TaxonomyDataManager.java

   1 // $Id:
   2 //
   3 // forester -- software libraries and applications
   4 // for genomics and evolutionary biology research.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   7 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  26
  27 package org.forester.analysis;
  28
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.net.UnknownHostException;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.HashMap;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.SortedSet;
  35 import java.util.TreeSet;
  36
  37 import javax.swing.JOptionPane;
  38
  39 import org.forester.archaeopteryx.MainFrameApplication;
  40 import org.forester.archaeopteryx.TreePanel;
  41 import org.forester.archaeopteryx.tools.AncestralTaxonomyInferrer;
  42 import org.forester.archaeopteryx.tools.RunnableProcess;
  43 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  44 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  45 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  46 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  47 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  48 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  49 import org.forester.util.ForesterUtil;
  50 import org.forester.util.TaxonomyUtil;
  51 import org.forester.ws.seqdb.SequenceDbWsTools;
  52 import org.forester.ws.seqdb.UniProtTaxonomy;
  53 import org.forester.archaeopteryx.*;
  54
  55 public final class TaxonomyDataManager extends RunnableProcess {
  56
  57     enum QUERY_TYPE {
  58         CODE, SN, CN, ID, LIN;
  59     }
  60     private static final int                              MAX_CACHE_SIZE           = 100000;
  61     private static final int                              MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN = 10;
  62     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _sn_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  63     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _lineage_up_cache_map    = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  64     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _code_up_cache_map       = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  65     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _cn_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  66     private static final HashMap<String, UniProtTaxonomy> _id_up_cache_map         = new HashMap<String, UniProtTaxonomy>();
  67     private final Phylogeny                               _phy;
  68     private final MainFrameApplication                    _mf;
  69     private final TreePanel                               _treepanel;
  70     private final boolean                                 _delete;
  71     private final boolean                                 _allow_simple_names;
  72
  73     public TaxonomyDataManager( final MainFrameApplication mf, final TreePanel treepanel, final Phylogeny phy ) {
  74         _phy = phy;
  75         _mf = mf;
  76         _treepanel = treepanel;
  77         _delete = false;
  78         _allow_simple_names = false;
  79     }
  80
  81     public TaxonomyDataManager( final MainFrameApplication mf,
  82                                 final TreePanel treepanel,
  83                                 final Phylogeny phy,
  84                                 final boolean delete,
  85                                 final boolean allow_simple_name ) {
  86         _phy = phy;
  87         _mf = mf;
  88         _treepanel = treepanel;
  89         _delete = delete;
  90         _allow_simple_names = allow_simple_name;
  91     }
  92
  93     synchronized static void clearCachesIfTooLarge() {
  94         if ( getSnTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
  95             getSnTaxCacheMap().clear();
  96         }
  97         if ( getLineageTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
  98             getLineageTaxCacheMap().clear();
  99         }
 100         if ( getCnTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
 101             getCnTaxCacheMap().clear();
 102         }
 103         if ( getCodeTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
 104             getCodeTaxCacheMap().clear();
 105         }
 106         if ( getIdTaxCacheMap().size() > MAX_CACHE_SIZE ) {
 107             getIdTaxCacheMap().clear();
 108         }
 109     }
 110
 111     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getCnTaxCacheMap() {
 112         return _cn_up_cache_map;
 113     }
 114
 115     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getCodeTaxCacheMap() {
 116         return _code_up_cache_map;
 117     }
 118
 119     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getIdTaxCacheMap() {
 120         return _id_up_cache_map;
 121     }
 122
 123     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getLineageTaxCacheMap() {
 124         return _lineage_up_cache_map;
 125     }
 126
 127     synchronized final static HashMap<String, UniProtTaxonomy> getSnTaxCacheMap() {
 128         return _sn_up_cache_map;
 129     }
 130
 131     private final static UniProtTaxonomy obtainTaxonomy( final HashMap<String, UniProtTaxonomy> cache,
 132                                                          final Object query,
 133                                                          final QUERY_TYPE qt ) throws IOException,
 134             AncestralTaxonomyInferenceException {
 135         if ( cache.containsKey( query ) ) {
 136             return cache.get( query ).copy();
 137         }
 138         else {
 139             List<UniProtTaxonomy> up_taxonomies = null;
 140             switch ( qt ) {
 141                 case ID:
 142                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromId( ( String ) query );
