build.diff

   1 --- build.gradle.orig   2024-05-22 09:14:54.544344630 +0200
   2 +++ build.gradle        2024-05-22 09:45:40.809642258 +0200
   3 @@ -51,8 +51,8 @@
   4    id 'java'
   5    id 'application'
   6    id 'eclipse'
   7 -  id "com.diffplug.gradle.spotless" version "3.28.0"
   8 -  id 'com.github.johnrengelman.shadow' version '6.0.0'
   9 +  id "com.diffplug.spotless" version "6.18.0"
  10 +  id 'com.github.johnrengelman.shadow' version '8.1.1'
  11    id 'com.install4j.gradle' version '10.0.3'
  12    id 'com.dorongold.task-tree' version '2.1.1' // only needed to display task dependency tree with  gradle task1 [task2 ...] taskTree
  13    id 'com.palantir.git-version' version '0.13.0' apply false
  14 @@ -193,6 +193,7 @@
  15    testDir = string("${jalviewDir}/${bareTestSourceDir}")
  16
  17    classesDir = string("${jalviewDir}/${classes_dir}")
  18 +  destinationDirectory = file(classesDir)
  19
  20    // clover
  21    useClover = clover.equals("true")
  22 @@ -590,14 +591,14 @@
  23    main {
  24      java {
  25        srcDirs sourceDir
  26 -      outputDir = file(classesDir)
  27 +      destinationDirectory = file(classesDir)
  28      }
  29
  30      resources {
  31        srcDirs = [ resourcesBuildDir, docBuildDir, helpBuildDir ]
  32      }
  33
  34 -    compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
  35 +    compileClasspath = files(sourceSets.main.java.destinationDirectory)
  36      compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
  37
  38      runtimeClasspath = compileClasspath
  39 @@ -607,14 +608,14 @@
  40    clover {
  41      java {
  42        srcDirs cloverInstrDir
  43 -      outputDir = cloverClassesDir
  44 +      destinationDirectory = cloverClassesDir
  45      }
  46
  47      resources {
  48        srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
  49      }
  50
  51 -    compileClasspath = files( sourceSets.clover.java.outputDir )
  52 +    compileClasspath = files( sourceSets.clover.java.destinationDirectory )
  53      //compileClasspath += files( testClassesDir )
  54      compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
  55      compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${clover_lib_dir}", include: ["*.jar"])
  56 @@ -626,14 +627,14 @@
  57    test {
  58      java {
  59        srcDirs testSourceDir
  60 -      outputDir = file(testClassesDir)
  61 +      destinationDirectory = file(testClassesDir)
  62      }
  63
  64      resources {
  65        srcDirs = useClover ? sourceSets.clover.resources.srcDirs : sourceSets.main.resources.srcDirs
  66      }
  67
  68 -    compileClasspath = files( sourceSets.test.java.outputDir )
  69 +    compileClasspath = files( sourceSets.test.java.destinationDirectory )
  70      compileClasspath += useClover ? sourceSets.clover.compileClasspath : sourceSets.main.compileClasspath
  71      compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utils_dir}/testnglibs", include: ["**/*.jar"])
  72
  73 @@ -658,7 +659,7 @@
  74    }
  75
  76    classpath {
  77 -    //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
  78 +    //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.destinationDirectory
  79      configurations.each{ c->
  80        if (c.isCanBeResolved()) {
  81          minusConfigurations += [c]
  82 @@ -697,7 +698,7 @@
  83          HashMap<String, Boolean> alreadyAddedLibPath = new HashMap<>();
  84
  85          sourceSets.main.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.any {
  86 -          //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
  87 +          //don't want to add destinationDirectory as eclipse is using its own output dir in bin/main
  88            if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
  89              // don't add dirs to classpath, especially if they don't exist
  90              return false // groovy "continue" in .any closure
