Pdbentry.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class Pdbentry.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class Pdbentry implements java.io.Serializable {
  23
  24
  25       //--------------------------/
  26      //- Class/Member Variables -/
  27     //--------------------------/
  28
  29     /**
  30      * Field _id.
  31      */
  32     private java.lang.String _id;
  33
  34     /**
  35      * Field _type.
  36      */
  37     private java.lang.String _type;
  38
  39     /**
  40      * Field _file.
  41      */
  42     private java.lang.String _file;
  43
  44     /**
  45      * Field _items.
  46      */
  47     private java.util.Vector _items;
  48
  49
  50       //----------------/
  51      //- Constructors -/
  52     //----------------/
  53
  54     public Pdbentry() {
  55         super();
  56         this._items = new java.util.Vector();
  57     }
  58
  59
  60       //-----------/
  61      //- Methods -/
  62     //-----------/
  63
  64     /**
  65      *
  66      *
  67      * @param vPdbentryItem
  68      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
  69      * given is outside the bounds of the collection
  70      */
  71     public void addPdbentryItem(
  72             final jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem vPdbentryItem)
  73     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
  74         this._items.addElement(vPdbentryItem);
  75     }
  76
  77     /**
  78      *
  79      *
  80      * @param index
  81      * @param vPdbentryItem
  82      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
  83      * given is outside the bounds of the collection
  84      */
  85     public void addPdbentryItem(
  86             final int index,
  87             final jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem vPdbentryItem)
  88     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
  89         this._items.add(index, vPdbentryItem);
  90     }
  91
  92     /**
  93      * Method enumeratePdbentryItem.
  94      *
  95      * @return an Enumeration over all
  96      * jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem elements
  97      */
  98     public java.util.Enumeration enumeratePdbentryItem(
  99     ) {
 100         return this._items.elements();
 101     }
 102
 103     /**
 104      * Returns the value of field 'file'.
 105      *
 106      * @return the value of field 'File'.
 107      */
 108     public java.lang.String getFile(
 109     ) {
 110         return this._file;
 111     }
 112
 113     /**
 114      * Returns the value of field 'id'.
 115      *
 116      * @return the value of field 'Id'.
 117      */
 118     public java.lang.String getId(
 119     ) {
 120         return this._id;
 121     }
 122
 123     /**
 124      * Method getPdbentryItem.
 125      *
 126      * @param index
 127      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 128      * given is outside the bounds of the collection
 129      * @return the value of the
 130      * jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem at the given inde
 131      */
 132     public jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem getPdbentryItem(
 133             final int index)
 134     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 135         // check bounds for index
 136         if (index < 0 || index >= this._items.size()) {
 137             throw new IndexOutOfBoundsException("getPdbentryItem: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._items.size() - 1) + "]");
 138         }
 139
 140         return (jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem) _items.get(index);
 141     }
 142
 143     /**
 144      * Method getPdbentryItem.Returns the contents of the
 145      * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the
 146      * collection contents are changing in another thread, we pass
 147      * a 0-length Array of the correct type into the API call.
 148      * This way we <i>know</i> that the Array returned is of
 149      * exactly the correct length.
 150      *
 151      * @return this collection as an Array
 152      */
 153     public jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem[] getPdbentryItem(
 154     ) {
 155         jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem[] array = new jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem[0];
 156         return (jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem[]) this._items.toArray(array);
 157     }
 158
 159     /**
 160      * Method getPdbentryItemCount.
 161      *
 162      * @return the size of this collection
 163      */
 164     public int getPdbentryItemCount(
 165     ) {
 166         return this._items.size();
 167     }
 168
 169     /**
 170      * Returns the value of field 'type'.
 171      *
 172      * @return the value of field 'Type'.
 173      */
 174     public java.lang.String getType(
 175     ) {
 176         return this._type;
 177     }
 178
 179     /**
 180      * Method isValid.
