build.gradle

   1 /* Convention for properties.  Read from gradle.properties, use lower_case_underlines for property names.
   2  * For properties set within build.gradle, use camelCaseNoSpace.
   3  */
   4 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   5 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   6 import org.gradle.plugins.ide.internal.generator.PropertiesPersistableConfigurationObject
   7 import org.gradle.api.internal.PropertiesTransformer
   8 import org.gradle.util.ConfigureUtil
   9 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Output
  10 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.Library
  11 import java.security.MessageDigest
  12 import java.util.regex.Matcher
  13 import java.util.concurrent.Executors
  14 import java.util.concurrent.Future
  15 import java.util.concurrent.ScheduledExecutorService
  16 import java.util.concurrent.TimeUnit
  17 import groovy.transform.ExternalizeMethods
  18 import groovy.util.XmlParser
  19 import groovy.xml.XmlUtil
  20 import groovy.json.JsonBuilder
  21 import com.vladsch.flexmark.util.ast.Node
  22 import com.vladsch.flexmark.html.HtmlRenderer
  23 import com.vladsch.flexmark.parser.Parser
  24 import com.vladsch.flexmark.util.data.MutableDataSet
  25 import com.vladsch.flexmark.ext.gfm.tasklist.TaskListExtension
  26 import com.vladsch.flexmark.ext.tables.TablesExtension
  27 import com.vladsch.flexmark.ext.gfm.strikethrough.StrikethroughExtension
  28 import com.vladsch.flexmark.ext.autolink.AutolinkExtension
  29 import com.vladsch.flexmark.ext.anchorlink.AnchorLinkExtension
  30 import com.vladsch.flexmark.ext.toc.TocExtension
  31 import com.google.common.hash.HashCode
  32 import com.google.common.hash.Hashing
  33 import com.google.common.io.Files
  34 import org.jsoup.Jsoup
  35 import org.jsoup.nodes.Element
  36
  37 buildscript {
  38   repositories {
  39     mavenCentral()
  40     mavenLocal()
  41   }
  42   dependencies {
  43     classpath "com.vladsch.flexmark:flexmark-all:0.62.0"
  44     classpath "org.jsoup:jsoup:1.14.3"
  45     classpath "com.eowise:gradle-imagemagick:0.5.1"
  46   }
  47 }
  48
  49
  50 plugins {
  51   id 'java'
  52   id 'application'
  53   id 'eclipse'
  54   id "com.diffplug.gradle.spotless" version "3.28.0"
  55   id 'com.github.johnrengelman.shadow' version '6.0.0'
  56   id 'com.install4j.gradle' version '10.0.3'
  57   id 'com.dorongold.task-tree' version '2.1.1' // only needed to display task dependency tree with  gradle task1 [task2 ...] taskTree
  58   id 'com.palantir.git-version' version '0.13.0' apply false
  59 }
  60
  61 repositories {
  62   jcenter()
  63   mavenCentral()
  64   mavenLocal()
  65 }
  66
  67
  68
  69 // in ext the values are cast to Object. Ensure string values are cast as String (and not GStringImpl) for later use
  70 def string(Object o) {
  71   return o == null ? "" : o.toString()
  72 }
  73
  74 def overrideProperties(String propsFileName, boolean output = false) {
  75   if (propsFileName == null) {
  76     return
  77   }
  78   def propsFile = file(propsFileName)
  79   if (propsFile != null && propsFile.exists()) {
  80     println("Using properties from file '${propsFileName}'")
  81     try {
  82       def p = new Properties()
  83       def localPropsFIS = new FileInputStream(propsFile)
  84       p.load(localPropsFIS)
  85       localPropsFIS.close()
  86       p.each {
  87         key, val ->
  88           def oldval
  89           if (project.hasProperty(key)) {
  90             oldval = project.findProperty(key)
  91             project.setProperty(key, val)
  92             if (output) {
  93               println("Overriding property '${key}' ('${oldval}') with ${file(propsFile).getName()} value '${val}'")
  94             }
  95           } else {
  96             ext.setProperty(key, val)
  97             if (output) {
  98               println("Setting ext property '${key}' with ${file(propsFile).getName()}s value '${val}'")
  99             }
 100           }
 101       }
 102     } catch (Exception e) {
 103       println("Exception reading local.properties")
 104       e.printStackTrace()
 105     }
 106   }
 107 }
 108
 109 ext {
 110   jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
 111   jalviewDirRelativePath = jalviewDir
 112   date = new Date()
 113
 114   getdownChannelName = CHANNEL.toLowerCase()
 115   // default to "default". Currently only has different cosmetics for "develop", "release", "default"
 116   propertiesChannelName = ["develop", "release", "test-release", "jalviewjs", "jalviewjs-release" ].contains(getdownChannelName) ? getdownChannelName : "default"
 117   channelDirName = propertiesChannelName
 118   // Import channel_properties
 119   if (getdownChannelName.startsWith("develop-")) {
 120     channelDirName = "develop-SUFFIX"
 121   }
 122   channelDir = string("${jalviewDir}/${channel_properties_dir}/${channelDirName}")
 123   channelGradleProperties = string("${channelDir}/channel_gradle.properties")
 124   channelPropsFile = string("${channelDir}/${resource_dir}/${channel_props}")
 125   overrideProperties(channelGradleProperties, false)
 126   // local build environment properties
 127   // can be "projectDir/local.properties"
 128   overrideProperties("${projectDir}/local.properties", true)
 129   // or "../projectDir_local.properties"
 130   overrideProperties(projectDir.getParent() + "/" + projectDir.getName() + "_local.properties", true)
 131
 132   ////
 133   // Import releaseProps from the RELEASE file
 134   // or a file specified via JALVIEW_RELEASE_FILE if defined
 135   // Expect jalview.version and target release branch in jalview.release
 136   releaseProps = new Properties();
 137   def releasePropFile = findProperty("JALVIEW_RELEASE_FILE");
 138   def defaultReleasePropFile = "${jalviewDirAbsolutePath}/RELEASE";
 139   try {
 140     (new File(releasePropFile!=null ? releasePropFile : defaultReleasePropFile)).withInputStream {
 141      releaseProps.load(it)
 142     }
 143   } catch (Exception fileLoadError) {
 144     throw new Error("Couldn't load release properties file "+(releasePropFile==null ? defaultReleasePropFile : "from custom location: releasePropFile"),fileLoadError);
 145   }
 146   ////
 147   // Set JALVIEW_VERSION if it is not already set
 148   if (findProperty("JALVIEW_VERSION")==null || "".equals(JALVIEW_VERSION)) {
 149     JALVIEW_VERSION = releaseProps.get("jalview.version")
 150   }
 151   println("JALVIEW_VERSION is set to '${JALVIEW_VERSION}'")
 152
 153   // this property set when running Eclipse headlessly
 154   j2sHeadlessBuildProperty = string("net.sf.j2s.core.headlessbuild")
 155   // this property set by Eclipse
 156   eclipseApplicationProperty = string("eclipse.application")
 157   // CHECK IF RUNNING FROM WITHIN ECLIPSE
 158   def eclipseApplicationPropertyVal = System.properties[eclipseApplicationProperty]
 159   IN_ECLIPSE = eclipseApplicationPropertyVal != null && eclipseApplicationPropertyVal.startsWith("org.eclipse.ui.")
 160   // BUT WITHOUT THE HEADLESS BUILD PROPERTY SET
 161   if (System.properties[j2sHeadlessBuildProperty].equals("true")) {
 162     println("Setting IN_ECLIPSE to ${IN_ECLIPSE} as System.properties['${j2sHeadlessBuildProperty}'] == '${System.properties[j2sHeadlessBuildProperty]}'")
 163     IN_ECLIPSE = false
 164   }
 165   if (IN_ECLIPSE) {
 166     println("WITHIN ECLIPSE IDE")
 167   } else {
 168     println("HEADLESS BUILD")
 169   }
 170
 171   J2S_ENABLED = (project.hasProperty('j2s.compiler.status') && project['j2s.compiler.status'] != null && project['j2s.compiler.status'] == "enable")
 172   if (J2S_ENABLED) {
 173     println("J2S ENABLED")
 174   }
 175   /* *-/
 176   System.properties.sort { it.key }.each {
 177     key, val -> println("SYSTEM PROPERTY ${key}='${val}'")
 178   }
 179   /-* *-/
 180   if (false && IN_ECLIPSE) {
 181     jalviewDir = jalviewDirAbsolutePath
 182   }
 183   */
 184
 185   // datestamp
 186   buildDate = new Date().format("yyyyMMdd")
 187
 188   // essentials
 189   bareSourceDir = string(source_dir)
 190   sourceDir = string("${jalviewDir}/${bareSourceDir}")
 191   resourceDir = string("${jalviewDir}/${resource_dir}")
 192   bareTestSourceDir = string(test_source_dir)
 193   testDir = string("${jalviewDir}/${bareTestSourceDir}")
 194
 195   classesDir = string("${jalviewDir}/${classes_dir}")
 196
 197   // clover
 198   useClover = clover.equals("true")
 199   cloverBuildDir = "${buildDir}/clover"
 200   cloverInstrDir = file("${cloverBuildDir}/clover-instr")
 201   cloverClassesDir = file("${cloverBuildDir}/clover-classes")
 202   cloverReportDir = file("${buildDir}/reports/clover")
 203   cloverTestInstrDir = file("${cloverBuildDir}/clover-test-instr")
 204   cloverTestClassesDir = file("${cloverBuildDir}/clover-test-classes")
 205   //cloverTestClassesDir = cloverClassesDir
 206   cloverDb = string("${cloverBuildDir}/clover.db")
 207
 208   testSourceDir = useClover ? cloverTestInstrDir : testDir
 209   testClassesDir = useClover ? cloverTestClassesDir : "${jalviewDir}/${test_output_dir}"
 210
 211   channelSuffix = ""
 212   backgroundImageText = BACKGROUNDIMAGETEXT
 213   getdownChannelDir = string("${getdown_website_dir}/${propertiesChannelName}")
 214   getdownAppBaseDir = string("${jalviewDir}/${getdownChannelDir}/${JAVA_VERSION}")
 215   getdownArchiveDir = string("${jalviewDir}/${getdown_archive_dir}")
 216   getdownFullArchiveDir = null
 217   getdownTextLines = []
 218   getdownLaunchJvl = null
 219   getdownVersionLaunchJvl = null
 220   buildDist = true
 221   buildProperties = null
 222
 223   // the following values might be overridden by the CHANNEL switch
 224   getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 225   getdownAppBase = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 226   getdownArchiveAppBase = getdown_archive_base
 227   getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher}")
 228   getdownAppDistDir = getdown_app_dir_alt
 229   getdownImagesDir = string("${jalviewDir}/${getdown_images_dir}")
 230   getdownImagesBuildDir = string("${buildDir}/imagemagick/getdown")
 231   getdownSetAppBaseProperty = false // whether to pass the appbase and appdistdir to the application
 232   reportRsyncCommand = false
 233   jvlChannelName = CHANNEL.toLowerCase()
 234   install4jSuffix = CHANNEL.substring(0, 1).toUpperCase() + CHANNEL.substring(1).toLowerCase(); // BUILD -> Build
 235   install4jDMGDSStore = "${install4j_images_dir}/${install4j_dmg_ds_store}"
 236   install4jDMGBackgroundImageDir = "${install4j_images_dir}"
 237   install4jDMGBackgroundImageBuildDir = "build/imagemagick/install4j"
 238   install4jDMGBackgroundImageFile = "${install4j_dmg_background}"
 239   install4jInstallerName = "${jalview_name} Non-Release Installer"
 240   install4jExecutableName = install4j_executable_name
 241   install4jExtraScheme = "jalviewx"
 242   install4jMacIconsFile = string("${install4j_images_dir}/${install4j_mac_icons_file}")
 243   install4jWindowsIconsFile = string("${install4j_images_dir}/${install4j_windows_icons_file}")
 244   install4jPngIconFile = string("${install4j_images_dir}/${install4j_png_icon_file}")
 245   install4jBackground = string("${install4j_images_dir}/${install4j_background}")
 246   install4jBuildDir = "${install4j_build_dir}/${JAVA_VERSION}"
 247   install4jCheckSums = true
 248
 249   applicationName = "${jalview_name}"
 250   switch (CHANNEL) {
 251
 252     case "BUILD":
 253     // TODO: get bamboo build artifact URL for getdown artifacts
 254     getdown_channel_base = bamboo_channelbase
 255     getdownChannelName = string("${bamboo_planKey}/${JAVA_VERSION}")
 256     getdownAppBase = string("${bamboo_channelbase}/${bamboo_planKey}${bamboo_getdown_channel_suffix}/${JAVA_VERSION}")
 257     jvlChannelName += "_${getdownChannelName}"
 258     // automatically add the test group Not-bamboo for exclusion
 259     if ("".equals(testng_excluded_groups)) {
 260       testng_excluded_groups = "Not-bamboo"
 261     }
 262     install4jExtraScheme = "jalviewb"
 263     backgroundImageText = true
 264     break
 265
 266     case [ "RELEASE", "JALVIEWJS-RELEASE" ]:
 267     getdownAppDistDir = getdown_app_dir_release
 268     getdownSetAppBaseProperty = true
 269     reportRsyncCommand = true
 270     install4jSuffix = ""
 271     install4jInstallerName = "${jalview_name} Installer"
 272     break
 273
 274     case "ARCHIVE":
 275     getdownChannelName = CHANNEL.toLowerCase()+"/${JALVIEW_VERSION}"
 276     getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 277     getdownAppBase = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 278     if (!file("${ARCHIVEDIR}/${package_dir}").exists()) {
 279       throw new GradleException("Must provide an ARCHIVEDIR value to produce an archive distribution")
 280     } else {
 281       package_dir = string("${ARCHIVEDIR}/${package_dir}")
 282       buildProperties = string("${ARCHIVEDIR}/${classes_dir}/${build_properties_file}")
 283       buildDist = false
 284     }
 285     reportRsyncCommand = true
 286     install4jExtraScheme = "jalviewa"
 287     break
 288
 289     case "ARCHIVELOCAL":
 290     getdownChannelName = string("archive/${JALVIEW_VERSION}")
 291     getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 292     getdownAppBase = file(getdownAppBaseDir).toURI().toString()
 293     if (!file("${ARCHIVEDIR}/${package_dir}").exists()) {
 294       throw new GradleException("Must provide an ARCHIVEDIR value to produce an archive distribution [did not find '${ARCHIVEDIR}/${package_dir}']")
 295     } else {
 296       package_dir = string("${ARCHIVEDIR}/${package_dir}")
 297       buildProperties = string("${ARCHIVEDIR}/${classes_dir}/${build_properties_file}")
 298       buildDist = false
 299     }
 300     reportRsyncCommand = true
 301     getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 302     install4jSuffix = "Archive"
 303     install4jExtraScheme = "jalviewa"
 304     break
 305
 306     case ~/^DEVELOP-([\.\-\w]*)$/:
 307     def suffix = Matcher.lastMatcher[0][1]
 308     reportRsyncCommand = true
 309     getdownSetAppBaseProperty = true
 310     JALVIEW_VERSION=JALVIEW_VERSION+"-d${suffix}-${buildDate}"
 311     install4jSuffix = "Develop ${suffix}"
 312     install4jExtraScheme = "jalviewd"
 313     install4jInstallerName = "${jalview_name} Develop ${suffix} Installer"
 314     getdownChannelName = string("develop-${suffix}")
 315     getdownChannelDir = string("${getdown_website_dir}/${getdownChannelName}")
 316     getdownAppBaseDir = string("${jalviewDir}/${getdownChannelDir}/${JAVA_VERSION}")
 317     getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 318     getdownAppBase = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 319     channelSuffix = string(suffix)
 320     backgroundImageText = true
 321     break
 322
 323     case "DEVELOP":
 324     reportRsyncCommand = true
 325     getdownSetAppBaseProperty = true
 326     // DEVELOP-RELEASE is usually associated with a Jalview release series so set the version
 327     JALVIEW_VERSION=JALVIEW_VERSION+"-d${buildDate}"
 328
 329     install4jSuffix = "Develop"
 330     install4jExtraScheme = "jalviewd"
 331     install4jInstallerName = "${jalview_name} Develop Installer"
 332     backgroundImageText = true
 333     break
 334
 335     case "TEST-RELEASE":
 336     reportRsyncCommand = true
 337     getdownSetAppBaseProperty = true
 338     // Don't ignore transpile errors for release build
 339     if (jalviewjs_ignore_transpile_errors.equals("true")) {
 340       jalviewjs_ignore_transpile_errors = "false"
 341       println("Setting jalviewjs_ignore_transpile_errors to 'false'")
 342     }
 343     JALVIEW_VERSION = JALVIEW_VERSION+"-test"
 344     install4jSuffix = "Test"
 345     install4jExtraScheme = "jalviewt"
 346     install4jInstallerName = "${jalview_name} Test Installer"
 347     backgroundImageText = true
 348     break
 349
 350     case ~/^SCRATCH(|-[-\w]*)$/:
 351     getdownChannelName = CHANNEL
 352     JALVIEW_VERSION = JALVIEW_VERSION+"-"+CHANNEL
 353
 354     getdownDir = string("${getdownChannelName}/${JAVA_VERSION}")
 355     getdownAppBase = string("${getdown_channel_base}/${getdownDir}")
 356     reportRsyncCommand = true
 357     install4jSuffix = "Scratch"
 358     break
 359
 360     case "TEST-LOCAL":
 361     if (!file("${LOCALDIR}").exists()) {
 362       throw new GradleException("Must provide a LOCALDIR value to produce a local distribution")
 363     } else {
 364       getdownAppBase = file(file("${LOCALDIR}").getAbsolutePath()).toURI().toString()
 365       getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 366     }
 367     JALVIEW_VERSION = "TEST"
 368     install4jSuffix = "Test-Local"
 369     install4jExtraScheme = "jalviewt"
 370     install4jInstallerName = "${jalview_name} Test Installer"
 371     backgroundImageText = true
 372     break
 373
 374     case [ "LOCAL", "JALVIEWJS" ]:
 375     JALVIEW_VERSION = "TEST"
 376     getdownAppBase = file(getdownAppBaseDir).toURI().toString()
 377     getdownArchiveAppBase = file("${jalviewDir}/${getdown_archive_dir}").toURI().toString()
 378     getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 379     install4jExtraScheme = "jalviewl"
 380     install4jCheckSums = false
 381     break
 382
 383     default: // something wrong specified
 384     throw new GradleException("CHANNEL must be one of BUILD, RELEASE, ARCHIVE, DEVELOP, TEST-RELEASE, SCRATCH-..., LOCAL [default]")
 385     break
 386
 387   }
 388   JALVIEW_VERSION_UNDERSCORES = JALVIEW_VERSION.replaceAll("\\.", "_")
 389   hugoDataJsonFile = file("${jalviewDir}/${hugo_build_dir}/${hugo_data_installers_dir}/installers-${JALVIEW_VERSION_UNDERSCORES}.json")
 390   hugoArchiveMdFile = file("${jalviewDir}/${hugo_build_dir}/${hugo_version_archive_dir}/Version-${JALVIEW_VERSION_UNDERSCORES}/_index.md")
 391   // override getdownAppBase if requested
 392   if (findProperty("getdown_appbase_override") != null) {
 393     // revert to LOCAL if empty string
 394     if (string(getdown_appbase_override) == "") {
 395       getdownAppBase = file(getdownAppBaseDir).toURI().toString()
 396       getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 397     } else if (string(getdown_appbase_override).startsWith("file://")) {
 398       getdownAppBase = string(getdown_appbase_override)
 399       getdownLauncher = string("${jalviewDir}/${getdown_lib_dir}/${getdown_launcher_local}")
 400     } else {
 401       getdownAppBase = string(getdown_appbase_override)
 402     }
 403     println("Overriding getdown appbase with '${getdownAppBase}'")
 404   }
 405   // sanitise file name for jalview launcher file for this channel
 406   jvlChannelName = jvlChannelName.replaceAll("[^\\w\\-]+", "_")
 407   // install4j application and folder names
 408   if (install4jSuffix == "") {
 409     install4jBundleId = "${install4j_bundle_id}"
 410     install4jWinApplicationId = install4j_release_win_application_id
 411   } else {
 412     applicationName = "${jalview_name} ${install4jSuffix}"
 413     install4jBundleId = "${install4j_bundle_id}-" + install4jSuffix.toLowerCase()
 414     // add int hash of install4jSuffix to the last part of the application_id
 415     def id = install4j_release_win_application_id
 416     def idsplitreverse = id.split("-").reverse()
 417     idsplitreverse[0] = idsplitreverse[0].toInteger() + install4jSuffix.hashCode()
 418     install4jWinApplicationId = idsplitreverse.reverse().join("-")
 419   }
 420   // sanitise folder and id names
 421   // install4jApplicationFolder = e.g. "Jalview Build"
 422   install4jApplicationFolder = applicationName
 423                                     .replaceAll("[\"'~:/\\\\\\s]", "_") // replace all awkward filename chars " ' ~ : / \
 424                                     .replaceAll("_+", "_") // collapse __
 425   install4jInternalId = applicationName
 426                                     .replaceAll(" ","_")
 427                                     .replaceAll("[^\\w\\-\\.]", "_") // replace other non [alphanumeric,_,-,.]
