build.gradle

   1 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   2 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Output
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Library
   4
   5 import com.diffplug.gradle.GoomphCacheLocations
   6
   7 buildscript {
   8 }
   9
  10 plugins {
  11   id 'java'
  12   id 'application'
  13   id 'eclipse'
  14
  15   id 'com.diffplug.gradle.oomph.ide' version '3.18.1'
  16   id 'com.diffplug.gradle.equinoxlaunch' version '3.18.1'
  17   id 'com.diffplug.gradle.eclipse.mavencentral' version '3.18.1'
  18   id 'com.diffplug.gradle.p2.asmaven' version '3.18.1'
  19 }
  20
  21 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  22 def useIde = useGoomph.equals("true")
  23
  24 repositories {
  25   jcenter()
  26   mavenCentral()
  27   flatDir {
  28     dirs gradlePluginsDir
  29   }
  30 }
  31
  32 configurations {
  33   jalviewjsIde
  34 }
  35
  36
  37 if (useIde) {
  38
  39   p2AsMaven {
  40     group 'eclipseDeps', {
  41       repoEclipse goomph_eclipse_repo_version
  42       //slicingOption 'latestVersionOnly', 'true'
  43       iu 'org.eclipse.update.configurator'
  44
  45
  46       iu 'org.eclipse.jdt.apt.core'
  47       iu 'org.eclipse.jdt.core'
  48       iu 'org.eclipse.jdt.annotation'
  49
  50     }
  51     group 'ecjDeps', {
  52       repo 'https://download.eclipse.org/eclipse/updates/4.13/R-4.13-201909161045/'
  53       iu 'org.eclipse.debug.core'
  54       iu 'org.eclipse.jdt.apt.pluggable.core'
  55       iu 'org.eclipse.jdt.apt.ui'
  56       iu 'org.eclipse.jdt.compiler.apt'
  57       iu 'org.eclipse.jdt.compiler.tool'
  58       iu 'org.eclipse.jdt.core.manipulation'
  59       iu 'org.eclipse.jdt.debug'
  60       iu 'org.eclipse.jdt.debug.ui'
  61       iu 'org.eclipse.jdt.doc.user'
  62       iu 'org.eclipse.jdt.junit'
  63       iu 'org.eclipse.jdt.junit.core'
  64       iu 'org.eclipse.jdt.junit4.runtime'
  65       iu 'org.eclipse.jdt.junit4.runtime'
  66       iu 'org.eclipse.jdt.junit5.runtime'
  67       iu 'org.eclipse.jdt.launching'
  68       iu 'org.eclipse.jdt.ui'
  69
  70       iu 'org.eclipse.jdt.launching.macosx'
  71       iu 'org.eclipse.jdt.launching.ui.macosx'
  72     }
  73     group 'eclipseOrbit', {
  74       repo goomph_orbit_repo
  75       slicingOption 'latestVersionOnly', 'true'
  76       iu 'javax.el'
  77       iu 'javax.servlet'
  78       iu 'javax.servlet.jsp'
  79       iu 'org.apache.ant'
  80       iu 'org.apache.batik.constants'
  81       iu 'org.apache.batik.css'
  82       iu 'org.apache.batik.i18n'
  83       iu 'org.apache.batik.util'
  84       iu 'org.apache.commons.beanutils'
  85       iu 'org.apache.commons.collections'
  86       iu 'org.apache.commons.jxpath'
  87       iu 'org.apache.commons.io'
  88       iu 'org.apache.commons.logging'
  89       iu 'org.apache.xmlgraphics'
  90       iu 'org.jdom'
  91       iu 'org.w3c.dom.events'
  92       iu 'org.w3c.dom.smil'
  93       iu 'org.w3c.dom.svg'
  94     }
  95   }
  96
  97 } // if (useIde) {}
  98
  99 dependencies {
 100 /*
 101     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.14.0')
 102     // ...
 103     compile 'eclipseOrbit:org.apache.ant:1.10.5.v20190526-1402'
 104     // ...
 105     compile 'org.osgi:org.osgi.service.component:1.4.0'
 106     // ...
 107 */
 108
 109   jalviewjsIde name: 'net.sf.j2s.core-3.2.4'
 110   jalviewjsIde name: 'com.seeq.eclipse.importprojects-1.4.0'
 111
 112 }
 113
 114
 115
 116
 117
 118
 119 if (useIde) {
 120
 121   eclipseMavenCentral {
 122     // TODO: How do I add these to the jalviewjsIde configuration and not the compile configuration?
