UrlLink.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.util;
  22
  23 import static jalview.util.UrlConstants.DB_ACCESSION;
  24 import static jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID;
  25
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28
  29 import java.util.Arrays;
  30 import java.util.List;
  31 import java.util.Map;
  32 import java.util.Vector;
  33
  34 public class UrlLink
  35 {
  36   /**
  37    * helper class to parse URL Link strings taken from applet parameters or
  38    * jalview properties file using the com.stevesoft.pat.Regex implementation.
  39    * Jalview 2.4 extension allows regular expressions to be used to parse ID
  40    * strings and replace the result in the URL. Regex's operate on the whole ID
  41    * string given to the matchURL method, if no regex is supplied, then only
  42    * text following the first pipe symbol will be substituted. Usage
  43    * documentation todo.
  44    */
  45
  46   // Internal constants
  47   private static final String SEP = "|";
  48
  49   private static final String DELIM = "$";
  50
  51   private String urlSuffix;
  52
  53   private String urlPrefix;
  54
  55   private String target;
  56
  57   private String label;
  58
  59   private String regexReplace;
  60
  61   private boolean dynamic = false;
  62
  63   private boolean usesDBaccession = false;
  64
  65   private String invalidMessage = null;
  66
  67   /**
  68    * parse the given linkString of the form '<label>SEP<url>' into parts url may
  69    * contain a string $SEQUENCE_ID<=optional regex=>$ where <=optional regex=>
  70    * must be of the form =/<perl style regex>/=$
  71    *
  72    * @param link
  73    */
  74   public UrlLink(String link)
  75   {
  76     int sep = link.indexOf(SEP);
  77     int psqid = link.indexOf(DELIM + DB_ACCESSION);
  78     int nsqid = link.indexOf(DELIM + SEQUENCE_ID);
  79     if (psqid > -1)
  80     {
  81       dynamic = true;
  82       usesDBaccession = true;
  83
  84       sep = parseTargetAndLabel(sep, psqid, link);
  85
  86       parseUrl(link, DB_ACCESSION, psqid, sep);
  87     }
  88     else if (nsqid > -1)
  89     {
  90       dynamic = true;
  91       sep = parseTargetAndLabel(sep, nsqid, link);
  92
  93       parseUrl(link, SEQUENCE_ID, nsqid, sep);
  94     }
  95     else
  96     {
  97       target = link.substring(0, sep);
  98       sep = link.lastIndexOf(SEP);
  99       label = link.substring(0, sep);
 100       urlPrefix = link.substring(sep + 1).trim();
 101       regexReplace = null; // implies we trim any prefix if necessary //
 102       urlSuffix = null;
 103     }
 104
 105     label = label.trim();
 106     target = target.trim();
 107   }
 108
 109   /**
 110    * @return the url_suffix
 111    */
 112   public String getUrl_suffix()
 113   {
 114     return urlSuffix;
 115   }
 116
 117   /**
 118    * @return the url_prefix
 119    */
 120   public String getUrl_prefix()
 121   {
 122     return urlPrefix;
 123   }
 124
 125   /**
 126    * @return the target
 127    */
 128   public String getTarget()
 129   {
 130     return target;
 131   }
 132
 133   /**
 134    * @return the label
 135    */
 136   public String getLabel()
 137   {
 138     return label;
 139   }
 140
 141   /**
 142    * @return the regexReplace
 143    */
 144   public String getRegexReplace()
 145   {
 146     return regexReplace;
 147   }
 148
 149   /**
 150    * @return the invalidMessage
 151    */
 152   public String getInvalidMessage()
 153   {
 154     return invalidMessage;
 155   }
 156
 157   /**
 158    * Check if URL string was parsed properly.
