build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3
   4 buildscript {
   5   dependencies {
   6     classpath 'org.openclover:clover:4.3.1'
   7     classpath 'org.apache.commons:commons-compress:1.18'
   8   }
   9 }
  10
  11 plugins {
  12   id 'java'
  13   id 'application'
  14   id 'eclipse'
  15   id 'com.github.johnrengelman.shadow' version '4.0.3'
  16   id 'com.install4j.gradle' version '7.0.9'
  17 }
  18
  19 repositories {
  20   jcenter()
  21   mavenCentral()
  22   mavenLocal()
  23   flatDir {
  24     dirs gradlePluginsDir
  25   }
  26 }
  27
  28 mainClassName = launcherClass
  29 def cloverInstrDir = file("$buildDir/$cloverSourcesInstrDir")
  30 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  31
  32 if (clover.equals("true")) {
  33   use_clover = true
  34   classes = "$buildDir/$cloverClassesDir"
  35 } else {
  36   use_clover = false
  37   classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  38 }
  39
  40 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
  41
  42 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  43 def libDir
  44 def libDistDir
  45 def compile_source_compatibility
  46 def compile_target_compatibility
  47
  48 ext {
  49   // where the getdown channel will be built.
  50   // TODO: consider allowing this expression to  be overrriden by -P arg
  51   getdownWebsiteDir = jalviewDir + '/' + getdown_website_dir + '/' + JAVA_VERSION + '/'
  52   getdownAppDir = getdownWebsiteDir + '/' + getdown_app_dir
  53   getdownJ11libDir = getdownWebsiteDir + '/' + getdown_j11lib_dir
  54   getdownResourceDir = getdownWebsiteDir + '/' + getdown_resource_dir
  55   getdownLauncher = jalviewDir + '/' + getdown_launcher
  56   getdownFilesDir = jalviewDir + '/' + getdown_files_dir + '/' + JAVA_VERSION + '/'
  57   getdownLib1 = jalviewDir + '/' + getdown_lib1
  58   def getdownChannel = getdown_channel_name
  59   if (getdown_channel_name.equals("COMMIT")) {
  60     getdownChannel = getGitHash()
  61   }
  62   getdown_app_base = getdown_channel_base+"/"+getdownChannel+"/"+JAVA_VERSION+"/"
  63   modules_compileClasspath = fileTree(dir: "$jalviewDir/$j11modDir", include: ["*.jar"])
  64   modules_runtimeClasspath = modules_compileClasspath
  65 }
  66
  67 def JAVA_INTEGER_VERSION
  68 def additional_compiler_args = []
  69 // these are getdown.txt properties defined dependent on the JAVA_VERSION
  70 def getdown_alt_java_min_version
  71 // this property is assigned below and expanded to multiple lines in the getdown task
  72 def getdown_alt_multi_java_location
  73 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
  74   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
  75   libDir = j11libDir
  76   libDistDir = j8libDir
  77   compile_source_compatibility = 1.8
  78   compile_target_compatibility = 1.8
  79   getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java8_min_version
  80   getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java8_txt_multi_java_location
  81 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
  82   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
  83   libDir = j11libDir
  84   libDistDir = j11libDir
  85   compile_source_compatibility = 11
  86   compile_target_compatibility = 11
  87   getdown_alt_java_min_version = getdown_alt_java11_min_version
  88   getdown_alt_multi_java_location = getdown_alt_java11_txt_multi_java_location
  89   additional_compiler_args += [
  90     '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
  91     '--add-modules', j11modules
  92   ]
  93 } else {
  94   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
  95 }
  96
  97 sourceSets {
  98
  99   main {
 100     java {
 101       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
 102       outputDir = file("$classes")
 103     }
 104
 105     resources {
 106       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
 107       srcDirs "$jalviewDir/$libDistDir"
 108     }
 109
 110     jar.destinationDir = file("$jalviewDir/$packageDir")
 111
 112     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 113     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 114
 115     runtimeClasspath = compileClasspath
 116   }
 117   clover {
 118     java {
 119       srcDirs = [ cloverInstrDir ]
 120       outputDir = file("${buildDir}/${cloverClassesDir}")
 121     }
 122
 123     resources {
 124       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 125     }
