SeqCigarTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25
  26 import jalview.gui.JvOptionPane;
  27 import jalview.util.Comparison;
  28
  29 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  30 import org.testng.annotations.Test;
  31
  32 /**
  33  * Unit tests for SeqCigar
  34  */
  35 public class SeqCigarTest
  36 {
  37
  38   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  39   public void setUpJvOptionPane()
  40   {
  41     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  42     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  43   }
  44
  45   @Test(groups = { "Functional" })
  46   public void testFindPosition()
  47   {
  48     SequenceI oseq = new Sequence("MySeq", "ASD---ASD---ASD", 37, 45);
  49     oseq.createDatasetSequence();
  50     SeqCigar cs = new SeqCigar(oseq);
  51     assertEquals(oseq.getSequenceAsString(), cs.getSequenceString('-'));
  52     for (int c = 0, cLen = oseq.getLength(); c < cLen; c++)
  53     {
  54       int os_p = oseq.findPosition(c);
  55       int cigar_p = cs.findPosition(c);
  56       if (Comparison.isGap(oseq.getCharAt(c)))
  57       {
  58         assertEquals("Expected gap at position " + os_p + " column " + c,
  59                 -1, cigar_p);
  60       }
  61       else
  62       {
  63         assertEquals("Positions don't match for at column " + c, os_p,
  64                 cigar_p);
  65       }
  66     }
  67   }
  68
  69   /*
  70    * refactored 'as is' from main method
  71    *
  72    * TODO: split into separate tests
  73    */
  74   @Test(groups = { "Functional" })
  75   public void testSomething() throws Exception
  76   {
  77     String o_seq = "asdfktryasdtqwrtsaslldddptyipqqwaslchvhttt";
  78     Sequence s = new Sequence("MySeq", o_seq, 39, 80);
  79     String orig_gapped = "----asdf------ktryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----slchvhttt";
  80     Sequence s_gapped = new Sequence("MySeq", orig_gapped, 39, 80);
  81     String ex_cs_gapped = "4I4M6I6M3I11M4I12M4I9M";
  82     s_gapped.setDatasetSequence(s);
  83     String sub_gapped_s = "------ktryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----slchvh";
  84     Sequence s_subsequence_gapped = new Sequence("MySeq", sub_gapped_s, 43,
  85             77);
  86     s_subsequence_gapped.setDatasetSequence(s);
  87
  88     SeqCigar c_null = new SeqCigar(s);
  89     String cs_null = c_null.getCigarstring();
  90     assertEquals("Failed to recover ungapped sequence cigar operations",
  91             "42M", cs_null);
  92     testCigar_string(s_gapped, ex_cs_gapped);
  93     SeqCigar gen_sgapped = SeqCigar.parseCigar(s, ex_cs_gapped);
  94     assertEquals("Failed parseCigar", ex_cs_gapped,
  95             gen_sgapped.getCigarstring());
  96
  97     testSeqRecovery(gen_sgapped, s_gapped);
  98
  99     /*
 100      * Test dataset resolution
 101      */
 102     SeqCigar sub_gapped = new SeqCigar(s_subsequence_gapped);
 103     testSeqRecovery(sub_gapped, s_subsequence_gapped);
 104
 105     /*
 106      * Test width functions
 107      */
 108     assertEquals("Failed getWidth", sub_gapped_s.length(),
 109             sub_gapped.getWidth());
 110
 111     sub_gapped.getFullWidth();
 112     assertFalse("hasDeletedRegions is incorrect",
 113             sub_gapped.hasDeletedRegions());
 114
 115     // Test start-end region SeqCigar
 116     SeqCigar sub_se_gp = new SeqCigar(s_subsequence_gapped, 8, 48);
 117     assertEquals(
 118             "SeqCigar(seq, start, end) not properly clipped alignsequence",
 119             41, sub_se_gp.getWidth());
 120
 121     /*
 122      * TODO: can we add assertions to the sysouts that follow?