 143                     break;
 144                 case CODE:
 145                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromTaxonomyCode( ( String ) query );
 146                     break;
 147                 case SN:
 148                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromScientificName( ( String ) query );
 149                     break;
 150                 case CN:
 151                     up_taxonomies = getTaxonomiesFromCommonName( ( String ) query );
 152                     break;
 153                 case LIN:
 154                     return obtainUniProtTaxonomyFromLineage( ( List<String> ) query );
 155                 default:
 156                     throw new RuntimeException();
 157             }
 158             if ( ( up_taxonomies != null ) && ( up_taxonomies.size() == 1 ) ) {
 159                 final UniProtTaxonomy up_tax = up_taxonomies.get( 0 );
 160                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getScientificName() ) ) {
 161                     TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap().put( up_tax.getScientificName(), up_tax );
 162                 }
 163                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCode() ) ) {
 164                     TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap().put( up_tax.getCode(), up_tax );
 165                 }
 166                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCommonName() ) ) {
 167                     TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap().put( up_tax.getCommonName(), up_tax );
 168                 }
 169                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getId() ) ) {
 170                     TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap().put( up_tax.getId(), up_tax );
 171                 }
 172                 return up_tax;
 173             }
 174             else {
 175                 return null;
 176             }
 177         }
 178     }
 179
 180     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromCommonName( final String query ) throws IOException {
 181         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromCommonNameStrict( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 182     }
 183
 184     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromId( final String query ) throws IOException {
 185         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 186     }
 187
 188     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromScientificName( final String query ) throws IOException {
 189         if ( query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.BACTERIA ) || query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.ARCHAEA )
 190                 || query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.VIRUSES )
 191                 || query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.EUKARYOTA ) || query.equalsIgnoreCase( UniProtTaxonomy.X ) ) {
 192             final List<UniProtTaxonomy> l = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
 193             l.add( UniProtTaxonomy.createSpecialFromScientificName( query ) );
 194             return l;
 195         }
 196         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromScientificNameStrict( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 197     }
 198
 199     private final static List<UniProtTaxonomy> getTaxonomiesFromTaxonomyCode( final String query ) throws IOException {
 200         if ( query.indexOf( "XX" ) == 3 && TaxonomyUtil.isHasTaxIdFromFakeTaxCode( query ) ) {
 201             final int id = TaxonomyUtil.getTaxIdFromFakeTaxCode( query );
 202             return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromId( String.valueOf( id ), MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 203
 204         }
 205
 206         return SequenceDbWsTools.getTaxonomiesFromTaxonomyCode( query, MAX_TAXONOMIES_TO_RETURN );
 207     }
 208
 209     static final boolean isHasAppropriateId( final Taxonomy tax ) {
 210         return ( ( tax.getIdentifier() != null ) && ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() ) && ( tax
 211                 .getIdentifier().getProvider().equalsIgnoreCase( "ncbi" )
 212                 || tax.getIdentifier().getProvider().equalsIgnoreCase( "uniprot" ) || tax.getIdentifier().getProvider()
 213                 .equalsIgnoreCase( "uniprotkb" ) ) ) );
 214     }
 215
 216     synchronized final private static SortedSet<String> obtainDetailedTaxonomicInformation( final Phylogeny phy,
 217                                                                                             final boolean delete,
 218                                                                                             final boolean allow_to_use_basic_node_names )
 219             throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 220         clearCachesIfTooLarge();
 221         final SortedSet<String> not_found = new TreeSet<String>();
 222         List<PhylogenyNode> not_found_external_nodes = null;
 223         if ( delete ) {
 224             not_found_external_nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
 225         }
 226         for( final PhylogenyNodeIterator iter = phy.iteratorPostorder(); iter.hasNext(); ) {
 227             final PhylogenyNode node = iter.next();
 228             final QUERY_TYPE qt = null;
 229             Taxonomy tax = null;
 230             if ( node.getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 231                 tax = node.getNodeData().getTaxonomy();
 232             }
 233             else if ( allow_to_use_basic_node_names && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
 234                 // Nothing to be done.