 126     compileClasspath = configurations.cloverRuntime + files( sourceSets.clover.java.outputDir )
 127     compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 128     compileClasspath += sourceSets.main.compileClasspath
 129     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["**/*.jar"])
 130     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 131
 132     runtimeClasspath = compileClasspath
 133   }
 134
 135   test {
 136     java {
 137       srcDirs "$jalviewDir/$testSourceDir"
 138       outputDir = file("$jalviewDir/$testOutputDir")
 139     }
 140
 141     resources {
 142       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 143     }
 144
 145     compileClasspath = files( sourceSets.test.java.outputDir )
 146
 147     if (use_clover) {
 148       compileClasspath += sourceSets.clover.compileClasspath
 149     } else {
 150       compileClasspath += files(sourceSets.main.java.outputDir)
 151     }
 152     compileClasspath += sourceSets.main.compileClasspath
 153     compileClasspath += files( sourceSets.main.resources.srcDirs)
 154     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["**/*.jar"])
 155     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 156
 157     runtimeClasspath = compileClasspath
 158   }
 159 }
 160
 161 // clover bits
 162 dependencies {
 163   if (use_clover) {
 164     cloverCompile 'org.openclover:clover:4.3.1'
 165     testCompile 'org.openclover:clover:4.3.1'
 166   }
 167 }
 168
 169 configurations {
 170   cloverRuntime
 171   cloverRuntime.extendsFrom cloverCompile
 172 }
 173
 174 eclipse {
 175   project {
 176     name = "Jalview with gradle build"
 177
 178     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 179         'org.eclipse.jdt.groovy.core.groovyNature',
 180         'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 181
 182     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 183     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 184   }
 185
 186   classpath {
 187     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 188     def removeThese = []
 189     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 190         removeThese += it
 191       }
 192     }
 193     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 194
 195     minusConfigurations += removeThese
 196     plusConfigurations = [ ]
 197     file {
 198
 199       whenMerged { cp ->
 200         def removeTheseToo = []
 201         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 202         cp.entries.each { entry ->
 203           if (entry.kind == 'src') {
 204             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 205               removeTheseToo += entry
 206             } else {
 207               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 208             }
 209           }
 210         }
 211         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 212       }
 213
 214       withXml {
 215         def node = it.asNode()
 216         def srcTestAttributes
 217         node.children().each{ cpe ->
 218           def attributes = cpe.attributes()
 219           if (attributes.get("kind") == "src" && attributes.get("path") == "test") {
 220             srcTestAttributes = cpe.find { a -> a.name() == "attributes" }
 221             return
 222           }
 223         }
 224         def addTestAttribute = true
 225         srcTestAttributes.each{a ->
 226           if (a.name() == "attribute" && a.attributes().getAt("name") == "test") {
 227             addTestAttribute = false
 228           }
 229         }
 230         if (addTestAttribute) {
 231           srcTestAttributes.append(new Node(null, "attribute", [name:"test", value:"true"]))
 232         }
 233
 234         node.appendNode('classpathentry', [kind:"output", path:"bin/main"])
 235         node.appendNode('classpathentry', [kind:"lib", path:helpParentDir])
 236         node.appendNode('classpathentry', [kind:"lib", path:resourceDir])
 237         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 238         def allPaths = sourceSets.test.compileClasspath + sourceSets.main.compileClasspath
 239         sourceSets.main.compileClasspath.each{
 240           //if ((it.isDirectory() || ! it.exists()) && ! (it.equals(sourceSets.main.java.outputDir))) {
 241           //no longer want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 242           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 243             // don't add dirs to classpath