 123      */
 124     System.out.println("\nOriginal sequence align:\n" + sub_gapped_s
 125             + "\nReconstructed window from 8 to 48\n" + "XXXXXXXX"
 126             + sub_se_gp.getSequenceString('-') + "..." + "\nCigar String:"
 127             + sub_se_gp.getCigarstring() + "\n");
 128     SequenceI ssgp = sub_se_gp.getSeq('-');
 129     System.out.println("\t " + ssgp.getSequenceAsString());
 130     for (int r = 0; r < 10; r++)
 131     {
 132       sub_se_gp = new SeqCigar(s_subsequence_gapped, 8, 48);
 133       int sl = sub_se_gp.getWidth();
 134       int st = sl - 1 - r;
 135       for (int rs = 0; rs < 10; rs++)
 136       {
 137         int e = st + rs;
 138         sub_se_gp.deleteRange(st, e);
 139         String ssgapedseq = sub_se_gp.getSeq('-').getSequenceAsString();
 140         System.out.println(st + "," + e + "\t:" + ssgapedseq);
 141         st -= 3;
 142       }
 143     }
 144
 145     SeqCigar[] set = new SeqCigar[] { new SeqCigar(s),
 146         new SeqCigar(s_subsequence_gapped, 8, 48), new SeqCigar(s_gapped) };
 147     Alignment al = new Alignment(set);
 148     for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 149     {
 150       System.out.println("" + al.getSequenceAt(i).getName() + "\t"
 151               + al.getSequenceAt(i).getStart() + "\t"
 152               + al.getSequenceAt(i).getEnd() + "\t"
 153               + al.getSequenceAt(i).getSequenceAsString());
 154     }
 155
 156     System.out.println("Gapped.");
 157     set = new SeqCigar[] { new SeqCigar(s),
 158         new SeqCigar(s_subsequence_gapped, 8, 48), new SeqCigar(s_gapped) };
 159     set[0].deleteRange(20, 25);
 160     al = new Alignment(set);
 161     for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 162     {
 163       System.out.println("" + al.getSequenceAt(i).getName() + "\t"
 164               + al.getSequenceAt(i).getStart() + "\t"
 165               + al.getSequenceAt(i).getEnd() + "\t"
 166               + al.getSequenceAt(i).getSequenceAsString());
 167     }
 168
 169     // if (!ssgapedseq.equals("ryas---dtqqwa----slchvh"))
 170     // System.err.println("Subseqgaped\n------ktryas---dtqwrtsasll----dddptyipqqwa----slchvhryas---dtqwrtsasll--qwa----slchvh\n"+ssgapedseq+"\n"+sub_se_gp.getCigarstring());
 171   }
 172
 173   /**
 174    * non rigorous testing
 175    *
 176    * @param seq
 177    *          Sequence
 178    * @param ex_cs_gapped
 179    *          String
 180    * @return String
 181    */
 182
 183   protected void testCigar_string(Sequence seq, String ex_cs_gapped)
 184   {
 185     SeqCigar c_sgapped = new SeqCigar(seq);
 186     String cs_gapped = c_sgapped.getCigarstring();
 187     assertEquals("Failed getCigarstring", ex_cs_gapped, cs_gapped);
 188   }
 189
 190   protected void testSeqRecovery(SeqCigar gen_sgapped, SequenceI s_gapped)
 191   {
 192     // this is non-rigorous - start and end recovery is not tested.
 193     SequenceI gen_sgapped_s = gen_sgapped.getSeq('-');
 194     // assertEquals("Couldn't reconstruct sequence", s_gapped.getSequence(),
 195     // gen_sgapped_s);
 196     if (!gen_sgapped_s.getSequenceAsString().equals(
 197             s_gapped.getSequenceAsString()))
 198     {
 199       // TODO: investigate errors reported here, to allow full conversion to
 200       // passing JUnit assertion form
 201       System.err.println("Couldn't reconstruct sequence.\n"
 202               + gen_sgapped_s.getSequenceAsString() + "\n"
 203               + s_gapped.getSequenceAsString());
 204     }
 205   }
 206
 207 }