 428                                     .replaceAll("_+", "") // collapse __
 429                                     //.replaceAll("_*-_*", "-") // collapse _-_
 430   install4jUnixApplicationFolder = applicationName
 431                                     .replaceAll(" ","_")
 432                                     .replaceAll("[^\\w\\-\\.]", "_") // replace other non [alphanumeric,_,-,.]
 433                                     .replaceAll("_+", "_") // collapse __
 434                                     .replaceAll("_*-_*", "-") // collapse _-_
 435                                     .toLowerCase()
 436
 437   getdownWrapperLink = install4jUnixApplicationFolder // e.g. "jalview_local"
 438   getdownAppDir = string("${getdownAppBaseDir}/${getdownAppDistDir}")
 439   //getdownJ11libDir = "${getdownAppBaseDir}/${getdown_j11lib_dir}"
 440   getdownResourceDir = string("${getdownAppBaseDir}/${getdown_resource_dir}")
 441   getdownInstallDir = string("${getdownAppBaseDir}/${getdown_install_dir}")
 442   getdownFilesDir = string("${jalviewDir}/${getdown_files_dir}/${JAVA_VERSION}/")
 443   getdownFilesInstallDir = string("${getdownFilesDir}/${getdown_install_dir}")
 444   /* compile without modules -- using classpath libraries
 445   modules_compileClasspath = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${j11modDir}", include: ["*.jar"])
 446   modules_runtimeClasspath = modules_compileClasspath
 447   */
 448
 449   gitHash = "SOURCE"
 450   gitBranch = "Source"
 451   try {
 452     apply plugin: "com.palantir.git-version"
 453     def details = versionDetails()
 454     gitHash = details.gitHash
 455     gitBranch = details.branchName
 456   } catch(org.gradle.api.internal.plugins.PluginApplicationException e) {
 457     println("Not in a git repository. Using git values from RELEASE properties file.")
 458     gitHash = releaseProps.getProperty("git.hash")
 459     gitBranch = releaseProps.getProperty("git.branch")
 460   } catch(java.lang.RuntimeException e1) {
 461     throw new GradleException("Error with git-version plugin.  Directory '.git' exists but versionDetails() cannot be found.")
 462   }
 463
 464   println("Using a ${CHANNEL} profile.")
 465
 466   additional_compiler_args = []
 467   // configure classpath/args for j8/j11 compilation
 468   if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
 469     JAVA_INTEGER_VERSION = string("8")
 470     //libDir = j8libDir
 471     libDir = j11libDir
 472     libDistDir = j8libDir
 473     compile_source_compatibility = 1.8
 474     compile_target_compatibility = 1.8
 475     // these are getdown.txt properties defined dependent on the JAVA_VERSION
 476     getdownAltJavaMinVersion = string(findProperty("getdown_alt_java8_min_version"))
 477     getdownAltJavaMaxVersion = string(findProperty("getdown_alt_java8_max_version"))
 478     // this property is assigned below and expanded to multiple lines in the getdown task
 479     getdownAltMultiJavaLocation = string(findProperty("getdown_alt_java8_txt_multi_java_location"))
 480     // this property is for the Java library used in eclipse
 481     eclipseJavaRuntimeName = string("JavaSE-1.8")
 482   } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 483     JAVA_INTEGER_VERSION = string("11")
 484     libDir = j11libDir
 485     libDistDir = j11libDir
 486     compile_source_compatibility = 11
 487     compile_target_compatibility = 11
 488     getdownAltJavaMinVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_min_version"))
 489     getdownAltJavaMaxVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_max_version"))
 490     getdownAltMultiJavaLocation = string(findProperty("getdown_alt_java11_txt_multi_java_location"))
 491     eclipseJavaRuntimeName = string("JavaSE-11")
 492     /* compile without modules -- using classpath libraries
 493     additional_compiler_args += [
 494     '--module-path', modules_compileClasspath.asPath,
 495     '--add-modules', j11modules
 496     ]
 497      */
 498   } else if (JAVA_VERSION.equals("17")) {
 499     JAVA_INTEGER_VERSION = string("17")
 500     libDir = j17libDir
 501     libDistDir = j17libDir
 502     compile_source_compatibility = 17
 503     compile_target_compatibility = 17
 504     getdownAltJavaMinVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_min_version"))
 505     getdownAltJavaMaxVersion = string(findProperty("getdown_alt_java11_max_version"))
 506     getdownAltMultiJavaLocation = string(findProperty("getdown_alt_java11_txt_multi_java_location"))
 507     eclipseJavaRuntimeName = string("JavaSE-17")
 508     /* compile without modules -- using classpath libraries
 509     additional_compiler_args += [
 510     '--module-path', modules_compileClasspath.asPath,
 511     '--add-modules', j11modules
 512     ]
 513      */
 514   } else {
 515     throw new GradleException("JAVA_VERSION=${JAVA_VERSION} not currently supported by Jalview")
 516   }
 517
 518
 519   // for install4j
 520   JAVA_MIN_VERSION = JAVA_VERSION
 521   JAVA_MAX_VERSION = JAVA_VERSION
 522   jreInstallsDir = string(jre_installs_dir)
 523   if (jreInstallsDir.startsWith("~/")) {
 524     jreInstallsDir = System.getProperty("user.home") + jreInstallsDir.substring(1)
 525   }
 526   install4jDir = string("${jalviewDir}/${install4j_utils_dir}")
 527   install4jConfFileName = string("jalview-install4j-conf.install4j")
 528   install4jConfFile = file("${install4jDir}/${install4jConfFileName}")
 529   install4jHomeDir = install4j_home_dir
 530   if (install4jHomeDir.startsWith("~/")) {
 531     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home") + install4jHomeDir.substring(1)
 532   }
 533
 534   resourceBuildDir = string("${buildDir}/resources")
 535   resourcesBuildDir = string("${resourceBuildDir}/resources_build")
 536   helpBuildDir = string("${resourceBuildDir}/help_build")
 537   docBuildDir = string("${resourceBuildDir}/doc_build")
 538
 539   if (buildProperties == null) {
 540     buildProperties = string("${resourcesBuildDir}/${build_properties_file}")
 541   }
 542   buildingHTML = string("${jalviewDir}/${doc_dir}/building.html")
 543   helpParentDir = string("${jalviewDir}/${help_parent_dir}")
 544   helpSourceDir = string("${helpParentDir}/${help_dir}")
 545   helpFile = string("${helpBuildDir}/${help_dir}/help.jhm")
 546
 547   convertBinary = null
 548   convertBinaryExpectedLocation = imagemagick_convert
 549   if (convertBinaryExpectedLocation.startsWith("~/")) {
 550     convertBinaryExpectedLocation = System.getProperty("user.home") + convertBinaryExpectedLocation.substring(1)
 551   }
 552   if (file(convertBinaryExpectedLocation).exists()) {
 553     convertBinary = convertBinaryExpectedLocation
 554   }
 555
 556   relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
 557   jalviewjsBuildDir = string("${relativeBuildDir}/jalviewjs")
 558   jalviewjsSiteDir = string("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_site_dir}")
 559   if (IN_ECLIPSE) {
 560     jalviewjsTransferSiteJsDir = string(jalviewjsSiteDir)
 561   } else {
 562     jalviewjsTransferSiteJsDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_js")
 563   }
 564   jalviewjsTransferSiteLibDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_lib")
 565   jalviewjsTransferSiteSwingJsDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_swingjs")
 566   jalviewjsTransferSiteCoreDir = string("${jalviewjsBuildDir}/tmp/${jalviewjs_site_dir}_core")
 567   jalviewjsJalviewCoreHtmlFile = string("")
 568   jalviewjsJalviewCoreName = string(jalviewjs_core_name)
 569   jalviewjsCoreClasslists = []
 570   jalviewjsJalviewTemplateName = string(jalviewjs_name)
 571   jalviewjsJ2sSettingsFileName = string("${jalviewDir}/${jalviewjs_j2s_settings}")
 572   jalviewjsJ2sAltSettingsFileName = string("${jalviewDir}/${jalviewjs_j2s_alt_settings}")
 573   jalviewjsJ2sProps = null
 574   jalviewjsJ2sPlugin = jalviewjs_j2s_plugin
 575   jalviewjsStderrLaunchFilename = "${jalviewjsSiteDir}/"+(file(jalviewjs_stderr_launch).getName())
 576
 577   eclipseWorkspace = null
 578   eclipseBinary = string("")
 579   eclipseVersion = string("")
 580   eclipseDebug = false
 581
 582   jalviewjsChromiumUserDir = "${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_chromium_user_dir}"
 583   jalviewjsChromiumProfileDir = "${ext.jalviewjsChromiumUserDir}/${jalviewjs_chromium_profile_name}"
 584
 585   // ENDEXT
 586 }
 587
 588
 589 sourceSets {
 590   main {
 591     java {
 592       srcDirs sourceDir
 593       outputDir = file(classesDir)
 594     }
 595
 596     resources {
 597       srcDirs = [ resourcesBuildDir, docBuildDir, helpBuildDir ]
 598     }
 599
 600     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 601     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
 602
 603     runtimeClasspath = compileClasspath
 604     runtimeClasspath += files(sourceSets.main.resources.srcDirs)
 605   }
 606
 607   clover {
 608     java {
 609       srcDirs cloverInstrDir
 610       outputDir = cloverClassesDir
 611     }
 612
 613     resources {
 614       srcDirs = sourceSets.main.resources.srcDirs
 615     }
 616
 617     compileClasspath = files( sourceSets.clover.java.outputDir )
 618     //compileClasspath += files( testClassesDir )
 619     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDir}", include: ["*.jar"])
 620     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${clover_lib_dir}", include: ["*.jar"])
 621     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utils_dir}/testnglibs", include: ["**/*.jar"])
 622
 623     runtimeClasspath = compileClasspath
 624   }
 625
 626   test {
 627     java {
 628       srcDirs testSourceDir
 629       outputDir = file(testClassesDir)
 630     }
 631
 632     resources {
 633       srcDirs = useClover ? sourceSets.clover.resources.srcDirs : sourceSets.main.resources.srcDirs
 634     }
 635
 636     compileClasspath = files( sourceSets.test.java.outputDir )
 637     compileClasspath += useClover ? sourceSets.clover.compileClasspath : sourceSets.main.compileClasspath
 638     compileClasspath += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utils_dir}/testnglibs", include: ["**/*.jar"])
 639
 640     runtimeClasspath = compileClasspath
 641     runtimeClasspath += files(sourceSets.test.resources.srcDirs)
 642   }
 643
 644 }
 645
 646
 647 // eclipse project and settings files creation, also used by buildship
 648 eclipse {
 649   project {
 650     name = eclipse_project_name
 651
 652     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 653     'org.eclipse.jdt.groovy.core.groovyNature',
 654     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 655
 656     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 657     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 658   }
 659
 660   classpath {
 661     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 662     configurations.each{ c->
 663       if (c.isCanBeResolved()) {
 664         minusConfigurations += [c]
 665       }
 666     }
 667
 668     plusConfigurations = [ ]
 669     file {
 670
 671       whenMerged { cp ->
 672         def removeTheseToo = []
 673         HashMap<String, Boolean> alreadyAddedSrcPath = new HashMap<>();
 674         cp.entries.each { entry ->
 675           // This conditional removes all src classpathentries that a) have already been added or b) aren't "src" or "test".
 676           // e.g. this removes the resources dir being copied into bin/main, bin/test AND bin/clover
 677           // we add the resources and help/help dirs in as libs afterwards (see below)
 678           if (entry.kind == 'src') {
 679             if (alreadyAddedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == bareSourceDir || entry.path == bareTestSourceDir)) {
 680               removeTheseToo += entry
 681             } else {
 682               alreadyAddedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 683             }
 684           }
 685
 686         }
 687         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 688
 689         //cp.entries += new Output("${eclipse_bin_dir}/main")
 690         if (file(helpParentDir).isDirectory()) {
 691           cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 692         }
 693         if (file(resourceDir).isDirectory()) {
 694           cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 695         }
 696
 697         HashMap<String, Boolean> alreadyAddedLibPath = new HashMap<>();
 698
 699         sourceSets.main.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.any {
 700           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 701           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 702             // don't add dirs to classpath, especially if they don't exist
 703             return false // groovy "continue" in .any closure
 704           }
 705           def itPath = it.toString()
 706           if (itPath.startsWith("${jalviewDirAbsolutePath}/")) {
 707             // make relative path
 708             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 709           }
 710           if (alreadyAddedLibPath.get(itPath)) {
 711             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 712           } else {
 713             //println("Adding entry "+itPath)
 714             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 715             alreadyAddedLibPath.put(itPath, true)
 716           }
 717         }
 718
 719         sourceSets.test.compileClasspath.findAll { it.name.endsWith(".jar") }.any {
 720           //no longer want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 721           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 722             // don't add dirs to classpath
 723             return false // groovy "continue" in .any closure
 724           }
 725
 726           def itPath = it.toString()
 727           if (itPath.startsWith("${jalviewDirAbsolutePath}/")) {
 728             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 729           }
 730           if (alreadyAddedLibPath.get(itPath)) {
 731             // don't duplicate
 732           } else {
 733             def lib = new Library(fileReference(itPath))
 734             lib.entryAttributes["test"] = "true"
 735             cp.entries += lib
 736             alreadyAddedLibPath.put(itPath, true)
 737           }
 738         }
 739
 740       } // whenMerged
 741
 742     } // file
 743
 744     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 745
 746   } // classpath
 747
 748   jdt {
 749     // for the IDE, use java 11 compatibility
 750     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 751     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 752     javaRuntimeName = eclipseJavaRuntimeName
 753
 754     // add in jalview project specific properties/preferences into eclipse core preferences
 755     file {
 756       withProperties { props ->
 757         def jalview_prefs = new Properties()
 758         def ins = new FileInputStream("${jalviewDirAbsolutePath}/${eclipse_extra_jdt_prefs_file}")
 759         jalview_prefs.load(ins)
 760         ins.close()
 761         jalview_prefs.forEach { t, v ->
 762           if (props.getAt(t) == null) {
 763             props.putAt(t, v)
 764           }
 765         }
 766         // codestyle file -- overrides previous formatter prefs
 767         def csFile = file("${jalviewDirAbsolutePath}/${eclipse_codestyle_file}")
 768         if (csFile.exists()) {
 769           XmlParser parser = new XmlParser()
 770           def profiles = parser.parse(csFile)
 771           def profile = profiles.'profile'.find { p -> (p.'@kind' == "CodeFormatterProfile" && p.'@name' == "Jalview") }
 772           if (profile != null) {
 773             profile.'setting'.each { s ->
 774               def id = s.'@id'
 775               def value = s.'@value'
 776               if (id != null && value != null) {
 777                 props.putAt(id, value)
 778               }
 779             }
 780           }
 781         }
 782       }
 783     }
 784
 785   } // jdt
 786
 787   if (IN_ECLIPSE) {
 788     // Don't want these to be activated if in headless build
 789     synchronizationTasks "eclipseSynchronizationTask"
 790     //autoBuildTasks "eclipseAutoBuildTask"
 791
 792   }
 793 }
 794
 795
 796 /* hack to change eclipse prefs in .settings files other than org.eclipse.jdt.core.prefs */
 797 // Class to allow updating arbitrary properties files
 798 class PropertiesFile extends PropertiesPersistableConfigurationObject {
 799   public PropertiesFile(PropertiesTransformer t) { super(t); }
 800   @Override protected void load(Properties properties) { }
 801   @Override protected void store(Properties properties) { }
 802   @Override protected String getDefaultResourceName() { return ""; }
 803   // This is necessary, because PropertiesPersistableConfigurationObject fails
 804   // if no default properties file exists.
