
 805 \r
 806         dragging = true;\r
 807 \r
 808         redrawneeded = true;\r
 809 \r
 810         repaint();\r
 811     }\r
 812 \r
 813     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 814     {\r
 815         dragging = false;\r
 816         return;\r
 817     }\r
 818 \r
 819     void drawLabels(Graphics g) {\r
 820 \r
 821         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 822         {\r
 823             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 824 \r
 825             if (chain.isVisible)\r
 826             {\r
 827               Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 828 \r
 829               for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 830               {\r
 831                   Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 832 \r
 833                   if (tmpBond.at1.isSelected)\r
 834                   {\r
 835                       labelAtom(g, tmpBond, 1);\r
 836                   }\r
 837 \r
 838                   if (tmpBond.at2.isSelected)\r
 839                   {\r
 840 \r
 841                       labelAtom(g, tmpBond, 2);\r
 842                   }\r
 843                 }\r
 844             }\r
 845         }\r
 846     }\r
 847 \r
 848     public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n) {\r
 849         g.setFont(font);\r
 850         g.setColor(Color.red);\r
 851         if (n == 1)\r
 852         {\r
 853             int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 854                 (getWidth() / 2));\r
 855             int ystart = (int) (((b.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 856                 (getHeight() / 2));\r
 857 \r
 858             g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);\r
 859         }\r
 860 \r
 861         if (n == 2) {\r
 862             int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 863                 (getWidth() / 2));\r
 864             int ystart = (int) (((b.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 865                 (getHeight() / 2));\r
 866 \r
 867             g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);\r
 868         }\r
 869     }\r
 870 \r
 871     int foundchain = -1;\r
 872     public Atom findAtom(int x, int y) {\r
 873         Atom fatom = null;\r
 874 \r
 875         foundchain = -1;\r
 876 \r
 877         for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 878         {\r
 879             PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 880             int truex;\r
 881             Bond tmpBond=null;\r
 882 \r
 883             if (chain.isVisible)\r
 884             {\r
 885                 Vector bonds = ((PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 886 \r
 887                 for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 888                 {\r
 889                     tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 890 \r
 891                     truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) +\r
 892                         (getWidth() / 2));\r
 893 \r
 894                     if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 895                     {\r
 896                         int truey = (int) (((tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale) +\r
 897                             (getHeight() / 2));\r
 898 \r
 899                         if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 900                         {\r
 901                             fatom = tmpBond.at1;\r
 902                             foundchain = ii;\r
 903                             break;\r
 904                         }\r
 905                     }\r
 906                 }\r
 907 \r
 908                 // Still here? Maybe its the last bond\r
 909 \r
 910                 truex = (int) ( ( (tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) +\r
 911                                (getWidth() / 2));\r
 912 \r
 913                 if (Math.abs(truex - x) <= 2)\r
 914                 {\r
 915                   int truey = (int) ( ( (tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) +\r
 916                                      (getHeight() / 2));\r
 917 \r
 918                   if (Math.abs(truey - y) <= 2)\r
 919                   {\r
 920                     fatom = tmpBond.at2;\r
 921                     foundchain = ii;\r
 922                     break;\r
 923                   }\r
 924                 }\r
 925 \r
 926             }\r
 927 \r
 928             if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 929              {\r
 930                 chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 931             }\r
 932         }\r
 933 \r
 934         return fatom;\r
 935     }\r
 936 \r
 937    Bond highlightBond1, highlightBond2;\r
 938    public void highlightRes(int ii)\r
 939   {\r
 940     if( !seqColoursReady )\r
 941       return;\r
 942 \r
 943     if (highlightRes != null\r
 944         && highlightRes.contains((ii-1) + ""))\r
 945     {\r
 946       return;\r
 947     }\r
 948 \r
 949     int index = -1;\r
 950     Bond tmpBond;\r
 951     for(index=0; index<mainchain.bonds.size(); index++)\r
 952     {\r
 953       tmpBond = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 954       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)\r
 955       {\r
 956         if (highlightBond1 != null)\r
 957           highlightBond1.at2.isSelected = false;\r
 958 \r
 959         if (highlightBond2 != null)\r
 960           highlightBond2.at1.isSelected = false;\r
 961 \r
 962         highlightBond1 = null;\r
 963         highlightBond2 = null;\r
 964 \r
 965         if (index > 0)\r
 966         {\r
 967           highlightBond1 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index - 1);\r
 968           highlightBond1.at2.isSelected = true;\r
 969         }\r
 970 \r
 971         if (index != mainchain.bonds.size())\r
 972         {\r
 973           highlightBond2 = (Bond) mainchain.bonds.elementAt(index);\r
 974           highlightBond2.at1.isSelected = true;\r
 975         }\r
 976 \r
 977         break;\r
 978       }\r
 979     }\r
 980 \r
 981     redrawneeded = true;\r
 982     repaint();\r
 983   }\r
 984 \r
 985     public void setAllchainsVisible(boolean b)\r
 986     {\r
 987       for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 988       {\r
 989         PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 990         chain.isVisible = b;\r
 991       }\r
 992       mainchain.isVisible = true;\r
 993       findCentre();\r
 994       setupBonds();\r
 995     }\r
 996 }\r