Viewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.binding;
  19
  20 //---------------------------------/
  21 //- Imported classes and packages -/
  22 //---------------------------------/
  23
  24 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  25 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  26
  27 /**
  28  * Class Viewport.
  29  *
  30  * @version $Revision$ $Date$
  31  */
  32 public class Viewport implements java.io.Serializable
  33 {
  34
  35   // --------------------------/
  36   // - Class/Member Variables -/
  37   // --------------------------/
  38
  39   /**
  40    * Field _conservationSelected.
  41    */
  42   private boolean _conservationSelected;
  43
  44   /**
  45    * keeps track of state for field: _conservationSelected
  46    */
  47   private boolean _has_conservationSelected;
  48
  49   /**
  50    * Field _pidSelected.
  51    */
  52   private boolean _pidSelected;
  53
  54   /**
  55    * keeps track of state for field: _pidSelected
  56    */
  57   private boolean _has_pidSelected;
  58
  59   /**
  60    * Field _bgColour.
  61    */
  62   private java.lang.String _bgColour;
  63
  64   /**
  65    * Field _consThreshold.
  66    */
  67   private int _consThreshold;
  68
  69   /**
  70    * keeps track of state for field: _consThreshold
  71    */
  72   private boolean _has_consThreshold;
  73
  74   /**
  75    * Field _pidThreshold.
  76    */
  77   private int _pidThreshold;
  78
  79   /**
  80    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  81    */
  82   private boolean _has_pidThreshold;
  83
  84   /**
  85    * Field _title.
  86    */
  87   private java.lang.String _title;
  88
  89   /**
  90    * Field _showFullId.
  91    */
  92   private boolean _showFullId;
  93
  94   /**
  95    * keeps track of state for field: _showFullId
  96    */
  97   private boolean _has_showFullId;
  98
  99   /**
 100    * Field _showText.
 101    */
 102   private boolean _showText;
 103
 104   /**
 105    * keeps track of state for field: _showText
 106    */
 107   private boolean _has_showText;
 108
 109   /**
 110    * Field _showColourText.
 111    */
 112   private boolean _showColourText;
 113
 114   /**
 115    * keeps track of state for field: _showColourText
 116    */
 117   private boolean _has_showColourText;
 118
 119   /**
 120    * Field _showBoxes.
 121    */
 122   private boolean _showBoxes;
 123
 124   /**
 125    * keeps track of state for field: _showBoxes
 126    */
 127   private boolean _has_showBoxes;
 128
 129   /**
 130    * Field _wrapAlignment.
 131    */
 132   private boolean _wrapAlignment;
 133
 134   /**
 135    * keeps track of state for field: _wrapAlignment
 136    */
 137   private boolean _has_wrapAlignment;
 138
 139   /**
 140    * Field _renderGaps.
 141    */
 142   private boolean _renderGaps;
 143
 144   /**
 145    * keeps track of state for field: _renderGaps
 146    */
 147   private boolean _has_renderGaps;
 148
 149   /**
 150    * Field _showSequenceFeatures.
 151    */
 152   private boolean _showSequenceFeatures;
 153
 154   /**
 155    * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
 156    */
 157   private boolean _has_showSequenceFeatures;
 158
 159   /**
 160    * Field _showAnnotation.
 161    */
 162   private boolean _showAnnotation;
 163
 164   /**
 165    * keeps track of state for field: _showAnnotation
 166    */
 167   private boolean _has_showAnnotation;
 168
 169   /**
 170    * Field _showConservation.
 171    */
 172   private boolean _showConservation;
 173
 174   /**
 175    * keeps track of state for field: _showConservation
 176    */
 177   private boolean _has_showConservation;
 178
 179   /**
 180    * Field _showQuality.
 181    */
 182   private boolean _showQuality;
 183
 184   /**
 185    * keeps track of state for field: _showQuality
 186    */
 187   private boolean _has_showQuality;
 188
 189   /**
 190    * Field _showIdentity.
 191    */
 192   private boolean _showIdentity;
 193
 194   /**
 195    * keeps track of state for field: _showIdentity
 196    */
 197   private boolean _has_showIdentity;
 198
 199   /**
 200    * Field _xpos.
