UniProtEntry.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.ws.seqdb;
  27
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.List;
  30 import java.util.regex.Matcher;
  31 import java.util.regex.Pattern;
  32
  33 import org.forester.go.BasicGoTerm;
  34 import org.forester.go.GoNameSpace;
  35 import org.forester.go.GoTerm;
  36 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  37 import org.forester.util.ForesterUtil;
  38
  39 public final class UniProtEntry implements SequenceDatabaseEntry {
  40
  41     public final static Pattern  BindingDB_PATTERN = Pattern.compile( "BindingDB;\\s+([0-9A-Z]+);" );
  42     public final static Pattern  CTD_PATTERN       = Pattern.compile( "CTD;\\s+(\\d+);" );
  43     public final static Pattern  DrugBank_PATTERN  = Pattern.compile( "DrugBank;\\s+([0-9A-Z]+);\\s+([^\\.]+)" );
  44     public final static Pattern  GO_PATTERN        = Pattern.compile( "GO;\\s+(GO:\\d+);\\s+([PFC]):([^;]+);" );
  45     public final static Pattern  KEGG_PATTERN      = Pattern.compile( "KEGG;\\s+([a-z]+:[0-9]+);" );
  46     public final static Pattern  MIM_PATTERN       = Pattern.compile( "MIM;\\s+(\\d+);" );
  47     public final static Pattern  NextBio_PATTERN   = Pattern.compile( "NextBio;\\s+(\\d+);" );
  48     public final static Pattern  Orphanet_PATTERN  = Pattern.compile( "Orphanet;\\s+(\\d+);\\s+([^\\.]+)" );
  49     public final static Pattern  PDB_PATTERN       = Pattern.compile( "PDB;\\s+([0-9A-Z]{4});\\s+([^;]+)" );
  50     public final static Pattern  PharmGKB_PATTERN  = Pattern.compile( "PharmGKB;\\s+([0-9A-Z]+);" );
  51     public final static Pattern  Reactome_PATTERN  = Pattern.compile( "Reactome;\\s+([0-9A-Z]+);\\s+([^\\.]+)" );
  52     private String               _ac;
  53     private ArrayList<Accession> _cross_references;
  54     private String               _gene_name;
  55     private List<GoTerm>         _go_terms;
  56     private String               _name;
  57     private String               _os_scientific_name;
  58     private String               _symbol;
  59     private String               _tax_id;
  60
  61     private UniProtEntry() {
  62     }
  63
  64     @Override
  65     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
  66         throw new CloneNotSupportedException();
  67     }
  68
  69     @Override
  70     public String getAccession() {
  71         return _ac;
  72     }
  73
  74     @Override
  75     public List<Accession> getCrossReferences() {
  76         return _cross_references;
  77     }
  78
  79     @Override
  80     public String getGeneName() {
  81         return _gene_name;
  82     }
  83
  84     @Override
  85     public List<GoTerm> getGoTerms() {
  86         return _go_terms;
  87     }
  88
  89     @Override
  90     public String getProvider() {
  91         return "uniprot";
  92     }
  93
  94     @Override
  95     public String getSequenceName() {
  96         return _name;
  97     }
  98
  99     @Override
 100     public String getSequenceSymbol() {
 101         return _symbol;
 102     }
 103
 104     @Override
 105     public String getTaxonomyIdentifier() {
 106         return _tax_id;
 107     }
 108
 109     @Override
 110     public String getTaxonomyScientificName() {
 111         return _os_scientific_name;
 112     }
 113
 114     @Override
 115     public boolean isEmpty() {
 116         return ( ForesterUtil.isEmpty( getAccession() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceName() )
 117                 && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyScientificName() ) && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceSymbol() )
 118                 && ForesterUtil.isEmpty( getGeneName() ) && ForesterUtil.isEmpty( getTaxonomyIdentifier() )
 119                 && ForesterUtil.isEmpty( getSequenceSymbol() ) && ( ( getGoTerms() == null ) || getGoTerms().isEmpty() ) && ( ( getCrossReferences() == null ) || getCrossReferences()
 120                 .isEmpty() ) );
 121     }
 122
 123     private void addCrossReference( final Accession accession ) {