 244             //println("Not adding directory "+it)
 245             return
 246           }
 247           def itPath = it.toString()
 248           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 249             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 250           }
 251           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 252             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 253           } else {
 254             //println("Adding entry "+itPath)
 255             node.appendNode('classpathentry', [kind:"lib", path:itPath])
 256             addedLibPath.put(itPath, true)
 257           }
 258         }
 259         sourceSets.test.compileClasspath.each{
 260           //if ((it.isDirectory() || ! it.exists()) && ! (it.equals(sourceSets.main.java.outputDir))) {
 261           //no longer want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 262           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 263             // don't add dirs to classpath
 264             //println("Not adding directory "+it)
 265             return
 266           }
 267           def itPath = it.toString()
 268           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 269             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 270           }
 271           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 272             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 273           } else {
 274             //println("Adding entry "+itPath)
 275             node.appendNode('classpathentry', [kind:"lib", path:itPath])
 276             .appendNode('attributes')
 277             .appendNode('attribute', [name:"test", value:"true"])
 278             addedLibPath.put(itPath, true)
 279           }
 280         }
 281       }
 282
 283     }
 284   }
 285
 286   jdt {
 287     // for the IDE, use java 11 compatibility
 288     sourceCompatibility = 11
 289     targetCompatibility = 11
 290     javaRuntimeName = "JavaSE-11"
 291
 292     file {
 293       withProperties { props ->
 294         def jalview_prefs = new Properties()
 295         def ins = new FileInputStream(eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 296         jalview_prefs.load(ins)
 297         ins.close()
 298         jalview_prefs.forEach { t, v ->
 299           if (props.getAt(t) == null) {
 300             props.putAt(t, v)
 301           }
 302         }
 303       }
 304     }
 305   }
 306
 307 }
 308
 309 task cloverInstr() {
 310   // only instrument source, we build test classes as normal
 311   inputs.files files (sourceSets.main.allJava) // , fileTree(dir:"$jalviewDir/$testSourceDir", include: ["**/*.java"]))
 312   outputs.dir cloverInstrDir
 313
 314   doFirst {
 315     delete cloverInstrDir
 316     def argsList = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 317       "-d", "${buildDir}/${cloverSourcesInstrDir}"]
 318     argsList.addAll(inputs.files.files.collect({ file ->
 319       file.absolutePath
 320     }))
 321     String[] args = argsList.toArray()
 322     println("About to instrument "+args.length +" files")
 323     com.atlassian.clover.CloverInstr.mainImpl(args)
 324   }
 325 }
 326
 327
 328 task cloverReport {
 329   group = "Verification"
 330   description = "Createst the Clover report"
 331   inputs.dir "${buildDir}/clover"
 332   outputs.dir "${reportsDir}/clover"
 333   onlyIf {
 334     file("${buildDir}/clover/clover.db").exists()
 335   }
 336   doFirst {
 337     def argsList = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 338       "-o", "${reportsDir}/clover"]
 339     String[] args = argsList.toArray()
 340     com.atlassian.clover.reporters.html.HtmlReporter.runReport(args)
 341
 342     // and generate ${reportsDir}/clover/clover.xml
 343     args = ["--initstring", "${buildDir}/clover/clover.db",
 344       "-o", "${reportsDir}/clover/clover.xml"].toArray()
 345     com.atlassian.clover.reporters.xml.XMLReporter.runReport(args)
 346   }
 347 }
 348
 349 // end clover bits
 350
 351
 352 compileJava {
 353
 354   doFirst {
 355     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 356     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 357     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 358     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 359   }
 360
 361 }
 362
 363 compileTestJava {
 364   if (use_clover) {
 365     dependsOn compileCloverJava
