Rna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 /* Author: Lauren Michelle Lui
  22  * Methods are based on RALEE methods http://personalpages.manchester.ac.uk/staff/sam.griffiths-jones/software/ralee/
  23  * Additional Author: Jan Engelhart (2011) - Structure consensus and bug fixing
  24  * Additional Author: Anne Menard (2012) - Pseudoknot support and secondary structure consensus
  25  * */
  26
  27 package jalview.analysis;
  28
  29 import jalview.analysis.SecStrConsensus.SimpleBP;
  30 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.Arrays;
  35 import java.util.HashSet;
  36 import java.util.Hashtable;
  37 import java.util.Stack;
  38 import java.util.Vector;
  39
  40 public class Rna
  41 {
  42
  43   static Hashtable<Integer, Integer> pairHash = new Hashtable();
  44
  45   private static final Character[] openingPars =
  46   { '(', '[', '{', '<', 'A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'J',
  47       'K', 'L', 'M', 'N', 'O', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'U', 'V', 'W', 'X',
  48       'Y', 'Z' };
  49
  50   private static final Character[] closingPars =
  51   { ')', ']', '}', '>', 'a', 'b', 'c', 'd', 'e', 'f', 'g', 'h', 'i', 'j',
  52       'k', 'l', 'm', 'n', 'o', 'p', 'q', 'r', 's', 't', 'u', 'v', 'w', 'x',
  53       'y', 'z' };
  54
  55   private static HashSet<Character> openingParsSet = new HashSet<Character>(
  56           Arrays.asList(openingPars));
  57
  58   private static HashSet<Character> closingParsSet = new HashSet<Character>(
  59           Arrays.asList(closingPars));
  60
  61   private static Hashtable<Character, Character> closingToOpening = new Hashtable<Character, Character>()
  62   // Initializing final data structure
  63   {
  64     private static final long serialVersionUID = 1L;
  65     {
  66       for (int i = 0; i < openingPars.length; i++)
  67       {
  68         // System.out.println(closingPars[i] + "->" + openingPars[i]);
  69         put(closingPars[i], openingPars[i]);
  70       }
  71     }
  72   };
  73
  74   private static boolean isOpeningParenthesis(char c)
  75   {
  76     return openingParsSet.contains(c);
  77   }
  78
  79   private static boolean isClosingParenthesis(char c)
  80   {
  81     return closingParsSet.contains(c);
  82   }
  83
  84   private static char matchingOpeningParenthesis(char closingParenthesis)
  85           throws WUSSParseException
  86   {
  87     if (!isClosingParenthesis(closingParenthesis))
  88     {
  89       throw new WUSSParseException(MessageManager.formatMessage("exception.querying_matching_opening_parenthesis_for_non_closing_parenthesis", new String[]{new StringBuffer(closingParenthesis).toString()}), -1);
  90     }
  91
  92     return closingToOpening.get(closingParenthesis);
  93   }
  94
  95   /**
  96    * Based off of RALEE code ralee-get-base-pairs. Keeps track of open bracket
  97    * positions in "stack" vector. When a close bracket is reached, pair this
  98    * with the last element in the "stack" vector and store in "pairs" vector.
  99    * Remove last element in the "stack" vector. Continue in this manner until
 100    * the whole string is processed.
 101    *
 102    * @param line
 103    *          Secondary structure line of an RNA Stockholm file
 104    * @return Array of SequenceFeature; type = RNA helix, begin is open base
 105    *         pair, end is close base pair
 106    */
 107   public static Vector<SimpleBP> GetSimpleBPs(CharSequence line)
 108           throws WUSSParseException
 109   {
 110     Hashtable<Character, Stack<Integer>> stacks = new Hashtable<Character, Stack<Integer>>();
 111     Vector<SimpleBP> pairs = new Vector<SimpleBP>();
 112     int i = 0;
 113     while (i < line.length())
 114     {
 115       char base = line.charAt(i);
 116
 117       if (isOpeningParenthesis(base))
 118       {
 119         if (!stacks.containsKey(base))
 120         {
 121           stacks.put(base, new Stack<Integer>());
 122         }
 123         stacks.get(base).push(i);
 124
 125       }
 126       else if (isClosingParenthesis(base))
 127       {
 128
 129         char opening = matchingOpeningParenthesis(base);
 130
 131         if (!stacks.containsKey(opening))
 132         {
 133           throw new WUSSParseException(MessageManager.formatMessage("exception.mismatched_unseen_closing_char", new String[]{new StringBuffer(base).toString()}), i);
 134         }
 135
 136         Stack<Integer> stack = stacks.get(opening);
 137         if (stack.isEmpty())
 138         {
 139           // error whilst parsing i'th position. pass back