 123     release goomph_eclipse_repo_version, {
 124
 125       //def platformCode="cocoa.macosx.x86_64"
 126       //compile 'org.eclipse.swt.'+platformCode
 127       useNativesForRunningPlatform()
 128       compile 'org.eclipse.swt'
 129
 130       compile 'org.eclipse.ant.core'
 131       compile 'org.eclipse.compare.core'
 132       compile 'org.eclipse.core.commands'
 133       compile 'org.eclipse.core.contenttype'
 134       compile 'org.eclipse.core.jobs'
 135       compile 'org.eclipse.core.expressions'
 136       compile 'org.eclipse.core.filesystem'
 137       compile 'org.eclipse.core.resources'
 138       compile 'org.eclipse.core.runtime'
 139       compile 'org.eclipse.core.variables'
 140       compile 'org.eclipse.equinox.common'
 141       compile 'org.eclipse.equinox.ds'
 142       compile 'org.eclipse.equinox.app'
 143       compile 'org.eclipse.equinox.registry'
 144       compile 'org.eclipse.equinox.preferences'
 145       compile 'org.eclipse.jface'
 146       compile 'org.eclipse.osgi'
 147       compile 'org.eclipse.osgi.services'
 148       compile 'org.eclipse.ui'
 149       compile 'org.eclipse.ui.workbench'
 150       compile 'org.eclipse.team.core'
 151       compile 'org.eclipse.text'
 152
 153       compile 'org.eclipse.e4.core.commands'
 154       compile 'org.eclipse.e4.core.contexts'
 155       compile 'org.eclipse.e4.core.di'
 156       compile 'org.eclipse.e4.core.di.annotations'
 157       compile 'org.eclipse.e4.core.di.extensions.supplier'
 158       compile 'org.eclipse.e4.core.services'
 159       compile 'org.eclipse.e4.ui.bindings'
 160       compile 'org.eclipse.e4.ui.model.workbench'
 161       compile 'org.eclipse.e4.ui.workbench'
 162       compile 'org.eclipse.e4.ui.workbench.swt'
 163       compile 'org.eclipse.e4.ui.css.core'
 164       compile 'org.eclipse.e4.ui.css.swt'
 165       compile 'org.eclipse.e4.ui.css.swt.theme'
 166       compile 'org.eclipse.e4.ui.services'
 167       compile 'org.eclipse.e4.ui.di'
 168
 169       //compile 'org.eclipse.e4.core.di.internal.extensions'
 170
 171       // org.eclipse.update.configurator deliberately kept at 3.3.400 see https://github.com/diffplug/goomph/issues/69
 172       // this module downloaded in equinoxLaunch configuration (to specify version)
 173       //compile 'org.eclipse.update.configurator'
 174
 175
 176     }
 177   }
 178
 179 } // if (useIde) {}
 180
 181
 182
 183
 184
 185
 186
 187
 188
 189
 190
 191 mainClassName = launcherClass
 192 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
 193
 194 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
 195
 196 def libDir
 197 def libDistDir
 198 def compile_source_compatibility
 199 def compile_target_compatibility
 200
 201 ext {
 202   buildProperties = jalviewDir + "/" + classesDir +"/" + buildPropertiesFile
 203
 204   gitHash = ""
 205   gitBranch = ""
 206
 207   jalviewjsServer = ""
 208 }
 209
 210 def JAVA_INTEGER_VERSION
 211 //def additional_compiler_args = []
 212 // this property is for the Java library used in eclipse
 213 def eclipse_java_runtime_name
 214 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
 215   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
 216   //libDir = j8libDir
 217   libDir = j11libDir
 218   libDistDir = j8libDir
 219   compile_source_compatibility = 1.8
 220   compile_target_compatibility = 1.8
 221   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
 222 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 223   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
 224   libDir = j11libDir
 225   libDistDir = j11libDir
 226   compile_source_compatibility = 11
 227   compile_target_compatibility = 11
 228   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 229   /* compile without modules -- using classpath libraries
 230   additional_compiler_args += [
 231   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 232   '--add-modules', j11modules
 233   ]
 234   */
 235 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
 236   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
 237   libDir = j11libDir
 238   libDistDir = j11libDir
 239   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
 240   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
 241   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 242   /* compile without modules -- using classpath libraries
 243   additional_compiler_args += [
 244   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 245   '--add-modules', j11modules
 246   ]
 247   */
 248 } else {
 249   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
 250 }
 251
 252
 253 sourceSets {
 254
 255   main {
 256     java {
 257       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
 258       outputDir = file("$classes")
 259     }
 260
 261     resources {
 262       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
 263     }
 264
 265     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 266     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 267
 268     runtimeClasspath = compileClasspath
 269   }
 270
 271 }
 272
 273 eclipse {
 274   project {
 275     name = eclipse_project_name
 276
 277     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 278     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 279
 280     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 281     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 282   }
 283
 284   classpath {