 201    */
 202   private int _xpos;
 203
 204   /**
 205    * keeps track of state for field: _xpos
 206    */
 207   private boolean _has_xpos;
 208
 209   /**
 210    * Field _ypos.
 211    */
 212   private int _ypos;
 213
 214   /**
 215    * keeps track of state for field: _ypos
 216    */
 217   private boolean _has_ypos;
 218
 219   /**
 220    * Field _width.
 221    */
 222   private int _width;
 223
 224   /**
 225    * keeps track of state for field: _width
 226    */
 227   private boolean _has_width;
 228
 229   /**
 230    * Field _height.
 231    */
 232   private int _height;
 233
 234   /**
 235    * keeps track of state for field: _height
 236    */
 237   private boolean _has_height;
 238
 239   /**
 240    * Field _startRes.
 241    */
 242   private int _startRes;
 243
 244   /**
 245    * keeps track of state for field: _startRes
 246    */
 247   private boolean _has_startRes;
 248
 249   /**
 250    * Field _startSeq.
 251    */
 252   private int _startSeq;
 253
 254   /**
 255    * keeps track of state for field: _startSeq
 256    */
 257   private boolean _has_startSeq;
 258
 259   /**
 260    * Field _fontName.
 261    */
 262   private java.lang.String _fontName;
 263
 264   /**
 265    * Field _fontSize.
 266    */
 267   private int _fontSize;
 268
 269   /**
 270    * keeps track of state for field: _fontSize
 271    */
 272   private boolean _has_fontSize;
 273
 274   /**
 275    * Field _fontStyle.
 276    */
 277   private int _fontStyle;
 278
 279   /**
 280    * keeps track of state for field: _fontStyle
 281    */
 282   private boolean _has_fontStyle;
 283
 284   // ----------------/
 285   // - Constructors -/
 286   // ----------------/
 287
 288   public Viewport()
 289   {
 290     super();
 291   }
 292
 293   // -----------/
 294   // - Methods -/
 295   // -----------/
 296
 297   /**
 298      */
 299   public void deleteConsThreshold()
 300   {
 301     this._has_consThreshold = false;
 302   }
 303
 304   /**
 305      */
 306   public void deleteConservationSelected()
 307   {
 308     this._has_conservationSelected = false;
 309   }
 310
 311   /**
 312      */
 313   public void deleteFontSize()
 314   {
 315     this._has_fontSize = false;
 316   }
 317
 318   /**
 319      */
 320   public void deleteFontStyle()
 321   {
 322     this._has_fontStyle = false;
 323   }
 324
 325   /**
 326      */
 327   public void deleteHeight()
 328   {
 329     this._has_height = false;
 330   }
 331
 332   /**
 333      */
 334   public void deletePidSelected()
 335   {
 336     this._has_pidSelected = false;
 337   }
 338
 339   /**
 340      */
 341   public void deletePidThreshold()
 342   {
 343     this._has_pidThreshold = false;
 344   }
 345
 346   /**
 347      */
 348   public void deleteRenderGaps()
 349   {
 350     this._has_renderGaps = false;
 351   }
 352
 353   /**
 354      */
 355   public void deleteShowAnnotation()
 356   {
 357     this._has_showAnnotation = false;
 358   }
 359
 360   /**
 361      */
 362   public void deleteShowBoxes()
 363   {
 364     this._has_showBoxes = false;
 365   }
 366
 367   /**
 368      */
 369   public void deleteShowColourText()
 370   {
 371     this._has_showColourText = false;
 372   }
 373
 374   /**
 375      */
 376   public void deleteShowConservation()
 377   {
 378     this._has_showConservation = false;
 379   }
 380
 381   /**
 382      */
 383   public void deleteShowFullId()
 384   {
 385     this._has_showFullId = false;
 386   }
 387
 388   /**
 389      */
 390   public void deleteShowIdentity()
 391   {
 392     this._has_showIdentity = false;
 393   }
 394
 395   /**
 396      */
 397   public void deleteShowQuality()
 398   {
 399     this._has_showQuality = false;
 400   }
 401
 402   /**
 403      */
 404   public void deleteShowSequenceFeatures()
 405   {
 406     this._has_showSequenceFeatures = false;
 407   }
 408
 409   /**
 410      */
 411   public void deleteShowText()
 412   {
 413     this._has_showText = false;
 414   }
 415
 416   /**
 417      */
 418   public void deleteStartRes()
 419   {
 420     this._has_startRes = false;
 421   }
 422
 423   /**
 424      */
 425   public void deleteStartSeq()
 426   {
 427     this._has_startSeq = false;
 428   }
 429
 430   /**
 431      */
 432   public void deleteWidth()
 433   {
 434     this._has_width = false;
 435   }
 436
 437   /**
 438      */
 439   public void deleteWrapAlignment()
 440   {
 441     this._has_wrapAlignment = false;
 442   }
 443
 444   /**
 445      */
 446   public void deleteXpos()
 447   {
 448     this._has_xpos = false;
 449   }
 450
 451   /**
 452      */
 453   public void deleteYpos()
 454   {
 455     this._has_ypos = false;
 456   }
 457
 458   /**
 459    * Returns the value of field 'bgColour'.