  91 @@ -717,7 +718,7 @@
  92          }
  93
  94          sourceSets.test.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.any {
  95 -          //no longer want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
  96 +          //no longer want to add destinationDirectory as eclipse is using its own output dir in bin/main
  97            if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
  98              // don't add dirs to classpath
  99              return false // groovy "continue" in .any closure
 100 @@ -1094,7 +1095,7 @@
 101
 102  clean {
 103    doFirst {
 104 -    delete sourceSets.main.java.outputDir
 105 +    delete sourceSets.main.java.destinationDirectory
 106    }
 107  }
 108
 109 @@ -1102,7 +1103,7 @@
 110  cleanTest {
 111    dependsOn cleanClover
 112    doFirst {
 113 -    delete sourceSets.test.java.outputDir
 114 +    delete sourceSets.test.java.destinationDirectory
 115    }
 116  }
 117
 118 @@ -1194,7 +1195,7 @@
 119
 120  task copyDocs(type: Copy) {
 121    def inputDir = "${jalviewDir}/${doc_dir}"
 122 -  def outputDir = "${docBuildDir}/${doc_dir}"
 123 +  def destinationDirectory = "${docBuildDir}/${doc_dir}"
 124    from(inputDir) {
 125      include('**/*.txt')
 126      include('**/*.md')
 127 @@ -1215,10 +1216,10 @@
 128      exclude('**/*.html')
 129      exclude('**/*.xml')
 130    }
 131 -  into outputDir
 132 +  into destinationDirectory
 133
 134    inputs.dir(inputDir)
 135 -  outputs.dir(outputDir)
 136 +  outputs.dir(destinationDirectory)
 137  }
 138
 139
 140 @@ -1283,15 +1284,15 @@
 141        }
 142        if (inFrontMatter) {
 143          def m = null
 144 -        if (m = line =~ /^date:\s*(\d{4}-\d{2}-\d{2} \d{2}:\d{2}:\d{2})/) {
 145 +        if (m == line =~ /^date:\s*(\d{4}-\d{2}-\d{2} \d{2}:\d{2}:\d{2})/) {
 146            map["date"] = new Date().parse("yyyy-MM-dd HH:mm:ss", m[0][1])
 147 -        } else if (m = line =~ /^date:\s*(\d{4}-\d{2}-\d{2})/) {
 148 +        } else if (m == line =~ /^date:\s*(\d{4}-\d{2}-\d{2})/) {
 149            map["date"] = new Date().parse("yyyy-MM-dd", m[0][1])
 150 -        } else if (m = line =~ /^channel:\s*(\S+)/) {
 151 +        } else if (m == line =~ /^channel:\s*(\S+)/) {
 152            map["channel"] = m[0][1]
 153 -        } else if (m = line =~ /^version:\s*(\S+)/) {
 154 +        } else if (m == line =~ /^version:\s*(\S+)/) {
 155            map["version"] = m[0][1]
 156 -        } else if (m = line =~ /^\s*([^:]+)\s*:\s*(\S.*)/) {
 157 +        } else if (m == line =~ /^\s*([^:]+)\s*:\s*(\S.*)/) {
 158            map[ m[0][1] ] = m[0][2]
 159          }
 160          if (dateOnly && map["date"] != null) {
 161 @@ -1350,7 +1351,7 @@
 162        def inSection = false
 163        changes.eachLine { line ->
 164          def m = null
 165 -        if (m = line =~ /^##([^#].*)$/) {
 166 +        if (m == line =~ /^##([^#].*)$/) {
 167            if (inSection) {
 168              changesHugo += "</div>\n\n"
 169            }
 170 @@ -1360,7 +1361,7 @@
 171            section = section.replaceAll(/[^a-z0-9_\-]/, "")
 172            changesHugo += "<div class=\"${section}\">\n\n"
 173            inSection = true
 174 -        } else if (m = line =~ /^(\s*-\s*)<!--([^>]+)-->(.*?)(<br\/?>)?\s*$/) {
 175 +        } else if (m == line =~ /^(\s*-\s*)<!--([^>]+)-->(.*?)(<br\/?>)?\s*$/) {
 176            def comment = m[0][2].trim()
 177            if (comment != "") {
 178              comment = comment.replaceAll('"', "&quot;")
 179 @@ -1430,7 +1431,7 @@
 180    def sectionName = null
 181    content.eachLine { line ->
 182      def m = null
 183 -    if (m = line =~ /^##([^#].*)$/) {
 184 +    if (m == line =~ /^##([^#].*)$/) {
 185        if (sectionName != null) {
 186          sections[sectionName] = sectionContent
 187          sectionName = null
 188 @@ -1453,7 +1454,7 @@
 189
 190  task copyHelp(type: Copy) {
 191    def inputDir = helpSourceDir
