SequenceGroupTest.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import static org.testng.Assert.assertEquals;
   4 import static org.testng.Assert.assertFalse;
   5 import static org.testng.Assert.assertNotNull;
   6 import static org.testng.Assert.assertNotSame;
   7 import static org.testng.Assert.assertNull;
   8 import static org.testng.Assert.assertSame;
   9 import static org.testng.Assert.assertTrue;
  10 import static org.testng.Assert.fail;
  11
  12 import jalview.analysis.Conservation;
  13 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  14 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  15
  16 import java.awt.Color;
  17 import java.util.Collections;
  18
  19 import junit.extensions.PA;
  20
  21 import org.testng.annotations.Test;
  22
  23 public class SequenceGroupTest
  24 {
  25   @Test(groups={"Functional"})
  26   public void testAddSequence()
  27   {
  28     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  29     assertTrue(sg.getSequences().isEmpty());
  30
  31     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "abc");
  32     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "abc");
  33     SequenceI seq3 = new Sequence(seq1);
  34
  35     sg.addSequence(null, false);
  36     assertTrue(sg.getSequences().isEmpty());
  37     sg.addSequence(seq1, false);
  38     assertEquals(sg.getSequences().size(), 1);
  39     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq1));
  40     // adding the same sequence again does nothing
  41     sg.addSequence(seq1, false);
  42     assertEquals(sg.getSequences().size(), 1);
  43     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq1));
  44     sg.addSequence(seq2, false);
  45     sg.addSequence(seq2, false);
  46     sg.addSequence(seq3, false);
  47     assertEquals(sg.getSequences().size(), 3);
  48     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq1));
  49     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq2));
  50     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq3));
  51   }
  52
  53   @Test(groups={"Functional"})
  54   public void testAddOrRemove()
  55   {
  56     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  57     assertTrue(sg.getSequences().isEmpty());
  58
  59     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "abc");
  60     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "abc");
  61     SequenceI seq3 = new Sequence(seq1);
  62
  63     sg.addOrRemove(seq1, false);
  64     assertEquals(sg.getSequences().size(), 1);
  65     sg.addOrRemove(seq2, false);
  66     assertEquals(sg.getSequences().size(), 2);
  67     sg.addOrRemove(seq3, false);
  68     assertEquals(sg.getSequences().size(), 3);
  69     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq1));
  70     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq2));
  71     assertTrue(sg.getSequences().contains(seq3));
  72     sg.addOrRemove(seq1, false);
  73     assertEquals(sg.getSequences().size(), 2);
  74     assertFalse(sg.getSequences().contains(seq1));
  75   }
  76
  77   @Test(groups={"Functional"})
  78   public void testGetColourScheme()
  79   {
  80     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
  81     assertNotNull(sg.getGroupColourScheme());
  82     assertNull(sg.getColourScheme());
  83
  84     sg.setGroupColourScheme(null);
  85     assertNull(sg.getColourScheme());
  86
  87     NucleotideColourScheme scheme = new NucleotideColourScheme();
  88     sg.setColourScheme(scheme);
  89     assertSame(scheme, sg.getColourScheme());
  90   }
  91
  92   @Test(groups={"Functional"})
  93   public void testSetContext()
  94   {
  95     SequenceGroup sg1 = new SequenceGroup();
  96     SequenceGroup sg2 = new SequenceGroup();
  97     SequenceGroup sg3 = new SequenceGroup();