 159    *
 160    * @return boolean - if false then <code>getInvalidMessage</code> returns an
 161    *         error message
 162    */
 163   public boolean isValid()
 164   {
 165     return invalidMessage == null;
 166   }
 167
 168   /**
 169    *
 170    * @return whether link is dynamic
 171    */
 172   public boolean isDynamic()
 173   {
 174     return dynamic;
 175   }
 176
 177   /**
 178    *
 179    * @return whether link uses DB Accession id
 180    */
 181   public boolean usesDBAccession()
 182   {
 183     return usesDBaccession;
 184   }
 185
 186   /**
 187    * Set the label
 188    *
 189    * @param newlabel
 190    */
 191   public void setLabel(String newlabel)
 192   {
 193     this.label = newlabel;
 194   }
 195
 196   /**
 197    * return one or more URL strings by applying regex to the given idstring
 198    *
 199    * @param idstring
 200    * @param onlyIfMatches
 201    *          - when true url strings are only made if regex is defined and
 202    *          matches
 203    * @return String[] { part of idstring substituted, full substituted url , ..
 204    *         next part, next url..}
 205    */
 206   public String[] makeUrls(String idstring, boolean onlyIfMatches)
 207   {
 208     if (dynamic)
 209     {
 210       if (regexReplace != null)
 211       {
 212         com.stevesoft.pat.Regex rg = com.stevesoft.pat.Regex.perlCode("/"
 213                 + regexReplace + "/");
 214         if (rg.search(idstring))
 215         {
 216           int ns = rg.numSubs();
 217           if (ns == 0)
 218           {
 219             // take whole regex
 220             return new String[] { rg.stringMatched(),
 221                 urlPrefix + rg.stringMatched() + urlSuffix };
 222           } /*
 223              * else if (ns==1) { // take only subgroup match return new String[]
 224              * { rg.stringMatched(1), url_prefix+rg.stringMatched(1)+url_suffix
 225              * }; }
 226              */
 227           else
 228           {
 229             // debug
 230             for (int s = 0; s <= rg.numSubs(); s++)
 231             {
 232               System.err.println("Sub " + s + " : " + rg.matchedFrom(s)
 233                       + " : " + rg.matchedTo(s) + " : '"
 234                       + rg.stringMatched(s) + "'");
 235             }
 236             // try to collate subgroup matches
 237             Vector subs = new Vector();
 238             // have to loop through submatches, collating them at top level
 239             // match
 240             int s = 0; // 1;
 241             while (s <= ns)
 242             {
 243               if (s + 1 <= ns && rg.matchedTo(s) > -1
 244                       && rg.matchedTo(s + 1) > -1
 245                       && rg.matchedTo(s + 1) < rg.matchedTo(s))
 246               {
 247                 // s is top level submatch. search for submatches enclosed by
 248                 // this one
 249                 int r = s + 1;
 250                 String mtch = "";
 251                 while (r <= ns && rg.matchedTo(r) <= rg.matchedTo(s))
 252                 {
 253                   if (rg.matchedFrom(r) > -1)
 254                   {
 255                     mtch += rg.stringMatched(r);
 256                   }
 257                   r++;
 258                 }
 259                 if (mtch.length() > 0)
 260                 {
 261                   subs.addElement(mtch);
 262                   subs.addElement(urlPrefix + mtch + urlSuffix);
 263                 }
 264                 s = r;
 265               }
 266               else
 267               {
 268                 if (rg.matchedFrom(s) > -1)
 269                 {
 270                   subs.addElement(rg.stringMatched(s));
 271                   subs.addElement(urlPrefix + rg.stringMatched(s)
 272                           + urlSuffix);
 273                 }
 274                 s++;
 275               }
 276             }
 277
 278             String[] res = new String[subs.size()];
 279             for (int r = 0, rs = subs.size(); r < rs; r++)
 280             {
 281               res[r] = (String) subs.elementAt(r);
 282             }
 283             subs.removeAllElements();
 284             return res;
 285           }
 286         }
 287         if (onlyIfMatches)
 288         {
 289           return null;
 290         }
 291       }
 292       /* Otherwise - trim off any 'prefix' - pre 2.4 Jalview behaviour */
 293       if (idstring.indexOf(SEP) > -1)
 294       {
 295         idstring = idstring.substring(idstring.lastIndexOf(SEP) + 1);
 296       }
 297
 298       // just return simple url substitution.