 805   @Override public void loadDefaults() { load(new StringBufferInputStream("")); }
 806 }
 807
 808 // Task to update arbitrary properties files (set outputFile)
 809 class PropertiesFileTask extends PropertiesGeneratorTask<PropertiesFile> {
 810   private final PropertiesFileContentMerger file;
 811   public PropertiesFileTask() { file = new PropertiesFileContentMerger(getTransformer()); }
 812   protected PropertiesFile create() { return new PropertiesFile(getTransformer()); }
 813   protected void configure(PropertiesFile props) {
 814     file.getBeforeMerged().execute(props); file.getWhenMerged().execute(props);
 815   }
 816   public void file(Closure closure) { ConfigureUtil.configure(closure, file); }
 817 }
 818
 819 task eclipseUIPreferences(type: PropertiesFileTask) {
 820   description = "Generate Eclipse additional settings"
 821   def filename = "org.eclipse.jdt.ui.prefs"
 822   outputFile = "$projectDir/.settings/${filename}" as File
 823   file {
 824     withProperties {
 825       it.load new FileInputStream("$projectDir/utils/eclipse/${filename}" as String)
 826     }
 827   }
 828 }
 829
 830 task eclipseGroovyCorePreferences(type: PropertiesFileTask) {
 831   description = "Generate Eclipse additional settings"
 832   def filename = "org.eclipse.jdt.groovy.core.prefs"
 833   outputFile = "$projectDir/.settings/${filename}" as File
 834   file {
 835     withProperties {
 836       it.load new FileInputStream("$projectDir/utils/eclipse/${filename}" as String)
 837     }
 838   }
 839 }
 840
 841 task eclipseAllPreferences {
 842   dependsOn eclipseJdt
 843   dependsOn eclipseUIPreferences
 844   dependsOn eclipseGroovyCorePreferences
 845 }
 846
 847 eclipseUIPreferences.mustRunAfter eclipseJdt
 848 eclipseGroovyCorePreferences.mustRunAfter eclipseJdt
 849
 850 /* end of eclipse preferences hack */
 851
 852
 853 // clover bits
 854
 855
 856 task cleanClover {
 857   doFirst {
 858     delete cloverBuildDir
 859     delete cloverReportDir
 860   }
 861 }
 862
 863
 864 task cloverInstrJava(type: JavaExec) {
 865   group = "Verification"
 866   description = "Create clover instrumented source java files"
 867
 868   dependsOn cleanClover
 869
 870   inputs.files(sourceSets.main.allJava)
 871   outputs.dir(cloverInstrDir)
 872
 873   //classpath = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${clover_lib_dir}", include: ["*.jar"])
 874   classpath = sourceSets.clover.compileClasspath
 875   main = "com.atlassian.clover.CloverInstr"
 876
 877   def argsList = [
 878     "--encoding",
 879     "UTF-8",
 880     "--initstring",
 881     cloverDb,
 882     "--destdir",
 883     cloverInstrDir.getPath(),
 884   ]
 885   def srcFiles = sourceSets.main.allJava.files
 886   argsList.addAll(
 887     srcFiles.collect(
 888       { file -> file.absolutePath }
 889     )
 890   )
 891   args argsList.toArray()
 892
 893   doFirst {
 894     delete cloverInstrDir
 895     println("Clover: About to instrument "+srcFiles.size() +" files")
 896   }
 897 }
 898
 899
 900 task cloverInstrTests(type: JavaExec) {
 901   group = "Verification"
 902   description = "Create clover instrumented source test files"
 903
 904   dependsOn cleanClover
 905
 906   inputs.files(testDir)
 907   outputs.dir(cloverTestInstrDir)
 908
 909   classpath = sourceSets.clover.compileClasspath
 910   main = "com.atlassian.clover.CloverInstr"
 911
 912   def argsList = [
 913     "--encoding",
 914     "UTF-8",
 915     "--initstring",
 916     cloverDb,
 917     "--srcdir",
 918     testDir,
 919     "--destdir",
 920     cloverTestInstrDir.getPath(),
 921   ]
 922   args argsList.toArray()
 923
 924   doFirst {
 925     delete cloverTestInstrDir
 926     println("Clover: About to instrument test files")
 927   }
 928 }
 929
 930
 931 task cloverInstr {
 932   group = "Verification"
 933   description = "Create clover instrumented all source files"
 934
 935   dependsOn cloverInstrJava
 936   dependsOn cloverInstrTests
 937 }
 938
 939
 940 cloverClasses.dependsOn cloverInstr
 941
 942
 943 task cloverConsoleReport(type: JavaExec) {
 944   group = "Verification"
 945   description = "Creates clover console report"
 946
 947   onlyIf {
 948     file(cloverDb).exists()
 949   }
 950
 951   inputs.dir cloverClassesDir
 952
 953   classpath = sourceSets.clover.runtimeClasspath
 954   main = "com.atlassian.clover.reporters.console.ConsoleReporter"
 955
 956   if (cloverreport_mem.length() > 0) {
 957     maxHeapSize = cloverreport_mem
 958   }
 959   if (cloverreport_jvmargs.length() > 0) {
 960     jvmArgs Arrays.asList(cloverreport_jvmargs.split(" "))
 961   }
 962
 963   def argsList = [
 964     "--alwaysreport",
 965     "--initstring",
 966     cloverDb,
 967     "--unittests"
 968   ]
 969
 970   args argsList.toArray()
 971 }
 972
 973
 974 task cloverHtmlReport(type: JavaExec) {
 975   group = "Verification"
 976   description = "Creates clover HTML report"
 977
 978   onlyIf {
 979     file(cloverDb).exists()
 980   }
 981
 982   def cloverHtmlDir = cloverReportDir
 983   inputs.dir cloverClassesDir
 984   outputs.dir cloverHtmlDir
 985
 986   classpath = sourceSets.clover.runtimeClasspath
 987   main = "com.atlassian.clover.reporters.html.HtmlReporter"
 988
 989   if (cloverreport_mem.length() > 0) {
 990     maxHeapSize = cloverreport_mem
 991   }
 992   if (cloverreport_jvmargs.length() > 0) {
 993     jvmArgs Arrays.asList(cloverreport_jvmargs.split(" "))
 994   }
 995
 996   def argsList = [
 997     "--alwaysreport",
 998     "--initstring",
 999     cloverDb,
1000     "--outputdir",
1001     cloverHtmlDir
1002   ]
1003
1004   if (cloverreport_html_options.length() > 0) {
1005     argsList += cloverreport_html_options.split(" ")
1006   }
1007
1008   args argsList.toArray()
1009 }
1010
1011
1012 task cloverXmlReport(type: JavaExec) {
1013   group = "Verification"
1014   description = "Creates clover XML report"
1015
1016   onlyIf {
1017     file(cloverDb).exists()
1018   }
1019
1020   def cloverXmlFile = "${cloverReportDir}/clover.xml"
1021   inputs.dir cloverClassesDir
1022   outputs.file cloverXmlFile
1023
1024   classpath = sourceSets.clover.runtimeClasspath
1025   main = "com.atlassian.clover.reporters.xml.XMLReporter"
1026
1027   if (cloverreport_mem.length() > 0) {
1028     maxHeapSize = cloverreport_mem
1029   }
1030   if (cloverreport_jvmargs.length() > 0) {
1031     jvmArgs Arrays.asList(cloverreport_jvmargs.split(" "))
1032   }
1033
1034   def argsList = [
1035     "--alwaysreport",
1036     "--initstring",
1037     cloverDb,
1038     "--outfile",
1039     cloverXmlFile
1040   ]
1041
1042   if (cloverreport_xml_options.length() > 0) {
1043     argsList += cloverreport_xml_options.split(" ")
1044   }
1045
1046   args argsList.toArray()
1047 }
1048
1049
1050 task cloverReport {
1051   group = "Verification"
1052   description = "Creates clover reports"
1053
1054   dependsOn cloverXmlReport
1055   dependsOn cloverHtmlReport
1056 }
1057
1058
1059 compileCloverJava {
1060
1061   doFirst {
1062     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
1063     targetCompatibility = compile_target_compatibility
1064     options.compilerArgs += additional_compiler_args
1065     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
1066   }
1067   //classpath += configurations.cloverRuntime
1068 }
1069 // end clover bits
1070
1071
1072 compileJava {
1073   // JBP->BS should the print statement in doFirst refer to compile_target_compatibility ?
1074   sourceCompatibility = compile_source_compatibility
1075   targetCompatibility = compile_target_compatibility
1076   options.compilerArgs += additional_compiler_args
1077   options.encoding = "UTF-8"
1078   doFirst {
1079     print ("Setting target compatibility to "+compile_target_compatibility+"\n")
1080   }
1081
1082 }
1083
1084
1085 compileTestJava {
1086   sourceCompatibility = compile_source_compatibility
1087   targetCompatibility = compile_target_compatibility
1088   options.compilerArgs += additional_compiler_args
1089   doFirst {
1090     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
1091   }
1092 }
1093
1094
1095 clean {
1096   doFirst {
1097     delete sourceSets.main.java.outputDir
1098   }
1099 }
1100
1101
1102 cleanTest {
1103   dependsOn cleanClover
1104   doFirst {
1105     delete sourceSets.test.java.outputDir
1106   }
1107 }
1108
1109
1110 // format is a string like date.format("dd MMMM yyyy")
1111 def getDate(format) {
1112   return date.format(format)
1113 }
1114
1115
1116 def convertMdToHtml (FileTree mdFiles, File cssFile) {
1117   MutableDataSet options = new MutableDataSet()
1118
1119   def extensions = new ArrayList<>()
1120   extensions.add(AnchorLinkExtension.create())
1121   extensions.add(AutolinkExtension.create())
1122   extensions.add(StrikethroughExtension.create())
1123   extensions.add(TaskListExtension.create())
1124   extensions.add(TablesExtension.create())
1125   extensions.add(TocExtension.create())
1126
1127   options.set(Parser.EXTENSIONS, extensions)
1128
1129   // set GFM table parsing options
1130   options.set(TablesExtension.WITH_CAPTION, false)
1131   options.set(TablesExtension.COLUMN_SPANS, false)
1132   options.set(TablesExtension.MIN_HEADER_ROWS, 1)
1133   options.set(TablesExtension.MAX_HEADER_ROWS, 1)
1134   options.set(TablesExtension.APPEND_MISSING_COLUMNS, true)
1135   options.set(TablesExtension.DISCARD_EXTRA_COLUMNS, true)
1136   options.set(TablesExtension.HEADER_SEPARATOR_COLUMN_MATCH, true)
1137   // GFM anchor links
1138   options.set(AnchorLinkExtension.ANCHORLINKS_SET_ID, false)
1139   options.set(AnchorLinkExtension.ANCHORLINKS_ANCHOR_CLASS, "anchor")
1140   options.set(AnchorLinkExtension.ANCHORLINKS_SET_NAME, true)
1141   options.set(AnchorLinkExtension.ANCHORLINKS_TEXT_PREFIX, "<span class=\"octicon octicon-link\"></span>")
1142
1143   Parser parser = Parser.builder(options).build()
1144   HtmlRenderer renderer = HtmlRenderer.builder(options).build()
1145
1146   mdFiles.each { mdFile ->
1147     // add table of contents
1148     def mdText = "[TOC]\n"+mdFile.text
1149
1150     // grab the first top-level title
1151     def title = null
1152     def titleRegex = /(?m)^#(\s+|([^#]))(.*)/
1153     def matcher = mdText =~ titleRegex
1154     if (matcher.size() > 0) {
1155       // matcher[0][2] is the first character of the title if there wasn't any whitespace after the #
1156       title = (matcher[0][2] != null ? matcher[0][2] : "")+matcher[0][3]
1157     }
1158     // or use the filename if none found
1159     if (title == null) {
1160       title = mdFile.getName()
1161     }
1162
1163     Node document = parser.parse(mdText)
1164     String htmlBody = renderer.render(document)
1165     def htmlText = '''<html>
1166 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
1167 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
1168   <head>
1169     <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8" />
1170     <meta http-equiv="Content-Style-Type" content="text/css" />
1171     <meta name="generator" content="flexmark" />
1172 '''
1173     htmlText += ((title != null) ? "  <title>${title}</title>" : '' )
1174     htmlText += '''
1175     <style type="text/css">code{white-space: pre;}</style>
1176 '''
1177     htmlText += ((cssFile != null) ? cssFile.text : '')
1178     htmlText += '''</head>
1179   <body>
1180 '''
1181     htmlText += htmlBody
1182     htmlText += '''
1183   </body>
1184 </html>
1185 '''
1186
1187     def htmlFilePath = mdFile.getPath().replaceAll(/\..*?$/, ".html")
1188     def htmlFile = file(htmlFilePath)
1189     println("Creating ${htmlFilePath}")
1190     htmlFile.text = htmlText
1191   }
1192 }
1193
1194
1195 task copyDocs(type: Copy) {
1196   def inputDir = "${jalviewDir}/${doc_dir}"
1197   def outputDir = "${docBuildDir}/${doc_dir}"
1198   from(inputDir) {
1199     include('**/*.txt')
1200     include('**/*.md')
1201     include('**/*.html')
1202     include('**/*.xml')
1203     filter(ReplaceTokens,
1204       beginToken: '$$',
1205       endToken: '$$',
1206       tokens: [
1207         'Version-Rel': JALVIEW_VERSION,
1208         'Year-Rel': getDate("yyyy")
1209       ]
1210     )
1211   }
1212   from(inputDir) {
1213     exclude('**/*.txt')
1214     exclude('**/*.md')
1215     exclude('**/*.html')
1216     exclude('**/*.xml')
1217   }
1218   into outputDir
1219
1220   inputs.dir(inputDir)
1221   outputs.dir(outputDir)
1222 }
1223
1224
1225 task convertMdFiles {
1226   dependsOn copyDocs
1227   def mdFiles = fileTree(dir: docBuildDir, include: "**/*.md")
1228   def cssFile = file("${jalviewDir}/${flexmark_css}")
1229
1230   doLast {
1231     convertMdToHtml(mdFiles, cssFile)
1232   }
1233
1234   inputs.files(mdFiles)
1235   inputs.file(cssFile)
1236
1237   def htmlFiles = []
1238   mdFiles.each { mdFile ->
1239     def htmlFilePath = mdFile.getPath().replaceAll(/\..*?$/, ".html")
1240     htmlFiles.add(file(htmlFilePath))
1241   }
1242   outputs.files(htmlFiles)
1243 }
1244
1245
1246 def hugoTemplateSubstitutions(String input, Map extras=null) {
1247   def replacements = [
1248     DATE: getDate("yyyy-MM-dd"),
1249     CHANNEL: propertiesChannelName,
1250     APPLICATION_NAME: applicationName,
1251     GIT_HASH: gitHash,
1252     GIT_BRANCH: gitBranch,
1253     VERSION: JALVIEW_VERSION,
1254     JAVA_VERSION: JAVA_VERSION,
1255     VERSION_UNDERSCORES: JALVIEW_VERSION_UNDERSCORES,
1256     DRAFT: "false",
1257     JVL_HEADER: ""
1258   ]
1259   def output = input
1260   if (extras != null) {
1261     extras.each{ k, v ->
1262       output = output.replaceAll("__${k}__", ((v == null)?"":v))
1263     }
1264   }
1265   replacements.each{ k, v ->
1266     output = output.replaceAll("__${k}__", ((v == null)?"":v))
1267   }
1268   return output
1269 }
1270
1271 def mdFileComponents(File mdFile, def dateOnly=false) {
1272   def map = [:]
1273   def content = ""
1274   if (mdFile.exists()) {
1275     def inFrontMatter = false
1276     def firstLine = true
1277     mdFile.eachLine { line ->
1278       if (line.matches("---")) {
1279         def prev = inFrontMatter
1280         inFrontMatter = firstLine
1281         if (inFrontMatter != prev)
1282           return false
1283       }
1284       if (inFrontMatter) {
1285         def m = null
1286         if (m = line =~ /^date:\s*(\d{4}-\d{2}-\d{2} \d{2}:\d{2}:\d{2})/) {
1287           map["date"] = new Date().parse("yyyy-MM-dd HH:mm:ss", m[0][1])
1288         } else if (m = line =~ /^date:\s*(\d{4}-\d{2}-\d{2})/) {
1289           map["date"] = new Date().parse("yyyy-MM-dd", m[0][1])
1290         } else if (m = line =~ /^channel:\s*(\S+)/) {
1291           map["channel"] = m[0][1]
1292         } else if (m = line =~ /^version:\s*(\S+)/) {
1293           map["version"] = m[0][1]
1294         } else if (m = line =~ /^\s*([^:]+)\s*:\s*(\S.*)/) {
1295           map[ m[0][1] ] = m[0][2]
1296         }
1297         if (dateOnly && map["date"] != null) {
1298           return false
1299         }
1300       } else {
1301         if (dateOnly)
1302           return false
1303         content += line+"\n"
1304       }
1305       firstLine = false
1306     }
1307   }
1308   return dateOnly ? map["date"] : [map, content]
1309 }
1310
1311 task hugoTemplates {
1312   group "website"
1313   description "Create partially populated md pages for hugo website build"
1314
1315   def hugoTemplatesDir = file("${jalviewDir}/${hugo_templates_dir}")
1316   def hugoBuildDir = "${jalviewDir}/${hugo_build_dir}"
1317   def templateFiles = fileTree(dir: hugoTemplatesDir)
1318   def releaseMdFile = file("${jalviewDir}/${releases_dir}/release-${JALVIEW_VERSION_UNDERSCORES}.md")
1319   def whatsnewMdFile = file("${jalviewDir}/${whatsnew_dir}/whatsnew-${JALVIEW_VERSION_UNDERSCORES}.md")
1320   def oldJvlFile = file("${jalviewDir}/${hugo_old_jvl}")
1321   def jalviewjsFile = file("${jalviewDir}/${hugo_jalviewjs}")
1322
1323   doFirst {
1324     // specific release template for version archive
1325     def changes = ""
1326     def whatsnew = null
1327     def givenDate = null
1328     def givenChannel = null
1329     def givenVersion = null
1330     if (CHANNEL == "RELEASE") {
1331       def (map, content) = mdFileComponents(releaseMdFile)
1332       givenDate = map.date
1333       givenChannel = map.channel
1334       givenVersion = map.version
1335       changes = content
1336       if (givenVersion != null && givenVersion != JALVIEW_VERSION) {
1337         throw new GradleException("'version' header (${givenVersion}) found in ${releaseMdFile} does not match JALVIEW_VERSION (${JALVIEW_VERSION})")
1338       }
1339
1340       if (whatsnewMdFile.exists())
1341         whatsnew = whatsnewMdFile.text
1342     }
1343
1344     def oldJvl = oldJvlFile.exists() ? oldJvlFile.collect{it} : []
1345     def jalviewjsLink = jalviewjsFile.exists() ? jalviewjsFile.collect{it} : []
1346
1347     def changesHugo = null
1348     if (changes != null) {
1349       changesHugo = '<div class="release_notes">\n\n'
1350       def inSection = false
1351       changes.eachLine { line ->
1352         def m = null
1353         if (m = line =~ /^##([^#].*)$/) {
1354           if (inSection) {
1355             changesHugo += "</div>\n\n"
1356           }
1357           def section = m[0][1].trim()
1358           section = section.toLowerCase()
1359           section = section.replaceAll(/ +/, "_")
1360           section = section.replaceAll(/[^a-z0-9_\-]/, "")
1361           changesHugo += "<div class=\"${section}\">\n\n"
1362           inSection = true
1363         } else if (m = line =~ /^(\s*-\s*)<!--([^>]+)-->(.*?)(<br\/?>)?\s*$/) {
1364           def comment = m[0][2].trim()
1365           if (comment != "") {
1366             comment = comment.replaceAll('"', "&quot;")
1367             def issuekeys = []
1368             comment.eachMatch(/JAL-\d+/) { jal -> issuekeys += jal }
1369             def newline = m[0][1]
1370             if (comment.trim() != "")
1371               newline += "{{<comment>}}${comment}{{</comment>}}  "
1372             newline += m[0][3].trim()
1373             if (issuekeys.size() > 0)
1374               newline += "  {{< jal issue=\"${issuekeys.join(",")}\" alt=\"${comment}\" >}}"
1375             if (m[0][4] != null)
1376               newline += m[0][4]
1377             line = newline
1378           }
1379         }
1380         changesHugo += line+"\n"
1381       }
1382       if (inSection) {
1383         changesHugo += "\n</div>\n\n"
1384       }
1385       changesHugo += '</div>'
1386     }
1387
1388     templateFiles.each{ templateFile ->
1389       def newFileName = string(hugoTemplateSubstitutions(templateFile.getName()))
1390       def relPath = hugoTemplatesDir.toPath().relativize(templateFile.toPath()).getParent()
1391       def newRelPathName = hugoTemplateSubstitutions( relPath.toString() )