  98     assertNull(sg1.getContext());
  99     sg1.setContext(null);
 100     assertNull(sg1.getContext());
 101     try
 102     {
 103       sg1.setContext(sg1); // self-reference :-O
 104       fail("Expected exception");
 105     } catch (IllegalArgumentException e)
 106     {
 107       // expected
 108       assertNull(sg1.getContext());
 109     }
 110     sg1.setContext(sg2);
 111     assertSame(sg2, sg1.getContext());
 112     sg2.setContext(sg3);
 113     try
 114     {
 115       sg3.setContext(sg1); // circular reference :-O
 116       fail("Expected exception");
 117     } catch (IllegalArgumentException e)
 118     {
 119       // expected
 120       assertNull(sg3.getContext());
 121     }
 122
 123     /*
 124      * use PrivilegedAccessor to 'force' a SequenceGroup with
 125      * a circular context reference
 126      */
 127     PA.setValue(sg2, "context", sg2);
 128     try
 129     {
 130       sg3.setContext(sg2, false); // circular reference in sg2
 131       fail("Expected exception");
 132     } catch (IllegalArgumentException e)
 133     {
 134       // expected
 135       assertNull(sg3.getContext());
 136     }
 137
 138     // test isDefined setting behaviour
 139     sg2 = new SequenceGroup();
 140     sg1.setContext(null, false);
 141     assertFalse(sg1.isDefined());
 142
 143     sg1.setContext(sg2, false);
 144     assertFalse(sg1.isDefined());
 145
 146     sg1.setContext(sg2, true);
 147     assertTrue(sg1.isDefined());
 148
 149     // setContext without defined parameter does not change isDefined
 150     sg1.setContext(null);
 151     assertTrue(sg1.isDefined());
 152
 153     sg1.setContext(null, false);
 154     sg1.setContext(sg2);
 155     assertFalse(sg1.isDefined());
 156   }
 157
 158   @Test(groups = { "Functional" })
 159   public void testContains()
 160   {
 161     /*
 162      * essentially the same tests as AlignmentI.findGroup
 163      * but from a particular group's perspective
 164      */
 165
 166     SequenceI seq1 = new Sequence("seq1", "ABCDEF---GHI");
 167     SequenceI seq2 = new Sequence("seq2", "---JKLMNO---");
 168     AlignmentI a = new Alignment(new SequenceI[] { seq1, seq2 });
 169     /*
 170      * add a group consisting of just "DEF"
 171      */
 172     SequenceGroup sg1 = new SequenceGroup();
 173     sg1.addSequence(seq1, false);
 174     sg1.setStartRes(3);
 175     sg1.setEndRes(5);
 176
 177     /*
 178      * test sequence membership
 179      */
 180     assertTrue(sg1.contains(seq1));
 181     assertFalse(sg1.contains(seq2));
 182
 183     /*
 184      * test sequence+position
 185      */
 186
 187     assertFalse(sg1.contains(seq1, 2)); // position not in group
 188     assertFalse(sg1.contains(seq1, 6)); // position not in group
 189     assertFalse(sg1.contains(seq2, 5)); // sequence not in group
 190     assertTrue(sg1.contains(seq1, 3)); // yes
 191     assertTrue(sg1.contains(seq1, 4));
 192     assertTrue(sg1.contains(seq1, 5));
 193
 194     /*
 195      * add a group consisting of
 196      * EF--
 197      * KLMN
 198      */
 199     SequenceGroup sg2 = new SequenceGroup();
 200     sg2.addSequence(seq1, false);
 201     sg2.addSequence(seq2, false);
 202     sg2.setStartRes(4);
 203     sg2.setEndRes(7);
 204     a.addGroup(sg2);
 205
 206     /*
 207      * if a residue is in more than one group, method returns
 208      * the first found (in order groups were added)
 209      */
 210     assertTrue(sg2.contains(seq1, 4));
 211     assertTrue(sg2.contains(seq1, 5));
 212
 213     /*
 214      * seq2 only belongs to the second group
 215      */
 216     assertTrue(sg2.contains(seq2, 4));
 217     assertTrue(sg2.contains(seq2, 5));
 218     assertTrue(sg2.contains(seq2, 6));
 219     assertTrue(sg2.contains(seq2, 7));