 299       return new String[] { idstring, urlPrefix + idstring + urlSuffix };
 300     }
 301     else
 302     {
 303       return new String[] { "", urlPrefix };
 304     }
 305   }
 306
 307   @Override
 308   public String toString()
 309   {
 310     String var = (usesDBaccession ? DB_ACCESSION : SEQUENCE_ID);
 311
 312     return label
 313             + SEP
 314             + urlPrefix
 315             + (dynamic ? (DELIM + var + ((regexReplace != null) ? "="
 316                     + regexReplace + "=" + DELIM : DELIM)) : "")
 317             + ((urlSuffix == null) ? "" : urlSuffix);
 318   }
 319
 320   /**
 321    *
 322    * @param firstSep
 323    *          Location of first occurrence of separator in link string
 324    * @param psqid
 325    *          Position of sequence id or name in link string
 326    * @param link
 327    *          Link string containing database name and url
 328    * @return Position of last separator symbol prior to any regex symbols
 329    */
 330   protected int parseTargetAndLabel(int firstSep, int psqid, String link)
 331   {
 332     int p = firstSep;
 333     int sep = firstSep;
 334     do
 335     {
 336       sep = p;
 337       p = link.indexOf(SEP, sep + 1);
 338     } while (p > sep && p < psqid);
 339     // Assuming that the URL itself does not contain any SEP symbols
 340     // sep now contains last pipe symbol position prior to any regex symbols
 341     label = link.substring(0, sep);
 342     if (label.indexOf(SEP) > -1)
 343     {
 344       // SEP terminated database name / www target at start of Label
 345       target = label.substring(0, label.indexOf(SEP));
 346     }
 347     else if (label.indexOf(" ") > 2)
 348     {
 349       // space separated Label - matches database name
 350       target = label.substring(0, label.indexOf(" "));
 351     }
 352     else
 353     {
 354       target = label;
 355     }
 356     return sep;
 357   }
 358
 359   /**
 360    * Parse the URL part of the link string
 361    *
 362    * @param link
 363    *          Link string containing database name and url
 364    * @param varName
 365    *          Name of variable in url string (e.g. SEQUENCE_ID, SEQUENCE_NAME)
 366    * @param sqidPos
 367    *          Position of id or name in link string
 368    * @param sep
 369    *          Position of separator in link string
 370    */
 371   protected void parseUrl(String link, String varName, int sqidPos, int sep)
 372   {
 373     urlPrefix = link.substring(sep + 1, sqidPos).trim();
 374
 375     // delimiter at start of regex: e.g. $SEQUENCE_ID=/
 376     String startDelimiter = DELIM + varName + "=/";
 377
 378     // delimiter at end of regex: /=$
 379     String endDelimiter = "/=" + DELIM;
 380
 381     int startLength = startDelimiter.length();
 382
 383     // Parse URL : Whole URL string first
 384     int p = link.indexOf(endDelimiter, sqidPos + startLength);
 385
 386     if (link.indexOf(startDelimiter) == sqidPos
 387             && (p > sqidPos + startLength))
 388     {
 389       // Extract Regex and suffix
 390       urlSuffix = link.substring(p + endDelimiter.length());
 391       regexReplace = link.substring(sqidPos + startLength, p);
 392       try
 393       {
 394         com.stevesoft.pat.Regex rg = com.stevesoft.pat.Regex.perlCode("/"
 395                 + regexReplace + "/");
 396         if (rg == null)
 397         {
 398           invalidMessage = "Invalid Regular Expression : '" + regexReplace
 399                   + "'\n";
 400         }
 401       } catch (Exception e)
 402       {
 403         invalidMessage = "Invalid Regular Expression : '" + regexReplace
 404                 + "'\n";
 405       }
 406     }
 407     else
 408     {
 409       // no regex
 410       regexReplace = null;
 411       // verify format is really correct.