 460    *
 461    * @return the value of field 'BgColour'.
 462    */
 463   public java.lang.String getBgColour()
 464   {
 465     return this._bgColour;
 466   }
 467
 468   /**
 469    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 470    *
 471    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 472    */
 473   public int getConsThreshold()
 474   {
 475     return this._consThreshold;
 476   }
 477
 478   /**
 479    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 480    *
 481    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 482    */
 483   public boolean getConservationSelected()
 484   {
 485     return this._conservationSelected;
 486   }
 487
 488   /**
 489    * Returns the value of field 'fontName'.
 490    *
 491    * @return the value of field 'FontName'.
 492    */
 493   public java.lang.String getFontName()
 494   {
 495     return this._fontName;
 496   }
 497
 498   /**
 499    * Returns the value of field 'fontSize'.
 500    *
 501    * @return the value of field 'FontSize'.
 502    */
 503   public int getFontSize()
 504   {
 505     return this._fontSize;
 506   }
 507
 508   /**
 509    * Returns the value of field 'fontStyle'.
 510    *
 511    * @return the value of field 'FontStyle'.
 512    */
 513   public int getFontStyle()
 514   {
 515     return this._fontStyle;
 516   }
 517
 518   /**
 519    * Returns the value of field 'height'.
 520    *
 521    * @return the value of field 'Height'.
 522    */
 523   public int getHeight()
 524   {
 525     return this._height;
 526   }
 527
 528   /**
 529    * Returns the value of field 'pidSelected'.
 530    *
 531    * @return the value of field 'PidSelected'.
 532    */
 533   public boolean getPidSelected()
 534   {
 535     return this._pidSelected;
 536   }
 537
 538   /**
 539    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
 540    *
 541    * @return the value of field 'PidThreshold'.
 542    */
 543   public int getPidThreshold()
 544   {
 545     return this._pidThreshold;
 546   }
 547
 548   /**
 549    * Returns the value of field 'renderGaps'.
 550    *
 551    * @return the value of field 'RenderGaps'.
 552    */
 553   public boolean getRenderGaps()
 554   {
 555     return this._renderGaps;
 556   }
 557
 558   /**
 559    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
 560    *
 561    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
 562    */
 563   public boolean getShowAnnotation()
 564   {
 565     return this._showAnnotation;
 566   }
 567
 568   /**
 569    * Returns the value of field 'showBoxes'.
 570    *
 571    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
 572    */
 573   public boolean getShowBoxes()
 574   {
 575     return this._showBoxes;
 576   }
 577
 578   /**
 579    * Returns the value of field 'showColourText'.
 580    *
 581    * @return the value of field 'ShowColourText'.
 582    */
 583   public boolean getShowColourText()
 584   {
 585     return this._showColourText;
 586   }
 587
 588   /**
 589    * Returns the value of field 'showConservation'.
 590    *
 591    * @return the value of field 'ShowConservation'.
 592    */
 593   public boolean getShowConservation()
 594   {
 595     return this._showConservation;
 596   }
 597
 598   /**
 599    * Returns the value of field 'showFullId'.