 366     classpath += configurations.cloverRuntime
 367   } else {
 368     classpath += sourceSets.main.runtimeClasspath
 369   }
 370   doFirst {
 371     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 372     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 373     options.compilerArgs = additional_compiler_args
 374     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 375   }
 376 }
 377
 378
 379 compileCloverJava {
 380
 381   doFirst {
 382     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 383     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 384     options.compilerArgs += additional_compiler_args
 385     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 386   }
 387   classpath += configurations.cloverRuntime
 388 }
 389
 390 clean {
 391   delete sourceSets.main.java.outputDir
 392 }
 393
 394 cleanTest {
 395   delete sourceSets.test.java.outputDir
 396   delete cloverInstrDir
 397 }
 398
 399 def getDate(format) {
 400   def date = new Date()
 401   //return date.format("dd MMMM yyyy")
 402   return date.format(format)
 403 }
 404
 405 def getGitHash() {
 406   def stdout = new ByteArrayOutputStream()
 407   exec {
 408     commandLine "git", "rev-parse", "--short", "HEAD"
 409     standardOutput = stdout
 410     workingDir = jalviewDir
 411   }
 412   return stdout.toString().trim()
 413 }
 414
 415 def getGitBranch() {
 416   def stdout = new ByteArrayOutputStream()
 417   exec {
 418     commandLine "git", "rev-parse", "--abbrev-ref", "HEAD"
 419     standardOutput = stdout
 420     workingDir = jalviewDir
 421   }
 422   return stdout.toString().trim()
 423 }
 424
 425 task createBuildProperties(type: WriteProperties) {
 426   inputs.dir("$jalviewDir/$sourceDir")
 427   inputs.dir("$jalviewDir/$resourceDir")
 428   outputFile "$classes/$buildPropertiesFile"
 429   /* taking time/date specific comment out to allow better incremental builds */
 430   //comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")
 431   comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd")
 432   property "BUILD_DATE", getDate("dd MMMM yyyy")
 433   property "VERSION", JALVIEW_VERSION
 434   property "INSTALLATION", INSTALLATION+" git-commit:"+getGitHash()+" ["+getGitBranch()+"]"
 435   outputs.file(outputFile)
 436   outputs.dir("$classes")
 437 }
 438
 439 task syncDocs(type: Sync) {
 440   def syncDir = "$classes/$docDir"
 441   from fileTree("$jalviewDir/$docDir")
 442   into syncDir
 443
 444 }
 445
 446 def helpFile = "$classes/$helpDir/help.jhm"
 447
 448 task copyHelp(type: Copy) {
 449   def inputDir = "$jalviewDir/$helpParentDir/$helpDir"
 450   def outputDir = "$classes/$helpDir"
 451   from(inputDir) {
 452     exclude '**/*.gif'
 453     exclude '**/*.jpg'
 454     exclude '**/*.png'
 455     filter(ReplaceTokens, beginToken: '$$', endToken: '$$', tokens: ['Version-Rel': JALVIEW_VERSION])
 456   }
 457   from(inputDir) {
 458     include '**/*.gif'
 459     include '**/*.jpg'
 460     include '**/*.png'
 461   }
 462   into outputDir
 463
 464   inputs.dir(inputDir)
 465   outputs.files(helpFile)
 466   outputs.dir(outputDir)
 467 }
 468
 469 task syncLib(type: Sync) {
 470   def syncDir = "$classes/$libDistDir"
 471   from fileTree("$jalviewDir/$libDistDir")
 472   into syncDir
 473 }
 474
 475 task syncResources(type: Sync) {
 476   from "$jalviewDir/$resourceDir"
 477   include "**/*.*"
 478   exclude "install4j"
 479   into "$classes"
 480   preserve {
 481     include "**"
 482   }
 483 }
 484
 485 task prepare {
 486   dependsOn syncResources
 487   dependsOn syncDocs
 488   dependsOn copyHelp
 489 }
 490
 491
 492 //testReportDirName = "test-reports" // note that test workingDir will be $jalviewDir
 493 test {
 494   dependsOn prepare
 495   dependsOn compileJava
 496   if (use_clover) {
 497     dependsOn cloverInstr
 498   }
 499
 500   print("Running tests " + (use_clover?"WITH":"WITHOUT") + " clover [clover="+use_clover+"]\n")
 501
 502   useTestNG() {
 503     includeGroups testngGroups
 504     preserveOrder true
 505     useDefaultListeners=true
 506   }
 507
 508   workingDir = jalviewDir
 509   //systemProperties 'clover.jar' System.properties.clover.jar
 510   sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 511   targetCompatibility = compile_target_compatibility
 512   jvmArgs += additional_compiler_args
 513   print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 514 }
 515
 516 task buildIndices(type: JavaExec) {