 235             }
 236             else if ( node.isExternal() ) {
 237                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
 238                     not_found.add( node.getName() );
 239                 }
 240                 else {
 241                     not_found.add( node.toString() );
 242                 }
 243                 if ( delete ) {
 244                     not_found_external_nodes.add( node );
 245                 }
 246             }
 247             UniProtTaxonomy uniprot_tax = null;
 248             if ( ( ( tax != null ) && ( isHasAppropriateId( tax ) || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() )
 249                     || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) || !ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) )
 250                     || ( allow_to_use_basic_node_names && !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) ) {
 251                 if ( tax != null ) {
 252                     uniprot_tax = obtainUniProtTaxonomy( tax, null, qt );
 253                 }
 254                 else {
 255                     uniprot_tax = obtainUniProtTaxonomy( node.getName(), qt );
 256                 }
 257                 if ( uniprot_tax != null ) {
 258                     if ( tax == null ) {
 259                         tax = new Taxonomy();
 260                         node.getNodeData().addTaxonomy( tax );
 261                         node.setName( "" );
 262                     }
 263                     updateTaxonomy( qt, node, tax, uniprot_tax );
 264                 }
 265                 else {
 266                     if ( tax != null ) {
 267                         not_found.add( tax.toString() );
 268                     }
 269                     else {
 270                         not_found.add( node.getName() );
 271                     }
 272                     if ( delete && node.isExternal() ) {
 273                         not_found_external_nodes.add( node );
 274                     }
 275                 }
 276             }
 277         }
 278         if ( delete ) {
 279             for( final PhylogenyNode node : not_found_external_nodes ) {
 280                 phy.deleteSubtree( node, true );
 281             }
 282             phy.externalNodesHaveChanged();
 283             phy.clearHashIdToNodeMap();
 284             phy.recalculateNumberOfExternalDescendants( true );
 285         }
 286         return not_found;
 287     }
 288
 289     public final static UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomy( final Taxonomy tax, Object query, QUERY_TYPE qt )
 290             throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 291         if ( tax == null ) {
 292             throw new IllegalArgumentException( "illegal attempt to use empty taxonomy object" );
 293         }
 294         if ( TaxonomyDataManager.isHasAppropriateId( tax ) ) {
 295             query = tax.getIdentifier().getValue();
 296             qt = QUERY_TYPE.ID;
 297             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap(), query, qt );
 298         }
 299         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 300             if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getLineage() ) ) {
 301                 query = tax.getLineage();
 302                 qt = QUERY_TYPE.LIN;
 303                 return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap(), query, qt );
 304             }
 305             else {
 306                 query = tax.getScientificName();
 307                 qt = QUERY_TYPE.SN;
 308                 return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap(), query, qt );
 309             }
 310         }
 311         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 312             query = tax.getTaxonomyCode();
 313             qt = QUERY_TYPE.CODE;
 314             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap(), query, qt );
 315         }
 316         else {
 317             query = tax.getCommonName();
 318             qt = QUERY_TYPE.CN;
 319             return obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap(), query, qt );
 320         }
 321     }
 322
 323     public final static UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomy( final String simple_name, QUERY_TYPE qt )
 324             throws IOException, AncestralTaxonomyInferenceException {
 325         if ( ForesterUtil.isEmpty( simple_name ) ) {
 326             throw new IllegalArgumentException( "illegal attempt to use empty simple name" );
 327         }
 328         qt = QUERY_TYPE.SN;
 329         UniProtTaxonomy ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap(), simple_name, qt );
 330         if ( ut == null ) {
 331             qt = QUERY_TYPE.CODE;
 332             ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap(), simple_name, qt );
 333         }
 334         if ( ut == null ) {
 335             qt = QUERY_TYPE.CN;
 336             ut = obtainTaxonomy( TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap(), simple_name, qt );
 337         }
 338         return ut;
 339     }
 340
 341     static final UniProtTaxonomy obtainUniProtTaxonomyFromLineage( final List<String> lineage )
 342             throws AncestralTaxonomyInferenceException, IOException {
 343         final String lineage_str = ForesterUtil.stringListToString( lineage, ">" );
 344         if ( TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().containsKey( lineage_str ) ) {
 345             return TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().get( lineage_str ).copy();
 346         }
 347         else {