 600    *
 601    * @return the value of field 'ShowFullId'.
 602    */
 603   public boolean getShowFullId()
 604   {
 605     return this._showFullId;
 606   }
 607
 608   /**
 609    * Returns the value of field 'showIdentity'.
 610    *
 611    * @return the value of field 'ShowIdentity'.
 612    */
 613   public boolean getShowIdentity()
 614   {
 615     return this._showIdentity;
 616   }
 617
 618   /**
 619    * Returns the value of field 'showQuality'.
 620    *
 621    * @return the value of field 'ShowQuality'.
 622    */
 623   public boolean getShowQuality()
 624   {
 625     return this._showQuality;
 626   }
 627
 628   /**
 629    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
 630    *
 631    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
 632    */
 633   public boolean getShowSequenceFeatures()
 634   {
 635     return this._showSequenceFeatures;
 636   }
 637
 638   /**
 639    * Returns the value of field 'showText'.
 640    *
 641    * @return the value of field 'ShowText'.
 642    */
 643   public boolean getShowText()
 644   {
 645     return this._showText;
 646   }
 647
 648   /**
 649    * Returns the value of field 'startRes'.
 650    *
 651    * @return the value of field 'StartRes'.
 652    */
 653   public int getStartRes()
 654   {
 655     return this._startRes;
 656   }
 657
 658   /**
 659    * Returns the value of field 'startSeq'.
 660    *
 661    * @return the value of field 'StartSeq'.
 662    */
 663   public int getStartSeq()
 664   {
 665     return this._startSeq;
 666   }
 667
 668   /**
 669    * Returns the value of field 'title'.
 670    *
 671    * @return the value of field 'Title'.
 672    */
 673   public java.lang.String getTitle()
 674   {
 675     return this._title;
 676   }
 677
 678   /**
 679    * Returns the value of field 'width'.
 680    *
 681    * @return the value of field 'Width'.
 682    */
 683   public int getWidth()
 684   {
 685     return this._width;
 686   }
 687
 688   /**
 689    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
 690    *
 691    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
 692    */
 693   public boolean getWrapAlignment()
 694   {
 695     return this._wrapAlignment;
 696   }
 697
 698   /**
 699    * Returns the value of field 'xpos'.
 700    *
 701    * @return the value of field 'Xpos'.
 702    */
 703   public int getXpos()
 704   {
 705     return this._xpos;
 706   }
 707
 708   /**
 709    * Returns the value of field 'ypos'.
 710    *
 711    * @return the value of field 'Ypos'.
 712    */
 713   public int getYpos()
 714   {
 715     return this._ypos;
 716   }
 717
 718   /**
 719    * Method hasConsThreshold.
 720    *
 721    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
 722    */
 723   public boolean hasConsThreshold()
 724   {
 725     return this._has_consThreshold;
 726   }
 727
 728   /**
 729    * Method hasConservationSelected.
 730    *
 731    * @return true if at least one ConservationSelected has been added
 732    */
 733   public boolean hasConservationSelected()
 734   {
 735     return this._has_conservationSelected;
 736   }
 737
 738   /**
 739    * Method hasFontSize.
 740    *
 741    * @return true if at least one FontSize has been added
 742    */
 743   public boolean hasFontSize()
 744   {
 745     return this._has_fontSize;
 746   }
 747
 748   /**
 749    * Method hasFontStyle.
 750    *
 751    * @return true if at least one FontStyle has been added
 752    */
 753   public boolean hasFontStyle()
 754   {
 755     return this._has_fontStyle;
 756   }
 757
 758   /**
 759    * Method hasHeight.
 760    *
 761    * @return true if at least one Height has been added
 762    */
 763   public boolean hasHeight()
 764   {
 765     return this._has_height;
 766   }
 767
 768   /**
 769    * Method hasPidSelected.
 770    *
 771    * @return true if at least one PidSelected has been added
 772    */
 773   public boolean hasPidSelected()
 774   {
 775     return this._has_pidSelected;
 776   }
 777
 778   /**
 779    * Method hasPidThreshold.
 780    *
 781    * @return true if at least one PidThreshold has been added
 782    */
 783   public boolean hasPidThreshold()
 784   {
 785     return this._has_pidThreshold;
 786   }
 787
 788   /**
 789    * Method hasRenderGaps.