 285     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 286     def removeThese = []
 287     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 288         removeThese += it
 289       }
 290     }
 291
 292     minusConfigurations += removeThese
 293     plusConfigurations = [ ]
 294     file {
 295
 296       whenMerged { cp ->
 297         def removeTheseToo = []
 298         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 299         cp.entries.each { entry ->
 300           if (entry.kind == 'src') {
 301             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == sourceDir || entry.path == "test")) {
 302               removeTheseToo += entry
 303             } else {
 304               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 305             }
 306           }
 307         }
 308         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 309
 310         if (file(eclipse_bin_dir+"/main").isDirectory()) {
 311                 cp.entries += new Output(eclipse_bin_dir+"/main")
 312         }
 313         if (file(helpParentDir).isDirectory()) {
 314                 cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 315         }
 316         if (file(resourceDir).isDirectory()) {
 317                 cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 318         }
 319
 320         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 321
 322         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 323         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 324         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 325           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 326           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 327             // don't add dirs to classpath
 328             return
 329           }
 330           def itPath = it.toString()
 331           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 332             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 333           }
 334           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 335             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 336           } else {
 337             //println("Adding entry "+itPath)
 338             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 339             addedLibPath.put(itPath, true)
 340           }
 341         }
 342       } // whenMerged
 343
 344     } // file
 345
 346     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 347   } // classpath
 348
 349   jdt {
 350     // for the IDE, use java 11 compatibility
 351     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 352     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 353     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 354
 355     /*
 356     file {
 357     withProperties { props ->
 358     def jalview_prefs = new Properties()
 359     def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 360     jalview_prefs.load(ins)
 361     ins.close()
 362     jalview_prefs.forEach { t, v ->
 363     if (props.getAt(t) == null) {
 364     props.putAt(t, v)
 365     }
 366     }
 367     }
 368     }
 369      */
 370   } // jdt
 371
 372   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 373   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 374 } // eclipse
 375
 376 /*
 377 compileJava {
 378
 379   doFirst {
 380     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 381     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 382     //options.compilerArgs = additional_compiler_args
 383     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 384   }
 385
 386 }
 387
 388 clean {
 389   delete sourceSets.main.java.outputDir
 390 }
 391 */
 392
 393
 394
 395
 396
 397
 398
 399
 400
 401
 402
 403
 404
 405
 406
 407
 408
 409
 410
 411
 412
 413 def eclipseWorkspace
 414 task jalviewjsSetEclipseWorkspace {
 415   def eclipseWsDir = useIde?goomph_workspace:jalviewjs_eclipse_workspace
 416   eclipseWorkspace = file(eclipseWsDir)
 417   if (!eclipseWorkspace.exists()) {
 418     eclipseWorkspace = file("${buildDir}/tmp/eclipse-workspace")
 419     //eclipseWorkspace.deleteOnExit()
 420   } else if (useIde) {
 421     com.diffplug.gradle.GoomphCacheLocations.override_workspaces = file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath())
 422     eclipseWorkspace = oomphIde.workspaceRegistry.workspaceDir(project, file(oomphIde.ideDir))
 423   }
 424   println("ECLIPSE WORKSPACE: "+eclipseWorkspace.getPath())
 425 }
 426
 427
 428 if (useIde) {
 429
 430 oomphIde {
 431   repoEclipse goomph_eclipse_version
 432   jdt {
 433     /*
 434     installedJre {
 435       //markDefault = true
 436       //executionEnvironments = [ eclipse.jdt.javaRuntimeName ]
 437     }
 438     */
 439     //compilerComplianceLevel( JAVA_INTEGER_VERSION )
 440   }
 441
 442   repo "https://download.eclipse.org/releases/${goomph_eclipse_version_name}/"
 443   feature goomph_eclipse_jee_feature, goomph_eclipse_jee_version
 444
 445   //iu 'org.eclipse.osgi'
 446
 447   thirdParty {
 448     buildship {
 449       repo goomph_repo_buildship
 450       feature goomph_feature_buildship
 451     }
 452
 453   }
 454
 455   workspaceProp '.metadata/.plugins/org.eclipse.core.runtime/.settings/org.eclipse.jdt.launching.prefs', {
 456     it.put('org.eclipse.jdt.launching.PREF_VM_XML', goomph_PREF_VM_XML)
 457   }
 458
 459
 460   // CLI ARGS HERE!