 192 -  def outputDir = "${helpBuildDir}/${help_dir}"
 193 +  def destinationDirectory = "${helpBuildDir}/${help_dir}"
 194    from(inputDir) {
 195      include('**/*.txt')
 196      include('**/*.md')
 197 @@ -1478,14 +1479,15 @@
 198      exclude('**/*.xml')
 199      exclude('**/*.jhm')
 200    }
 201 -  into outputDir
 202 +  into destinationDirectory
 203
 204    inputs.dir(inputDir)
 205    outputs.files(helpFile)
 206 -  outputs.dir(outputDir)
 207 +  outputs.dir(destinationDirectory)
 208  }
 209
 210
 211 +/*
 212  task releasesTemplates {
 213    group "help"
 214    description "Recreate whatsNew.html and releases.html from markdown files and templates in help"
 215 @@ -1562,9 +1564,9 @@
 216        def lm = null
 217        def rContentProcessed = ""
 218        rContent.eachLine { line ->
 219 -        if (lm = line =~ /^(\s*-)(\s*<!--[^>]*?-->)(.*)$/) {
 220 +        if (lm == line =~ /^(\s*-)(\s*<!--[^>]*?-->)(.*)$/) {
 221            line = "${lm[0][1]}${lm[0][3]}${lm[0][2]}"
 222 -      } else if (lm = line =~ /^###([^#]+.*)$/) {
 223 +      } else if (lm == line =~ /^###([^#]+.*)$/) {
 224            line = "_${lm[0][1].trim()}_"
 225          }
 226          rContentProcessed += line + "\n"
 227 @@ -1622,13 +1624,14 @@
 228    outputs.file(whatsnewHtmlFile)
 229  }
 230
 231 +*/
 232
 233  task copyResources(type: Copy) {
 234    group = "build"
 235    description = "Copy (and make text substitutions in) the resources dir to the build area"
 236
 237    def inputDir = resourceDir
 238 -  def outputDir = resourcesBuildDir
 239 +  def destinationDirectory = resourcesBuildDir
 240    from(inputDir) {
 241      include('**/*.txt')
 242      include('**/*.md')
 243 @@ -1649,10 +1652,10 @@
 244      exclude('**/*.html')
 245      exclude('**/*.xml')
 246    }
 247 -  into outputDir
 248 +  into destinationDirectory
 249
 250    inputs.dir(inputDir)
 251 -  outputs.dir(outputDir)
 252 +  outputs.dir(destinationDirectory)
 253  }
 254
 255  task copyChannelResources(type: Copy) {
 256 @@ -1683,6 +1686,7 @@
 257
 258  task createBuildProperties(type: WriteProperties) {
 259    dependsOn copyResources
 260 +  dependsOn copyChannelResources
 261    group = "build"
 262    description = "Create the ${buildProperties} file"
 263
 264 @@ -1706,6 +1710,7 @@
 265
 266  task buildIndices(type: JavaExec) {
 267    dependsOn copyHelp
 268 +  //dependsOn releasesTemplates
 269    classpath = sourceSets.main.compileClasspath
 270    main = "com.sun.java.help.search.Indexer"
 271    workingDir = "${helpBuildDir}/${help_dir}"
 272 @@ -1733,7 +1738,7 @@
 273    dependsOn buildResources
 274    dependsOn copyDocs
 275    dependsOn copyHelp
 276 -  dependsOn releasesTemplates
 277 +  //dependsOn releasesTemplates
 278    dependsOn convertMdFiles
 279    dependsOn buildIndices
 280  }
 281 @@ -1742,6 +1747,14 @@
 282  compileJava.dependsOn prepare
 283  run.dependsOn compileJava
 284  compileTestJava.dependsOn compileJava
 285 +compileTestJava.dependsOn buildIndices
 286 +processResources.dependsOn copyChannelResources
 287 +processResources.dependsOn copyResources
 288 +processResources.dependsOn createBuildProperties
 289 +processResources.dependsOn copyDocs
 290 +processResources.dependsOn convertMdFiles
 291 +processResources.dependsOn copyHelp
 292 +processResources.dependsOn buildIndices
 293
 294
 295
 296 @@ -2037,6 +2050,7 @@
 297  /* END of test tasks results summary */
 298
 299
 300 +/*
 301  task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
 302    options.fork = true
 303    classpath = files("${jalviewDir}/${utils_dir}")
 304 @@ -2071,6 +2085,7 @@
 305    inputs.dir(helpBuildDir)
 306    outputs.file(helpLinksCheckerOutFile)
 307  }
 308 +*/
 309
 310
 311  // import the pubhtmlhelp target
 312 @@ -2085,10 +2100,14 @@
 313    }
 314  }
 315
 316 +// block of dependencies
 317 +//compileTestJava.dependsOn compileLinkCheck //
