PDBfile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.net.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 import java.awt.Color;\r
  27 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  28 \r
  29 \r
  30 public class PDBfile extends jalview.io.FileParse {\r
  31     public Vector chains = new Vector();\r
  32     Vector lineArray = new Vector();\r
  33     public String id;\r
  34 \r
  35     public PDBfile(String[] lines) {\r
  36         for (int i = 0; i < lines.length; i++)\r
  37             lineArray.addElement(lines[i]);\r
  38 \r
  39         parse();\r
  40     }\r
  41 \r
  42     public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException {\r
  43         super(inFile, inType);\r
  44 \r
  45         String line;\r
  46         this.lineArray = new Vector();\r
  47 \r
  48         BufferedReader dataIn;\r
  49 \r
  50 \r
  51         if (inType.equals(AppletFormatAdapter.FILE)) {\r
  52             dataIn = new BufferedReader(new FileReader(inFile));\r
  53         }\r
  54         else if(inType.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))\r
  55         {\r
  56             dataIn = new BufferedReader(new StringReader(inFile));\r
  57         }\r
  58         else if (inType.equalsIgnoreCase(AppletFormatAdapter.CLASSLOADER))\r
  59         {\r
  60           java.io.InputStream is = getClass().getResourceAsStream("/" +\r
  61               inFile);\r
  62 \r
  63           dataIn = new BufferedReader(new java.io.InputStreamReader(is));\r
  64         }\r
  65         else\r
  66         {\r
  67             URL url = new URL(inFile);\r
  68             dataIn = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
  69         }\r
  70 \r
  71         while ((line = dataIn.readLine()) != null) {\r
  72             lineArray.addElement(line);\r
  73         }\r
  74 \r
  75 \r
  76         parse();\r
  77         lineArray = null;\r
  78     }\r
  79 \r
  80     public void parse()\r
  81     {\r
  82         PDBChain tmpchain;\r
  83         String line;\r
  84         boolean modelFlag = false;\r
  85         boolean terFlag = false;\r
  86 \r
  87 \r
  88         for (int i = 0; i < lineArray.size(); i++)\r
  89         {\r
  90 \r
  91            line = lineArray.elementAt(i).toString();\r
  92 \r
  93 \r
  94            if (line.indexOf("HEADER") == 0)\r
  95            {\r
  96              id = line.substring(62, 67).trim();\r
  97              continue;\r
  98            }\r
  99 \r
 100            if(line.indexOf("MODEL")==0)\r
 101              modelFlag = true;\r
 102 \r
 103            if(line.indexOf("TER")==0)\r
 104              terFlag = true;\r
 105 \r
 106            if(modelFlag && line.indexOf("ENDMDL")==0)\r
 107              break;\r
 108 \r
 109            if (    line.indexOf("ATOM")==0\r
 110                || (line.indexOf("HETATM")==0 && !terFlag)\r
 111              )\r
 112             {\r
 113               terFlag = false;\r
 114 \r
 115 \r
 116               //Jalview is only interested in CA bonds????\r
 117               if (!line.substring(12, 15).trim().equals("CA"))\r
 118               {\r
 119                 continue;\r
 120               }\r
 121 \r
 122               Atom tmpatom = new Atom(line);\r
 123 \r
 124               tmpchain = findChain(tmpatom.chain);\r
 125               if (tmpchain != null)\r
 126               {\r
 127                 tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
 128               }\r
 129               else\r
 130               {\r
 131                 tmpchain = new PDBChain(tmpatom.chain);\r
 132                 chains.addElement(tmpchain);\r
 133                 tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
 134               }\r
 135 \r
 136           }\r
 137         }\r
 138 \r
 139        makeResidueList();\r
 140        makeCaBondList();\r
 141     }\r
 142 \r
 143     public void makeResidueList() {\r
 144         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 145             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();\r
 146         }\r
 147     }\r
 148 \r
 149     public void makeCaBondList() {\r
 150         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 151             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();\r
 152         }\r
 153     }\r
 154 \r
 155     public PDBChain findChain(String id) {\r
 156         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 157             if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id)) {\r
 158                 return (PDBChain) chains.elementAt(i);\r
 159             }\r
 160         }\r
 161 \r
 162         return null;\r
 163     }\r
 164 \r
 165     public void setChargeColours() {\r
 166         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 167             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();\r
 168         }\r
 169     }\r
 170 \r
 171     public void setColours(jalview.schemes.ColourSchemeI cs) {\r
 172         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 173             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(cs);\r
 174         }\r
 175     }\r
 176 \r
 177     public void setChainColours()\r
 178     {\r
 179        for (int i = 0; i < chains.size(); i++)\r
 180        {\r
 181             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours(\r
 182                      Color.getHSBColor(1.0f / (float)i, .4f, 1.0f)\r
 183                 );\r
 184         }\r
 185     }\r
 186 }\r