 790    *
 791    * @return true if at least one RenderGaps has been added
 792    */
 793   public boolean hasRenderGaps()
 794   {
 795     return this._has_renderGaps;
 796   }
 797
 798   /**
 799    * Method hasShowAnnotation.
 800    *
 801    * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
 802    */
 803   public boolean hasShowAnnotation()
 804   {
 805     return this._has_showAnnotation;
 806   }
 807
 808   /**
 809    * Method hasShowBoxes.
 810    *
 811    * @return true if at least one ShowBoxes has been added
 812    */
 813   public boolean hasShowBoxes()
 814   {
 815     return this._has_showBoxes;
 816   }
 817
 818   /**
 819    * Method hasShowColourText.
 820    *
 821    * @return true if at least one ShowColourText has been added
 822    */
 823   public boolean hasShowColourText()
 824   {
 825     return this._has_showColourText;
 826   }
 827
 828   /**
 829    * Method hasShowConservation.
 830    *
 831    * @return true if at least one ShowConservation has been added
 832    */
 833   public boolean hasShowConservation()
 834   {
 835     return this._has_showConservation;
 836   }
 837
 838   /**
 839    * Method hasShowFullId.
 840    *
 841    * @return true if at least one ShowFullId has been added
 842    */
 843   public boolean hasShowFullId()
 844   {
 845     return this._has_showFullId;
 846   }
 847
 848   /**
 849    * Method hasShowIdentity.
 850    *
 851    * @return true if at least one ShowIdentity has been added
 852    */
 853   public boolean hasShowIdentity()
 854   {
 855     return this._has_showIdentity;
 856   }
 857
 858   /**
 859    * Method hasShowQuality.
 860    *
 861    * @return true if at least one ShowQuality has been added
 862    */
 863   public boolean hasShowQuality()
 864   {
 865     return this._has_showQuality;
 866   }
 867
 868   /**
 869    * Method hasShowSequenceFeatures.
 870    *
 871    * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been added
 872    */
 873   public boolean hasShowSequenceFeatures()
 874   {
 875     return this._has_showSequenceFeatures;
 876   }
 877
 878   /**
 879    * Method hasShowText.
 880    *
 881    * @return true if at least one ShowText has been added
 882    */
 883   public boolean hasShowText()
 884   {
 885     return this._has_showText;
 886   }
 887
 888   /**
 889    * Method hasStartRes.
 890    *
 891    * @return true if at least one StartRes has been added
 892    */
 893   public boolean hasStartRes()
 894   {
 895     return this._has_startRes;
 896   }
 897
 898   /**
 899    * Method hasStartSeq.
 900    *
 901    * @return true if at least one StartSeq has been added
 902    */
 903   public boolean hasStartSeq()
 904   {
 905     return this._has_startSeq;
 906   }
 907
 908   /**
 909    * Method hasWidth.
 910    *
 911    * @return true if at least one Width has been added
 912    */
 913   public boolean hasWidth()
 914   {
 915     return this._has_width;
 916   }
 917
 918   /**
 919    * Method hasWrapAlignment.
 920    *
 921    * @return true if at least one WrapAlignment has been added
 922    */
 923   public boolean hasWrapAlignment()
 924   {
 925     return this._has_wrapAlignment;
 926   }
 927
 928   /**
 929    * Method hasXpos.
 930    *
 931    * @return true if at least one Xpos has been added
 932    */
 933   public boolean hasXpos()
 934   {
 935     return this._has_xpos;
 936   }
 937
 938   /**
 939    * Method hasYpos.
 940    *
 941    * @return true if at least one Ypos has been added
 942    */
 943   public boolean hasYpos()
 944   {
 945     return this._has_ypos;
 946   }
 947
 948   /**
 949    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 950    *
 951    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 952    */
 953   public boolean isConservationSelected()
 954   {
 955     return this._conservationSelected;
 956   }
 957
 958   /**
 959    * Returns the value of field 'pidSelected'.
 960    *
 961    * @return the value of field 'PidSelected'.
