VAMSAS.java

   1 /*
   2  * This class was automatically generated with
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
   4  * Schema.
   5  * $Id$
   6  */
   7
   8 package jalview.schemabinding.version2;
   9
  10   //---------------------------------/
  11  //- Imported classes and packages -/
  12 //---------------------------------/
  13
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  16
  17 /**
  18  * Class VAMSAS.
  19  *
  20  * @version $Revision$ $Date$
  21  */
  22 public class VAMSAS implements java.io.Serializable {
  23
  24
  25       //--------------------------/
  26      //- Class/Member Variables -/
  27     //--------------------------/
  28
  29     /**
  30      * Field _treeList.
  31      */
  32     private java.util.Vector _treeList;
  33
  34     /**
  35      * Field _sequenceSetList.
  36      */
  37     private java.util.Vector _sequenceSetList;
  38
  39
  40       //----------------/
  41      //- Constructors -/
  42     //----------------/
  43
  44     public VAMSAS() {
  45         super();
  46         this._treeList = new java.util.Vector();
  47         this._sequenceSetList = new java.util.Vector();
  48     }
  49
  50
  51       //-----------/
  52      //- Methods -/
  53     //-----------/
  54
  55     /**
  56      *
  57      *
  58      * @param vSequenceSet
  59      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
  60      * given is outside the bounds of the collection
  61      */
  62     public void addSequenceSet(
  63             final jalview.schemabinding.version2.SequenceSet vSequenceSet)
  64     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
  65         this._sequenceSetList.addElement(vSequenceSet);
  66     }
  67
  68     /**
  69      *
  70      *
  71      * @param index
  72      * @param vSequenceSet
  73      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
  74      * given is outside the bounds of the collection
  75      */
  76     public void addSequenceSet(
  77             final int index,
  78             final jalview.schemabinding.version2.SequenceSet vSequenceSet)
  79     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
  80         this._sequenceSetList.add(index, vSequenceSet);
  81     }
  82
  83     /**
  84      *
  85      *
  86      * @param vTree
  87      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
  88      * given is outside the bounds of the collection
  89      */
  90     public void addTree(
  91             final java.lang.String vTree)
  92     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
  93         this._treeList.addElement(vTree);
  94     }
  95
  96     /**
  97      *
  98      *
  99      * @param index
 100      * @param vTree
 101      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 102      * given is outside the bounds of the collection
 103      */
 104     public void addTree(
 105             final int index,
 106             final java.lang.String vTree)
 107     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 108         this._treeList.add(index, vTree);
 109     }
 110
 111     /**
 112      * Method enumerateSequenceSet.
 113      *
 114      * @return an Enumeration over all
 115      * jalview.schemabinding.version2.SequenceSet elements
 116      */
 117     public java.util.Enumeration enumerateSequenceSet(
 118     ) {
 119         return this._sequenceSetList.elements();
 120     }
 121
 122     /**
 123      * Method enumerateTree.
 124      *
 125      * @return an Enumeration over all java.lang.String elements
 126      */
 127     public java.util.Enumeration enumerateTree(
 128     ) {
 129         return this._treeList.elements();
 130     }
 131
 132     /**
 133      * Method getSequenceSet.
 134      *
 135      * @param index
 136      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 137      * given is outside the bounds of the collection
 138      * @return the value of the
 139      * jalview.schemabinding.version2.SequenceSet at the given index
 140      */
 141     public jalview.schemabinding.version2.SequenceSet getSequenceSet(
 142             final int index)
 143     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 144         // check bounds for index
 145         if (index < 0 || index >= this._sequenceSetList.size()) {
 146             throw new IndexOutOfBoundsException("getSequenceSet: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceSetList.size() - 1) + "]");
 147         }
 148
 149         return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) _sequenceSetList.get(index);
 150     }
 151
 152     /**
 153      * Method getSequenceSet.Returns the contents of the collection
 154      * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents
 155      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of
 156      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 157      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 158      *
 159      * @return this collection as an Array
 160      */
 161     public jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[] getSequenceSet(
 162     ) {
 163         jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[] array = new jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[0];
 164         return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[]) this._sequenceSetList.toArray(array);
 165     }
 166
 167     /**
 168      * Method getSequenceSetCount.
 169      *
 170      * @return the size of this collection
 171      */
 172     public int getSequenceSetCount(
 173     ) {
 174         return this._sequenceSetList.size();
 175     }
 176
 177     /**
 178      * Method getTree.
 179      *
 180      * @param index
 181      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 182      * given is outside the bounds of the collection
 183      * @return the value of the java.lang.String at the given index
 184      */
 185     public java.lang.String getTree(
 186             final int index)
 187     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 188         // check bounds for index
 189         if (index < 0 || index >= this._treeList.size()) {
 190             throw new IndexOutOfBoundsException("getTree: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");
 191         }
 192
 193         return (java.lang.String) _treeList.get(index);
 194     }
 195
 196     /**
 197      * Method getTree.Returns the contents of the collection in an
 198      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are
 199      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the
 200      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>
 201      * that the Array returned is of exactly the correct length.
 202      *
 203      * @return this collection as an Array
 204      */
 205     public java.lang.String[] getTree(
 206     ) {
 207         java.lang.String[] array = new java.lang.String[0];
 208         return (java.lang.String[]) this._treeList.toArray(array);
 209     }
 210
 211     /**
 212      * Method getTreeCount.