1392
1393       def outPathName = string("${hugoBuildDir}/$newRelPathName")
1394
1395       copy {
1396         from templateFile
1397         rename(templateFile.getName(), newFileName)
1398         into outPathName
1399       }
1400
1401       def newFile = file("${outPathName}/${newFileName}".toString())
1402       def content = newFile.text
1403       newFile.text = hugoTemplateSubstitutions(content,
1404         [
1405           WHATSNEW: whatsnew,
1406           CHANGES: changesHugo,
1407           DATE: givenDate == null ? "" : givenDate.format("yyyy-MM-dd"),
1408           DRAFT: givenDate == null ? "true" : "false",
1409           JALVIEWJSLINK: jalviewjsLink.contains(JALVIEW_VERSION) ? "true" : "false",
1410           JVL_HEADER: oldJvl.contains(JALVIEW_VERSION) ? "jvl: true" : ""
1411         ]
1412       )
1413     }
1414
1415   }
1416
1417   inputs.file(oldJvlFile)
1418   inputs.dir(hugoTemplatesDir)
1419   inputs.property("JALVIEW_VERSION", { JALVIEW_VERSION })
1420   inputs.property("CHANNEL", { CHANNEL })
1421 }
1422
1423 def getMdDate(File mdFile) {
1424   return mdFileComponents(mdFile, true)
1425 }
1426
1427 def getMdSections(String content) {
1428   def sections = [:]
1429   def sectionContent = ""
1430   def sectionName = null
1431   content.eachLine { line ->
1432     def m = null
1433     if (m = line =~ /^##([^#].*)$/) {
1434       if (sectionName != null) {
1435         sections[sectionName] = sectionContent
1436         sectionName = null
1437         sectionContent = ""
1438       }
1439       sectionName = m[0][1].trim()
1440       sectionName = sectionName.toLowerCase()
1441       sectionName = sectionName.replaceAll(/ +/, "_")
1442       sectionName = sectionName.replaceAll(/[^a-z0-9_\-]/, "")
1443     } else if (sectionName != null) {
1444       sectionContent += line+"\n"
1445     }
1446   }
1447   if (sectionContent != null) {
1448     sections[sectionName] = sectionContent
1449   }
1450   return sections
1451 }
1452
1453
1454 task copyHelp(type: Copy) {
1455   def inputDir = helpSourceDir
1456   def outputDir = "${helpBuildDir}/${help_dir}"
1457   from(inputDir) {
1458     include('**/*.txt')
1459     include('**/*.md')
1460     include('**/*.html')
1461     include('**/*.hs')
1462     include('**/*.xml')
1463     include('**/*.jhm')
1464     filter(ReplaceTokens,
1465       beginToken: '$$',
1466       endToken: '$$',
1467       tokens: [
1468         'Version-Rel': JALVIEW_VERSION,
1469         'Year-Rel': getDate("yyyy")
1470       ]
1471     )
1472   }
1473   from(inputDir) {
1474     exclude('**/*.txt')
1475     exclude('**/*.md')
1476     exclude('**/*.html')
1477     exclude('**/*.hs')
1478     exclude('**/*.xml')
1479     exclude('**/*.jhm')
1480   }
1481   into outputDir
1482
1483   inputs.dir(inputDir)
1484   outputs.files(helpFile)
1485   outputs.dir(outputDir)
1486 }
1487
1488
1489 task releasesTemplates {
1490   group "help"
1491   description "Recreate whatsNew.html and releases.html from markdown files and templates in help"
1492
1493   dependsOn copyHelp
1494
1495   def releasesTemplateFile = file("${jalviewDir}/${releases_template}")
1496   def whatsnewTemplateFile = file("${jalviewDir}/${whatsnew_template}")
1497   def releasesHtmlFile = file("${helpBuildDir}/${help_dir}/${releases_html}")
1498   def whatsnewHtmlFile = file("${helpBuildDir}/${help_dir}/${whatsnew_html}")
1499   def releasesMdDir = "${jalviewDir}/${releases_dir}"
1500   def whatsnewMdDir = "${jalviewDir}/${whatsnew_dir}"
1501
1502   doFirst {
1503     def releaseMdFile = file("${releasesMdDir}/release-${JALVIEW_VERSION_UNDERSCORES}.md")
1504     def whatsnewMdFile = file("${whatsnewMdDir}/whatsnew-${JALVIEW_VERSION_UNDERSCORES}.md")
1505
1506     if (CHANNEL == "RELEASE") {
1507       if (!releaseMdFile.exists()) {
1508         throw new GradleException("File ${releaseMdFile} must be created for RELEASE")
1509       }
1510       if (!whatsnewMdFile.exists()) {
1511         throw new GradleException("File ${whatsnewMdFile} must be created for RELEASE")
1512       }
1513     }
1514
1515     def releaseFiles = fileTree(dir: releasesMdDir, include: "release-*.md")
1516     def releaseFilesDates = releaseFiles.collectEntries {
1517       [(it): getMdDate(it)]
1518     }
1519     releaseFiles = releaseFiles.sort { a,b -> releaseFilesDates[a].compareTo(releaseFilesDates[b]) }
1520
1521     def releasesTemplate = releasesTemplateFile.text
1522     def m = releasesTemplate =~ /(?s)__VERSION_LOOP_START__(.*)__VERSION_LOOP_END__/
1523     def versionTemplate = m[0][1]
1524
1525     MutableDataSet options = new MutableDataSet()
1526
1527     def extensions = new ArrayList<>()
1528     options.set(Parser.EXTENSIONS, extensions)
1529     options.set(Parser.HTML_BLOCK_COMMENT_ONLY_FULL_LINE, true)
1530
1531     Parser parser = Parser.builder(options).build()
1532     HtmlRenderer renderer = HtmlRenderer.builder(options).build()
1533
1534     def actualVersions = releaseFiles.collect { rf ->
1535       def (rfMap, rfContent) = mdFileComponents(rf)
1536       return rfMap.version
1537     }
1538     def versionsHtml = ""
1539     def linkedVersions = []
1540     releaseFiles.reverse().each { rFile ->
1541       def (rMap, rContent) = mdFileComponents(rFile)
1542
1543       def versionLink = ""
1544       def partialVersion = ""
1545       def firstPart = true
1546       rMap.version.split("\\.").each { part ->
1547         def displayPart = ( firstPart ? "" : "." ) + part
1548         partialVersion += displayPart
1549         if (
1550             linkedVersions.contains(partialVersion)
1551             || ( actualVersions.contains(partialVersion) && partialVersion != rMap.version )
1552             ) {
1553           versionLink += displayPart
1554         } else {
1555           versionLink += "<a id=\"Jalview.${partialVersion}\">${displayPart}</a>"
1556           linkedVersions += partialVersion
1557         }
1558         firstPart = false
1559       }
1560       def displayDate = releaseFilesDates[rFile].format("dd/MM/yyyy")
1561
1562       def lm = null
1563       def rContentProcessed = ""
1564       rContent.eachLine { line ->
1565         if (lm = line =~ /^(\s*-)(\s*<!--[^>]*?-->)(.*)$/) {
1566           line = "${lm[0][1]}${lm[0][3]}${lm[0][2]}"
1567       } else if (lm = line =~ /^###([^#]+.*)$/) {
1568           line = "_${lm[0][1].trim()}_"
1569         }
1570         rContentProcessed += line + "\n"
1571       }
1572
1573       def rContentSections = getMdSections(rContentProcessed)
1574       def rVersion = versionTemplate
1575       if (rVersion != "") {
1576         def rNewFeatures = rContentSections["new_features"]
1577         def rIssuesResolved = rContentSections["issues_resolved"]
1578         Node newFeaturesNode = parser.parse(rNewFeatures)
1579         String newFeaturesHtml = renderer.render(newFeaturesNode)
1580         Node issuesResolvedNode = parser.parse(rIssuesResolved)
1581         String issuesResolvedHtml = renderer.render(issuesResolvedNode)
1582         rVersion = hugoTemplateSubstitutions(rVersion,
1583           [
1584             VERSION: rMap.version,
1585             VERSION_LINK: versionLink,
1586             DISPLAY_DATE: displayDate,
1587             NEW_FEATURES: newFeaturesHtml,
1588             ISSUES_RESOLVED: issuesResolvedHtml
1589           ]
1590         )
1591         versionsHtml += rVersion
1592       }
1593     }
1594
1595     releasesTemplate = releasesTemplate.replaceAll("(?s)__VERSION_LOOP_START__.*__VERSION_LOOP_END__", versionsHtml)
1596     releasesTemplate = hugoTemplateSubstitutions(releasesTemplate)
1597     releasesHtmlFile.text = releasesTemplate
1598
1599     if (whatsnewMdFile.exists()) {
1600       def wnDisplayDate = releaseFilesDates[releaseMdFile] != null ? releaseFilesDates[releaseMdFile].format("dd MMMM yyyy") : ""
1601       def whatsnewMd = hugoTemplateSubstitutions(whatsnewMdFile.text)
1602       Node whatsnewNode = parser.parse(whatsnewMd)
1603       String whatsnewHtml = renderer.render(whatsnewNode)
1604       whatsnewHtml = whatsnewTemplateFile.text.replaceAll("__WHATS_NEW__", whatsnewHtml)
1605       whatsnewHtmlFile.text = hugoTemplateSubstitutions(whatsnewHtml,
1606         [
1607             VERSION: JALVIEW_VERSION,
1608           DISPLAY_DATE: wnDisplayDate
1609         ]
1610       )
1611     } else if (gradle.taskGraph.hasTask(":linkCheck")) {
1612       whatsnewHtmlFile.text = "Development build " + getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")
1613     }
1614
1615   }
1616
1617   inputs.file(releasesTemplateFile)
1618   inputs.file(whatsnewTemplateFile)
1619   inputs.dir(releasesMdDir)
1620   inputs.dir(whatsnewMdDir)
1621   outputs.file(releasesHtmlFile)
1622   outputs.file(whatsnewHtmlFile)
1623 }
1624
1625
1626 task copyResources(type: Copy) {
1627   group = "build"
1628   description = "Copy (and make text substitutions in) the resources dir to the build area"
1629
1630   def inputDir = resourceDir
1631   def outputDir = resourcesBuildDir
1632   from(inputDir) {
1633     include('**/*.txt')
1634     include('**/*.md')
1635     include('**/*.html')
1636     include('**/*.xml')
1637     filter(ReplaceTokens,
1638       beginToken: '$$',
1639       endToken: '$$',
1640       tokens: [
1641         'Version-Rel': JALVIEW_VERSION,
1642         'Year-Rel': getDate("yyyy")
1643       ]
1644     )
1645   }
1646   from(inputDir) {
1647     exclude('**/*.txt')
1648     exclude('**/*.md')
1649     exclude('**/*.html')
1650     exclude('**/*.xml')
1651   }
1652   into outputDir
1653
1654   inputs.dir(inputDir)
1655   outputs.dir(outputDir)
1656 }
1657
1658 task copyChannelResources(type: Copy) {
1659   dependsOn copyResources
1660   group = "build"
1661   description = "Copy the channel resources dir to the build resources area"
1662
1663   def inputDir = "${channelDir}/${resource_dir}"
1664   def outputDir = resourcesBuildDir
1665   from(inputDir) {
1666     include(channel_props)
1667     filter(ReplaceTokens,
1668       beginToken: '__',
1669       endToken: '__',
1670       tokens: [
1671         'SUFFIX': channelSuffix
1672       ]
1673     )
1674   }
1675   from(inputDir) {
1676     exclude(channel_props)
1677   }
1678   into outputDir
1679
1680   inputs.dir(inputDir)
1681   outputs.dir(outputDir)
1682 }
1683
1684 task createBuildProperties(type: WriteProperties) {
1685   dependsOn copyResources
1686   group = "build"
1687   description = "Create the ${buildProperties} file"
1688
1689   inputs.dir(sourceDir)
1690   inputs.dir(resourcesBuildDir)
1691   outputFile (buildProperties)
1692   // taking time specific comment out to allow better incremental builds
1693   comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")
1694   //comment "--Jalview Build Details--\n"+getDate("yyyy-MM-dd")
1695   property "BUILD_DATE", getDate("HH:mm:ss dd MMMM yyyy")
1696   property "VERSION", JALVIEW_VERSION
1697   property "INSTALLATION", INSTALLATION+" git-commit:"+gitHash+" ["+gitBranch+"]"
1698   property "JAVA_COMPILE_VERSION", JAVA_INTEGER_VERSION
1699   if (getdownSetAppBaseProperty) {
1700     property "GETDOWNAPPBASE", getdownAppBase
1701     property "GETDOWNAPPDISTDIR", getdownAppDistDir
1702   }
1703   outputs.file(outputFile)
1704 }
1705
1706
1707 task buildIndices(type: JavaExec) {
1708   dependsOn copyHelp
1709   classpath = sourceSets.main.compileClasspath
1710   main = "com.sun.java.help.search.Indexer"
1711   workingDir = "${helpBuildDir}/${help_dir}"
1712   def argDir = "html"
1713   args = [ argDir ]
1714   inputs.dir("${workingDir}/${argDir}")
1715
1716   outputs.dir("${classesDir}/doc")
1717   outputs.dir("${classesDir}/help")
1718   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/DOCS")
1719   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/DOCS.TAB")
1720   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/OFFSETS")
1721   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/POSITIONS")
1722   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/SCHEMA")
1723   outputs.file("${workingDir}/JavaHelpSearch/TMAP")
1724 }
1725
1726 task buildResources {
1727   dependsOn copyResources
1728   dependsOn copyChannelResources
1729   dependsOn createBuildProperties
1730 }
1731
1732 task prepare {
1733   dependsOn buildResources
1734   dependsOn copyDocs
1735   dependsOn copyHelp
1736   dependsOn releasesTemplates
1737   dependsOn convertMdFiles
1738   dependsOn buildIndices
1739 }
1740
1741
1742 compileJava.dependsOn prepare
1743 run.dependsOn compileJava
1744 compileTestJava.dependsOn compileJava
1745
1746
1747
1748 test {
1749   group = "Verification"
1750   description = "Runs all testTaskN tasks)"
1751
1752   if (useClover) {
1753     dependsOn cloverClasses
1754   } else { //?
1755     dependsOn testClasses
1756   }
1757
1758   // not running tests in this task
1759   exclude "**/*"
1760 }
1761 /* testTask0 is the main test task */
1762 task testTask0(type: Test) {
1763   group = "Verification"
1764   description = "The main test task. Runs all non-testTaskN-labelled tests (unless excluded)"
1765   useTestNG() {
1766     includeGroups testng_groups.split(",")
1767     excludeGroups testng_excluded_groups.split(",")
1768     tasks.withType(Test).matching {it.name.startsWith("testTask") && it.name != name}.all {t -> excludeGroups t.name}
1769     preserveOrder true
1770     useDefaultListeners=true
1771   }
1772 }
1773
1774 /* separated tests */
1775 task testTask1(type: Test) {
1776   group = "Verification"
1777   description = "Tests that need to be isolated from the main test run"
1778   useTestNG() {
1779     includeGroups name
1780     excludeGroups testng_excluded_groups.split(",")
1781     preserveOrder true
1782     useDefaultListeners=true
1783   }
1784 }
1785
1786 task testTask2(type: Test) {
1787   group = "Verification"
1788   description = "Tests that need to be isolated from the main test run"
1789   useTestNG() {
1790     includeGroups name
1791     excludeGroups testng_excluded_groups.split(",")
1792     preserveOrder true
1793     useDefaultListeners=true
1794   }
1795 }
1796 task testTask3(type: Test) {
1797   group = "Verification"
1798   description = "Tests that need to be isolated from the main test run"
1799   useTestNG() {
1800     includeGroups name
1801     excludeGroups testng_excluded_groups.split(",")
1802     preserveOrder true
1803     useDefaultListeners=true
1804   }
1805 }
1806
1807 /* insert more testTaskNs here -- change N to next digit or other string */
1808 /*
1809 task testTaskN(type: Test) {
1810   group = "Verification"
1811   description = "Tests that need to be isolated from the main test run"
1812   useTestNG() {
1813     includeGroups name
1814     excludeGroups testng_excluded_groups.split(",")
1815     preserveOrder true
1816     useDefaultListeners=true
1817   }
1818 }
1819 */
1820
1821 /*
1822  * adapted from https://medium.com/@wasyl/pretty-tests-summary-in-gradle-744804dd676c
1823  * to summarise test results from all Test tasks
1824  */
1825 /* START of test tasks results summary */
1826 import groovy.time.TimeCategory
1827 import org.gradle.api.tasks.testing.logging.TestExceptionFormat
1828 import org.gradle.api.tasks.testing.logging.TestLogEvent
1829 rootProject.ext.testsResults = [] // Container for tests summaries
1830
1831 tasks.withType(Test).matching {t -> t.getName().startsWith("testTask")}.all { testTask ->
1832
1833   // from original test task
1834   if (useClover) {
1835     dependsOn cloverClasses
1836   } else { //?
1837     dependsOn testClasses //?
1838   }
1839
1840   // run main tests first
1841   if (!testTask.name.equals("testTask0"))
1842     testTask.mustRunAfter "testTask0"
1843
1844   testTask.testLogging { logging ->
1845     events TestLogEvent.FAILED
1846 //      TestLogEvent.SKIPPED,
1847 //      TestLogEvent.STANDARD_OUT,
1848 //      TestLogEvent.STANDARD_ERROR
1849
1850     exceptionFormat TestExceptionFormat.FULL
1851     showExceptions true
1852     showCauses true
1853     showStackTraces true
1854     if (test_output) {
1855       showStandardStreams true
1856     }
1857     info.events = [ TestLogEvent.FAILED ]
1858   }
1859
1860   if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
1861     testTask.systemProperty "apple.awt.UIElement", "true"
1862     testTask.environment "JAVA_TOOL_OPTIONS", "-Dapple.awt.UIElement=true"
1863   }
1864
1865
1866   ignoreFailures = true // Always try to run all tests for all modules
1867
1868   afterSuite { desc, result ->
1869     if (desc.parent)
1870       return // Only summarize results for whole modules
1871
1872     def resultsInfo = [testTask.project.name, testTask.name, result, TimeCategory.minus(new Date(result.endTime), new Date(result.startTime)), testTask.reports.html.entryPoint]
1873
1874     rootProject.ext.testsResults.add(resultsInfo)
1875   }
1876
1877   // from original test task
1878   maxHeapSize = "1024m"
1879
1880   workingDir = jalviewDir
1881   def testLaf = project.findProperty("test_laf")
1882   if (testLaf != null) {
1883     println("Setting Test LaF to '${testLaf}'")
1884     systemProperty "laf", testLaf
1885   }
1886   def testHiDPIScale = project.findProperty("test_HiDPIScale")
1887   if (testHiDPIScale != null) {
1888     println("Setting Test HiDPI Scale to '${testHiDPIScale}'")
1889     systemProperty "sun.java2d.uiScale", testHiDPIScale
1890   }
1891   sourceCompatibility = compile_source_compatibility
1892   targetCompatibility = compile_target_compatibility
1893   jvmArgs += additional_compiler_args
1894
1895   doFirst {
1896     // this is not perfect yet -- we should only add the commandLineIncludePatterns to the
1897     // testTasks that include the tests, and exclude all from the others.
1898     // get --test argument
1899     filter.commandLineIncludePatterns = test.filter.commandLineIncludePatterns
1900     // do something with testTask.getCandidateClassFiles() to see if the test should silently finish because of the
1901     // commandLineIncludePatterns not matching anything.  Instead we are doing setFailOnNoMatchingTests(false) below
1902
1903
1904     if (useClover) {
1905       println("Running tests " + (useClover?"WITH":"WITHOUT") + " clover")
1906     }
1907   }
1908
1909
1910   /* don't fail on no matching tests (so --tests will run across all testTasks) */
1911   testTask.filter.setFailOnNoMatchingTests(false)
1912
1913   /* ensure the "test" task dependsOn all the testTasks */
1914   test.dependsOn testTask
1915 }
1916
1917 gradle.buildFinished {
1918     def allResults = rootProject.ext.testsResults
1919
1920     if (!allResults.isEmpty()) {
1921         printResults allResults
1922         allResults.each {r ->
1923           if (r[2].resultType == TestResult.ResultType.FAILURE)
1924             throw new GradleException("Failed tests!")
