README

   1 Jalview Readme\r
   2 --------------\r
   3 \r
   4 \r
   5 The source is available as a tar file and comes complete with the GNU General Public License. \r
   6 \r
   7 To build the application you will need a J2SDK 1.4+. \r
   8 \r
   9 An Ant build file (build.xml) is provided, you will need to install Apache Ant first. Run ant to build the application, use the target "makeApplet" to make the Applet.\r
  10 \r
  11 You can also use Borland JBuilder to build Jalview. A JBuilder project file (JalviewX.jpx, JalviewApplet.jpx) for both application and applet is provided.\r
  12 \r
  13 For more help, read the file doc/building.html\r
  14 \r
  15 \r
  16 ##################\r
  17 \r
  18 To run application:\r
  19 \r
  20 java -Djava.ext.dirs=JALVIEW_HOME/lib -cp JALVIEW_HOME/jalview.jar jalview.bin.Jalview\r
  21 \r
  22 Replace JALVIEW_HOME with the full path to Jalview Installation Directory.
  23 \r
  24 ##################\r
  25 \r
  26 \r
  27 If you use a proxy server add \r
  28 \r
  29 -Dhttp.proxyServer=YOUR.SERVER -Dhttp.proxyPort=YOURPORT\r
  30 \r
  31 If the proxy server requires authentication, add\r
  32 \r
  33 -Dhttp.proxyUser=USERNAME -Dhttp.proxyPassword=PASSWORD\r