 461 }
 462
 463 equinoxLaunch {
 464   ideJalviewjsBuildSetup {
 465
 466     source.addConfiguration(configurations.compile)
 467     source.addConfiguration(configurations.jalviewjsIde)
 468
 469     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.ant:1.10.5.v20190526-1402')
 470     source.addMaven('eclipseOrbit:javax.servlet:3.1.0.v201410161800')
 471     source.addMaven('eclipseOrbit:javax.servlet.jsp:2.2.0.v201112011158')
 472     source.addMaven('eclipseOrbit:javax.el:2.2.0.v201303151357')
 473     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.batik.constants:1.11.0.v20190515-0436')
 474     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.batik.css:1.11.0.v20190515-0436')
 475     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.batik.i18n:1.11.0.v20190515-0436')
 476     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.batik.util:1.11.0.v20190515-0436')
 477     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.commons.beanutils:1.8.0.v201205091237')
 478     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.commons.collections:3.2.2.v201511171945')
 479     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.xmlgraphics:2.3.0.v20190515-0436')
 480     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.commons.jxpath:1.3.0.v200911051830')
 481     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.commons.io:2.6.0.v20190123-2029')
 482     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.commons.logging:1.2.0.v20180409-1502')
 483     source.addMaven('eclipseOrbit:org.jdom:1.1.1.v201101151400')
 484     source.addMaven('eclipseOrbit:org.w3c.dom.svg:1.1.0.v201011041433')
 485     source.addMaven('eclipseOrbit:org.w3c.dom.smil:1.0.1.v200903091627')
 486     source.addMaven('eclipseOrbit:org.w3c.dom.events:3.0.0.draft20060413_v201105210656')
 487
 488     source.addMaven('org.eclipse.birt.runtime:com.ibm.icu:56.1.0.v201601250100')
 489     source.addMaven('javax.inject:com.springsource.javax.inject:1.0.0')
 490     source.addMaven('org.apache.felix:org.apache.felix.scr:2.1.16')
 491     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.framework:1.9.0')
 492     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.service.component:1.4.0')
 493     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.service.event:1.4.0')
 494     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.util.promise:1.1.1')
 495     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.util.function:1.1.0')
 496     //source.addMaven('org.eclipse.jdt:org.eclipse.jdt.apt.core:3.6.500')
 497     //source.addMaven('org.eclipse.jdt:org.eclipse.jdt.core:3.19.0')
 498     //source.addMaven('org.eclipse.jdt:org.eclipse.jdt.annotation:2.2.300')
 499
 500     source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.debug.core:3.14.0.v20190812-1404')
 501     source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.annotation:2.2.300.v20190328-1431')
 502     source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.apt.core:3.6.500.v20190703-0914')
 503     source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.core:3.19.0.v20190903-0936')
 504     source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.apt.pluggable.core:1.2.400.v20190626-1334')
 505     //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.apt.ui:3.6.300.v20190727-1243')
 506     source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.compiler.apt:1.3.700.v20190704-1731')
 507     source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.compiler.tool:1.2.600.v20190322-0450')
 508     //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.core.manipulation:1.12.100.v20190904-0645')
 509     source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.debug:3.13.100.v20190902-1050')
 510     //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.debug.ui:3.10.400.v20190815-2202')
 511     source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.doc.user:3.15.400.v20190904-0724')
 512     //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.junit:3.11.500.v20190809-1613')
 513     //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.junit.core:3.10.400.v20190625-1910')
 514     //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.junit4.runtime:1.1.1000.v20190510-0840')
 515     //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.junit4.runtime:1.1.1000.v20190510-0840')
 516     //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.junit5.runtime:1.0.600.v20190610-0439')
 517     source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.launching:3.15.0.v20190826-1639')
 518     //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.ui:3.19.0.v20190827-1733')
 519
 520     //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.launching.macosx:3.4.300.v20190510-0639')