1925         }
1926     }
1927 }
1928
1929 private static String colString(styler, col, colour, text) {
1930   return col?"${styler[colour](text)}":text
1931 }
1932
1933 private static String getSummaryLine(s, pn, tn, rt, rc, rs, rf, rsk, t, col) {
1934   def colour = 'black'
1935   def text = rt
1936   def nocol = false
1937   if (rc == 0) {
1938     text = "-----"
1939     nocol = true
1940   } else {
1941     switch(rt) {
1942       case TestResult.ResultType.SUCCESS:
1943         colour = 'green'
1944         break;
1945       case TestResult.ResultType.FAILURE:
1946         colour = 'red'
1947         break;
1948       default:
1949         nocol = true
1950         break;
1951     }
1952   }
1953   StringBuilder sb = new StringBuilder()
1954   sb.append("${pn}")
1955   if (tn != null)
1956     sb.append(":${tn}")
1957   sb.append(" results: ")
1958   sb.append(colString(s, col && !nocol, colour, text))
1959   sb.append(" (")
1960   sb.append("${rc} tests, ")
1961   sb.append(colString(s, col && rs > 0, 'green', rs))
1962   sb.append(" successes, ")
1963   sb.append(colString(s, col && rf > 0, 'red', rf))
1964   sb.append(" failures, ")
1965   sb.append("${rsk} skipped) in ${t}")
1966   return sb.toString()
1967 }
1968
1969 private static void printResults(allResults) {
1970
1971     // styler from https://stackoverflow.com/a/56139852
1972     def styler = 'black red green yellow blue magenta cyan white'.split().toList().withIndex(30).collectEntries { key, val -> [(key) : { "\033[${val}m${it}\033[0m" }] }
1973
1974     def maxLength = 0
1975     def failedTests = false
1976     def summaryLines = []
1977     def totalcount = 0
1978     def totalsuccess = 0
1979     def totalfail = 0
1980     def totalskip = 0
1981     def totaltime = TimeCategory.getSeconds(0)
1982     // sort on project name then task name
1983     allResults.sort {a, b -> a[0] == b[0]? a[1]<=>b[1]:a[0] <=> b[0]}.each {
1984       def projectName = it[0]
1985       def taskName = it[1]
1986       def result = it[2]
1987       def time = it[3]
1988       def report = it[4]
1989       def summaryCol = getSummaryLine(styler, projectName, taskName, result.resultType, result.testCount, result.successfulTestCount, result.failedTestCount, result.skippedTestCount, time, true)
1990       def summaryPlain = getSummaryLine(styler, projectName, taskName, result.resultType, result.testCount, result.successfulTestCount, result.failedTestCount, result.skippedTestCount, time, false)
1991       def reportLine = "Report file: ${report}"
1992       def ls = summaryPlain.length()
1993       def lr = reportLine.length()
1994       def m = [ls, lr].max()
1995       if (m > maxLength)
1996         maxLength = m
1997       def info = [ls, summaryCol, reportLine]
1998       summaryLines.add(info)
1999       failedTests |= result.resultType == TestResult.ResultType.FAILURE
2000       totalcount += result.testCount
2001       totalsuccess += result.successfulTestCount
2002       totalfail += result.failedTestCount
2003       totalskip += result.skippedTestCount
2004       totaltime += time
2005     }
2006     def totalSummaryCol = getSummaryLine(styler, "OVERALL", "", failedTests?TestResult.ResultType.FAILURE:TestResult.ResultType.SUCCESS, totalcount, totalsuccess, totalfail, totalskip, totaltime, true)
2007     def totalSummaryPlain = getSummaryLine(styler, "OVERALL", "", failedTests?TestResult.ResultType.FAILURE:TestResult.ResultType.SUCCESS, totalcount, totalsuccess, totalfail, totalskip, totaltime, false)
2008     def tls = totalSummaryPlain.length()
2009     if (tls > maxLength)
2010       maxLength = tls
2011     def info = [tls, totalSummaryCol, null]
2012     summaryLines.add(info)
2013
2014     def allSummaries = []
2015     for(sInfo : summaryLines) {
2016       def ls = sInfo[0]
2017       def summary = sInfo[1]
2018       def report = sInfo[2]
2019
2020       StringBuilder sb = new StringBuilder()
2021       sb.append("│" + summary + " " * (maxLength - ls) + "│")
2022       if (report != null) {
2023         sb.append("\n│" + report + " " * (maxLength - report.length()) + "│")
2024       }
2025       allSummaries += sb.toString()
2026     }
2027
2028     println "┌${"${"─" * maxLength}"}┐"
2029     println allSummaries.join("\n├${"${"─" * maxLength}"}┤\n")
2030     println "└${"${"─" * maxLength}"}┘"
2031 }
2032 /* END of test tasks results summary */
2033
2034
2035 task compileLinkCheck(type: JavaCompile) {
2036   options.fork = true
2037   classpath = files("${jalviewDir}/${utils_dir}")
2038   destinationDir = file("${jalviewDir}/${utils_dir}")
2039   source = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${utils_dir}", include: ["HelpLinksChecker.java", "BufferedLineReader.java"])
2040
2041   inputs.file("${jalviewDir}/${utils_dir}/HelpLinksChecker.java")
2042   inputs.file("${jalviewDir}/${utils_dir}/HelpLinksChecker.java")
2043   outputs.file("${jalviewDir}/${utils_dir}/HelpLinksChecker.class")
2044   outputs.file("${jalviewDir}/${utils_dir}/BufferedLineReader.class")
2045 }
2046
2047
2048 task linkCheck(type: JavaExec) {
2049   dependsOn prepare
2050   dependsOn compileLinkCheck
2051
2052   def helpLinksCheckerOutFile = file("${jalviewDir}/${utils_dir}/HelpLinksChecker.out")
2053   classpath = files("${jalviewDir}/${utils_dir}")
2054   main = "HelpLinksChecker"
2055   workingDir = "${helpBuildDir}"
2056   args = [ "${helpBuildDir}/${help_dir}", "-nointernet" ]
2057
2058   def outFOS = new FileOutputStream(helpLinksCheckerOutFile, false) // false == don't append
2059   standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
2060     outFOS,
2061     System.out)
2062   errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
2063     outFOS,
2064     System.err)
2065
2066   inputs.dir(helpBuildDir)
2067   outputs.file(helpLinksCheckerOutFile)
2068 }
2069
2070
2071 // import the pubhtmlhelp target
2072 ant.properties.basedir = "${jalviewDir}"
2073 ant.properties.helpBuildDir = "${helpBuildDir}/${help_dir}"
2074 ant.importBuild "${utils_dir}/publishHelp.xml"
2075
2076
2077 task cleanPackageDir(type: Delete) {
2078   doFirst {
2079     delete fileTree(dir: "${jalviewDir}/${package_dir}", include: "*.jar")
2080   }
2081 }
2082
2083
2084 jar {
2085   dependsOn prepare
2086   dependsOn linkCheck
2087
2088   manifest {
2089     attributes "Main-Class": main_class,
2090     "Permissions": "all-permissions",
2091     "Application-Name": applicationName,
2092     "Codebase": application_codebase,
2093     "Implementation-Version": JALVIEW_VERSION
2094   }
2095
2096   def outputDir = "${jalviewDir}/${package_dir}"
2097   destinationDirectory = file(outputDir)
2098   archiveFileName = rootProject.name+".jar"
2099   duplicatesStrategy "EXCLUDE"
2100
2101
2102   exclude "cache*/**"
2103   exclude "*.jar"
2104   exclude "*.jar.*"
2105   exclude "**/*.jar"
2106   exclude "**/*.jar.*"
2107
2108   inputs.dir(sourceSets.main.java.outputDir)
2109   sourceSets.main.resources.srcDirs.each{ dir ->
2110     inputs.dir(dir)
2111   }
2112   outputs.file("${outputDir}/${archiveFileName}")
2113 }
2114
2115
2116 task copyJars(type: Copy) {
2117   from fileTree(dir: classesDir, include: "**/*.jar").files
2118   into "${jalviewDir}/${package_dir}"
2119 }
2120
2121
2122 // doing a Sync instead of Copy as Copy doesn't deal with "outputs" very well
2123 task syncJars(type: Sync) {
2124   dependsOn jar
2125   from fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDistDir}", include: "**/*.jar").files
2126   into "${jalviewDir}/${package_dir}"
2127   preserve {
2128     include jar.archiveFileName.getOrNull()
2129   }
2130 }
2131
2132
2133 task makeDist {
2134   group = "build"
2135   description = "Put all required libraries in dist"
2136   // order of "cleanPackageDir", "copyJars", "jar" important!
2137   jar.mustRunAfter cleanPackageDir
2138   syncJars.mustRunAfter cleanPackageDir
2139   dependsOn cleanPackageDir
2140   dependsOn syncJars
2141   dependsOn jar
2142   outputs.dir("${jalviewDir}/${package_dir}")
2143 }
2144
2145
2146 task cleanDist {
2147   dependsOn cleanPackageDir
2148   dependsOn cleanTest
2149   dependsOn clean
2150 }
2151
2152
2153 shadowJar {
2154   group = "distribution"
2155   description = "Create a single jar file with all dependency libraries merged. Can be run with java -jar"
2156   if (buildDist) {
2157     dependsOn makeDist
2158   }
2159
2160   def jarFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${libDistDir}", include: "*.jar", exclude: "regex.jar").getFiles()
2161   def groovyJars = jarFiles.findAll {it1 -> file(it1).getName().startsWith("groovy-swing")}
2162   def otherJars = jarFiles.findAll {it2 -> !file(it2).getName().startsWith("groovy-swing")}
2163   from groovyJars
2164   from otherJars
2165
2166   // we need to include the groovy-swing Include-Package for it to run in the shadowJar
2167   doFirst {
2168     def jarFileManifests = []
2169     groovyJars.each { jarFile ->
2170       def mf = zipTree(jarFile).getFiles().find { it.getName().equals("MANIFEST.MF") }
2171       if (mf != null) {
2172         jarFileManifests += mf
2173       }
2174     }
2175
2176     manifest {
2177       attributes "Implementation-Version": JALVIEW_VERSION, "Application-Name": applicationName
2178       from (jarFileManifests) {
2179         eachEntry { details ->
2180           if (!details.key.equals("Import-Package")) {
2181             details.exclude()
2182           }
2183         }
2184       }
2185     }
2186   }
2187
2188   duplicatesStrategy "INCLUDE"
2189
2190   mainClassName = shadow_jar_main_class
2191   mergeServiceFiles()
2192   classifier = "all-"+JALVIEW_VERSION+"-j"+JAVA_VERSION
2193   minimize()
2194 }
2195
2196 task getdownImagesCopy() {
2197   inputs.dir getdownImagesDir
2198   outputs.dir getdownImagesBuildDir
2199
2200   doFirst {
2201     copy {
2202       from(getdownImagesDir) {
2203         include("*getdown*.png")
2204       }
2205       into getdownImagesBuildDir
2206     }
2207   }
2208 }
2209
2210 task getdownImagesProcess() {
2211   dependsOn getdownImagesCopy
2212
2213   doFirst {
2214     if (backgroundImageText) {
2215       if (convertBinary == null) {
2216         throw new StopExecutionException("No ImageMagick convert binary installed at '${convertBinaryExpectedLocation}'")
2217       }
2218       if (!project.hasProperty("getdown_background_image_text_suffix_cmd")) {
2219         throw new StopExecutionException("No property 'getdown_background_image_text_suffix_cmd' defined. See channel_gradle.properties for channel ${CHANNEL}")
2220       }
2221       fileTree(dir: getdownImagesBuildDir, include: "*background*.png").getFiles().each { file ->
2222         exec {
2223           executable convertBinary
2224           args = [
2225             file.getPath(),
2226             '-font', getdown_background_image_text_font,
2227             '-fill', getdown_background_image_text_colour,
2228             '-draw', sprintf(getdown_background_image_text_suffix_cmd, channelSuffix),
2229             '-draw', sprintf(getdown_background_image_text_commit_cmd, "git-commit: ${gitHash}"),
2230             '-draw', sprintf(getdown_background_image_text_date_cmd, getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")),
2231             file.getPath()
2232           ]
2233         }
2234       }
2235     }
2236   }
2237 }
2238
2239 task getdownImages() {
2240   dependsOn getdownImagesProcess
2241 }
2242
2243 task getdownWebsite() {
2244   group = "distribution"
2245   description = "Create the getdown minimal app folder, and website folder for this version of jalview. Website folder also used for offline app installer"
2246
2247   dependsOn getdownImages
2248   if (buildDist) {
2249     dependsOn makeDist
2250   }
2251
2252   def getdownWebsiteResourceFilenames = []
2253   def getdownResourceDir = getdownResourceDir
2254   def getdownResourceFilenames = []
2255
2256   doFirst {
2257     // clean the getdown website and files dir before creating getdown folders
2258     delete getdownAppBaseDir
2259     delete getdownFilesDir
2260
2261     copy {
2262       from buildProperties
2263       rename(file(buildProperties).getName(), getdown_build_properties)
2264       into getdownAppDir
2265     }
2266     getdownWebsiteResourceFilenames += "${getdownAppDistDir}/${getdown_build_properties}"
2267
2268     copy {
2269       from channelPropsFile
2270       filter(ReplaceTokens,
2271         beginToken: '__',
2272         endToken: '__',
2273         tokens: [
2274           'SUFFIX': channelSuffix
2275         ]
2276       )
2277       into getdownAppBaseDir
2278     }
2279     getdownWebsiteResourceFilenames += file(channelPropsFile).getName()
2280
2281     // set some getdownTxt_ properties then go through all properties looking for getdownTxt_...
2282     def props = project.properties.sort { it.key }
2283     if (getdownAltJavaMinVersion != null && getdownAltJavaMinVersion.length() > 0) {
2284       props.put("getdown_txt_java_min_version", getdownAltJavaMinVersion)
2285     }
2286     if (getdownAltJavaMaxVersion != null && getdownAltJavaMaxVersion.length() > 0) {
2287       props.put("getdown_txt_java_max_version", getdownAltJavaMaxVersion)
2288     }
2289     if (getdownAltMultiJavaLocation != null && getdownAltMultiJavaLocation.length() > 0) {
2290       props.put("getdown_txt_multi_java_location", getdownAltMultiJavaLocation)
2291     }
2292     if (getdownImagesBuildDir != null && file(getdownImagesBuildDir).exists()) {
2293       props.put("getdown_txt_ui.background_image", "${getdownImagesBuildDir}/${getdown_background_image}")
2294       props.put("getdown_txt_ui.instant_background_image", "${getdownImagesBuildDir}/${getdown_instant_background_image}")
2295       props.put("getdown_txt_ui.error_background", "${getdownImagesBuildDir}/${getdown_error_background}")
2296       props.put("getdown_txt_ui.progress_image", "${getdownImagesBuildDir}/${getdown_progress_image}")
2297       props.put("getdown_txt_ui.icon", "${getdownImagesDir}/${getdown_icon}")
2298       props.put("getdown_txt_ui.mac_dock_icon", "${getdownImagesDir}/${getdown_mac_dock_icon}")
2299     }
2300
2301     props.put("getdown_txt_title", jalview_name)
2302     props.put("getdown_txt_ui.name", applicationName)
2303
2304     // start with appbase
2305     getdownTextLines += "appbase = ${getdownAppBase}"
2306     props.each{ prop, val ->
2307       if (prop.startsWith("getdown_txt_") && val != null) {
2308         if (prop.startsWith("getdown_txt_multi_")) {
2309           def key = prop.substring(18)
2310           val.split(",").each{ v ->
2311             def line = "${key} = ${v}"
2312             getdownTextLines += line
2313           }
2314         } else {
2315           // file values rationalised
2316           if (val.indexOf('/') > -1 || prop.startsWith("getdown_txt_resource")) {
2317             def r = null
2318             if (val.indexOf('/') == 0) {
2319               // absolute path
2320               r = file(val)
2321             } else if (val.indexOf('/') > 0) {
2322               // relative path (relative to jalviewDir)
2323               r = file( "${jalviewDir}/${val}" )
2324             }
2325             if (r.exists()) {
2326               val = "${getdown_resource_dir}/" + r.getName()
2327               getdownWebsiteResourceFilenames += val
2328               getdownResourceFilenames += r.getPath()
2329             }
2330           }
2331           if (! prop.startsWith("getdown_txt_resource")) {
2332             def line = prop.substring(12) + " = ${val}"
2333             getdownTextLines += line
2334           }
2335         }
2336       }
2337     }
2338
2339     getdownWebsiteResourceFilenames.each{ filename ->
2340       getdownTextLines += "resource = ${filename}"
2341     }
2342     getdownResourceFilenames.each{ filename ->
2343       copy {
2344         from filename
2345         into getdownResourceDir
2346       }
2347     }
2348
2349     def getdownWrapperScripts = [ getdown_bash_wrapper_script, getdown_powershell_wrapper_script, getdown_batch_wrapper_script ]
2350     getdownWrapperScripts.each{ script ->
2351       def s = file( "${jalviewDir}/utils/getdown/${getdown_wrapper_script_dir}/${script}" )
2352       if (s.exists()) {
2353         copy {
2354           from s
2355           into "${getdownAppBaseDir}/${getdown_wrapper_script_dir}"
2356         }
2357         getdownTextLines += "resource = ${getdown_wrapper_script_dir}/${script}"
2358       }
2359     }
2360
2361     def codeFiles = []
2362     fileTree(file(package_dir)).each{ f ->
2363       if (f.isDirectory()) {
2364         def files = fileTree(dir: f, include: ["*"]).getFiles()
2365         codeFiles += files
2366       } else if (f.exists()) {
2367         codeFiles += f
2368       }
2369     }
2370     def jalviewJar = jar.archiveFileName.getOrNull()
2371     // put jalview.jar first for CLASSPATH and .properties files reasons
2372     codeFiles.sort{a, b -> ( a.getName() == jalviewJar ? -1 : ( b.getName() == jalviewJar ? 1 : a <=> b ) ) }.each{f ->
2373       def name = f.getName()
2374       def line = "code = ${getdownAppDistDir}/${name}"
2375       getdownTextLines += line
2376       copy {
2377         from f.getPath()
2378         into getdownAppDir
2379       }
2380     }
2381
2382     // NOT USING MODULES YET, EVERYTHING SHOULD BE IN dist
2383     /*
2384     if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
2385     def j11libFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${j11libDir}", include: ["*.jar"]).getFiles()
2386     j11libFiles.sort().each{f ->
2387     def name = f.getName()
2388     def line = "code = ${getdown_j11lib_dir}/${name}"
2389     getdownTextLines += line
2390     copy {
2391     from f.getPath()
2392     into getdownJ11libDir
2393     }
2394     }
2395     }
2396      */
2397
2398     // getdown-launcher.jar should not be in main application class path so the main application can move it when updated.  Listed as a resource so it gets updated.
2399     //getdownTextLines += "class = " + file(getdownLauncher).getName()
2400     getdownTextLines += "resource = ${getdown_launcher_new}"
2401     getdownTextLines += "class = ${main_class}"
2402     // Not setting these properties in general so that getdownappbase and getdowndistdir will default to release version in jalview.bin.Cache
2403     if (getdownSetAppBaseProperty) {
2404       getdownTextLines += "jvmarg = -Dgetdowndistdir=${getdownAppDistDir}"
2405       getdownTextLines += "jvmarg = -Dgetdownappbase=${getdownAppBase}"
2406     }
2407
2408     def getdownTxt = file("${getdownAppBaseDir}/getdown.txt")
2409     getdownTxt.write(getdownTextLines.join("\n"))
2410
2411     getdownLaunchJvl = getdown_launch_jvl_name + ( (jvlChannelName != null && jvlChannelName.length() > 0)?"-${jvlChannelName}":"" ) + ".jvl"
2412     def launchJvl = file("${getdownAppBaseDir}/${getdownLaunchJvl}")
2413     launchJvl.write("appbase=${getdownAppBase}")
2414
2415     // files going into the getdown website dir: getdown-launcher.jar
2416     copy {
2417       from getdownLauncher
2418       rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher_new)
2419       into getdownAppBaseDir
2420     }
2421
2422     // files going into the getdown website dir: getdown-launcher(-local).jar
2423     copy {
2424       from getdownLauncher
2425       if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
2426         rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
2427       }
2428       into getdownAppBaseDir
2429     }
2430
2431     // files going into the getdown website dir: ./install dir and files
2432     if (! (CHANNEL.startsWith("ARCHIVE") || CHANNEL.startsWith("DEVELOP"))) {
2433       copy {
2434         from getdownTxt
2435         from getdownLauncher
2436         from "${getdownAppDir}/${getdown_build_properties}"
2437         if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
2438           rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
2439         }
2440         into getdownInstallDir
2441       }
2442
2443       // and make a copy in the getdown files dir (these are not downloaded by getdown)
2444       copy {
2445         from getdownInstallDir
2446         into getdownFilesInstallDir
2447       }
2448     }
2449
2450     // files going into the getdown files dir: getdown.txt, getdown-launcher.jar, channel-launch.jvl, build_properties
2451     copy {
2452       from getdownTxt
2453       from launchJvl
2454       from getdownLauncher
2455       from "${getdownAppBaseDir}/${getdown_build_properties}"
2456       from "${getdownAppBaseDir}/${channel_props}"
2457       if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
2458         rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
2459       }
2460       into getdownFilesDir
2461     }
2462
2463     // and ./resource (not all downloaded by getdown)
2464     copy {
2465       from getdownResourceDir
2466       into "${getdownFilesDir}/${getdown_resource_dir}"
2467     }
2468   }
2469
2470   if (buildDist) {
2471     inputs.dir("${jalviewDir}/${package_dir}")
2472   }
2473   outputs.dir(getdownAppBaseDir)
2474   outputs.dir(getdownFilesDir)
2475 }
2476
2477
2478 // a helper task to allow getdown digest of any dir: `gradle getdownDigestDir -PDIGESTDIR=/path/to/my/random/getdown/dir
2479 task getdownDigestDir(type: JavaExec) {
2480   group "Help"
2481   description "A task to run a getdown Digest on a dir with getdown.txt. Provide a DIGESTDIR property via -PDIGESTDIR=..."
