Zsort.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 \r
  24 public class Zsort {\r
  25     public void Zsort(Vector bonds) {\r
  26         sort(bonds, 0, bonds.size() - 1);\r
  27     }\r
  28 \r
  29     public void sort(Vector bonds, int p, int r) {\r
  30         int q;\r
  31 \r
  32         if (p < r) {\r
  33             q = partition(bonds, p, r);\r
  34             sort(bonds, p, q);\r
  35             sort(bonds, q + 1, r);\r
  36         }\r
  37     }\r
  38 \r
  39     private int partition(Vector bonds, int p, int r) {\r
  40         float x = ((Bond) bonds.elementAt(p)).start[2];\r
  41         int i = p - 1;\r
  42         int j = r + 1;\r
  43         Bond tmp;\r
  44         while (true) {\r
  45             do {\r
  46                 j = j - 1;\r
  47             } while ((j >= 0) && (((Bond) bonds.elementAt(j)).start[2] > x));\r
  48 \r
  49             do {\r
  50                 i = i + 1;\r
  51             } while ((i < bonds.size()) &&\r
  52                     (((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] < x));\r
  53 \r
  54             if (i < j) {\r
  55                 tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
  56                 bonds.setElementAt(bonds.elementAt(j), i);\r
  57                 bonds.setElementAt(tmp, j);\r
  58             } else {\r
  59                 return j;\r
  60             }\r
  61         }\r
  62     }\r
  63 }\r