 521     //source.addMaven('ecjDeps:org.eclipse.jdt.launching.ui.macosx:1.2.300.v20190510-0639')
 522
 523     //source.addMaven('')
 524
 525     // org.eclipse.update.configurator deliberately kept at 3.3.400 see https://github.com/diffplug/goomph/issues/69
 526     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.update.configurator:3.3.400')
 527
 528
 529     launchTask 'ideJalviewjsImport', {
 530       it.args = ["-consoleLog", "-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", eclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath ]
 531     }
 532
 533     launchTask 'ideJalviewjsBuild', {
 534
 535       oomphIde.workspaceProp '.metadata/.plugins/org.eclipse.core.runtime/.settings/org.eclipse.jdt.launching.prefs', {
 536         it.put('org.eclipse.jdt.launching.PREF_VM_XML', goomph_PREF_VM_XML)
 537       }
 538
 539       def args = ["-consoleLog", "-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", eclipseWorkspace.getPath(), "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 540       println("ARGS="+args)
 541
 542       it.args = args
 543
 544     }
 545   }
 546 }
 547
 548 /*
 549 task ideCopyDropins (type: Copy) {
 550   dependsOn ideSetupP2
 551
 552   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 553   def outputDir = oomphIde.ideDir + "/" + com.diffplug.gradle.FileMisc.macContentsEclipse() + "/dropins"
 554
 555   from inputFiles
 556   into outputDir
 557   def outputFiles = []
 558   rename { filename ->
 559     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 560     println("COPYING ${filename} to ${outputFiles}")
 561     null
 562   }
 563   outputs.files outputFiles
 564   inputs.files inputFiles
 565
 566 }
 567 */
 568
 569 ideSetupWorkspace.dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
 570 ideSetupWorkspace.outputs.upToDateWhen {file(eclipseWorkspace).exists()}
 571
 572 task ideSetup {
 573   dependsOn ideSetupP2
 574   dependsOn ideSetupWorkspace
 575 }
 576
 577 } // if (useIde) {}
 578
 579
 580
 581
 582
 583
 584
 585
 586
 587
 588
 589
 590
 591 def jalviewjsBuildDir
 592 def jalviewjsSiteDir
 593 task jalviewjsSitePath {
 594   if (jalviewjs_site_dir.startsWith("/")) {
 595     jalviewjsSiteDir = jalviewjs_site_dir
 596   } else {
 597     def relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
 598     jalviewjsBuildDir = "${relativeBuildDir}/jalviewjs"
 599     jalviewjsSiteDir = jalviewjsBuildDir + "/" + jalviewjs_site_dir
 600   }
 601 }
 602
 603
 604 task jalviewjsUnzipFiles {
 605   dependsOn jalviewjsSitePath
 606
 607   def zipFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_libjs_dir).include("*.zip")
 608   zipFiles += jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_swingjs_zip
 609
 610   doLast {
 611     zipFiles.each { file_zip ->
 612       copy {
 613         from zipTree(file_zip)
 614         into jalviewjsSiteDir
 615       }
 616     }
 617   }
 618
 619   inputs.files zipFiles
 620   outputs.dir jalviewjsSiteDir
 621 }
 622
 623 def eclipseDropinsDir
 624 def eclipseBinary
 625 task jalviewjsEclipsePaths {
 626   def eclipseRoot
 627   if (useIde) {
 628     eclipseRoot = oomphIde.ideDir
 629     eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/"+com.diffplug.gradle.FileMisc.macContentsEclipse()+"/dropins"
 630     eclipseBinary = eclipseRoot+"/"+com.diffplug.common.swt.os.OS.getNative().winMacLinux("", "Contents/MacOS", "")+"/eclipse"
 631   } else {
 632     eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
 633     if (eclipseRoot.startsWith("~")) {
 634       eclipseRoot = System.getProperty("user.home") + eclipseRoot.substring(1)
 635     }
 636     if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 637       eclipseRoot += "/Eclipse.app"
 638       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/dropins"
 639       eclipseBinary = eclipseRoot+"/Contents/MacOS/eclipse"
 640     } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
 641       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 642       eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 643     } else { // linux or unix
 644       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 645       eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 646     }
 647   }
 648   //println("ECLIPSE_ROOT=${eclipseRoot}")
 649   //println("ECLIPSE_BINARY=${eclipseBinary}")
 650 }
 651
 652 //task jalviewjsEclipseCopyDropins (type: Copy) {
 653 task jalviewjsEclipseCopyDropins {
 654   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 655   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir, include: "*.jar")
 656   def outputDir = eclipseDropinsDir
 657
 658   inputs.files inputFiles
 659   inputFiles.each { file ->
 660     outputs.file(outputDir+"/"+file.name)
 661   }