2482
2483   def digestDirPropertyName = "DIGESTDIR"
2484   doFirst {
2485     classpath = files(getdownLauncher)
2486     def digestDir = findProperty(digestDirPropertyName)
2487     if (digestDir == null) {
2488       throw new GradleException("Must provide a DIGESTDIR value to produce an alternative getdown digest")
2489     }
2490     args digestDir
2491   }
2492   main = "com.threerings.getdown.tools.Digester"
2493 }
2494
2495
2496 task getdownDigest(type: JavaExec) {
2497   group = "distribution"
2498   description = "Digest the getdown website folder"
2499   dependsOn getdownWebsite
2500   doFirst {
2501     classpath = files(getdownLauncher)
2502   }
2503   main = "com.threerings.getdown.tools.Digester"
2504   args getdownAppBaseDir
2505   inputs.dir(getdownAppBaseDir)
2506   outputs.file("${getdownAppBaseDir}/digest2.txt")
2507 }
2508
2509
2510 task getdown() {
2511   group = "distribution"
2512   description = "Create the minimal and full getdown app folder for installers and website and create digest file"
2513   dependsOn getdownDigest
2514   doLast {
2515     if (reportRsyncCommand) {
2516       def fromDir = getdownAppBaseDir + (getdownAppBaseDir.endsWith('/')?'':'/')
2517       def toDir = "${getdown_rsync_dest}/${getdownDir}" + (getdownDir.endsWith('/')?'':'/')
2518       println "LIKELY RSYNC COMMAND:"
2519       println "mkdir -p '$toDir'\nrsync -avh --delete '$fromDir' '$toDir'"
2520       if (RUNRSYNC == "true") {
2521         exec {
2522           commandLine "mkdir", "-p", toDir
2523         }
2524         exec {
2525           commandLine "rsync", "-avh", "--delete", fromDir, toDir
2526         }
2527       }
2528     }
2529   }
2530 }
2531
2532
2533 task getdownArchiveBuild() {
2534   group = "distribution"
2535   description = "Put files in the archive dir to go on the website"
2536
2537   dependsOn getdownWebsite
2538
2539   def v = "v${JALVIEW_VERSION_UNDERSCORES}"
2540   def vDir = "${getdownArchiveDir}/${v}"
2541   getdownFullArchiveDir = "${vDir}/getdown"
2542   getdownVersionLaunchJvl = "${vDir}/jalview-${v}.jvl"
2543
2544   def vAltDir = "alt_${v}"
2545   def archiveImagesDir = "${jalviewDir}/${channel_properties_dir}/old/images"
2546
2547   doFirst {
2548     // cleanup old "old" dir
2549     delete getdownArchiveDir
2550
2551     def getdownArchiveTxt = file("${getdownFullArchiveDir}/getdown.txt")
2552     getdownArchiveTxt.getParentFile().mkdirs()
2553     def getdownArchiveTextLines = []
2554     def getdownFullArchiveAppBase = "${getdownArchiveAppBase}${getdownArchiveAppBase.endsWith("/")?"":"/"}${v}/getdown/"
2555
2556     // the libdir
2557     copy {
2558       from "${getdownAppBaseDir}/${getdownAppDistDir}"
2559       into "${getdownFullArchiveDir}/${vAltDir}"
2560     }
2561
2562     getdownTextLines.each { line ->
2563       line = line.replaceAll("^(?<s>appbase\\s*=\\s*).*", '${s}'+getdownFullArchiveAppBase)
2564       line = line.replaceAll("^(?<s>(resource|code)\\s*=\\s*)${getdownAppDistDir}/", '${s}'+vAltDir+"/")
2565       line = line.replaceAll("^(?<s>ui.background_image\\s*=\\s*).*\\.png", '${s}'+"${getdown_resource_dir}/jalview_archive_getdown_background.png")
2566       line = line.replaceAll("^(?<s>ui.instant_background_image\\s*=\\s*).*\\.png", '${s}'+"${getdown_resource_dir}/jalview_archive_getdown_background_initialising.png")
2567       line = line.replaceAll("^(?<s>ui.error_background\\s*=\\s*).*\\.png", '${s}'+"${getdown_resource_dir}/jalview_archive_getdown_background_error.png")
2568       line = line.replaceAll("^(?<s>ui.progress_image\\s*=\\s*).*\\.png", '${s}'+"${getdown_resource_dir}/jalview_archive_getdown_progress_bar.png")
2569       // remove the existing resource = resource/ or bin/ lines
2570       if (! line.matches("resource\\s*=\\s*(resource|bin)/.*")) {
2571         getdownArchiveTextLines += line
2572       }
2573     }
2574
2575     // the resource dir -- add these files as resource lines in getdown.txt
2576     copy {
2577       from "${archiveImagesDir}"
2578       into "${getdownFullArchiveDir}/${getdown_resource_dir}"
2579       eachFile { file ->
2580         getdownArchiveTextLines += "resource = ${getdown_resource_dir}/${file.getName()}"
2581       }
2582     }
2583
2584     getdownArchiveTxt.write(getdownArchiveTextLines.join("\n"))
2585
2586     def vLaunchJvl = file(getdownVersionLaunchJvl)
2587     vLaunchJvl.getParentFile().mkdirs()
2588     vLaunchJvl.write("appbase=${getdownFullArchiveAppBase}\n")
2589     def vLaunchJvlPath = vLaunchJvl.toPath().toAbsolutePath()
2590     def jvlLinkPath = file("${vDir}/jalview.jvl").toPath().toAbsolutePath()
2591     // for some reason filepath.relativize(fileInSameDirPath) gives a path to "../" which is wrong
2592     //java.nio.file.Files.createSymbolicLink(jvlLinkPath, jvlLinkPath.relativize(vLaunchJvlPath));
2593     java.nio.file.Files.createSymbolicLink(jvlLinkPath, java.nio.file.Paths.get(".",vLaunchJvl.getName()));
2594
2595     // files going into the getdown files dir: getdown.txt, getdown-launcher.jar, channel-launch.jvl, build_properties
2596     copy {
2597       from getdownLauncher
2598       from "${getdownAppBaseDir}/${getdownLaunchJvl}"
2599       from "${getdownAppBaseDir}/${getdown_launcher_new}"
2600       from "${getdownAppBaseDir}/${channel_props}"
2601       if (file(getdownLauncher).getName() != getdown_launcher) {
2602         rename(file(getdownLauncher).getName(), getdown_launcher)
2603       }
2604       into getdownFullArchiveDir
2605     }
2606
2607   }
2608 }
2609
2610 task getdownArchiveDigest(type: JavaExec) {
2611   group = "distribution"
2612   description = "Digest the getdown archive folder"
2613
2614   dependsOn getdownArchiveBuild
2615
2616   doFirst {
2617     classpath = files(getdownLauncher)
2618     args getdownFullArchiveDir
2619   }
2620   main = "com.threerings.getdown.tools.Digester"
2621   inputs.dir(getdownFullArchiveDir)
2622   outputs.file("${getdownFullArchiveDir}/digest2.txt")
2623 }
2624
2625 task getdownArchive() {
2626   group = "distribution"
2627   description = "Build the website archive dir with getdown digest"
2628
2629   dependsOn getdownArchiveBuild
2630   dependsOn getdownArchiveDigest
2631 }
2632
2633 tasks.withType(JavaCompile) {
2634         options.encoding = 'UTF-8'
2635 }
2636
2637
2638 clean {
2639   doFirst {
2640     delete getdownAppBaseDir
2641     delete getdownFilesDir
2642     delete getdownArchiveDir
2643   }
2644 }
2645
2646
2647 install4j {
2648   if (file(install4jHomeDir).exists()) {
2649     // good to go!
2650   } else if (file(System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j").exists()) {
2651     install4jHomeDir = System.getProperty("user.home")+"/buildtools/install4j"
2652   } else if (file("/Applications/install4j.app/Contents/Resources/app").exists()) {
2653     install4jHomeDir = "/Applications/install4j.app/Contents/Resources/app"
2654   }
2655   installDir(file(install4jHomeDir))
2656
2657   mediaTypes = Arrays.asList(install4j_media_types.split(","))
2658 }
2659
2660
2661 task copyInstall4jTemplate {
2662   def install4jTemplateFile = file("${install4jDir}/${install4j_template}")
2663   def install4jFileAssociationsFile = file("${install4jDir}/${install4j_installer_file_associations}")
2664   inputs.file(install4jTemplateFile)
2665   inputs.file(install4jFileAssociationsFile)
2666   inputs.property("CHANNEL", { CHANNEL })
2667   outputs.file(install4jConfFile)
2668
2669   doLast {
2670     def install4jConfigXml = new XmlParser().parse(install4jTemplateFile)
2671
2672     // turn off code signing if no OSX_KEYPASS
2673     if (OSX_KEYPASS == "") {
2674       install4jConfigXml.'**'.codeSigning.each { codeSigning ->
2675         codeSigning.'@macEnabled' = "false"
2676       }
2677       install4jConfigXml.'**'.windows.each { windows ->
2678         windows.'@runPostProcessor' = "false"
2679       }
2680     }
2681
2682     // disable install screen for OSX dmg (for 2.11.2.0)
2683     install4jConfigXml.'**'.macosArchive.each { macosArchive ->
2684       macosArchive.attributes().remove('executeSetupApp')
2685       macosArchive.attributes().remove('setupAppId')
2686     }
2687
2688     // turn off checksum creation for LOCAL channel
2689     def e = install4jConfigXml.application[0]
2690     e.'@createChecksums' = string(install4jCheckSums)
2691
2692     // put file association actions where placeholder action is
2693     def install4jFileAssociationsText = install4jFileAssociationsFile.text
2694     def fileAssociationActions = new XmlParser().parseText("<actions>${install4jFileAssociationsText}</actions>")
2695     install4jConfigXml.'**'.action.any { a -> // .any{} stops after the first one that returns true
2696       if (a.'@name' == 'EXTENSIONS_REPLACED_BY_GRADLE') {
2697         def parent = a.parent()
2698         parent.remove(a)
2699         fileAssociationActions.each { faa ->
2700             parent.append(faa)
2701         }
2702         // don't need to continue in .any loop once replacements have been made
2703         return true
2704       }
2705     }
2706
2707     // use Windows Program Group with Examples folder for RELEASE, and Program Group without Examples for everything else
2708     // NB we're deleting the /other/ one!
2709     // Also remove the examples subdir from non-release versions
2710     def customizedIdToDelete = "PROGRAM_GROUP_RELEASE"
2711     // 2.11.1.0 NOT releasing with the Examples folder in the Program Group
2712     if (false && CHANNEL=="RELEASE") { // remove 'false && ' to include Examples folder in RELEASE channel
2713       customizedIdToDelete = "PROGRAM_GROUP_NON_RELEASE"
2714     } else {
2715       // remove the examples subdir from Full File Set
2716       def files = install4jConfigXml.files[0]
2717       def fileset = files.filesets.fileset.find { fs -> fs.'@customizedId' == "FULL_FILE_SET" }
2718       def root = files.roots.root.find { r -> r.'@fileset' == fileset.'@id' }
2719       def mountPoint = files.mountPoints.mountPoint.find { mp -> mp.'@root' == root.'@id' }
2720       def dirEntry = files.entries.dirEntry.find { de -> de.'@mountPoint' == mountPoint.'@id' && de.'@subDirectory' == "examples" }
2721       dirEntry.parent().remove(dirEntry)
2722     }
2723     install4jConfigXml.'**'.action.any { a ->
2724       if (a.'@customizedId' == customizedIdToDelete) {
2725         def parent = a.parent()
2726         parent.remove(a)
2727         return true
2728       }
2729     }
2730
2731     // write install4j file
2732     install4jConfFile.text = XmlUtil.serialize(install4jConfigXml)
2733   }
2734 }
2735
2736
2737 clean {
2738   doFirst {
2739     delete install4jConfFile
2740   }
2741 }
2742
2743 task cleanInstallersDataFiles {
2744   def installersOutputTxt = file("${jalviewDir}/${install4jBuildDir}/output.txt")
2745   def installersSha256 = file("${jalviewDir}/${install4jBuildDir}/sha256sums")
2746   def hugoDataJsonFile = file("${jalviewDir}/${install4jBuildDir}/installers-${JALVIEW_VERSION_UNDERSCORES}.json")
2747   doFirst {
2748     delete installersOutputTxt
2749     delete installersSha256
2750     delete hugoDataJsonFile
2751   }
2752 }
2753
2754 task install4jDMGBackgroundImageCopy {
2755   inputs.file "${install4jDMGBackgroundImageDir}/${install4jDMGBackgroundImageFile}"
2756   outputs.dir "${install4jDMGBackgroundImageBuildDir}"
2757   doFirst {
2758     copy {
2759       from(install4jDMGBackgroundImageDir) {
2760         include(install4jDMGBackgroundImageFile)
2761       }
2762       into install4jDMGBackgroundImageBuildDir
2763     }
2764   }
2765 }
2766
2767 task install4jDMGBackgroundImageProcess {
2768   dependsOn install4jDMGBackgroundImageCopy
2769
2770   doFirst {
2771     if (backgroundImageText) {
2772       if (convertBinary == null) {
2773         throw new StopExecutionException("No ImageMagick convert binary installed at '${convertBinaryExpectedLocation}'")
2774       }
2775       if (!project.hasProperty("install4j_background_image_text_suffix_cmd")) {
2776         throw new StopExecutionException("No property 'install4j_background_image_text_suffix_cmd' defined. See channel_gradle.properties for channel ${CHANNEL}")
2777       }
2778       fileTree(dir: install4jDMGBackgroundImageBuildDir, include: "*.png").getFiles().each { file ->
2779         exec {
2780           executable convertBinary
2781           args = [
2782             file.getPath(),
2783             '-font', install4j_background_image_text_font,
2784             '-fill', install4j_background_image_text_colour,
2785             '-draw', sprintf(install4j_background_image_text_suffix_cmd, channelSuffix),
2786             '-draw', sprintf(install4j_background_image_text_commit_cmd, "git-commit: ${gitHash}"),
2787             '-draw', sprintf(install4j_background_image_text_date_cmd, getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")),
2788             file.getPath()
2789           ]
2790         }
2791       }
2792     }
2793   }
2794 }
2795
2796 task install4jDMGBackgroundImage {
2797   dependsOn install4jDMGBackgroundImageProcess
2798 }
2799
2800 task installerFiles(type: com.install4j.gradle.Install4jTask) {
2801   group = "distribution"
2802   description = "Create the install4j installers"
2803   dependsOn getdown
2804   dependsOn copyInstall4jTemplate
2805   dependsOn cleanInstallersDataFiles
2806   dependsOn install4jDMGBackgroundImage
2807
2808   projectFile = install4jConfFile
2809
2810   // create an md5 for the input files to use as version for install4j conf file
2811   def digest = MessageDigest.getInstance("MD5")
2812   digest.update(
2813     (file("${install4jDir}/${install4j_template}").text +
2814     file("${install4jDir}/${install4j_info_plist_file_associations}").text +
2815     file("${install4jDir}/${install4j_installer_file_associations}").text).bytes)
2816   def filesMd5 = new BigInteger(1, digest.digest()).toString(16)
2817   if (filesMd5.length() >= 8) {
2818     filesMd5 = filesMd5.substring(0,8)
2819   }
2820   def install4jTemplateVersion = "${JALVIEW_VERSION}_F${filesMd5}_C${gitHash}"
2821
2822   variables = [
2823     'JALVIEW_NAME': jalview_name,
2824     'JALVIEW_APPLICATION_NAME': applicationName,
2825     'JALVIEW_DIR': "../..",
2826     'OSX_KEYSTORE': OSX_KEYSTORE,
2827     'OSX_APPLEID': OSX_APPLEID,
2828     'OSX_ALTOOLPASS': OSX_ALTOOLPASS,
2829     'JSIGN_SH': JSIGN_SH,
2830     'JRE_DIR': getdown_app_dir_java,
2831     'INSTALLER_TEMPLATE_VERSION': install4jTemplateVersion,
2832     'JALVIEW_VERSION': JALVIEW_VERSION,
2833     'JAVA_MIN_VERSION': JAVA_MIN_VERSION,
2834     'JAVA_MAX_VERSION': JAVA_MAX_VERSION,
2835     'JAVA_VERSION': JAVA_VERSION,
2836     'JAVA_INTEGER_VERSION': JAVA_INTEGER_VERSION,
2837     'VERSION': JALVIEW_VERSION,
2838     'COPYRIGHT_MESSAGE': install4j_copyright_message,
2839     'BUNDLE_ID': install4jBundleId,
2840     'INTERNAL_ID': install4jInternalId,
2841     'WINDOWS_APPLICATION_ID': install4jWinApplicationId,
2842     'MACOS_DMG_DS_STORE': install4jDMGDSStore,
2843     'MACOS_DMG_BG_IMAGE': "${install4jDMGBackgroundImageBuildDir}/${install4jDMGBackgroundImageFile}",
2844     'WRAPPER_LINK': getdownWrapperLink,
2845     'BASH_WRAPPER_SCRIPT': getdown_bash_wrapper_script,
2846     'POWERSHELL_WRAPPER_SCRIPT': getdown_powershell_wrapper_script,
2847     'BATCH_WRAPPER_SCRIPT': getdown_batch_wrapper_script,
2848     'WRAPPER_SCRIPT_BIN_DIR': getdown_wrapper_script_dir,
2849     'INSTALLER_NAME': install4jInstallerName,
2850     'INSTALL4J_UTILS_DIR': install4j_utils_dir,
2851     'GETDOWN_CHANNEL_DIR': getdownChannelDir,
2852     'GETDOWN_FILES_DIR': getdown_files_dir,
2853     'GETDOWN_RESOURCE_DIR': getdown_resource_dir,
2854     'GETDOWN_DIST_DIR': getdownAppDistDir,
2855     'GETDOWN_ALT_DIR': getdown_app_dir_alt,
2856     'GETDOWN_INSTALL_DIR': getdown_install_dir,
2857     'INFO_PLIST_FILE_ASSOCIATIONS_FILE': install4j_info_plist_file_associations,
2858     'BUILD_DIR': install4jBuildDir,
2859     'APPLICATION_CATEGORIES': install4j_application_categories,
2860     'APPLICATION_FOLDER': install4jApplicationFolder,
2861     'UNIX_APPLICATION_FOLDER': install4jUnixApplicationFolder,
2862     'EXECUTABLE_NAME': install4jExecutableName,
2863     'EXTRA_SCHEME': install4jExtraScheme,
2864     'MAC_ICONS_FILE': install4jMacIconsFile,
2865     'WINDOWS_ICONS_FILE': install4jWindowsIconsFile,
2866     'PNG_ICON_FILE': install4jPngIconFile,
2867     'BACKGROUND': install4jBackground,
2868   ]
2869
2870   def varNameMap = [
2871     'mac': 'MACOS',
2872     'windows': 'WINDOWS',
2873     'linux': 'LINUX'
2874   ]
2875
2876   // these are the bundled OS/architecture VMs needed by install4j
2877   def osArch = [
2878     [ "mac", "x64" ],
2879     [ "mac", "aarch64" ],
2880     [ "windows", "x64" ],
2881     [ "linux", "x64" ],
2882     [ "linux", "aarch64" ]
2883   ]
2884   osArch.forEach { os, arch ->
2885     variables[ sprintf("%s_%s_JAVA_VM_DIR", varNameMap[os], arch.toUpperCase(Locale.ROOT)) ] = sprintf("%s/jre-%s-%s-%s/jre", jreInstallsDir, JAVA_INTEGER_VERSION, os, arch)
2886     // N.B. For some reason install4j requires the below filename to have underscores and not hyphens
2887     // otherwise running `gradle installers` generates a non-useful error:
2888     // `install4j: compilation failed. Reason: java.lang.NumberFormatException: For input string: "windows"`
2889     variables[ sprintf("%s_%s_JAVA_VM_TGZ", varNameMap[os], arch.toUpperCase(Locale.ROOT)) ] = sprintf("%s/tgz/jre_%s_%s_%s.tar.gz", jreInstallsDir, JAVA_INTEGER_VERSION, os, arch)
2890   }
2891
2892   //println("INSTALL4J VARIABLES:")
2893   //variables.each{k,v->println("${k}=${v}")}
2894
2895   destination = "${jalviewDir}/${install4jBuildDir}"
2896   buildSelected = true
2897
2898   if (install4j_faster.equals("true") || CHANNEL.startsWith("LOCAL")) {
2899     faster = true
2900     disableSigning = true
2901     disableNotarization = true
2902   }
2903
2904   if (OSX_KEYPASS) {
2905     macKeystorePassword = OSX_KEYPASS
2906   }
2907
2908   if (OSX_ALTOOLPASS) {
2909     appleIdPassword = OSX_ALTOOLPASS
2910     disableNotarization = false
2911   } else {
2912     disableNotarization = true
2913   }
2914
2915   doFirst {
2916     println("Using projectFile "+projectFile)
2917     if (!disableNotarization) { println("Will notarize OSX App DMG") }
2918   }
2919   //verbose=true
2920
2921   inputs.dir(getdownAppBaseDir)
2922   inputs.file(install4jConfFile)
2923   inputs.file("${install4jDir}/${install4j_info_plist_file_associations}")
2924   outputs.dir("${jalviewDir}/${install4j_build_dir}/${JAVA_VERSION}")
2925 }
2926
2927 def getDataHash(File myFile) {
2928   HashCode hash = Files.asByteSource(myFile).hash(Hashing.sha256())
2929   return myFile.exists()
2930   ? [
2931       "file" : myFile.getName(),
2932       "filesize" : myFile.length(),
2933       "sha256" : hash.toString()
2934     ]
2935   : null
2936 }
2937
2938 def writeDataJsonFile(File installersOutputTxt, File installersSha256, File dataJsonFile) {
2939   def hash = [
2940     "channel" : getdownChannelName,
2941     "date" : getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss"),
2942     "git-commit" : "${gitHash} [${gitBranch}]",
2943     "version" : JALVIEW_VERSION
2944   ]
2945   // install4j installer files
2946   if (installersOutputTxt.exists()) {
2947     def idHash = [:]
2948     installersOutputTxt.readLines().each { def line ->
2949       if (line.startsWith("#")) {
2950         return;
2951       }
2952       line.replaceAll("\n","")
2953       def vals = line.split("\t")
2954       def filename = vals[3]
2955       def filesize = file(filename).length()
2956       filename = filename.replaceAll(/^.*\//, "")
2957       hash[vals[0]] = [ "id" : vals[0], "os" : vals[1], "name" : vals[2], "file" : filename, "filesize" : filesize ]
2958       idHash."${filename}" = vals[0]
2959     }
2960     if (install4jCheckSums && installersSha256.exists()) {
2961       installersSha256.readLines().each { def line ->
2962         if (line.startsWith("#")) {
2963           return;
2964         }
2965         line.replaceAll("\n","")
2966         def vals = line.split(/\s+\*?/)
2967         def filename = vals[1]
2968         def innerHash = (hash.(idHash."${filename}"))."sha256" = vals[0]
2969       }
2970     }
2971   }
2972
2973   [
2974     "JAR": shadowJar.archiveFile, // executable JAR
2975     "JVL": getdownVersionLaunchJvl, // version JVL
2976     "SOURCE": sourceDist.archiveFile // source TGZ
2977   ].each { key, value ->
2978     def file = file(value)
2979     if (file.exists()) {
2980       def fileHash = getDataHash(file)
2981       if (fileHash != null) {
2982         hash."${key}" = fileHash;
2983       }
2984     }
2985   }
2986   return dataJsonFile.write(new JsonBuilder(hash).toPrettyString())
2987 }
2988
2989 task staticMakeInstallersJsonFile {
2990   doFirst {
2991     def output = findProperty("i4j_output")
2992     def sha256 = findProperty("i4j_sha256")
2993     def json = findProperty("i4j_json")
2994     if (output == null || sha256 == null || json == null) {
2995       throw new GradleException("Must provide paths to all of output.txt, sha256sums, and output.json with '-Pi4j_output=... -Pi4j_sha256=... -Pi4j_json=...")