 140           throw new WUSSParseException(MessageManager.formatMessage("exception.mismatched_closing_char", new String[]{new StringBuffer(base).toString()}), i);
 141         }
 142         int temp = stack.pop();
 143
 144         pairs.add(new SimpleBP(temp, i));
 145       }
 146       i++;
 147     }
 148     for (char opening : stacks.keySet())
 149     {
 150       Stack<Integer> stack = stacks.get(opening);
 151       if (!stack.empty())
 152       {
 153         throw new WUSSParseException(MessageManager.formatMessage("exception.mismatched_opening_char", new String[]{new StringBuffer(opening).toString(),Integer.valueOf(stack.pop()).toString()}), i);
 154       }
 155     }
 156     return pairs;
 157   }
 158
 159   public static SequenceFeature[] GetBasePairs(CharSequence line)
 160           throws WUSSParseException
 161   {
 162     Vector<SimpleBP> bps = GetSimpleBPs(line);
 163     SequenceFeature[] outPairs = new SequenceFeature[bps.size()];
 164     for (int p = 0; p < bps.size(); p++)
 165     {
 166       SimpleBP bp = bps.elementAt(p);
 167       outPairs[p] = new SequenceFeature("RNA helix", "", "", bp.getBP5(),
 168               bp.getBP3(), "");
 169     }
 170     return outPairs;
 171   }
 172
 173   public static ArrayList<SimpleBP> GetModeleBP(CharSequence line)
 174           throws WUSSParseException
 175   {
 176     Vector<SimpleBP> bps = GetSimpleBPs(line);
 177     return new ArrayList<SimpleBP>(bps);
 178   }
 179
 180   /**
 181    * Function to get the end position corresponding to a given start position
 182    *
 183    * @param indice
 184    *          - start position of a base pair
 185    * @return - end position of a base pair
 186    */
 187   /*
 188    * makes no sense at the moment :( public int findEnd(int indice){ //TODO:
 189    * Probably extend this to find the start to a given end? //could be done by
 190    * putting everything twice to the hash ArrayList<Integer> pair = new
 191    * ArrayList<Integer>(); return pairHash.get(indice); }
 192    */
 193
 194   /**
 195    * Figures out which helix each position belongs to and stores the helix
 196    * number in the 'featureGroup' member of a SequenceFeature Based off of RALEE
 197    * code ralee-helix-map.
 198    *
 199    * @param pairs
 200    *          Array of SequenceFeature (output from Rna.GetBasePairs)
 201    */
 202   public static void HelixMap(SequenceFeature[] pairs)
 203   {
 204
 205     int helix = 0; // Number of helices/current helix
 206     int lastopen = 0; // Position of last open bracket reviewed
 207     int lastclose = 9999999; // Position of last close bracket reviewed
 208     int i = pairs.length; // Number of pairs
 209
 210     int open; // Position of an open bracket under review
 211     int close; // Position of a close bracket under review
 212     int j; // Counter
 213
 214     Hashtable helices = new Hashtable(); // Keep track of helix number for each
 215                                          // position
 216
 217     // Go through each base pair and assign positions a helix
 218     for (i = 0; i < pairs.length; i++)
 219     {
 220
 221       open = pairs[i].getBegin();
 222       close = pairs[i].getEnd();
 223
 224       // System.out.println("open " + open + " close " + close);
 225       // System.out.println("lastclose " + lastclose + " lastopen " + lastopen);
 226
 227       // we're moving from right to left based on closing pair
 228       /*
 229        * catch things like <<..>>..<<..>> |
 230        */
 231       if (open > lastclose)
 232       {
 233         helix++;
 234       }
 235
 236       /*
 237        * catch things like <<..<<..>>..<<..>>>> |
 238        */
 239       j = pairs.length - 1;
 240       while (j >= 0)
 241       {
 242         int popen = pairs[j].getBegin();
 243
 244         // System.out.println("j " + j + " popen " + popen + " lastopen "
 245         // +lastopen + " open " + open);
 246         if ((popen < lastopen) && (popen > open))
 247         {
 248           if (helices.containsValue(popen)
 249                   && (((Integer) helices.get(popen)) == helix))
 250           {
 251             continue;
 252           }
 253           else
 254           {
 255             helix++;
 256             break;
 257           }
 258         }
 259
 260         j -= 1;
 261       }
 262
 263       // Put positions and helix information into the hashtable
 264       helices.put(open, helix);
 265       helices.put(close, helix);
 266
 267       // Record helix as featuregroup
 268       pairs[i].setFeatureGroup(Integer.toString(helix));
 269
 270       lastopen = open;
 271       lastclose = close;
 272
 273     }
 274   }
 275 }