 662
 663   doLast {
 664     def outputFiles = []
 665     inputFiles.each { file ->
 666       copy {
 667         from file
 668         into outputDir
 669       }
 670     }
 671   }
 672 }
 673
 674 task jalviewjsEclipseSetup {
 675   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
 676   dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
 677 }
 678
 679
 680 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
 681   dependsOn jalviewjsSitePath
 682   outputFile (jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings)
 683   def props = project.properties.sort { it.key }
 684   def siteDirProperty = "j2s.site.directory"
 685   def setSiteDir = false
 686   props.each { prop, val ->
 687     if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
 688       if (prop == siteDirProperty) {
 689         if (!(val.startsWith("/") || val.startsWith("file://") )) {
 690           val = jalviewjsSiteDir+"/"+val
 691         }
 692         setSiteDir = true
 693       }
 694       property(prop,val)
 695     }
 696     if (!setSiteDir) {
 697       property(siteDirProperty,"${jalviewjsSiteDir}")
 698     }
 699   }
 700   outputs.file(outputFile)
 701 }
 702
 703 task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
 704   dependsOn jalviewjsSitePath
 705   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
 706   def outputDir = jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir
 707
 708   from inputFiles
 709   into outputDir
 710   def outputFiles = []
 711   rename { filename ->
 712     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 713     null
 714   }
 715   outputs.files outputFiles
 716   inputs.files inputFiles
 717 }
 718
 719 task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
 720   dependsOn jalviewjsSitePath
 721   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_site_resource_dir)
 722   def outputDir = jalviewjsSiteDir
 723
 724   from inputFiles
 725   into outputDir
 726   def outputFiles = []
 727   rename { filename ->
 728     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 729     null
 730   }
 731   outputs.files outputFiles
 732   inputs.files inputFiles
 733 }
 734
 735 task cleanJalviewjs {
 736   dependsOn jalviewjsSitePath
 737   /*
 738   delete jalviewDir+"/"+jalviewjsSiteDir
 739   delete jalviewDir+"/"+eclipse_bin_dir
 740   delete file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
 741   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings
 742   */
 743 }
 744
 745 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
 746   // work out how to do this!
 747   dependsOn eclipseProject
 748   dependsOn eclipseClasspath
 749   dependsOn eclipseJdt
 750   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 751   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
 752   executable(eclipseBinary)
 753   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", eclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
 754
 755   def projdir = eclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core"
 756   inputs.file(jalviewDir+"/.project")
 757   outputs.dir(projdir)
 758   outputs.upToDateWhen { file(projdir).exists() }
 759 }
 760
 761
 762
 763
 764
 765
 766
 767
 768 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
 769   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 770   dependsOn jalviewjsProjectImport
 771   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 772   executable(eclipseBinary)
 773   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", eclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ])
 774
 775   def stdout
 776   def stderr
 777   doFirst {
 778     stdout = new ByteArrayOutputStream()
 779     stderr = new ByteArrayOutputStream()
 780     standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(new FileOutputStream("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}"), stdout);
 781     errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(new FileOutputStream("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stderr}"), stderr);
 782   }
 783   doLast {
 784     if (stdout.toString().contains("Error processing ")) {
 785       // j2s did not complete transpile
 786       throw new GradleException("Error during transpilation:\n${stderr}\nSee eclipse transpile log files '${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}' and '${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stderr}'\n")
 787     }
 788   }
 789
 790   inputs.dir(sourceDir)
 791   outputs.dir(eclipse_bin_dir+"/main")
 792   outputs.files(
 793     fileTree(
 794       dir: jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir,
 795       includes: [ "**/*.js" ],
 796       excludes: [
 797         //jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir+"/intervalstore/**",