 962    */
 963   public boolean isPidSelected()
 964   {
 965     return this._pidSelected;
 966   }
 967
 968   /**
 969    * Returns the value of field 'renderGaps'.
 970    *
 971    * @return the value of field 'RenderGaps'.
 972    */
 973   public boolean isRenderGaps()
 974   {
 975     return this._renderGaps;
 976   }
 977
 978   /**
 979    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
 980    *
 981    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
 982    */
 983   public boolean isShowAnnotation()
 984   {
 985     return this._showAnnotation;
 986   }
 987
 988   /**
 989    * Returns the value of field 'showBoxes'.
 990    *
 991    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
 992    */
 993   public boolean isShowBoxes()
 994   {
 995     return this._showBoxes;
 996   }
 997
 998   /**
 999    * Returns the value of field 'showColourText'.
1000    *
1001    * @return the value of field 'ShowColourText'.
1002    */
1003   public boolean isShowColourText()
1004   {
1005     return this._showColourText;
1006   }
1007
1008   /**
1009    * Returns the value of field 'showConservation'.
1010    *
1011    * @return the value of field 'ShowConservation'.
1012    */
1013   public boolean isShowConservation()
1014   {
1015     return this._showConservation;
1016   }
1017
1018   /**
1019    * Returns the value of field 'showFullId'.
1020    *
1021    * @return the value of field 'ShowFullId'.
1022    */
1023   public boolean isShowFullId()
1024   {
1025     return this._showFullId;
1026   }
1027
1028   /**
1029    * Returns the value of field 'showIdentity'.
1030    *
1031    * @return the value of field 'ShowIdentity'.
1032    */
1033   public boolean isShowIdentity()
1034   {
1035     return this._showIdentity;
1036   }
1037
1038   /**
1039    * Returns the value of field 'showQuality'.
1040    *
1041    * @return the value of field 'ShowQuality'.
1042    */
1043   public boolean isShowQuality()
1044   {
1045     return this._showQuality;
1046   }
1047
1048   /**
1049    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1050    *
1051    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1052    */
1053   public boolean isShowSequenceFeatures()
1054   {
1055     return this._showSequenceFeatures;
1056   }
1057
1058   /**
1059    * Returns the value of field 'showText'.
1060    *
1061    * @return the value of field 'ShowText'.
1062    */
1063   public boolean isShowText()
1064   {
1065     return this._showText;
1066   }
1067
1068   /**
1069    * Method isValid.
1070    *
1071    * @return true if this object is valid according to the schema
1072    */
1073   public boolean isValid()
1074   {
1075     try
1076     {
1077       validate();
1078     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
1079     {
1080       return false;
1081     }
1082     return true;
1083   }
1084
1085   /**
1086    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1087    *
1088    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1089    */
1090   public boolean isWrapAlignment()
1091   {
1092     return this._wrapAlignment;
1093   }
1094
1095   /**
1096    *
1097    *
1098    * @param out
1099    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1100    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1101    *           marshaling
1102    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1103    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1104    */
1105   public void marshal(final java.io.Writer out)
1106           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1107           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1108   {
1109     Marshaller.marshal(this, out);
1110   }
1111
1112   /**
1113    *
1114    *
1115    * @param handler
1116    * @throws java.io.IOException
1117    *           if an IOException occurs during marshaling
1118    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1119    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1120    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1121    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1122    *           marshaling
1123    */
1124   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
1125           throws java.io.IOException,
1126           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1127           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1128   {
1129     Marshaller.marshal(this, handler);
1130   }
1131
1132   /**
1133    * Sets the value of field 'bgColour'.
1134    *
1135    * @param bgColour
1136    *          the value of field 'bgColour'.
1137    */
1138   public void setBgColour(final java.lang.String bgColour)
1139   {
1140     this._bgColour = bgColour;
1141   }
1142
1143   /**
1144    * Sets the value of field 'consThreshold'.
1145    *
1146    * @param consThreshold
1147    *          the value of field 'consThreshold'.
1148    */
1149   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
1150   {
1151     this._consThreshold = consThreshold;
1152     this._has_consThreshold = true;
1153   }
1154
1155   /**
1156    * Sets the value of field 'conservationSelected'.