 181      *
 182      * @return true if this object is valid according to the schema
 183      */
 184     public boolean isValid(
 185     ) {
 186         try {
 187             validate();
 188         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 189             return false;
 190         }
 191         return true;
 192     }
 193
 194     /**
 195      *
 196      *
 197      * @param out
 198      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 199      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 200      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 201      * object is an invalid instance according to the schema
 202      */
 203     public void marshal(
 204             final java.io.Writer out)
 205     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 206         Marshaller.marshal(this, out);
 207     }
 208
 209     /**
 210      *
 211      *
 212      * @param handler
 213      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 214      * marshaling
 215      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 216      * object is an invalid instance according to the schema
 217      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 218      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 219      */
 220     public void marshal(
 221             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 222     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 223         Marshaller.marshal(this, handler);
 224     }
 225
 226     /**
 227      */
 228     public void removeAllPdbentryItem(
 229     ) {
 230         this._items.clear();
 231     }
 232
 233     /**
 234      * Method removePdbentryItem.
 235      *
 236      * @param vPdbentryItem
 237      * @return true if the object was removed from the collection.
 238      */
 239     public boolean removePdbentryItem(
 240             final jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem vPdbentryItem) {
 241         boolean removed = _items.remove(vPdbentryItem);
 242         return removed;
 243     }
 244
 245     /**
 246      * Method removePdbentryItemAt.
 247      *
 248      * @param index
 249      * @return the element removed from the collection
 250      */
 251     public jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem removePdbentryItemAt(
 252             final int index) {
 253         java.lang.Object obj = this._items.remove(index);
 254         return (jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem) obj;
 255     }
 256
 257     /**
 258      * Sets the value of field 'file'.
 259      *
 260      * @param file the value of field 'file'.
 261      */
 262     public void setFile(
 263             final java.lang.String file) {
 264         this._file = file;
 265     }
 266
 267     /**
 268      * Sets the value of field 'id'.
 269      *
 270      * @param id the value of field 'id'.
 271      */
 272     public void setId(
 273             final java.lang.String id) {
 274         this._id = id;
 275     }
 276
 277     /**
 278      *
 279      *
 280      * @param index
 281      * @param vPdbentryItem
 282      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 283      * given is outside the bounds of the collection
 284      */
 285     public void setPdbentryItem(
 286             final int index,
 287             final jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem vPdbentryItem)
 288     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 289         // check bounds for index
 290         if (index < 0 || index >= this._items.size()) {
 291             throw new IndexOutOfBoundsException("setPdbentryItem: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._items.size() - 1) + "]");
 292         }
 293
 294         this._items.set(index, vPdbentryItem);
 295     }
 296
 297     /**
 298      *
 299      *
 300      * @param vPdbentryItemArray
 301      */
 302     public void setPdbentryItem(
 303             final jalview.schemabinding.version2.PdbentryItem[] vPdbentryItemArray) {
 304         //-- copy array
 305         _items.clear();
 306
 307         for (int i = 0; i < vPdbentryItemArray.length; i++) {
 308                 this._items.add(vPdbentryItemArray[i]);
 309         }
 310     }
 311
 312     /**
 313      * Sets the value of field 'type'.
 314      *
 315      * @param type the value of field 'type'.
 316      */
 317     public void setType(
 318             final java.lang.String type) {
 319         this._type = type;
 320     }
 321
 322     /**
 323      * Method unmarshal.
 324      *
 325      * @param reader
 326      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 327      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 328      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 329      * object is an invalid instance according to the schema
 330      * @return the unmarshaled
 331      * jalview.schemabinding.version2.Pdbentry
 332      */
 333     public static jalview.schemabinding.version2.Pdbentry unmarshal(
 334             final java.io.Reader reader)
 335     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 336         return (jalview.schemabinding.version2.Pdbentry) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Pdbentry.class, reader);
 337     }
 338
 339     /**
 340      *
 341      *
 342      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 343      * object is an invalid instance according to the schema
 344      */
 345     public void validate(
 346     )
 347     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 348         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 349         validator.validate(this);
 350     }
 351
 352 }