 798         //jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir+"/org/json/**",
 799         "intervalstore/**",
 800         "org/json/**",
 801       ]
 802     ).files
 803   )
 804   outputs.file(jalviewjsSiteDir+jalviewjs_server_resource)
 805
 806 }
 807
 808
 809
 810
 811
 812
 813 jalviewjsUnzipFiles.mustRunAfter jalviewjsTranspile
 814 jalviewjsTranspile.mustRunAfter jalviewjsCopyResources
 815 jalviewjsTranspile.mustRunAfter jalviewjsCopySiteResources
 816
 817 task jalviewjsPrepareSite {
 818   group "JalviewJS"
 819   description "Prepares the website folder including unzipping files and copying resources"
 820   dependsOn jalviewjsSitePath
 821   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 822   dependsOn jalviewjsCopyResources
 823   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 824 }
 825
 826 task jalviewjsBuildSite {
 827   group "JalviewJS"
 828   description "Builds the whole website including transpiled code"
 829   dependsOn jalviewjsPrepareSite
 830   dependsOn jalviewjsTranspile
 831 }
 832
 833 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
 834   group "JalviewJS"
 835   description "Creates a tar.gz file for the website"
 836   dependsOn jalviewjsBuildSite
 837   def outputFilename = "jalviewjs-site-${JALVIEW_VERSION}.tar.gz"
 838   try {
 839     archiveFileName = outputFilename
 840   } catch (Exception e) {
 841     archiveName = outputFilename
 842   }
 843
 844   compression Compression.GZIP
 845
 846   from jalviewjsSiteDir
 847   into jalviewjs_site_dir // this is inside the tar file
 848
 849   inputs.dir(jalviewjsSiteDir)
 850 }
 851
 852 def jalviewjsServer = null
 853 task jalviewjsServerStart {
 854   group "JalviewJS"
 855   description "Starts a webserver on localhost to test the website"
 856   dependsOn jalviewjsSitePath
 857   doLast {
 858
 859     if (jalviewjsServer != null) {
 860       println("SERVER ALREADY RUNNING. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 861     } else {
 862
 863       SimpleHttpFileServerFactory factory = new SimpleHttpFileServerFactory()
 864       def port = Integer.valueOf(jalviewjs_server_port)
 865       def start = port
 866       def running = false
 867       while(port < start+1000 && !running) {
 868         try {
 869           def doc_root = new File(jalviewDirAbsolutePath +"/"+ jalviewjsSiteDir)
 870           jalviewjsServer = factory.start(doc_root, port)
 871           running = true
 872           println("SERVER STARTED with document root ${doc_root}.\nGo to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle --stop  to stop (kills all gradle daemons).")
 873           //println("Ctrl-c to stop.");java.lang.Thread.sleep(Integer.valueOf(jalviewjs_server_wait)*1000);
 874         } catch (Exception e) {
 875           port++;
 876         }
 877       }
 878
 879     }
 880
 881   }
 882
 883 }
 884
 885 /* server persists in gradle daemon but reference is not accessible across builds
 886 task jalviewjsServerStop {
 887   doLast {
 888
 889     if (jalviewjsServer != null) {
 890
 891       println("SERVER ON PORT "+jalviewjsServer.getPort()+" STOPPING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start again.")
 892       jalviewjsServer.stop()
 893
 894     } else {
 895       println("SERVER NOT RUNNING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start.")
 896     }
 897
 898   }
 899 }
 900 */
 901
 902 task ideBuildSite {
 903   dependsOn jalviewjsSitePath
 904   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 905   dependsOn jalviewjsCopyResources
 906   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 907   // see project.afterEvaluate
 908   //dependsOn ideJalviewjsBuild
 909 }
 910
 911
 912
 913
 914 task jalviewjs {
 915   dependsOn jalviewjsBuildSite
 916 }
 917
 918
 919 project.afterEvaluate {
 920
 921   tasks.findByName('eclipse').dependsOn tasks.findByName('jalviewjsCreateJ2sSettings')
 922
 923   if (useIde) {
 924     tasks.findByName('ideJalviewjsImport').dependsOn eclipseProject
 925     tasks.findByName('ideJalviewjsImport').dependsOn eclipseClasspath
 926     tasks.findByName('ideJalviewjsImport').dependsOn eclipseJdt
 927     tasks.findByName('ideJalviewjsImport').dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
 928
 929     tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn tasks.findByName('ideJalviewjsImport')
 930     tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn tasks.findByName('jalviewjsCreateJ2sSettings')
 931
 932     tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseProject
 933     tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseClasspath
 934     tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseJdt
 935
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