 348             final List<UniProtTaxonomy> matching_taxonomies = new ArrayList<UniProtTaxonomy>();
 349             final List<UniProtTaxonomy> up_taxonomies = getTaxonomiesFromScientificName( lineage
 350                     .get( lineage.size() - 1 ) );
 351             if ( ( up_taxonomies != null ) && ( up_taxonomies.size() > 0 ) ) {
 352                 for( final UniProtTaxonomy up_taxonomy : up_taxonomies ) {
 353                     boolean match = true;
 354                     I: for( int i = 0; i < lineage.size(); ++i ) {
 355                         if ( ( i == up_taxonomy.getLineage().size() )
 356                                 || !lineage.get( i ).equalsIgnoreCase( up_taxonomy.getLineage().get( i ) ) ) {
 357                             match = false;
 358                             break I;
 359                         }
 360                     }
 361                     if ( match ) {
 362                         matching_taxonomies.add( up_taxonomy );
 363                     }
 364                 }
 365                 if ( matching_taxonomies.isEmpty() ) {
 366                     throw new AncestralTaxonomyInferenceException( "lineage \""
 367                             + ForesterUtil.stringListToString( lineage, " > " ) + "\" not found" );
 368                 }
 369                 //in case of more than one (e.g. "Xenopus" Genus and Subgenus), keep shorter, less specific  one:
 370                 int shortest = Integer.MAX_VALUE;
 371                 UniProtTaxonomy least_specific_up_tax = null;
 372                 for( final UniProtTaxonomy m : matching_taxonomies ) {
 373                     final int s = m.getLineage().size();
 374                     if ( s < shortest ) {
 375                         shortest = s;
 376                         least_specific_up_tax = m;
 377                     }
 378                 }
 379                 TaxonomyDataManager.getLineageTaxCacheMap().put( lineage_str, least_specific_up_tax );
 380                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( least_specific_up_tax.getScientificName() ) ) {
 381                     TaxonomyDataManager.getSnTaxCacheMap().put( least_specific_up_tax.getScientificName(),
 382                                                                 least_specific_up_tax );
 383                 }
 384                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( least_specific_up_tax.getCode() ) ) {
 385                     TaxonomyDataManager.getCodeTaxCacheMap().put( least_specific_up_tax.getCode(),
 386                                                                   least_specific_up_tax );
 387                 }
 388                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( least_specific_up_tax.getCommonName() ) ) {
 389                     TaxonomyDataManager.getCnTaxCacheMap().put( least_specific_up_tax.getCommonName(),
 390                                                                 least_specific_up_tax );
 391                 }
 392                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( least_specific_up_tax.getId() ) ) {
 393                     TaxonomyDataManager.getIdTaxCacheMap().put( least_specific_up_tax.getId(), least_specific_up_tax );
 394                 }
 395                 return least_specific_up_tax;
 396             }
 397             else {
 398                 throw new AncestralTaxonomyInferenceException( "taxonomy \"" + ( lineage.get( lineage.size() - 1 ) )
 399                         + "\" not found" );
 400             }
 401         }
 402     }
 403
 404     synchronized final private static void updateTaxonomy( final QUERY_TYPE qt,
 405                                                            final PhylogenyNode node,
 406                                                            final Taxonomy tax,
 407                                                            final UniProtTaxonomy up_tax )
 408             throws PhyloXmlDataFormatException {
 409         if ( ( qt != QUERY_TYPE.SN ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getScientificName() )
 410                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getScientificName() ) ) {
 411             tax.setScientificName( up_tax.getScientificName() );
 412         }
 413         if ( node.isExternal() && ( qt != QUERY_TYPE.CODE ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCode() )
 414                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getTaxonomyCode() ) ) {
 415             tax.setTaxonomyCode( up_tax.getCode() );
 416         }
 417         if ( ( qt != QUERY_TYPE.CN ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getCommonName() )
 418                 && ForesterUtil.isEmpty( tax.getCommonName() ) ) {
 419             tax.setCommonName( up_tax.getCommonName() );
 420         }
 421         if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getSynonym() ) && !tax.getSynonyms().contains( up_tax.getSynonym() ) ) {
 422             tax.getSynonyms().add( up_tax.getSynonym() );
 423         }
 424         if ( !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getRank() ) && ForesterUtil.isEmpty( tax.getRank() ) ) {
 425             try {
 426                 tax.setRank( up_tax.getRank().toLowerCase() );
 427             }
 428             catch ( final PhyloXmlDataFormatException ex ) {
 429                 tax.setRank( "" );
 430             }
 431         }
 432         if ( ( qt != QUERY_TYPE.ID ) && !ForesterUtil.isEmpty( up_tax.getId() )
 433                 && ( ( tax.getIdentifier() == null ) || ForesterUtil.isEmpty( tax.getIdentifier().getValue() ) ) ) {
 434             tax.setIdentifier( new Identifier( up_tax.getId(), "uniprot" ) );