 124         if ( _cross_references == null ) {
 125             _cross_references = new ArrayList<Accession>();
 126         }
 127         System.out.println( "XREF ADDED: " + accession );
 128         _cross_references.add( accession );
 129     }
 130
 131     private void addGoTerm( final BasicGoTerm g ) {
 132         if ( _go_terms == null ) {
 133             _go_terms = new ArrayList<GoTerm>();
 134         }
 135         System.out.println( "GOTERM ADDED: " + g );
 136         _go_terms.add( g );
 137     }
 138
 139     private void setAc( final String ac ) {
 140         if ( _ac == null ) {
 141             _ac = ac;
 142         }
 143     }
 144
 145     private void setGeneName( final String gene_name ) {
 146         if ( _gene_name == null ) {
 147             _gene_name = gene_name;
 148         }
 149     }
 150
 151     private void setOsScientificName( final String os_scientific_name ) {
 152         if ( _os_scientific_name == null ) {
 153             _os_scientific_name = os_scientific_name;
 154         }
 155     }
 156
 157     private void setSequenceName( final String name ) {
 158         if ( _name == null ) {
 159             _name = name;
 160         }
 161     }
 162
 163     private void setSequenceSymbol( final String symbol ) {
 164         _symbol = symbol;
 165     }
 166
 167     private void setTaxId( final String tax_id ) {
 168         if ( _tax_id == null ) {
 169             _tax_id = tax_id;
 170         }
 171     }
 172
 173     public static SequenceDatabaseEntry createInstanceFromPlainText( final List<String> lines ) {
 174         final UniProtEntry e = new UniProtEntry();
 175         for( final String line : lines ) {
 176             //System.out.println( line );
 177             if ( line.startsWith( "AC" ) ) {
 178                 e.setAc( DatabaseTools.extract( line, "AC", ";" ) );
 179             }
 180             else if ( line.startsWith( "DE" ) && ForesterUtil.isEmpty( e.getSequenceName() ) ) {
 181                 if ( ( line.indexOf( "RecName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
 182                     e.setSequenceName( DatabaseTools.extract( line, "Full=", ";" ) );
 183                 }
 184                 else if ( ( line.indexOf( "SubName:" ) > 0 ) && ( line.indexOf( "Full=" ) > 0 ) ) {
 185                     e.setSequenceName( DatabaseTools.extract( line, "Full=", ";" ) );
 186                 }
 187             }
 188             else if ( line.startsWith( "DE" ) && ForesterUtil.isEmpty( e.getSequenceSymbol() ) ) {
 189                 if ( line.indexOf( "Short=" ) > 0 ) {
 190                     e.setSequenceSymbol( DatabaseTools.extract( line, "Short=", ";" ) );
 191                 }
 192             }
 193             else if ( line.startsWith( "GN" ) && ForesterUtil.isEmpty( e.getGeneName() ) ) {
 194                 if ( line.indexOf( "Name=" ) > 0 ) {
 195                     e.setGeneName( DatabaseTools.extract( line, "Name=", ";" ) );
 196                 }
 197             }
 198             else if ( line.startsWith( "DR" ) ) {
 199                 if ( line.indexOf( "GO;" ) > 0 ) {
 200                     final Matcher m = GO_PATTERN.matcher( line );
 201                     if ( m.find() ) {
 202                         final String id = m.group( 1 );
 203                         final String ns_str = m.group( 2 );
 204                         final String desc = m.group( 3 );
 205                         String gns = GoNameSpace.BIOLOGICAL_PROCESS_STR;
 206                         if ( ns_str.equals( "F" ) ) {
 207                             gns = GoNameSpace.MOLECULAR_FUNCTION_STR;
 208                         }
 209                         else if ( ns_str.equals( "C" ) ) {
 210                             gns = GoNameSpace.CELLULAR_COMPONENT_STR;
 211                         }
 212                         System.out.println( "GO:" + id + " " + desc + " " + ns_str );
 213                         e.addGoTerm( new BasicGoTerm( id, desc, gns, false ) );
