PDBChain.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  29 \r
  30 \r
  31 public class PDBChain {\r
  32     public String id;\r
  33     public Vector bonds = new Vector();\r
  34     public Vector atoms = new Vector();\r
  35     public Vector residues = new Vector();\r
  36     public int offset;\r
  37     public Sequence sequence;\r
  38     public boolean isVisible = true;\r
  39     public int pdbstart = 0;\r
  40     public int pdbend = 0;\r
  41     public int seqstart = 0;\r
  42     public int seqend = 0;\r
  43 \r
  44     public PDBChain(String id) {\r
  45         this.id = id;\r
  46     }\r
  47 \r
  48     public String print() {\r
  49         String tmp = "";\r
  50 \r
  51         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
  52             tmp = tmp + ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resName + " " +\r
  53                 ((Bond) bonds.elementAt(i)).at1.resNumber + " " + offset +\r
  54                 "\n";\r
  55         }\r
  56 \r
  57         return tmp;\r
  58     }\r
  59 \r
  60     void makeExactMapping(AlignSeq as, Sequence s1)\r
  61     {\r
  62         int pdbpos =   as.getSeq2Start()-2;\r
  63         int alignpos = s1.getStart() + as.getSeq1Start()-3;\r
  64 \r
  65         for(int i=0; i<as.astr1.length(); i++)\r
  66         {\r
  67             if (as.astr1.charAt(i) != '-')\r
  68             {\r
  69               alignpos++;\r
  70             }\r
  71 \r
  72             if (as.astr2.charAt(i) != '-')\r
  73             {\r
  74               pdbpos++;\r
  75             }\r
  76 \r
  77             if (as.astr1.charAt(i) == as.astr2.charAt(i))\r
  78             {\r
  79                 Residue res = (Residue) residues.elementAt(pdbpos);\r
  80                 Enumeration en = res.atoms.elements();\r
  81                 while (en.hasMoreElements())\r
  82                 {\r
  83                   Atom atom = (Atom) en.nextElement();\r
  84                   atom.alignmentMapping = alignpos;\r
  85                 }\r
  86             }\r
  87         }\r
  88 \r
  89     }\r
  90 \r
  91 \r
  92     public void makeCaBondList()\r
  93     {\r
  94         for (int i = 0; i < (residues.size() - 1); i++)\r
  95         {\r
  96             Residue tmpres = (Residue) residues.elementAt(i);\r
  97             Residue tmpres2 = (Residue) residues.elementAt(i + 1);\r
  98             Atom at1 = tmpres.findAtom("CA");\r
  99             Atom at2 = tmpres2.findAtom("CA");\r
 100 \r
 101             if ((at1 != null) && (at2 != null))\r
 102             {\r
 103                 if (at1.chain.equals(at2.chain))\r
 104                 {\r
 105                     makeBond(at1, at2);\r
 106                 }\r
 107             }\r
 108             else\r
 109               System.out.println("not found "+i);\r
 110         }\r
 111     }\r
 112 \r
 113     public void makeBond(Atom at1, Atom at2) {\r
 114         float[] start = new float[3];\r
 115         float[] end = new float[3];\r
 116 \r
 117         start[0] = at1.x;\r
 118         start[1] = at1.y;\r
 119         start[2] = at1.z;\r
 120 \r
 121         end[0] = at2.x;\r
 122         end[1] = at2.y;\r
 123         end[2] = at2.z;\r
 124 \r
 125         bonds.addElement(new Bond(start, end, at1, at2));\r
 126     }\r
 127 \r
 128     public void makeResidueList() {\r
 129         int count = 0;\r
 130         StringBuffer seq = new StringBuffer();\r
 131 \r
 132         int i, iSize = atoms.size()-1;\r
 133         for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 134         {\r
 135             Atom tmp = (Atom) atoms.elementAt(i);\r
 136             int resNumber = tmp.resNumber;\r
 137             int res = resNumber;\r
 138 \r
 139             if (i == 0) {\r
 140                 offset = resNumber;\r
 141             }\r
 142 \r
 143             Vector resAtoms = new Vector();\r
 144 \r
 145             resAtoms.addElement((Atom) atoms.elementAt(i));\r
 146             i++;\r
 147             resNumber = ((Atom) atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
 148 \r
 149             //Add atoms to a vector while the residue number\r
 150             //remains the same\r
 151             while ((resNumber == res) && (i < atoms.size())) {\r
 152                 resAtoms.addElement((Atom) atoms.elementAt(i));\r
 153                 i++;\r
 154 \r
 155                 if (i < atoms.size()) {\r
 156                     resNumber = ((Atom) atoms.elementAt(i)).resNumber;\r
 157                 } else {\r
 158                     resNumber++;\r
 159                 }\r
 160             }\r
 161 \r
 162             //We need this to keep in step with the outer for i = loop\r
 163             i--;\r
 164 \r
 165             //Make a new Residue object with the new atoms vector\r