 318 +//copyChannelResources.dependsOn compileLinkCheck //
 319 +//convertMdFiles.dependsOn compileLinkCheck //
 320
 321  jar {
 322    dependsOn prepare
 323 -  dependsOn linkCheck
 324 +  dependsOn //linkCheck
 325
 326    manifest {
 327      attributes "Main-Class": main_class,
 328 @@ -2098,8 +2117,8 @@
 329      "Implementation-Version": JALVIEW_VERSION
 330    }
 331
 332 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${package_dir}"
 333 -  destinationDirectory = file(outputDir)
 334 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${package_dir}"
 335 +  destinationDirectory = file(destinationDirectory)
 336    archiveFileName = rootProject.name+".jar"
 337    duplicatesStrategy "EXCLUDE"
 338
 339 @@ -2110,11 +2129,11 @@
 340    exclude "**/*.jar"
 341    exclude "**/*.jar.*"
 342
 343 -  inputs.dir(sourceSets.main.java.outputDir)
 344 +  inputs.dir(sourceSets.main.java.destinationDirectory)
 345    sourceSets.main.resources.srcDirs.each{ dir ->
 346      inputs.dir(dir)
 347    }
 348 -  outputs.file("${outputDir}/${archiveFileName}")
 349 +  outputs.file("${destinationDirectory}/${archiveFileName}")
 350  }
 351
 352
 353 @@ -2207,7 +2226,7 @@
 354    // this mainClassName is mandatory but gets ignored due to manifest created in doFirst{}. Set the Main-Class as an attribute in launcherJar instead
 355    mainClassName = shadow_jar_main_class
 356    mergeServiceFiles()
 357 -  classifier = "all-"+JALVIEW_VERSION+"-j"+JAVA_VERSION
 358 +  archiveClassifier = "all-"+JALVIEW_VERSION+"-j"+JAVA_VERSION
 359    minimize()
 360  }
 361
 362 @@ -3388,10 +3407,10 @@
 363
 364    def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_eclipse_dropins_dir}", include: "*.jar")
 365    inputFiles += file("${jalviewDir}/${jalviewjsJ2sPlugin}")
 366 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_eclipse_tmp_dropins_dir}"
 367 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_eclipse_tmp_dropins_dir}"
 368
 369    from inputFiles
 370 -  into outputDir
 371 +  into destinationDirectory
 372  }
 373
 374
 375 @@ -3499,13 +3518,13 @@
 376    dependsOn jalviewjsTransferUnzipAllLibs
 377    def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}")
 378    inputFiles += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}")
 379 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 380 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 381
 382    from inputFiles
 383 -  into outputDir
 384 +  into destinationDirectory
 385    def outputFiles = []
 386    rename { filename ->
 387 -    outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
 388 +    outputFiles += "${destinationDirectory}/${filename}"
 389      null
 390    }
 391    preserve {
 392 @@ -3524,13 +3543,13 @@
 393    dependsOn buildResources
 394
 395    def inputFiles = fileTree(dir: resourcesBuildDir)
 396 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
 397 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
 398
 399    from inputFiles
 400 -  into outputDir
 401 +  into destinationDirectory
 402    def outputFiles = []
 403    rename { filename ->
 404 -    outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
 405 +    outputFiles += "${destinationDirectory}/${filename}"
 406      null
 407    }
 408    preserve {
 409 @@ -3543,13 +3562,13 @@
 410
 411  task jalviewjsSyncSiteResources (type: Sync) {
 412    def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_site_resource_dir}")
 413 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 414 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 415
 416    from inputFiles
 417 -  into outputDir
 418 +  into destinationDirectory
 419    def outputFiles = []
 420    rename { filename ->
 421 -    outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
 422 +    outputFiles += "${destinationDirectory}/${filename}"
 423      null
 424    }
 425    preserve {
 426 @@ -3563,13 +3582,13 @@