 220     assertFalse(sg2.contains(seq2, 3));
 221     assertFalse(sg2.contains(seq2, 8));
 222     sg2.setEndRes(8);
 223     assertTrue(sg2.contains(seq2, 8));
 224     sg2.deleteSequence(seq2, false);
 225     assertFalse(sg2.contains(seq2));
 226   }
 227
 228   @Test(groups = { "Functional" })
 229   public void testCopyConstructor()
 230   {
 231     SequenceI seq = new Sequence("seq", "ABC");
 232     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 233     sg.addSequence(seq, false);
 234     sg.setName("g1");
 235     sg.setDescription("desc");
 236     sg.setColourScheme(new PIDColourScheme());
 237     Conservation cons = new Conservation("Cons", 2,
 238             Collections.<SequenceI> emptyList(), 3, 12);
 239     PA.setValue(cons, "consSequence", new Sequence("s", "abc"));
 240     sg.getGroupColourScheme().setConservation(cons);
 241     sg.getGroupColourScheme().setConsensus(new Profiles(null));
 242     sg.setDisplayBoxes(false);
 243     sg.setDisplayText(false);
 244     sg.setColourText(true);
 245     sg.isDefined = true;
 246     sg.setShowNonconserved(true);
 247     sg.setOutlineColour(Color.red);
 248     sg.setIdColour(Color.blue);
 249     sg.thresholdTextColour = 1;
 250     sg.textColour = Color.orange;
 251     sg.textColour2 = Color.yellow;
 252     sg.setIgnoreGapsConsensus(false);
 253     sg.setshowSequenceLogo(true);
 254     sg.setNormaliseSequenceLogo(true);
 255     sg.setHidereps(true);
 256     sg.setHideCols(true);
 257     sg.setShowConsensusHistogram(true);
 258     sg.setContext(new SequenceGroup());
 259
 260     SequenceGroup sg2 = new SequenceGroup(sg);
 261     assertEquals(sg2.getName(), sg.getName());
 262     assertEquals(sg2.getDescription(), sg.getDescription());
 263     assertNotSame(sg2.getGroupColourScheme(), sg.getGroupColourScheme());
 264     assertSame(sg2.getColourScheme(), sg.getColourScheme());
 265     assertSame(PA.getValue(sg2.getGroupColourScheme(), "consensus"),
 266             PA.getValue(sg.getGroupColourScheme(), "consensus"));
 267     assertSame(PA.getValue(sg2.getGroupColourScheme(), "conservation"),
 268             PA.getValue(sg.getGroupColourScheme(), "conservation"));
 269     assertEquals(sg2.getDisplayBoxes(), sg.getDisplayBoxes());
 270     assertEquals(sg2.getDisplayText(), sg.getDisplayText());
 271     assertEquals(sg2.getColourText(), sg.getColourText());
 272     assertEquals(sg2.getShowNonconserved(), sg.getShowNonconserved());
 273     assertEquals(sg2.getOutlineColour(), sg.getOutlineColour());
 274     assertEquals(sg2.getIdColour(), sg.getIdColour());
 275     assertEquals(sg2.thresholdTextColour, sg.thresholdTextColour);
 276     assertEquals(sg2.textColour, sg.textColour);
 277     assertEquals(sg2.textColour2, sg.textColour2);
 278     assertEquals(sg2.getIgnoreGapsConsensus(), sg.getIgnoreGapsConsensus());
 279     assertEquals(sg2.isShowSequenceLogo(), sg.isShowSequenceLogo());
 280     assertEquals(sg2.isNormaliseSequenceLogo(),
 281             sg.isNormaliseSequenceLogo());
 282     assertEquals(sg2.isHidereps(), sg.isHidereps());
 283     assertEquals(sg2.isHideCols(), sg.isHideCols());
 284     assertEquals(sg2.isShowConsensusHistogram(),
 285             sg.isShowConsensusHistogram());
 286
 287     /*
 288      * copy of sequences
 289      */
 290     assertNotSame(sg2.getSequences(), sg.getSequences());
 291     assertEquals(sg2.getSequences(), sg.getSequences());
 292
 293     /*
 294      * isDefined should only be set true when a new group is added to
 295      * an alignment, not in the copy constructor
 296      */
 297     assertFalse(sg2.isDefined());
 298
 299     /*
 300      * context should be set explicitly, not by copy
 301      */
 302     assertNull(sg2.getContext());
 303   }
 304 }