ShmmrRSBSService.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.rest;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertNotNull;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.gui.AlignFrame;
  27 import jalview.gui.JvOptionPane;
  28
  29 import java.util.Map;
  30
  31 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  32 import org.testng.annotations.Test;
  33
  34 /**
  35  * @author jimp
  36  *
  37  */
  38 public class ShmmrRSBSService
  39 {
  40
  41   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  42   public void setUpJvOptionPane()
  43   {
  44     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  45     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  46   }
  47
  48   @Test(groups = { "Functional" })
  49   public void testShmmrService()
  50   {
  51
  52     assertTrue(
  53             "Test Rsd Exchange using using default Shmmr service failed.",
  54             testRsdExchange("Test using default Shmmr service",
  55                     RestClient.makeShmmrRestClient().service));
  56   }
  57
  58   @Test(groups = { "Functional" })
  59   public void testShmmrServiceDataprep() throws Exception
  60   {
  61     RestClient _rc = RestClient.makeShmmrRestClient();
  62     assertNotNull(_rc);
  63     AlignFrame alf = new jalview.io.FileLoader(false)
  64             .LoadFileWaitTillLoaded("examples/testdata/smad.fa",
  65                     jalview.io.FormatAdapter.FILE);
  66     assertNotNull("Couldn't find test data.", alf);
  67     alf.loadJalviewDataFile("examples/testdata/smad_groups.jva",
  68             jalview.io.FormatAdapter.FILE, null, null);
  69     assertTrue(
  70             "Couldn't load the test data's annotation file (should be 5 groups but found "
  71                     + alf.getViewport().getAlignment().getGroups().size()
  72                     + ").", alf.getViewport().getAlignment().getGroups()
  73                     .size() == 5);
  74
  75     RestClient rc = new RestClient(_rc.service, alf, true);
  76
  77     assertNotNull("Couldn't creat RestClient job.", rc);
  78     jalview.bin.Cache.initLogger();
  79     RestJob rjb = new RestJob(0, new RestJobThread(rc),
  80             rc.av.getAlignment(), null);
  81     rjb.setAlignmentForInputs(rc.service.getInputParams().values(),
  82             rc.av.getAlignment());
  83     for (Map.Entry<String, InputType> e : rc.service.getInputParams()
  84             .entrySet())
  85     {
  86       System.out.println("For Input '" + e.getKey() + ":\n"
  87               + e.getValue().formatForInput(rjb).getContentLength());
  88     }
  89   }
  90
  91   private static boolean testRsdExchange(String desc, String servicestring)
  92   {
  93     try
  94     {
  95       RestServiceDescription newService = new RestServiceDescription(
  96               servicestring);
  97       if (!newService.isValid())
  98       {
  99         throw new Error("Failed to create service from '" + servicestring
 100                 + "'.\n" + newService.getInvalidMessage());
 101       }
 102       return testRsdExchange(desc, newService);
 103     } catch (Throwable x)
 104     {
 105       System.err.println("Failed for service (" + desc + "): "
 106               + servicestring);
 107       x.printStackTrace();
 108       return false;
 109     }
 110   }
 111
 112   private static boolean testRsdExchange(String desc,
 113           RestServiceDescription service)
 114   {
 115     try
 116     {
 117       String fromservicetostring = service.toString();
 118       RestServiceDescription newService = new RestServiceDescription(
 119               fromservicetostring);
 120       if (!newService.isValid())
 121       {
 122         throw new Error("Failed to create service from '"
 123                 + fromservicetostring + "'.\n"
 124                 + newService.getInvalidMessage());
 125       }
 126
 127       if (!service.equals(newService))
 128       {
 129         System.err.println("Failed for service (" + desc + ").");
 130         System.err.println("Original service and parsed service differ.");
 131         System.err.println("Original: " + fromservicetostring);
 132         System.err.println("Parsed  : " + newService.toString());
 133         return false;
 134       }
 135     } catch (Throwable x)
 136     {
 137       System.err.println("Failed for service (" + desc + "): "
 138               + service.toString());
 139       x.printStackTrace();
 140       return false;
 141     }
 142     return true;
 143   }
 144
 145 }