1157    *
1158    * @param conservationSelected
1159    *          the value of field 'conservationSelected'.
1160    */
1161   public void setConservationSelected(final boolean conservationSelected)
1162   {
1163     this._conservationSelected = conservationSelected;
1164     this._has_conservationSelected = true;
1165   }
1166
1167   /**
1168    * Sets the value of field 'fontName'.
1169    *
1170    * @param fontName
1171    *          the value of field 'fontName'.
1172    */
1173   public void setFontName(final java.lang.String fontName)
1174   {
1175     this._fontName = fontName;
1176   }
1177
1178   /**
1179    * Sets the value of field 'fontSize'.
1180    *
1181    * @param fontSize
1182    *          the value of field 'fontSize'.
1183    */
1184   public void setFontSize(final int fontSize)
1185   {
1186     this._fontSize = fontSize;
1187     this._has_fontSize = true;
1188   }
1189
1190   /**
1191    * Sets the value of field 'fontStyle'.
1192    *
1193    * @param fontStyle
1194    *          the value of field 'fontStyle'.
1195    */
1196   public void setFontStyle(final int fontStyle)
1197   {
1198     this._fontStyle = fontStyle;
1199     this._has_fontStyle = true;
1200   }
1201
1202   /**
1203    * Sets the value of field 'height'.
1204    *
1205    * @param height
1206    *          the value of field 'height'.
1207    */
1208   public void setHeight(final int height)
1209   {
1210     this._height = height;
1211     this._has_height = true;
1212   }
1213
1214   /**
1215    * Sets the value of field 'pidSelected'.
1216    *
1217    * @param pidSelected
1218    *          the value of field 'pidSelected'.
1219    */
1220   public void setPidSelected(final boolean pidSelected)
1221   {
1222     this._pidSelected = pidSelected;
1223     this._has_pidSelected = true;
1224   }
1225
1226   /**
1227    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
1228    *
1229    * @param pidThreshold
1230    *          the value of field 'pidThreshold'.
1231    */
1232   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
1233   {
1234     this._pidThreshold = pidThreshold;
1235     this._has_pidThreshold = true;
1236   }
1237
1238   /**
1239    * Sets the value of field 'renderGaps'.
1240    *
1241    * @param renderGaps
1242    *          the value of field 'renderGaps'.
1243    */
1244   public void setRenderGaps(final boolean renderGaps)
1245   {
1246     this._renderGaps = renderGaps;
1247     this._has_renderGaps = true;
1248   }
1249
1250   /**
1251    * Sets the value of field 'showAnnotation'.
1252    *
1253    * @param showAnnotation
1254    *          the value of field 'showAnnotation'.
1255    */
1256   public void setShowAnnotation(final boolean showAnnotation)
1257   {
1258     this._showAnnotation = showAnnotation;
1259     this._has_showAnnotation = true;
1260   }
1261
1262   /**
1263    * Sets the value of field 'showBoxes'.
1264    *
1265    * @param showBoxes
1266    *          the value of field 'showBoxes'.
1267    */
1268   public void setShowBoxes(final boolean showBoxes)
1269   {
1270     this._showBoxes = showBoxes;
1271     this._has_showBoxes = true;
1272   }
1273
1274   /**
1275    * Sets the value of field 'showColourText'.
1276    *
1277    * @param showColourText
1278    *          the value of field 'showColourText'.
1279    */
1280   public void setShowColourText(final boolean showColourText)
1281   {
1282     this._showColourText = showColourText;
1283     this._has_showColourText = true;
1284   }
1285
1286   /**
1287    * Sets the value of field 'showConservation'.
1288    *
1289    * @param showConservation
1290    *          the value of field 'showConservation'
1291    */
1292   public void setShowConservation(final boolean showConservation)
1293   {
1294     this._showConservation = showConservation;
1295     this._has_showConservation = true;
1296   }
1297
1298   /**
1299    * Sets the value of field 'showFullId'.
1300    *
1301    * @param showFullId
1302    *          the value of field 'showFullId'.
1303    */
1304   public void setShowFullId(final boolean showFullId)
1305   {
1306     this._showFullId = showFullId;
1307     this._has_showFullId = true;
1308   }
1309
1310   /**
1311    * Sets the value of field 'showIdentity'.