2996     }
2997     writeDataJsonFile(file(output), file(sha256), file(json))
2998   }
2999 }
3000
3001 task installers {
3002   dependsOn installerFiles
3003 }
3004
3005
3006 spotless {
3007   java {
3008     eclipse().configFile(eclipse_codestyle_file)
3009   }
3010 }
3011
3012 task createSourceReleaseProperties(type: WriteProperties) {
3013   group = "distribution"
3014   description = "Create the source RELEASE properties file"
3015
3016   def sourceTarBuildDir = "${buildDir}/sourceTar"
3017   def sourceReleasePropertiesFile = "${sourceTarBuildDir}/RELEASE"
3018   outputFile (sourceReleasePropertiesFile)
3019
3020   doFirst {
3021     releaseProps.each{ key, val -> property key, val }
3022     property "git.branch", gitBranch
3023     property "git.hash", gitHash
3024   }
3025
3026   outputs.file(outputFile)
3027 }
3028
3029 task sourceDist(type: Tar) {
3030   group "distribution"
3031   description "Create a source .tar.gz file for distribution"
3032
3033   dependsOn createBuildProperties
3034   dependsOn convertMdFiles
3035   dependsOn eclipseAllPreferences
3036   dependsOn createSourceReleaseProperties
3037
3038
3039   def outputFileName = "${project.name}_${JALVIEW_VERSION_UNDERSCORES}.tar.gz"
3040   archiveFileName = outputFileName
3041
3042   compression Compression.GZIP
3043
3044   into project.name
3045
3046   def EXCLUDE_FILES=[
3047     "build/*",
3048     "bin/*",
3049     "test-output/",
3050     "test-reports",
3051     "tests",
3052     "clover*/*",
3053     ".*",
3054     "benchmarking/*",
3055     "**/.*",
3056     "*.class",
3057     "**/*.class","$j11modDir/**/*.jar","appletlib","**/*locales",
3058     "*locales/**",
3059     "utils/InstallAnywhere",
3060     "**/*.log",
3061     "RELEASE",
3062   ]
3063   def PROCESS_FILES=[
3064     "AUTHORS",
3065     "CITATION",
3066     "FEATURETODO",
3067     "JAVA-11-README",
3068     "FEATURETODO",
3069     "LICENSE",
3070     "**/README",
3071     "THIRDPARTYLIBS",
3072     "TESTNG",
3073     "build.gradle",
3074     "gradle.properties",
3075     "**/*.java",
3076     "**/*.html",
3077     "**/*.xml",
3078     "**/*.gradle",
3079     "**/*.groovy",
3080     "**/*.properties",
3081     "**/*.perl",
3082     "**/*.sh",
3083   ]
3084   def INCLUDE_FILES=[
3085     ".classpath",
3086     ".settings/org.eclipse.buildship.core.prefs",
3087     ".settings/org.eclipse.jdt.core.prefs"
3088   ]
3089
3090   from(jalviewDir) {
3091     exclude (EXCLUDE_FILES)
3092     include (PROCESS_FILES)
3093     filter(ReplaceTokens,
3094       beginToken: '$$',
3095       endToken: '$$',
3096       tokens: [
3097         'Version-Rel': JALVIEW_VERSION,
3098         'Year-Rel': getDate("yyyy")
3099       ]
3100     )
3101   }
3102   from(jalviewDir) {
3103     exclude (EXCLUDE_FILES)
3104     exclude (PROCESS_FILES)
3105     exclude ("appletlib")
3106     exclude ("**/*locales")
3107     exclude ("*locales/**")
3108     exclude ("utils/InstallAnywhere")
3109
3110     exclude (getdown_files_dir)
3111     // getdown_website_dir and getdown_archive_dir moved to build/website/docroot/getdown
3112     //exclude (getdown_website_dir)
3113     //exclude (getdown_archive_dir)
3114
3115     // exluding these as not using jars as modules yet
3116     exclude ("${j11modDir}/**/*.jar")
3117   }
3118   from(jalviewDir) {
3119     include(INCLUDE_FILES)
3120   }
3121 //  from (jalviewDir) {
3122 //    // explicit includes for stuff that seemed to not get included
3123 //    include(fileTree("test/**/*."))
3124 //    exclude(EXCLUDE_FILES)
3125 //    exclude(PROCESS_FILES)
3126 //  }
3127
3128   from(file(buildProperties).getParent()) {
3129     include(file(buildProperties).getName())
3130     rename(file(buildProperties).getName(), "build_properties")
3131     filter({ line ->
3132       line.replaceAll("^INSTALLATION=.*\$","INSTALLATION=Source Release"+" git-commit\\\\:"+gitHash+" ["+gitBranch+"]")
3133     })
3134   }
3135
3136   def sourceTarBuildDir = "${buildDir}/sourceTar"
3137   from(sourceTarBuildDir) {
3138     // this includes the appended RELEASE properties file
3139   }
3140 }
3141
3142 task dataInstallersJson {
3143   group "website"
3144   description "Create the installers-VERSION.json data file for installer files created"
3145
3146   mustRunAfter installers
3147   mustRunAfter shadowJar
3148   mustRunAfter sourceDist
3149   mustRunAfter getdownArchive
3150
3151   def installersOutputTxt = file("${jalviewDir}/${install4jBuildDir}/output.txt")
3152   def installersSha256 = file("${jalviewDir}/${install4jBuildDir}/sha256sums")
3153
3154   if (installersOutputTxt.exists()) {
3155     inputs.file(installersOutputTxt)
3156   }
3157   if (install4jCheckSums && installersSha256.exists()) {
3158     inputs.file(installersSha256)
3159   }
3160   [
3161     shadowJar.archiveFile, // executable JAR
3162     getdownVersionLaunchJvl, // version JVL
3163     sourceDist.archiveFile // source TGZ
3164   ].each { fileName ->
3165     if (file(fileName).exists()) {
3166       inputs.file(fileName)
3167     }
3168   }
3169
3170   outputs.file(hugoDataJsonFile)
3171
3172   doFirst {
3173     writeDataJsonFile(installersOutputTxt, installersSha256, hugoDataJsonFile)
3174   }
3175 }
3176
3177 task helppages {
3178   group "help"
3179   description "Copies all help pages to build dir. Runs ant task 'pubhtmlhelp'."
3180
3181   dependsOn copyHelp
3182   dependsOn pubhtmlhelp
3183
3184   inputs.dir("${helpBuildDir}/${help_dir}")
3185   outputs.dir("${buildDir}/distributions/${help_dir}")
3186 }
3187
3188
3189 task j2sSetHeadlessBuild {
3190   doFirst {
3191     IN_ECLIPSE = false
3192   }
3193 }
3194
3195
3196 task jalviewjsEnableAltFileProperty(type: WriteProperties) {
3197   group "jalviewjs"
3198   description "Enable the alternative J2S Config file for headless build"
3199
3200   outputFile = jalviewjsJ2sSettingsFileName
3201   def j2sPropsFile = file(jalviewjsJ2sSettingsFileName)
3202   def j2sProps = new Properties()
3203   if (j2sPropsFile.exists()) {
3204     try {
3205       def j2sPropsFileFIS = new FileInputStream(j2sPropsFile)
3206       j2sProps.load(j2sPropsFileFIS)
3207       j2sPropsFileFIS.close()
3208
3209       j2sProps.each { prop, val ->
3210         property(prop, val)
3211       }
3212     } catch (Exception e) {
3213       println("Exception reading ${jalviewjsJ2sSettingsFileName}")
3214       e.printStackTrace()
3215     }
3216   }
3217   if (! j2sProps.stringPropertyNames().contains(jalviewjs_j2s_alt_file_property_config)) {
3218     property(jalviewjs_j2s_alt_file_property_config, jalviewjs_j2s_alt_file_property)
3219   }
3220 }
3221
3222
3223 task jalviewjsSetEclipseWorkspace {
3224   def propKey = "jalviewjs_eclipse_workspace"
3225   def propVal = null
3226   if (project.hasProperty(propKey)) {
3227     propVal = project.getProperty(propKey)
3228     if (propVal.startsWith("~/")) {
3229       propVal = System.getProperty("user.home") + propVal.substring(1)
3230     }
3231   }
3232   def propsFileName = "${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_eclipse_workspace_location_file}"
3233   def propsFile = file(propsFileName)
3234   def eclipseWsDir = propVal
3235   def props = new Properties()
3236
3237   def writeProps = true
3238   if (( eclipseWsDir == null || !file(eclipseWsDir).exists() ) && propsFile.exists()) {
3239     def ins = new FileInputStream(propsFileName)
3240     props.load(ins)
3241     ins.close()
3242     if (props.getProperty(propKey, null) != null) {
3243       eclipseWsDir = props.getProperty(propKey)
3244       writeProps = false
3245     }
3246   }
3247
3248   if (eclipseWsDir == null || !file(eclipseWsDir).exists()) {
3249     def tempDir = File.createTempDir()
3250     eclipseWsDir = tempDir.getAbsolutePath()
3251     writeProps = true
3252   }
3253   eclipseWorkspace = file(eclipseWsDir)
3254
3255   doFirst {
3256     // do not run a headless transpile when we claim to be in Eclipse
3257     if (IN_ECLIPSE) {
3258       println("Skipping task ${name} as IN_ECLIPSE=${IN_ECLIPSE}")
3259       throw new StopExecutionException("Not running headless transpile whilst IN_ECLIPSE is '${IN_ECLIPSE}'")
3260     } else {
3261       println("Running task ${name} as IN_ECLIPSE=${IN_ECLIPSE}")
3262     }
3263
3264     if (writeProps) {
3265       props.setProperty(propKey, eclipseWsDir)
3266       propsFile.parentFile.mkdirs()
3267       def bytes = new ByteArrayOutputStream()
3268       props.store(bytes, null)
3269       def propertiesString = bytes.toString()
3270       propsFile.text = propertiesString
3271       print("NEW ")
3272     } else {
3273       print("EXISTING ")
3274     }
3275
3276     println("ECLIPSE WORKSPACE: "+eclipseWorkspace.getPath())
3277   }
3278
3279   //inputs.property(propKey, eclipseWsDir) // eclipseWsDir only gets set once this task runs, so will be out-of-date
3280   outputs.file(propsFileName)
3281   outputs.upToDateWhen { eclipseWorkspace.exists() && propsFile.exists() }
3282 }
3283
3284
3285 task jalviewjsEclipsePaths {
3286   def eclipseProduct
3287
3288   def eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
3289   if (eclipseRoot.startsWith("~/")) {
3290     eclipseRoot = System.getProperty("user.home") + eclipseRoot.substring(1)
3291   }
3292   if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
3293     eclipseRoot += "/Eclipse.app"
3294     eclipseBinary = "${eclipseRoot}/Contents/MacOS/eclipse"
3295     eclipseProduct = "${eclipseRoot}/Contents/Eclipse/.eclipseproduct"
3296   } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
3297     if (file("${eclipseRoot}/eclipse").isDirectory() && file("${eclipseRoot}/eclipse/.eclipseproduct").exists()) {
3298       eclipseRoot += "/eclipse"
3299     }
3300     eclipseBinary = "${eclipseRoot}/eclipse.exe"
3301     eclipseProduct = "${eclipseRoot}/.eclipseproduct"
3302   } else { // linux or unix
3303     if (file("${eclipseRoot}/eclipse").isDirectory() && file("${eclipseRoot}/eclipse/.eclipseproduct").exists()) {
3304       eclipseRoot += "/eclipse"
3305 println("eclipseDir exists")
3306     }
3307     eclipseBinary = "${eclipseRoot}/eclipse"
3308     eclipseProduct = "${eclipseRoot}/.eclipseproduct"
3309   }
3310
3311   eclipseVersion = "4.13" // default
3312   def assumedVersion = true
3313   if (file(eclipseProduct).exists()) {
3314     def fis = new FileInputStream(eclipseProduct)
3315     def props = new Properties()
3316     props.load(fis)
3317     eclipseVersion = props.getProperty("version")
3318     fis.close()
3319     assumedVersion = false
3320   }
3321
3322   def propKey = "eclipse_debug"
3323   eclipseDebug = (project.hasProperty(propKey) && project.getProperty(propKey).equals("true"))
3324
3325   doFirst {
3326     // do not run a headless transpile when we claim to be in Eclipse
3327     if (IN_ECLIPSE) {
3328       println("Skipping task ${name} as IN_ECLIPSE=${IN_ECLIPSE}")
3329       throw new StopExecutionException("Not running headless transpile whilst IN_ECLIPSE is '${IN_ECLIPSE}'")
3330     } else {
3331       println("Running task ${name} as IN_ECLIPSE=${IN_ECLIPSE}")
3332     }
3333
3334     if (!assumedVersion) {
3335       println("ECLIPSE VERSION=${eclipseVersion}")
3336     }
3337   }
3338 }
3339
3340
3341 task printProperties {
3342   group "Debug"
3343   description "Output to console all System.properties"
3344   doFirst {
3345     System.properties.each { key, val -> System.out.println("Property: ${key}=${val}") }
3346   }
3347 }
3348
3349
3350 task eclipseSetup {
3351   dependsOn eclipseProject
3352   dependsOn eclipseClasspath
3353   dependsOn eclipseJdt
3354 }
3355
3356
3357 // this version (type: Copy) will delete anything in the eclipse dropins folder that isn't in fromDropinsDir
3358 task jalviewjsEclipseCopyDropins(type: Copy) {
3359   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
3360
3361   def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_eclipse_dropins_dir}", include: "*.jar")
3362   inputFiles += file("${jalviewDir}/${jalviewjsJ2sPlugin}")
3363   def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_eclipse_tmp_dropins_dir}"
3364
3365   from inputFiles
3366   into outputDir
3367 }
3368
3369
3370 // this eclipse -clean doesn't actually work
3371 task jalviewjsCleanEclipse(type: Exec) {
3372   dependsOn eclipseSetup
3373   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
3374   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
3375
3376   executable(eclipseBinary)
3377   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-data", eclipseWorkspace.getPath(), "-clean", "-console", "-consoleLog"])
3378   if (eclipseDebug) {
3379     args += "-debug"
3380   }
3381   args += "-l"
3382
3383   def inputString = """exit
3384 y
3385 """
3386   def inputByteStream = new ByteArrayInputStream(inputString.getBytes())
3387   standardInput = inputByteStream
3388 }
3389
3390 /* not really working yet
3391 jalviewjsEclipseCopyDropins.finalizedBy jalviewjsCleanEclipse
3392 */
3393
3394
3395 task jalviewjsTransferUnzipSwingJs {
3396   def file_zip = "${jalviewDir}/${jalviewjs_swingjs_zip}"
3397
3398   doLast {
3399     copy {
3400       from zipTree(file_zip)
3401       into "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}"
3402     }
3403   }
3404
3405   inputs.file file_zip
3406   outputs.dir "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}"
3407 }
3408
3409
3410 task jalviewjsTransferUnzipLib {
3411   def zipFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_libjs_dir}", include: "*.zip").sort()
3412
3413   doLast {
3414     zipFiles.each { file_zip ->
3415       copy {
3416         from zipTree(file_zip)
3417         into "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}"
3418       }
3419     }
3420   }
3421
3422   inputs.files zipFiles
3423   outputs.dir "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}"
3424 }
3425
3426
3427 task jalviewjsTransferUnzipAllLibs {
3428   dependsOn jalviewjsTransferUnzipLib
3429   dependsOn jalviewjsTransferUnzipSwingJs
3430 }
3431
3432
3433
3434
3435 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
3436   group "JalviewJS"
3437   description "Create the alternative j2s file from the j2s.* properties"
3438
3439   jalviewjsJ2sProps = project.properties.findAll { it.key.startsWith("j2s.") }.sort { it.key }
3440   def siteDirProperty = "j2s.site.directory"
3441   def setSiteDir = false
3442   jalviewjsJ2sProps.each { prop, val ->
3443     if (val != null) {
3444       if (prop == siteDirProperty) {
3445         if (!(val.startsWith('/') || val.startsWith("file://") )) {
3446           val = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}/${val}"
3447         }
3448         setSiteDir = true
3449       }
3450       property(prop,val)
3451     }
3452     if (!setSiteDir) { // default site location, don't override specifically set property
3453       property(siteDirProperty,"${jalviewDirRelativePath}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}")
3454     }
3455   }
3456   outputFile = jalviewjsJ2sAltSettingsFileName
3457
3458   if (! IN_ECLIPSE) {
3459     inputs.properties(jalviewjsJ2sProps)
3460     outputs.file(jalviewjsJ2sAltSettingsFileName)
3461   }
3462 }
3463
3464
3465 task jalviewjsEclipseSetup {
3466   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
3467   dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
3468   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
3469 }
3470
3471
3472 task jalviewjsSyncAllLibs (type: Sync) {
3473   dependsOn jalviewjsTransferUnzipAllLibs
3474   def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}")
3475   inputFiles += fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}")
3476   def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
3477
3478   from inputFiles
3479   into outputDir
3480   def outputFiles = []
3481   rename { filename ->
3482     outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
3483     null
3484   }
3485   preserve {
3486     include "**"
3487   }
3488
3489   // should this be exclude really ? No, swingjs dir should be transferred last (and overwrite)
3490   duplicatesStrategy "INCLUDE"
3491
3492   outputs.files outputFiles
3493   inputs.files inputFiles
3494 }
3495
3496
3497 task jalviewjsSyncResources (type: Sync) {
3498   dependsOn buildResources
3499
3500   def inputFiles = fileTree(dir: resourcesBuildDir)
3501   def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
3502
3503   from inputFiles
3504   into outputDir
3505   def outputFiles = []
3506   rename { filename ->
3507     outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
3508     null
3509   }
3510   preserve {
3511     include "**"
3512   }
3513   outputs.files outputFiles
3514   inputs.files inputFiles
3515 }
3516
3517
3518 task jalviewjsSyncSiteResources (type: Sync) {
3519   def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_site_resource_dir}")
3520   def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
3521
3522   from inputFiles
3523   into outputDir
3524   def outputFiles = []
3525   rename { filename ->
3526     outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
3527     null
3528   }
3529   preserve {
3530     include "**"
3531   }
3532   outputs.files outputFiles
3533   inputs.files inputFiles
3534 }
3535
3536
3537 task jalviewjsSyncBuildProperties (type: Sync) {
3538   dependsOn createBuildProperties
3539   def inputFiles = [file(buildProperties)]
3540   def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
3541
3542   from inputFiles
3543   into outputDir
3544   def outputFiles = []
3545   rename { filename ->
3546     outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
3547     null
3548   }
3549   preserve {
3550     include "**"
3551   }
3552   outputs.files outputFiles
3553   inputs.files inputFiles
3554 }
3555
3556
3557 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
3558   dependsOn eclipseSetup
3559   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
3560   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
3561
3562   doFirst {
3563     // do not run a headless import when we claim to be in Eclipse
3564     if (IN_ECLIPSE) {
3565       println("Skipping task ${name} as IN_ECLIPSE=${IN_ECLIPSE}")
3566       throw new StopExecutionException("Not running headless import whilst IN_ECLIPSE is '${IN_ECLIPSE}'")
3567     } else {
3568       println("Running task ${name} as IN_ECLIPSE=${IN_ECLIPSE}")
3569     }
3570   }
3571
3572   //def projdir = eclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core"
3573   def projdir = eclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview"
3574   executable(eclipseBinary)
3575   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", eclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
3576   if (eclipseDebug) {
3577     args += "-debug"
3578   }
3579   args += [ "--launcher.appendVmargs", "-vmargs", "-Dorg.eclipse.equinox.p2.reconciler.dropins.directory=${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_eclipse_tmp_dropins_dir}" ]
3580   if (!IN_ECLIPSE) {
3581     args += [ "-D${j2sHeadlessBuildProperty}=true" ]
