PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.Sequence;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.Button;
  31 import java.awt.Panel;
  32 import java.awt.ScrollPane;
  33 import java.awt.TextArea;
  34 import java.awt.event.ActionEvent;
  35 import java.awt.event.ActionListener;
  36 import java.util.Vector;
  37
  38 public class PairwiseAlignPanel extends Panel implements ActionListener
  39 {
  40   Vector sequences = new Vector();
  41
  42   AlignmentPanel ap;
  43
  44   public PairwiseAlignPanel(AlignmentPanel ap)
  45   {
  46     try
  47     {
  48       jbInit();
  49     } catch (Exception e)
  50     {
  51       e.printStackTrace();
  52     }
  53     this.ap = ap;
  54     sequences = new Vector();
  55
  56     SequenceI[] seqs;
  57     String[] seqStrings = ap.av.getViewAsString(true);
  58
  59     if (ap.av.getSelectionGroup() == null)
  60     {
  61       seqs = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
  62     }
  63     else
  64     {
  65       seqs = ap.av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(
  66               ap.av.getAlignment());
  67     }
  68
  69     float scores[][] = new float[seqs.length][seqs.length];
  70     double totscore = 0;
  71     int count = ap.av.getSelectionGroup().getSize();
  72     String type = (ap.av.getAlignment().isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA
  73             : AlignSeq.PEP;
  74     Sequence seq;
  75
  76     for (int i = 1; i < count; i++)
  77     {
  78       for (int j = 0; j < i; j++)
  79       {
  80
  81         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],
  82                 seqStrings[j], type);
  83
  84         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  85         {
  86           continue;
  87         }
  88
  89         as.calcScoreMatrix();
  90         as.traceAlignment();
  91
  92         as.printAlignment(System.out);
  93         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore()
  94                 / (float) as.getASeq1().length;
  95         totscore = totscore + scores[i][j];
  96
  97         textarea.append(as.getOutput());
  98         sequences.add(as.getAlignedSeq1());
  99         sequences.add(as.getAlignedSeq1());
 100       }
 101     }
 102
 103     if (count > 2)
 104     {
 105       System.out
 106               .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 107
 108       for (int i = 0; i < count; i++)
 109       {
 110         jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n", ("" + i) + " "
 111                 + seqs[i].getName());
 112       }
 113
 114       System.out.println("\n");
 115
 116       for (int i = 0; i < count; i++)
 117       {
 118         for (int j = 0; j < i; j++)
 119         {
 120           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f", scores[i][j]
 121                   / totscore);
 122         }
 123       }
 124
 125       System.out.println("\n");
 126     }
 127   }
 128
 129   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 130   {
 131     if (evt.getSource() == viewInEditorButton)
 132     {
 133       viewInEditorButton_actionPerformed();
 134     }
 135   }
 136
 137   protected void viewInEditorButton_actionPerformed()
 138   {
 139
 140     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 141
 142     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 143     {
 144       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 145     }
 146
 147     new AlignFrame(new Alignment(seq), ap.av.applet,
 148             "Pairwise Aligned Sequences", false);
 149
 150   }
 151
 152   protected ScrollPane scrollPane = new ScrollPane();
 153
 154   protected TextArea textarea = new TextArea();
 155
 156   protected Button viewInEditorButton = new Button();
 157
 158   Panel jPanel1 = new Panel();
 159
 160   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 161
 162   private void jbInit() throws Exception
 163   {
 164     this.setLayout(borderLayout1);
 165     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", 0, 12));
 166     textarea.setText("");
 167     viewInEditorButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 168     viewInEditorButton.setLabel(MessageManager
 169             .getString("label.view_alignment_editor"));
 170     viewInEditorButton.addActionListener(this);
 171     this.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 172     scrollPane.add(textarea);
 173     this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);
 174     jPanel1.add(viewInEditorButton, null);
 175   }
 176
 177 }