 166             residues.addElement(new Residue(resAtoms, resNumber - 1, count));\r
 167             count++;\r
 168 \r
 169             Residue tmpres = (Residue) residues.lastElement();\r
 170             Atom tmpat = (Atom) tmpres.atoms.elementAt(0);\r
 171 \r
 172             // Keep totting up the sequence\r
 173             if (ResidueProperties.getAA3Hash().get(tmpat.resName) == null)\r
 174             {\r
 175                 seq.append("X") ;\r
 176                //  System.err.println("PDBReader:Null aa3Hash for " +\r
 177                //     tmpat.resName);\r
 178             } else {\r
 179 \r
 180                 seq.append(ResidueProperties.aa[((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash()\r
 181                                                                                   .get(tmpat.resName)).intValue()]);\r
 182             }\r
 183         }\r
 184 \r
 185         if(id.length()<1 || id.equals(" "))\r
 186            id = "_";\r
 187 \r
 188         sequence = new Sequence(id, seq.toString(), 1, seq.length());\r
 189       //  System.out.println("PDB Sequence is :\nSequence = " + seq);\r
 190      //   System.out.println("No of residues = " + residues.size());\r
 191     }\r
 192 \r
 193     public void setChargeColours() {\r
 194         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 195             try {\r
 196                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 197 \r
 198                 if (b.at1.resName.equalsIgnoreCase("ASP") ||\r
 199                         b.at1.resName.equalsIgnoreCase("GLU")) {\r
 200                     b.startCol = Color.red;\r
 201                 } else if (b.at1.resName.equalsIgnoreCase("LYS") ||\r
 202                         b.at1.resName.equalsIgnoreCase("ARG")) {\r
 203                     b.startCol = Color.blue;\r
 204                 } else if (b.at1.resName.equalsIgnoreCase("CYS")) {\r
 205                     b.startCol = Color.yellow;\r
 206                 } else {\r
 207                     //int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at1.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 208                     b.startCol = Color.lightGray;\r
 209                 }\r
 210 \r
 211                 if (b.at2.resName.equalsIgnoreCase("ASP") ||\r
 212                         b.at2.resName.equalsIgnoreCase("GLU")) {\r
 213                     b.endCol = Color.red;\r
 214                 } else if (b.at2.resName.equalsIgnoreCase("LYS") ||\r
 215                         b.at2.resName.equalsIgnoreCase("ARG")) {\r
 216                     b.endCol = Color.blue;\r
 217                 } else if (b.at2.resName.equalsIgnoreCase("CYS")) {\r
 218                     b.endCol = Color.yellow;\r
 219                 } else {\r
 220                     //int atno = ((Integer) ResidueProperties.getAA3Hash().get(b.at2.resName.toUpperCase())).intValue();\r
 221                     b.endCol = Color.lightGray;\r
 222                 }\r
 223             } catch (Exception e) {\r
 224                 Bond b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 225                 b.startCol = Color.gray;\r
 226                 b.endCol = Color.gray;\r
 227             }\r
 228         }\r
 229     }\r
 230 \r
 231 \r
 232     public void setChainColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs)\r
 233     {\r
 234         Bond b;\r
 235         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 236             try {\r
 237               b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 238 \r
 239               ( (Bond) bonds.elementAt(i)).startCol = cs.findColour(\r
 240                   ResidueProperties.aa[ ( (Integer) ResidueProperties.aa3Hash.\r
 241                                          get(b.at1.resName)).intValue()]\r
 242                   );\r
 243 \r
 244               b.endCol = cs.findColour(\r
 245                   ResidueProperties.aa[ ( (Integer) ResidueProperties.aa3Hash.\r
 246                                          get(b.at2.resName)).intValue()]\r
 247                   );\r
 248 \r
 249             } catch (Exception e)\r
 250             {\r
 251                 b = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 252                 b.startCol = Color.gray;\r
 253                 b.endCol = Color.gray;\r
 254             }\r
 255         }\r
 256     }\r
 257 \r
 258 \r
 259 \r
 260     public void setChainColours(Color col)\r
 261     {\r
 262         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 263         {\r
 264             Bond tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 265             tmp.startCol = col;\r
 266             tmp.endCol = col;\r
 267         }\r
 268     }\r
 269 }\r