 213      *
 214      * @return the size of this collection
 215      */
 216     public int getTreeCount(
 217     ) {
 218         return this._treeList.size();
 219     }
 220
 221     /**
 222      * Method isValid.
 223      *
 224      * @return true if this object is valid according to the schema
 225      */
 226     public boolean isValid(
 227     ) {
 228         try {
 229             validate();
 230         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {
 231             return false;
 232         }
 233         return true;
 234     }
 235
 236     /**
 237      *
 238      *
 239      * @param out
 240      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 241      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 242      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 243      * object is an invalid instance according to the schema
 244      */
 245     public void marshal(
 246             final java.io.Writer out)
 247     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 248         Marshaller.marshal(this, out);
 249     }
 250
 251     /**
 252      *
 253      *
 254      * @param handler
 255      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during
 256      * marshaling
 257      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 258      * object is an invalid instance according to the schema
 259      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 260      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 261      */
 262     public void marshal(
 263             final org.xml.sax.ContentHandler handler)
 264     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 265         Marshaller.marshal(this, handler);
 266     }
 267
 268     /**
 269      */
 270     public void removeAllSequenceSet(
 271     ) {
 272         this._sequenceSetList.clear();
 273     }
 274
 275     /**
 276      */
 277     public void removeAllTree(
 278     ) {
 279         this._treeList.clear();
 280     }
 281
 282     /**
 283      * Method removeSequenceSet.
 284      *
 285      * @param vSequenceSet
 286      * @return true if the object was removed from the collection.
 287      */
 288     public boolean removeSequenceSet(
 289             final jalview.schemabinding.version2.SequenceSet vSequenceSet) {
 290         boolean removed = _sequenceSetList.remove(vSequenceSet);
 291         return removed;
 292     }
 293
 294     /**
 295      * Method removeSequenceSetAt.
 296      *
 297      * @param index
 298      * @return the element removed from the collection
 299      */
 300     public jalview.schemabinding.version2.SequenceSet removeSequenceSetAt(
 301             final int index) {
 302         java.lang.Object obj = this._sequenceSetList.remove(index);
 303         return (jalview.schemabinding.version2.SequenceSet) obj;
 304     }
 305
 306     /**
 307      * Method removeTree.
 308      *
 309      * @param vTree
 310      * @return true if the object was removed from the collection.
 311      */
 312     public boolean removeTree(
 313             final java.lang.String vTree) {
 314         boolean removed = _treeList.remove(vTree);
 315         return removed;
 316     }
 317
 318     /**
 319      * Method removeTreeAt.
 320      *
 321      * @param index
 322      * @return the element removed from the collection
 323      */
 324     public java.lang.String removeTreeAt(
 325             final int index) {
 326         java.lang.Object obj = this._treeList.remove(index);
 327         return (java.lang.String) obj;
 328     }
 329
 330     /**
 331      *
 332      *
 333      * @param index
 334      * @param vSequenceSet
 335      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 336      * given is outside the bounds of the collection
 337      */
 338     public void setSequenceSet(
 339             final int index,
 340             final jalview.schemabinding.version2.SequenceSet vSequenceSet)
 341     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 342         // check bounds for index
 343         if (index < 0 || index >= this._sequenceSetList.size()) {
 344             throw new IndexOutOfBoundsException("setSequenceSet: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._sequenceSetList.size() - 1) + "]");
 345         }
 346
 347         this._sequenceSetList.set(index, vSequenceSet);
 348     }
 349
 350     /**
 351      *
 352      *
 353      * @param vSequenceSetArray
 354      */
 355     public void setSequenceSet(
 356             final jalview.schemabinding.version2.SequenceSet[] vSequenceSetArray) {
 357         //-- copy array
 358         _sequenceSetList.clear();
 359
 360         for (int i = 0; i < vSequenceSetArray.length; i++) {
 361                 this._sequenceSetList.add(vSequenceSetArray[i]);
 362         }
 363     }
 364
 365     /**
 366      *
 367      *
 368      * @param index
 369      * @param vTree
 370      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index
 371      * given is outside the bounds of the collection
 372      */
 373     public void setTree(
 374             final int index,
 375             final java.lang.String vTree)
 376     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {
 377         // check bounds for index
 378         if (index < 0 || index >= this._treeList.size()) {
 379             throw new IndexOutOfBoundsException("setTree: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");
 380         }
 381
 382         this._treeList.set(index, vTree);
 383     }
 384
 385     /**
 386      *
 387      *
 388      * @param vTreeArray
 389      */
 390     public void setTree(
 391             final java.lang.String[] vTreeArray) {
 392         //-- copy array
 393         _treeList.clear();
 394
 395         for (int i = 0; i < vTreeArray.length; i++) {
 396                 this._treeList.add(vTreeArray[i]);
 397         }
 398     }
 399
 400     /**
 401      * Method unmarshal.
 402      *
 403      * @param reader
 404      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is
 405      * null or if any SAXException is thrown during marshaling
 406      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 407      * object is an invalid instance according to the schema
 408      * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.VAMSAS
 409      */
 410     public static jalview.schemabinding.version2.VAMSAS unmarshal(
 411             final java.io.Reader reader)
 412     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 413         return (jalview.schemabinding.version2.VAMSAS) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.VAMSAS.class, reader);
 414     }
 415
 416     /**
 417      *
 418      *
 419      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this
 420      * object is an invalid instance according to the schema
 421      */
 422     public void validate(
 423     )
 424     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {
 425         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
 426         validator.validate(this);
 427     }
 428
 429 }