 517   dependsOn copyHelp
 518   classpath = sourceSets.main.compileClasspath
 519   main = "com.sun.java.help.search.Indexer"
 520   workingDir = "$classes/$helpDir"
 521   def argDir = "html"
 522   args = [ argDir ]
 523   inputs.dir("$workingDir/$argDir")
 524
 525   outputs.dir("$classes/doc")
 526   outputs.dir("$classes/help")
 527   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/DOCS")
 528   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/DOCS.TAB")
 529   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/OFFSETS")
 530   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/POSITIONS")
 531   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/SCHEMA")
 532   outputs.file("$workingDir/JavaHelpSearch/TMAP")
 533 }
 534
 535 task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
 536   options.fork = true
 537   classpath = files("$jalviewDir/$utilsDir")
 538   destinationDir = file("$jalviewDir/$utilsDir")
 539   source = fileTree(dir: "$jalviewDir/$utilsDir", include: ["HelpLinksChecker.java", "BufferedLineReader.java"])
 540
 541   outputs.file("$jalviewDir/$utilsDir/HelpLinksChecker.class")
 542   outputs.file("$jalviewDir/$utilsDir/BufferedLineReader.class")
 543 }
 544
 545 def helplinkscheckeroutputfile = file("$jalviewDir/$utilsDir/HelpLinksChecker.out")
 546 task linkCheck(type: JavaExec) {
 547   dependsOn prepare, compileLinkCheck
 548   classpath = files("$jalviewDir/$utilsDir")
 549   main = "HelpLinksChecker"
 550   workingDir = jalviewDir
 551   def help = "$classes/$helpDir"
 552   args = [ "$classes/$helpDir", "-nointernet" ]
 553   //args = [ "$classesDir/$helpDir", "-nointernet" ]
 554
 555   doFirst {
 556     helplinkscheckeroutputfile.createNewFile()
 557     standardOutput new FileOutputStream(helplinkscheckeroutputfile, false)
 558   }
 559
 560   outputs.file(helplinkscheckeroutputfile)
 561 }
 562
 563 task cleanPackageDir(type: Delete) {
 564   delete fileTree("$jalviewDir/$packageDir").include("*.jar")
 565 }
 566
 567 jar {
 568   dependsOn linkCheck
 569   dependsOn buildIndices
 570   dependsOn createBuildProperties
 571
 572   manifest {
 573     attributes "Main-Class": mainClass,
 574     "Permissions": "all-permissions",
 575     "Application-Name": "Jalview Desktop",
 576     "Codebase": application_codebase
 577   }
 578
 579   destinationDir = file("$jalviewDir/$packageDir")
 580   archiveName = rootProject.name+".jar"
 581
 582   exclude "cache*/**"
 583   exclude "*.jar"
 584   exclude "*.jar.*"
 585   exclude "**/*.jar"
 586   exclude "**/*.jar.*"
 587
 588   inputs.dir("$classes")
 589   outputs.file("$jalviewDir/$packageDir/$archiveName")
 590 }
 591
 592 task copyJars(type: Copy) {
 593   from fileTree("$classes").include("**/*.jar").include("*.jar").files
 594   into "$jalviewDir/$packageDir"
 595 }
 596
 597 // doing a Sync instead of Copy as Copy doesn't deal with "outputs" very well
 598 task syncJars(type: Sync) {
 599   from fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").files
 600   into "$jalviewDir/$packageDir"
 601   preserve {
 602     include jar.archiveName
 603   }
 604 }
 605
 606 task makeDist {
 607   group = "build"
 608   description = "Put all required libraries in dist"
 609   // order of "cleanPackageDir", "copyJars", "jar" important!
 610   jar.mustRunAfter cleanPackageDir
 611   syncJars.mustRunAfter cleanPackageDir
 612   dependsOn cleanPackageDir
 613   dependsOn syncJars
 614   dependsOn jar
 615   outputs.dir("$jalviewDir/$packageDir")
 616 }
 617
 618 task cleanDist {
 619   dependsOn cleanPackageDir
 620   dependsOn cleanTest
 621   dependsOn clean
 622 }
 623
 624 shadowJar {
 625   dependsOn makeDist
 626   from ("$jalviewDir/$libDistDir") {
 627     include("*.jar")
 628   }
 629   mainClassName = shadowJarMainClass
 630   mergeServiceFiles()
 631   classifier = "all-"+JAVA_VERSION
 632   minimize()
 633 }
 634
 635 task getdownWebsite() {
 636   group = "distribution"
 637   description = "Create the getdown minimal app folder, and website folder for this version of jalview. Website folder also used for offline app installer"
 638   dependsOn makeDist
 639   def getdownWebsiteResourceFilenames = []
 640   def getdownTextString = ""
 641   def getdownResourceDir = project.ext.getdownResourceDir
 642   def getdownAppDir = project.ext.getdownAppDir
 643   def getdownResourceFilenames = []
 644   doFirst {
 645     // go through properties looking for getdown_txt_...