 412       if (link.indexOf(DELIM + varName + DELIM) == sqidPos)
 413       {
 414         urlSuffix = link.substring(sqidPos + startLength - 1);
 415         regexReplace = null;
 416       }
 417       else
 418       {
 419         invalidMessage = "Warning: invalid regex structure for URL link : "
 420                 + link;
 421       }
 422     }
 423   }
 424
 425   /**
 426    * Create a set of URL links for a sequence
 427    *
 428    * @param seq
 429    *          The sequence to create links for
 430    * @param linkset
 431    *          Map of links: key = id + SEP + link, value = [target, label, id,
 432    *          link]
 433    */
 434   public void createLinksFromSeq(final SequenceI seq,
 435           Map<String, List<String>> linkset)
 436   {
 437     if (seq != null && dynamic)
 438     {
 439       createDynamicLinks(seq, linkset);
 440     }
 441     else
 442     {
 443       createStaticLink(linkset);
 444     }
 445   }
 446
 447   /**
 448    * Create a static URL link
 449    *
 450    * @param linkset
 451    *          Map of links: key = id + SEP + link, value = [target, label, id,
 452    *          link]
 453    */
 454   protected void createStaticLink(Map<String, List<String>> linkset)
 455   {
 456     if (!linkset.containsKey(label + SEP + getUrl_prefix()))
 457     {
 458       // Add a non-dynamic link
 459       linkset.put(label + SEP + getUrl_prefix(),
 460               Arrays.asList(target, label, null, getUrl_prefix()));
 461     }
 462   }
 463
 464   /**
 465    * Create dynamic URL links
 466    *
 467    * @param seq
 468    *          The sequence to create links for
 469    * @param linkset
 470    *          Map of links: key = id + SEP + link, value = [target, label, id,
 471    *          link]
 472    */
 473   protected void createDynamicLinks(final SequenceI seq,
 474           Map<String, List<String>> linkset)
 475   {
 476     // collect id string too
 477     String id = seq.getName();
 478     String descr = seq.getDescription();
 479     if (descr != null && descr.length() < 1)
 480     {
 481       descr = null;
 482     }
 483
 484     if (usesDBAccession()) // link is ID
 485     {
 486       // collect matching db-refs
 487       DBRefEntry[] dbr = DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRefs(),
 488               new String[] { target });
 489
 490       // if there are any dbrefs which match up with the link
 491       if (dbr != null)
 492       {
 493         for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 494         {
 495           // create Bare ID link for this URL
 496           createBareURLLink(dbr[r].getAccessionId(), true, linkset);
 497         }
 498       }
 499     }
 500     else if (!usesDBAccession() && id != null) // link is name
 501     {
 502       // create Bare ID link for this URL
 503       createBareURLLink(id, false, linkset);
 504     }
 505
 506     // Create urls from description but only for URL links which are regex
 507     // links
 508     if (descr != null && getRegexReplace() != null)
 509     {
 510       // create link for this URL from description where regex matches
 511       createBareURLLink(descr, false, linkset);
 512     }
 513   }
 514
 515   /*
 516    * Create a bare URL Link
 517    * Returns map where key = id + SEP + link, and value = [target, label, id, link]
 518    */
 519   protected void createBareURLLink(String id, Boolean combineLabel,
 520           Map<String, List<String>> linkset)
 521   {
 522     String[] urls = makeUrls(id, true);
 523     if (urls != null)
 524     {
 525       for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 526       {