1312    *
1313    * @param showIdentity
1314    *          the value of field 'showIdentity'.
1315    */
1316   public void setShowIdentity(final boolean showIdentity)
1317   {
1318     this._showIdentity = showIdentity;
1319     this._has_showIdentity = true;
1320   }
1321
1322   /**
1323    * Sets the value of field 'showQuality'.
1324    *
1325    * @param showQuality
1326    *          the value of field 'showQuality'.
1327    */
1328   public void setShowQuality(final boolean showQuality)
1329   {
1330     this._showQuality = showQuality;
1331     this._has_showQuality = true;
1332   }
1333
1334   /**
1335    * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
1336    *
1337    * @param showSequenceFeatures
1338    *          the value of field 'showSequenceFeatures'.
1339    */
1340   public void setShowSequenceFeatures(final boolean showSequenceFeatures)
1341   {
1342     this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
1343     this._has_showSequenceFeatures = true;
1344   }
1345
1346   /**
1347    * Sets the value of field 'showText'.
1348    *
1349    * @param showText
1350    *          the value of field 'showText'.
1351    */
1352   public void setShowText(final boolean showText)
1353   {
1354     this._showText = showText;
1355     this._has_showText = true;
1356   }
1357
1358   /**
1359    * Sets the value of field 'startRes'.
1360    *
1361    * @param startRes
1362    *          the value of field 'startRes'.
1363    */
1364   public void setStartRes(final int startRes)
1365   {
1366     this._startRes = startRes;
1367     this._has_startRes = true;
1368   }
1369
1370   /**
1371    * Sets the value of field 'startSeq'.
1372    *
1373    * @param startSeq
1374    *          the value of field 'startSeq'.
1375    */
1376   public void setStartSeq(final int startSeq)
1377   {
1378     this._startSeq = startSeq;
1379     this._has_startSeq = true;
1380   }
1381
1382   /**
1383    * Sets the value of field 'title'.
1384    *
1385    * @param title
1386    *          the value of field 'title'.
1387    */
1388   public void setTitle(final java.lang.String title)
1389   {
1390     this._title = title;
1391   }
1392
1393   /**
1394    * Sets the value of field 'width'.
1395    *
1396    * @param width
1397    *          the value of field 'width'.
1398    */
1399   public void setWidth(final int width)
1400   {
1401     this._width = width;
1402     this._has_width = true;
1403   }
1404
1405   /**
1406    * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
1407    *
1408    * @param wrapAlignment
1409    *          the value of field 'wrapAlignment'.
1410    */
1411   public void setWrapAlignment(final boolean wrapAlignment)
1412   {
1413     this._wrapAlignment = wrapAlignment;
1414     this._has_wrapAlignment = true;
1415   }
1416
1417   /**
1418    * Sets the value of field 'xpos'.
1419    *
1420    * @param xpos
1421    *          the value of field 'xpos'.
1422    */
1423   public void setXpos(final int xpos)
1424   {
1425     this._xpos = xpos;
1426     this._has_xpos = true;
1427   }
1428
1429   /**
1430    * Sets the value of field 'ypos'.
1431    *
1432    * @param ypos
1433    *          the value of field 'ypos'.
1434    */
1435   public void setYpos(final int ypos)
1436   {
1437     this._ypos = ypos;
1438     this._has_ypos = true;
1439   }
1440
1441   /**
1442    * Method unmarshal.
1443    *
1444    * @param reader
1445    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
1446    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
1447    *           marshaling
1448    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1449    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1450    * @return the unmarshaled jalview.binding.Viewport
1451    */
1452   public static jalview.binding.Viewport unmarshal(
1453           final java.io.Reader reader)
1454           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
1455           org.exolab.castor.xml.ValidationException
1456   {
1457     return (jalview.binding.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(
1458             jalview.binding.Viewport.class, reader);
1459   }
1460
1461   /**
1462    *
1463    *
1464    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1465    *           if this object is an invalid instance according to the schema
1466    */
1467   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
1468   {
1469     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
1470     validator.validate(this);
1471   }
1472
1473 }