 214                     }
 215                 }
 216                 else if ( line.indexOf( "PDB;" ) > 0 ) {
 217                     final Matcher m = PDB_PATTERN.matcher( line );
 218                     if ( m.find() ) {
 219                         e.addCrossReference( new Accession( m.group( 1 ), "PDB", m.group( 2 ) ) );
 220                     }
 221                 }
 222                 else if ( line.indexOf( "KEGG;" ) > 0 ) {
 223                     final Matcher m = KEGG_PATTERN.matcher( line );
 224                     if ( m.find() ) {
 225                         e.addCrossReference( new Accession( m.group( 1 ), "KEGG" ) );
 226                     }
 227                 }
 228                 else if ( line.indexOf( "CTD;" ) > 0 ) {
 229                     final Matcher m = CTD_PATTERN.matcher( line );
 230                     if ( m.find() ) {
 231                         e.addCrossReference( new Accession( m.group( 1 ), "CTD" ) );
 232                     }
 233                 }
 234                 else if ( line.indexOf( "MIM;" ) > 0 ) {
 235                     final Matcher m = MIM_PATTERN.matcher( line );
 236                     if ( m.find() ) {
 237                         e.addCrossReference( new Accession( m.group( 1 ), "MIM" ) );
 238                     }
 239                 }
 240                 else if ( line.indexOf( "Orphanet;" ) > 0 ) {
 241                     final Matcher m = Orphanet_PATTERN.matcher( line );
 242                     if ( m.find() ) {
 243                         e.addCrossReference( new Accession( m.group( 1 ), "Orphanet", m.group( 2 ) ) );
 244                     }
 245                 }
 246                 else if ( line.indexOf( "PharmGKB;" ) > 0 ) {
 247                     final Matcher m = PharmGKB_PATTERN.matcher( line );
 248                     if ( m.find() ) {
 249                         e.addCrossReference( new Accession( m.group( 1 ), "PharmGKB" ) );
 250                     }
 251                 }
 252                 else if ( line.indexOf( "BindingDB;" ) > 0 ) {
 253                     final Matcher m = BindingDB_PATTERN.matcher( line );
 254                     if ( m.find() ) {
 255                         e.addCrossReference( new Accession( m.group( 1 ), "BindingDB" ) );
 256                     }
 257                 }
 258                 else if ( line.indexOf( "DrugBank;" ) > 0 ) {
 259                     final Matcher m = DrugBank_PATTERN.matcher( line );
 260                     if ( m.find() ) {
 261                         e.addCrossReference( new Accession( m.group( 1 ), "DrugBank", m.group( 2 ) ) );
 262                     }
 263                 }
 264                 else if ( line.indexOf( "NextBio;" ) > 0 ) {
 265                     final Matcher m = NextBio_PATTERN.matcher( line );
 266                     if ( m.find() ) {
 267                         e.addCrossReference( new Accession( m.group( 1 ), "NextBio" ) );
 268                     }
 269                 }
 270                 else if ( line.indexOf( "Reactome;" ) > 0 ) {
 271                     final Matcher m = Reactome_PATTERN.matcher( line );
 272                     if ( m.find() ) {
 273                         e.addCrossReference( new Accession( m.group( 1 ), "Reactome", m.group( 2 ) ) );
 274                     }
 275                 }
 276             }
 277             else if ( line.startsWith( "OS" ) ) {
 278                 if ( line.indexOf( "(" ) > 0 ) {
 279                     e.setOsScientificName( DatabaseTools.extract( line, "OS", "(" ) );
 280                 }
 281                 else {
 282                     e.setOsScientificName( DatabaseTools.extract( line, "OS", "." ) );
 283                 }
 284             }
 285             else if ( line.startsWith( "OX" ) ) {
 286                 if ( line.indexOf( "NCBI_TaxID=" ) > 0 ) {
 287                     e.setTaxId( DatabaseTools.extract( line, "NCBI_TaxID=", ";" ) );
 288                 }
 289             }
 290         }
 291         return e;
 292     }
 293 }