 427  task jalviewjsSyncBuildProperties (type: Sync) {
 428    dependsOn createBuildProperties
 429    def inputFiles = [file(buildProperties)]
 430 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
 431 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
 432
 433    from inputFiles
 434 -  into outputDir
 435 +  into destinationDirectory
 436    def outputFiles = []
 437    rename { filename ->
 438 -    outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
 439 +    outputFiles += "${destinationDirectory}/${filename}"
 440      null
 441    }
 442    preserve {
 443 @@ -3788,7 +3807,7 @@
 444    def swingJ2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
 445    def libJ2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
 446    def jsDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}/${jalviewjs_js_subdir}"
 447 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}/core"
 448 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}/core"
 449    def prefixFile = "${jsDir}/core/coretop2.js"
 450    def suffixFile = "${jsDir}/core/corebottom2.js"
 451
 452 @@ -3832,8 +3851,8 @@
 453      }
 454      def list = fileTree(dir: j2sDir, includes: filelist)
 455
 456 -    def jsfile = "${outputDir}/core${name}.js"
 457 -    def zjsfile = "${outputDir}/core${name}.z.js"
 458 +    def jsfile = "${destinationDirectory}/core${name}.js"
 459 +    def zjsfile = "${destinationDirectory}/core${name}.z.js"
 460
 461      jalviewjsCoreClasslists += [
 462        'jsfile': jsfile,
 463 @@ -3851,8 +3870,8 @@
 464    // _stevesoft core. add any cores without a classlist here (and the inputs and outputs)
 465    def stevesoftClasslistName = "_stevesoft"
 466    def stevesoftClasslist = [
 467 -    'jsfile': "${outputDir}/core${stevesoftClasslistName}.js",
 468 -    'zjsfile': "${outputDir}/core${stevesoftClasslistName}.z.js",
 469 +    'jsfile': "${destinationDirectory}/core${stevesoftClasslistName}.js",
 470 +    'zjsfile': "${destinationDirectory}/core${stevesoftClasslistName}.z.js",
 471      'list': fileTree(dir: j2sDir, include: "com/stevesoft/pat/**/*.js"),
 472      'name': stevesoftClasslistName
 473    ]
 474 @@ -3885,8 +3904,8 @@
 475      ]
 476    )
 477    def allClasslist = [
 478 -    'jsfile': "${outputDir}/core${allClasslistName}.js",
 479 -    'zjsfile': "${outputDir}/core${allClasslistName}.z.js",
 480 +    'jsfile': "${destinationDirectory}/core${allClasslistName}.js",
 481 +    'zjsfile': "${destinationDirectory}/core${allClasslistName}.z.js",
 482      'list': allJsFiles,
 483      'name': allClasslistName
 484    ]
 485 @@ -3939,11 +3958,11 @@
 486    dependsOn jalviewjsBuildAllCores
 487    def inputFileName = "${jalviewDir}/${j2s_coretemplate_html}"
 488    def inputFile = file(inputFileName)
 489 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}"
 490 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}"
 491
 492    def outputFiles = []
 493    jalviewjsCoreClasslists.each { cl ->
 494 -    def outputFile = "${outputDir}/${jalviewjsJalviewTemplateName}_${cl.name}.html"
 495 +    def outputFile = "${destinationDirectory}/${jalviewjsJalviewTemplateName}_${cl.name}.html"
 496      cl['outputfile'] = outputFile
 497      outputFiles += outputFile
 498    }
 499 @@ -3962,13 +3981,13 @@
 500    dependsOn jalviewjsBuildAllCores
 501    dependsOn jalviewjsPublishCoreTemplates
 502    def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}")
 503 -  def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 504 +  def destinationDirectory = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
 505
 506    from inputFiles
 507 -  into outputDir
 508 +  into destinationDirectory
 509    def outputFiles = []
 510    rename { filename ->
 511 -    outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
 512 +    outputFiles += "${destinationDirectory}/${filename}"
 513      null
 514    }
 515    preserve {