 646     def props = project.properties.sort { it.key }
 647     props.put("getdown_txt_java_min_version", getdown_alt_java_min_version)
 648     props.put("getdown_txt_multi_java_location", getdown_alt_multi_java_location)
 649
 650     props.put("getdown_txt_appbase", getdown_app_base)
 651     props.each{ prop, val ->
 652       if (prop.startsWith("getdown_txt_") && val != null) {
 653         if (prop.startsWith("getdown_txt_multi_")) {
 654           def key = prop.substring(18)
 655           val.split(",").each{ v ->
 656             def line = key + " = " + v + "\n"
 657             getdownTextString += line
 658           }
 659         } else {
 660           // file values rationalised
 661           if (val.indexOf('/') > -1) {
 662             def r = null
 663             if (val.indexOf('/') == 0) {
 664               // absolute path
 665               r = file(val)
 666             } else if (val.indexOf('/') > 0) {
 667               // relative path (relative to jalviewDir)
 668               r = file( jalviewDir + '/' + val )
 669             }
 670             if (r.exists()) {
 671               val = getdown_resource_dir + '/' + r.getName()
 672               getdownWebsiteResourceFilenames += val
 673               getdownResourceFilenames += r.getPath()
 674             }
 675           }
 676           def line = prop.substring(12) + " = " + val + "\n"
 677           getdownTextString += line
 678         }
 679       }
 680     }
 681
 682     getdownWebsiteResourceFilenames.each{ filename ->
 683       getdownTextString += "resource = "+filename+"\n"
 684     }
 685     getdownResourceFilenames.each{ filename ->
 686       copy {
 687         from filename
 688         into project.ext.getdownResourceDir
 689       }
 690     }
 691
 692     def codeFiles = []
 693     makeDist.outputs.files.each{ f ->
 694       if (f.isDirectory()) {
 695         def files = fileTree(dir: f, include: ["*"]).getFiles()
 696         codeFiles += files
 697       } else if (f.exists()) {
 698         codeFiles += f
 699       }
 700     }
 701     codeFiles.sort().each{f ->
 702       def line = "code = " + getdown_app_dir + '/' + f.getName() + "\n"
 703       getdownTextString += line
 704       copy {
 705         from f.getPath()
 706         into project.ext.getdownAppDir
 707       }
 708     }
 709
 710     // NOT USING MODULES YET, EVERYTHING SHOULD BE IN dist
 711     /*
 712      if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 713      def j11libFiles = fileTree(dir: "$jalviewDir/$j11libDir", include: ["*.jar"]).getFiles()
 714      j11libFiles.sort().each{f ->
 715      def line = "code = " + getdown_j11lib_dir + '/' + f.getName() + "\n"
 716      getdownTextString += line
 717      copy {
 718      from f.getPath()
 719      into project.ext.getdownJ11libDir
 720      }
 721      }
 722      }
 723      */
 724
 725     // getdown-launcher.jar should not be in main application class path so the main application can move it when updated.  Listed as a resource so it gets updated.
 726     //getdownTextString += "class = " + file(getdownLauncher).getName() + "\n"
 727     getdownTextString += "resource = " + file(getdownLauncher).getName() + "\n"
 728     getdownTextString += "class = " + mainClass + "\n"
 729
 730     def getdown_txt = file(project.ext.getdownWebsiteDir + "/getdown.txt")
 731     getdown_txt.write(getdownTextString)
 732
 733     copy {
 734       from getdown_txt
 735       into project.ext.getdownFilesDir
 736     }
 737
 738     copy {
 739       from getdownLauncher
 740       into project.ext.getdownFilesDir
 741     }
 742
 743     copy {
 744       from getdownLauncher
 745       into project.ext.getdownWebsiteDir
 746     }
 747
 748     copy {
 749       from getdownLib1
 750       into project.ext.getdownFilesDir + '/' + packageDir
 751     }
 752
 753     copy {
 754       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.background_image')
 755       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.error_background')
 756       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.progress_image')
 757       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.icon')
 758       from jalviewDir + '/' + project.getProperty('getdown_txt_ui.mac_dock_icon')
 759       into project.ext.getdownFilesDir + '/' + getdown_resource_dir
 760     }
 761   }
 762
 763   inputs.dir(jalviewDir + '/' + packageDir)