 527         if (!linkset.containsKey(urls[u] + SEP + urls[u + 1]))
 528         {
 529           String thisLabel = label;
 530           if (combineLabel)
 531           {
 532             // incorporate label with idstring
 533             thisLabel = label + SEP + urls[u];
 534           }
 535
 536           linkset.put(urls[u] + SEP + urls[u + 1],
 537                   Arrays.asList(target, thisLabel, urls[u], urls[u + 1]));
 538         }
 539       }
 540     }
 541   }
 542
 543   private static void testUrls(UrlLink ul, String idstring, String[] urls)
 544   {
 545
 546     if (urls == null)
 547     {
 548       System.out.println("Created NO urls.");
 549     }
 550     else
 551     {
 552       System.out.println("Created " + (urls.length / 2) + " Urls.");
 553       for (int uls = 0; uls < urls.length; uls += 2)
 554       {
 555         System.out.println("URL Replacement text : " + urls[uls]
 556                 + " : URL : " + urls[uls + 1]);
 557       }
 558     }
 559   }
 560
 561   public static void main(String argv[])
 562   {
 563     String[] links = new String[] {
 564     /*
 565      * "AlinkT|Target|http://foo.foo.soo/",
 566      * "myUrl1|http://$SEQUENCE_ID=/[0-9]+/=$.someserver.org/foo",
 567      * "myUrl2|http://$SEQUENCE_ID=/(([0-9]+).+([A-Za-z]+))/=$.someserver.org/foo"
 568      * ,
 569      * "myUrl3|http://$SEQUENCE_ID=/([0-9]+).+([A-Za-z]+)/=$.someserver.org/foo"
 570      * , "myUrl4|target|http://$SEQUENCE_ID$.someserver.org/foo|too",
 571      * "PF1|http://us.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?$SEQUENCE_ID=/(?:PFAM:)?(.+)/=$"
 572      * ,
 573      * "PF2|http://us.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?$SEQUENCE_ID=/(PFAM:)?(.+)/=$"
 574      * ,
 575      * "PF3|http://us.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?$SEQUENCE_ID=/PFAM:(.+)/=$"
 576      * , "NOTFER|http://notfer.org/$SEQUENCE_ID=/(?<!\\s)(.+)/=$",
 577      */
 578     "NESTED|http://nested/$" + DB_ACCESSION
 579             + "=/^(?:Label:)?(?:(?:gi\\|(\\d+))|([^:]+))/=$/nested" };
 580     String[] idstrings = new String[] {
 581     /*
 582      * //"LGUL_human", //"QWIQW_123123", "uniprot|why_do+_12313_foo",
 583      * //"123123312", "123123 ABCDE foo", "PFAM:PF23943",
 584      */
 585     "Label:gi|9234|pdb|102L|A" };
 586     // TODO: test the setLabel method.
 587     for (int i = 0; i < links.length; i++)
 588     {
 589       UrlLink ul = new UrlLink(links[i]);
 590       if (ul.isValid())
 591       {
 592         System.out.println("\n\n\n");
 593         System.out.println("Link " + i + " " + links[i] + " : "
 594                 + ul.toString());
 595         System.out.println(" pref : "
 596                 + ul.getUrl_prefix()
 597                 + "\n suf : "
 598                 + ul.getUrl_suffix()
 599                 + "\n : "
 600                 + ((ul.getRegexReplace() != null) ? ul.getRegexReplace()
 601                         : ""));
 602         for (int ids = 0; ids < idstrings.length; ids++)
 603         {
 604           System.out.println("ID String : " + idstrings[ids]
 605                   + "\nWithout onlyIfMatches:");
 606           String[] urls = ul.makeUrls(idstrings[ids], false);
 607           testUrls(ul, idstrings[ids], urls);
 608           System.out.println("With onlyIfMatches set.");
 609           urls = ul.makeUrls(idstrings[ids], true);
 610           testUrls(ul, idstrings[ids], urls);
 611         }
 612       }
 613       else
 614       {
 615         System.err.println("Invalid URLLink : " + links[i] + " : "
 616                 + ul.getInvalidMessage());
 617       }
 618     }
 619   }
 620 }