 435         }
 436         if ( up_tax.getLineage() != null ) {
 437             tax.setLineage( new ArrayList<String>() );
 438             for( final String lin : up_tax.getLineage() ) {
 439                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( lin ) ) {
 440                     tax.getLineage().add( lin );
 441                 }
 442             }
 443         }
 444     }
 445
 446     private final void execute() {
 447         start( _mf, "taxonomy data" );
 448         SortedSet<String> not_found = null;
 449         try {
 450             not_found = obtainDetailedTaxonomicInformation( _phy, _delete, _allow_simple_names );
 451         }
 452         catch ( final UnknownHostException e ) {
 453             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 454                                            "Could not connect to \"" + getBaseUrl() + "\"",
 455                                            "Network error during taxonomic information gathering",
 456                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 457             return;
 458         }
 459         catch ( final IOException e ) {
 460             e.printStackTrace();
 461             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 462                                            e.toString(),
 463                                            "Failed to obtain taxonomic information",
 464                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 465             return;
 466         }
 467         catch ( final AncestralTaxonomyInferenceException e ) {
 468             e.printStackTrace();
 469             JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 470                                            e.toString(),
 471                                            "Failed to obtain taxonomic information",
 472                                            JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 473             return;
 474         }
 475         finally {
 476             end( _mf );
 477         }
 478         if ( ( _phy == null ) || _phy.isEmpty() ) {
 479             try {
 480                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 481                                                "None of the external node taxonomies could be resolved",
 482                                                "Taxonomy Tool Failed",
 483                                                JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 484             }
 485             catch ( final Exception e ) {
 486                 // Not important if this fails, do nothing.
 487             }
 488             return;
 489         }
 490         _treepanel.setTree( _phy );
 491         _mf.showWhole();
 492         _treepanel.setEdited( true );
 493         if ( ( not_found != null ) && ( not_found.size() > 0 ) ) {
 494             int max = not_found.size();
 495             boolean more = false;
 496             if ( max > 20 ) {
 497                 more = true;
 498                 max = 20;
 499             }
 500             final StringBuffer sb = new StringBuffer();
 501             sb.append( "Not all taxonomies could be resolved.\n" );
 502             if ( not_found.size() == 1 ) {
 503                 if ( _delete ) {
 504                     sb.append( "The following taxonomy was not found and deleted (if external):\n" );
 505                 }
 506                 else {
 507                     sb.append( "The following taxonomy was not found:\n" );
 508                 }
 509             }
 510             else {
 511                 if ( _delete ) {
 512                     sb.append( "The following taxonomies were not found and deleted (if external) (total: "
 513                             + not_found.size() + "):\n" );
 514                 }
 515                 else {
 516                     sb.append( "The following taxonomies were not found (total: " + not_found.size() + "):\n" );
 517                 }
 518             }
 519             int i = 0;
 520             for( final String string : not_found ) {
 521                 if ( i > 19 ) {
 522                     break;
 523                 }
 524                 sb.append( string );
 525                 sb.append( "\n" );
 526                 ++i;
 527             }
 528             if ( more ) {
 529                 sb.append( "..." );
 530             }
 531             try {
 532                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 533                                                sb.toString(),
 534                                                "Taxonomy Tool Completed",
 535                                                JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
 536             }
 537             catch ( final Exception e ) {
 538                 // Not important if this fails, do nothing.
 539             }
 540         }
 541         else {
 542             try {
 543                 JOptionPane.showMessageDialog( _mf,
 544                                                "Taxonomy tool successfully completed",
 545                                                "Taxonomy Tool Completed",
 546                                                JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE );
 547             }
 548             catch ( final Exception e ) {
 549                 // Not important if this fails, do nothing.
 550             }
 551         }
 552     }
 553
 554     private final String getBaseUrl() {
 555         return AncestralTaxonomyInferrer.getBaseUrl();
 556     }
 557
 558     @Override
 559     public void run() {
 560         execute();
 561     }
 562 }