 764   outputs.dir(project.ext.getdownWebsiteDir)
 765   outputs.dir(project.ext.getdownFilesDir)
 766 }
 767
 768 task getdownDigest(type: JavaExec) {
 769   group = "distribution"
 770   description = "Digest the getdown website folder"
 771   dependsOn getdownWebsite
 772   classpath = files(jalviewDir + '/' + getdown_core)
 773   classpath file(jalviewDir + '/' + getdown_lib1)
 774   main = "com.threerings.getdown.tools.Digester"
 775   args project.ext.getdownWebsiteDir
 776   outputs.file(project.ext.getdownWebsiteDir + '/' + "digest2.txt")
 777 }
 778
 779 task getdown() {
 780   group = "distribution"
 781   description = "Create the minimal and full getdown app folder for installers and website and create digest file"
 782   dependsOn getdownDigest
 783 }
 784
 785 clean {
 786   delete project.ext.getdownWebsiteDir
 787   delete project.ext.getdownFilesDir
 788 }
 789
 790 install4j {
 791   def install4jHomeDir = "/opt/install4j"
 792   def hostname = "hostname".execute().text.trim()
 793   if (hostname.equals("jv-bamboo")) {
 794     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j"
 795   } else if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 796     install4jHomeDir = '/Applications/install4j.app/Contents/Resources/app'
 797     if (! file(install4jHomeDir).exists()) {
 798       install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+install4jHomeDir
 799     }
 800   } else if (OperatingSystem.current().isLinux()) {
 801     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j"
 802   }
 803   installDir = file(install4jHomeDir)
 804   mediaTypes = Arrays.asList(install4jMediaTypes.split(","))
 805 }
 806
 807 def install4jConf
 808 def macosJavaVMDir
 809 def macosJavaVMTgz
 810 def windowsJavaVMDir
 811 def windowsJavaVMTgz
 812 def install4jDir = "$jalviewDir/$install4jResourceDir"
 813 def install4jConfFile = "jalview-installers-java"+JAVA_VERSION+".install4j"
 814 install4jConf = "$install4jDir/$install4jConfFile"
 815
 816 task copyInstall4jTemplate(type: Copy) {
 817   macosJavaVMDir = System.env.HOME+"/buildtools/jre/openjdk-java_vm/getdown/macos-jre"+JAVA_VERSION+"/jre"
 818   macosJavaVMTgz = System.env.HOME+"/buildtools/jre/openjdk-java_vm/install4j/tgz/macos-jre"+JAVA_VERSION+".tar.gz"
 819   windowsJavaVMDir = System.env.HOME+"/buildtools/jre/openjdk-java_vm/getdown/windows-jre"+JAVA_VERSION+"/jre"
 820   windowsJavaVMTgz = System.env.HOME+"/buildtools/jre/openjdk-java_vm/install4j/tgz/windows-jre"+JAVA_VERSION+".tar.gz"
 821   from (install4jDir) {
 822     include install4jTemplate
 823     rename (install4jTemplate, install4jConfFile)
 824     filter(ReplaceTokens, beginToken: '', endToken: '', tokens: ['9999999999': JAVA_VERSION])
 825     filter(ReplaceTokens, beginToken: '$$', endToken: '$$', tokens: ['JAVA_VERSION': JAVA_VERSION, 'JAVA_INTEGER_VERSION': JAVA_INTEGER_VERSION, 'VERSION': JALVIEW_VERSION, 'MACOS_JAVA_VM_DIR': macosJavaVMDir, 'MACOS_JAVA_VM_TGZ': macosJavaVMTgz, 'WINDOWS_JAVA_VM_DIR': windowsJavaVMDir, 'WINDOWS_JAVA_VM_TGZ': windowsJavaVMTgz])
 826     if (OSX_KEYPASS=="") {
 827       filter(ReplaceTokens, beginToken: 'codeSigning macEnabled="', endToken: '"', tokens: ['true':'codeSigning macEnabled="false"'])
 828       filter(ReplaceTokens, beginToken: 'runPostProcessor="true" ',endToken: 'Processor', tokens: ['post':'runPostProcessor="false" postProcessor'])
 829     }
 830   }
 831   into install4jDir
 832   inputs.files("$install4jDir/$install4jTemplate")
 833   outputs.files(install4jConf)
 834 }
 835
 836 task installers(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
 837   group = "distribution"
 838   description = "Create the install4j installers"
 839   dependsOn getdown
 840   dependsOn copyInstall4jTemplate
 841   projectFile = file(install4jConf)
 842   println("Using projectFile "+projectFile)
 843   variables = [majorVersion: version.substring(2, 11), build: 001, OSX_KEYSTORE: OSX_KEYSTORE, JSIGN_SH: JSIGN_SH]
 844   destination = "$jalviewDir/$install4jBuildDir/$JAVA_VERSION"
 845   buildSelected = true
 846
 847   if (OSX_KEYPASS) {
 848     macKeystorePassword=OSX_KEYPASS
 849
 850   }
 851
 852   inputs.dir(project.ext.getdownWebsiteDir)
 853   inputs.file(install4jConf)
 854   inputs.dir(macosJavaVMDir)
 855   inputs.dir(windowsJavaVMDir)
 856   outputs.dir("$jalviewDir/$install4jBuildDir/$JAVA_VERSION")
 857 }
 858
 859 clean {
 860   delete install4jConf
 861 }