3582     args += [ "-D${jalviewjs_j2s_alt_file_property}=${jalviewjsJ2sAltSettingsFileName}" ]
3583   }
3584
3585   inputs.file("${jalviewDir}/.project")
3586   outputs.upToDateWhen {
3587     file(projdir).exists()
3588   }
3589 }
3590
3591
3592 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
3593   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
3594   dependsOn jalviewjsProjectImport
3595   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
3596   if (!IN_ECLIPSE) {
3597     dependsOn jalviewjsEnableAltFileProperty
3598   }
3599
3600   doFirst {
3601     // do not run a headless transpile when we claim to be in Eclipse
3602     if (IN_ECLIPSE) {
3603       println("Skipping task ${name} as IN_ECLIPSE=${IN_ECLIPSE}")
3604       throw new StopExecutionException("Not running headless transpile whilst IN_ECLIPSE is '${IN_ECLIPSE}'")
3605     } else {
3606       println("Running task ${name} as IN_ECLIPSE=${IN_ECLIPSE}")
3607     }
3608   }
3609
3610   executable(eclipseBinary)
3611   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", eclipseWorkspace, "-${jalviewjs_eclipse_build_arg}", eclipse_project_name ])
3612   if (eclipseDebug) {
3613     args += "-debug"
3614   }
3615   args += [ "--launcher.appendVmargs", "-vmargs", "-Dorg.eclipse.equinox.p2.reconciler.dropins.directory=${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_eclipse_tmp_dropins_dir}" ]
3616   if (!IN_ECLIPSE) {
3617     args += [ "-D${j2sHeadlessBuildProperty}=true" ]
3618     args += [ "-D${jalviewjs_j2s_alt_file_property}=${jalviewjsJ2sAltSettingsFileName}" ]
3619   }
3620
3621   def stdout
3622   def stderr
3623   doFirst {
3624     stdout = new ByteArrayOutputStream()
3625     stderr = new ByteArrayOutputStream()
3626
3627     def logOutFileName = "${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_transpile_stdout}"
3628     def logOutFile = file(logOutFileName)
3629     logOutFile.createNewFile()
3630     logOutFile.text = """ROOT: ${jalviewjs_eclipse_root}
3631 BINARY: ${eclipseBinary}
3632 VERSION: ${eclipseVersion}
3633 WORKSPACE: ${eclipseWorkspace}
3634 DEBUG: ${eclipseDebug}
3635 ----
3636 """
3637     def logOutFOS = new FileOutputStream(logOutFile, true) // true == append
3638     // combine stdout and stderr
3639     def logErrFOS = logOutFOS
3640
3641     if (jalviewjs_j2s_to_console.equals("true")) {
3642       standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
3643         new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
3644           logOutFOS,
3645           stdout),
3646         System.out)
3647       errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
3648         new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
3649           logErrFOS,
3650           stderr),
3651         System.err)
3652     } else {
3653       standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
3654         logOutFOS,
3655         stdout)
3656       errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
3657         logErrFOS,
3658         stderr)
3659     }
3660   }
3661
3662   doLast {
3663     if (stdout.toString().contains("Error processing ")) {
3664       // j2s did not complete transpile
3665       //throw new TaskExecutionException("Error during transpilation:\n${stderr}\nSee eclipse transpile log file '${jalviewDir}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_transpile_stdout}'")
3666       if (jalviewjs_ignore_transpile_errors.equals("true")) {
3667         println("IGNORING TRANSPILE ERRORS")
3668         println("See eclipse transpile log file '${jalviewDir}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_transpile_stdout}'")
3669       } else {
3670         throw new GradleException("Error during transpilation:\n${stderr}\nSee eclipse transpile log file '${jalviewDir}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_transpile_stdout}'")
3671       }
3672     }
3673   }
3674
3675   inputs.dir("${jalviewDir}/${sourceDir}")
3676   outputs.dir("${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}")
3677   outputs.upToDateWhen( { file("${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}${jalviewjs_server_resource}").exists() } )
3678 }
3679
3680
3681 def jalviewjsCallCore(String name, FileCollection list, String prefixFile, String suffixFile, String jsfile, String zjsfile, File logOutFile, Boolean logOutConsole) {
3682
3683   def stdout = new ByteArrayOutputStream()
3684   def stderr = new ByteArrayOutputStream()
3685
3686   def coreFile = file(jsfile)
3687   def msg = ""
3688   msg = "Creating core for ${name}...\nGenerating ${jsfile}"
3689   println(msg)
3690   logOutFile.createNewFile()
3691   logOutFile.append(msg+"\n")
3692
3693   def coreTop = file(prefixFile)
3694   def coreBottom = file(suffixFile)
3695   coreFile.getParentFile().mkdirs()
3696   coreFile.createNewFile()
3697   coreFile.write( coreTop.getText("UTF-8") )
3698   list.each {
3699     f ->
3700     if (f.exists()) {
3701       def t = f.getText("UTF-8")
3702       t.replaceAll("Clazz\\.([^_])","Clazz_${1}")
3703       coreFile.append( t )
3704     } else {
3705       msg = "...file '"+f.getPath()+"' does not exist, skipping"
3706       println(msg)
3707       logOutFile.append(msg+"\n")
3708     }
3709   }
3710   coreFile.append( coreBottom.getText("UTF-8") )
3711
3712   msg = "Generating ${zjsfile}"
3713   println(msg)
3714   logOutFile.append(msg+"\n")
3715   def logOutFOS = new FileOutputStream(logOutFile, true) // true == append
3716   def logErrFOS = logOutFOS
3717
3718   javaexec {
3719     classpath = files(["${jalviewDir}/${jalviewjs_closure_compiler}"])
3720     main = "com.google.javascript.jscomp.CommandLineRunner"
3721     jvmArgs = [ "-Dfile.encoding=UTF-8" ]
3722     args = [ "--compilation_level", jalviewjs_closure_compiler_optimization_level, "--warning_level", "QUIET", "--charset", "UTF-8", "--js", jsfile, "--js_output_file", zjsfile ]
3723     maxHeapSize = "2g"
3724
3725     msg = "\nRunning '"+commandLine.join(' ')+"'\n"
3726     println(msg)
3727     logOutFile.append(msg+"\n")
3728
3729     if (logOutConsole) {
3730       standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
3731         new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
3732           logOutFOS,
3733           stdout),
3734         standardOutput)
3735         errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
3736           new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
3737             logErrFOS,
3738             stderr),
3739           System.err)
3740     } else {
3741       standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
3742         logOutFOS,
3743         stdout)
3744         errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
3745           logErrFOS,
3746           stderr)
3747     }
3748   }
3749   msg = "--"
3750   println(msg)
3751   logOutFile.append(msg+"\n")
3752 }
3753
3754
3755 task jalviewjsBuildAllCores {
3756   group "JalviewJS"
3757   description "Build the core js lib closures listed in the classlists dir"
3758   dependsOn jalviewjsTranspile
3759   dependsOn jalviewjsTransferUnzipSwingJs
3760
3761   def j2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
3762   def swingJ2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
3763   def libJ2sDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}"
3764   def jsDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}/${jalviewjs_js_subdir}"
3765   def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}/${jalviewjs_j2s_subdir}/core"
3766   def prefixFile = "${jsDir}/core/coretop2.js"
3767   def suffixFile = "${jsDir}/core/corebottom2.js"
3768
3769   inputs.file prefixFile
3770   inputs.file suffixFile
3771
3772   def classlistFiles = []
3773   // add the classlists found int the jalviewjs_classlists_dir
3774   fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjs_classlists_dir}", include: "*.txt").each {
3775     file ->
3776     def name = file.getName() - ".txt"
3777     classlistFiles += [
3778       'file': file,
3779       'name': name
3780     ]
3781   }
3782
3783   // _jmol and _jalview cores. Add any other peculiar classlist.txt files here
3784   //classlistFiles += [ 'file': file("${jalviewDir}/${jalviewjs_classlist_jmol}"), 'name': "_jvjmol" ]
3785   classlistFiles += [ 'file': file("${jalviewDir}/${jalviewjs_classlist_jalview}"), 'name': jalviewjsJalviewCoreName ]
3786
3787   jalviewjsCoreClasslists = []
3788
3789   classlistFiles.each {
3790     hash ->
3791
3792     def file = hash['file']
3793     if (! file.exists()) {
3794       //println("...classlist file '"+file.getPath()+"' does not exist, skipping")
3795       return false // this is a "continue" in groovy .each closure
3796     }
3797     def name = hash['name']
3798     if (name == null) {
3799       name = file.getName() - ".txt"
3800     }
3801
3802     def filelist = []
3803     file.eachLine {
3804       line ->
3805         filelist += line
3806     }
3807     def list = fileTree(dir: j2sDir, includes: filelist)
3808
3809     def jsfile = "${outputDir}/core${name}.js"
3810     def zjsfile = "${outputDir}/core${name}.z.js"
3811
3812     jalviewjsCoreClasslists += [
3813       'jsfile': jsfile,
3814       'zjsfile': zjsfile,
3815       'list': list,
3816       'name': name
3817     ]
3818
3819     inputs.file(file)
3820     inputs.files(list)
3821     outputs.file(jsfile)
3822     outputs.file(zjsfile)
3823   }
3824
3825   // _stevesoft core. add any cores without a classlist here (and the inputs and outputs)
3826   def stevesoftClasslistName = "_stevesoft"
3827   def stevesoftClasslist = [
3828     'jsfile': "${outputDir}/core${stevesoftClasslistName}.js",
3829     'zjsfile': "${outputDir}/core${stevesoftClasslistName}.z.js",
3830     'list': fileTree(dir: j2sDir, include: "com/stevesoft/pat/**/*.js"),
3831     'name': stevesoftClasslistName
3832   ]
3833   jalviewjsCoreClasslists += stevesoftClasslist
3834   inputs.files(stevesoftClasslist['list'])
3835   outputs.file(stevesoftClasslist['jsfile'])
3836   outputs.file(stevesoftClasslist['zjsfile'])
3837
3838   // _all core
3839   def allClasslistName = "_all"
3840   def allJsFiles = fileTree(dir: j2sDir, include: "**/*.js")
3841   allJsFiles += fileTree(
3842     dir: libJ2sDir,
3843     include: "**/*.js",
3844     excludes: [
3845       // these exlusions are files that the closure-compiler produces errors for. Should fix them
3846       "**/org/jmol/jvxl/readers/IsoIntersectFileReader.js",
3847       "**/org/jmol/export/JSExporter.js"
3848     ]
3849   )
3850   allJsFiles += fileTree(
3851     dir: swingJ2sDir,
3852     include: "**/*.js",
3853     excludes: [
3854       // these exlusions are files that the closure-compiler produces errors for. Should fix them
3855       "**/sun/misc/Unsafe.js",
3856       "**/swingjs/jquery/jquery-editable-select.js",
3857       "**/swingjs/jquery/j2sComboBox.js",
3858       "**/sun/misc/FloatingDecimal.js"
3859     ]
3860   )
3861   def allClasslist = [
3862     'jsfile': "${outputDir}/core${allClasslistName}.js",
3863     'zjsfile': "${outputDir}/core${allClasslistName}.z.js",
3864     'list': allJsFiles,
3865     'name': allClasslistName
3866   ]
3867   // not including this version of "all" core at the moment
3868   //jalviewjsCoreClasslists += allClasslist
3869   inputs.files(allClasslist['list'])
3870   outputs.file(allClasslist['jsfile'])
3871   outputs.file(allClasslist['zjsfile'])
3872
3873   doFirst {
3874     def logOutFile = file("${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_closure_stdout}")
3875     logOutFile.getParentFile().mkdirs()
3876     logOutFile.createNewFile()
3877     logOutFile.write(getDate("yyyy-MM-dd HH:mm:ss")+" jalviewjsBuildAllCores\n----\n")
3878
3879     jalviewjsCoreClasslists.each {
3880       jalviewjsCallCore(it.name, it.list, prefixFile, suffixFile, it.jsfile, it.zjsfile, logOutFile, jalviewjs_j2s_to_console.equals("true"))
3881     }
3882   }
3883
3884 }
3885
3886
3887 def jalviewjsPublishCoreTemplate(String coreName, String templateName, File inputFile, String outputFile) {
3888   copy {
3889     from inputFile
3890     into file(outputFile).getParentFile()
3891     rename { filename ->
3892       if (filename.equals(inputFile.getName())) {
3893         return file(outputFile).getName()
3894       }
3895       return null
3896     }
3897     filter(ReplaceTokens,
3898       beginToken: '_',
3899       endToken: '_',
3900       tokens: [
3901         'MAIN': '"'+main_class+'"',
3902         'CODE': "null",
3903         'NAME': jalviewjsJalviewTemplateName+" [core ${coreName}]",
3904         'COREKEY': jalviewjs_core_key,
3905         'CORENAME': coreName
3906       ]
3907     )
3908   }
3909 }
3910
3911
3912 task jalviewjsPublishCoreTemplates {
3913   dependsOn jalviewjsBuildAllCores
3914   def inputFileName = "${jalviewDir}/${j2s_coretemplate_html}"
3915   def inputFile = file(inputFileName)
3916   def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}"
3917
3918   def outputFiles = []
3919   jalviewjsCoreClasslists.each { cl ->
3920     def outputFile = "${outputDir}/${jalviewjsJalviewTemplateName}_${cl.name}.html"
3921     cl['outputfile'] = outputFile
3922     outputFiles += outputFile
3923   }
3924
3925   doFirst {
3926     jalviewjsCoreClasslists.each { cl ->
3927       jalviewjsPublishCoreTemplate(cl.name, jalviewjsJalviewTemplateName, inputFile, cl.outputfile)
3928     }
3929   }
3930   inputs.file(inputFile)
3931   outputs.files(outputFiles)
3932 }
3933
3934
3935 task jalviewjsSyncCore (type: Sync) {
3936   dependsOn jalviewjsBuildAllCores
3937   dependsOn jalviewjsPublishCoreTemplates
3938   def inputFiles = fileTree(dir: "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}")
3939   def outputDir = "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
3940
3941   from inputFiles
3942   into outputDir
3943   def outputFiles = []
3944   rename { filename ->
3945     outputFiles += "${outputDir}/${filename}"
3946     null
3947   }
3948   preserve {
3949     include "**"
3950   }
3951   outputs.files outputFiles
3952   inputs.files inputFiles
3953 }
3954
3955
3956 // this Copy version of TransferSiteJs will delete anything else in the target dir
3957 task jalviewjsCopyTransferSiteJs(type: Copy) {
3958   dependsOn jalviewjsTranspile
3959   from "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}"
3960   into "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
3961 }
3962
3963
3964 // this Sync version of TransferSite is used by buildship to keep the website automatically up to date when a file changes
3965 task jalviewjsSyncTransferSiteJs(type: Sync) {
3966   from "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}"
3967   include "**/*.*"
3968   into "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
3969   preserve {
3970     include "**"
3971   }
3972 }
3973
3974
3975 jalviewjsSyncAllLibs.mustRunAfter jalviewjsCopyTransferSiteJs
3976 jalviewjsSyncResources.mustRunAfter jalviewjsCopyTransferSiteJs
3977 jalviewjsSyncSiteResources.mustRunAfter jalviewjsCopyTransferSiteJs
3978 jalviewjsSyncBuildProperties.mustRunAfter jalviewjsCopyTransferSiteJs
3979
3980 jalviewjsSyncAllLibs.mustRunAfter jalviewjsSyncTransferSiteJs
3981 jalviewjsSyncResources.mustRunAfter jalviewjsSyncTransferSiteJs
3982 jalviewjsSyncSiteResources.mustRunAfter jalviewjsSyncTransferSiteJs
3983 jalviewjsSyncBuildProperties.mustRunAfter jalviewjsSyncTransferSiteJs
3984
3985
3986 task jalviewjsPrepareSite {
3987   group "JalviewJS"
3988   description "Prepares the website folder including unzipping files and copying resources"
3989   dependsOn jalviewjsSyncAllLibs
3990   dependsOn jalviewjsSyncResources
3991   dependsOn jalviewjsSyncSiteResources
3992   dependsOn jalviewjsSyncBuildProperties
3993   dependsOn jalviewjsSyncCore
3994 }
3995
3996
3997 task jalviewjsBuildSite {
3998   group "JalviewJS"
3999   description "Builds the whole website including transpiled code"
4000   dependsOn jalviewjsCopyTransferSiteJs
4001   dependsOn jalviewjsPrepareSite
4002 }
4003
4004
4005 task cleanJalviewjsTransferSite {
4006   doFirst {
4007     delete "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteJsDir}"
4008     delete "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteLibDir}"
4009     delete "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteSwingJsDir}"
4010     delete "${jalviewDir}/${jalviewjsTransferSiteCoreDir}"
4011   }
4012 }
4013
4014
4015 task cleanJalviewjsSite {
4016   dependsOn cleanJalviewjsTransferSite
4017   doFirst {
4018     delete "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
4019   }
4020 }
4021
4022
4023 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
4024   group "JalviewJS"
4025   description "Creates a tar.gz file for the website"
4026   dependsOn jalviewjsBuildSite
4027   def outputFilename = "jalviewjs-site-${JALVIEW_VERSION}.tar.gz"
4028   archiveFileName = outputFilename
4029
4030   compression Compression.GZIP
4031
4032   from "${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}"
4033   into jalviewjs_site_dir // this is inside the tar file
4034
4035   inputs.dir("${jalviewDir}/${jalviewjsSiteDir}")
4036 }
4037
4038
4039 task jalviewjsServer {
4040   group "JalviewJS"
4041   def filename = "jalviewjsTest.html"
4042   description "Starts a webserver on localhost to test the website. See ${filename} to access local site on most recently used port."
4043   def htmlFile = "${jalviewDirAbsolutePath}/${filename}"
4044   doLast {
4045
4046     def factory
4047     try {
4048       def f = Class.forName("org.gradle.plugins.javascript.envjs.http.simple.SimpleHttpFileServerFactory")
4049       factory = f.newInstance()
4050     } catch (ClassNotFoundException e) {
4051       throw new GradleException("Unable to create SimpleHttpFileServerFactory")
4052     }
4053     def port = Integer.valueOf(jalviewjs_server_port)
4054     def start = port
4055     def running = false
4056     def url
4057     def jalviewjsServer
4058     while(port < start+1000 && !running) {
4059       try {
4060         def doc_root = new File("${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsSiteDir}")
4061         jalviewjsServer = factory.start(doc_root, port)
4062         running = true
4063         url = jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)
4064         println("SERVER STARTED with document root ${doc_root}.")
4065         println("Go to "+url+" . Run  gradle --stop  to stop (kills all gradle daemons).")
4066         println("For debug: "+url+"?j2sdebug")
4067         println("For verbose: "+url+"?j2sverbose")
4068       } catch (Exception e) {
4069         port++;
4070       }
4071     }
4072     def htmlText = """
4073       <p><a href="${url}">JalviewJS Test. &lt;${url}&gt;</a></p>
4074       <p><a href="${url}?j2sdebug">JalviewJS Test with debug. &lt;${url}?j2sdebug&gt;</a></p>
4075       <p><a href="${url}?j2sverbose">JalviewJS Test with verbose. &lt;${url}?j2sdebug&gt;</a></p>
4076       """
4077     jalviewjsCoreClasslists.each { cl ->
4078       def urlcore = jalviewjsServer.getResourceUrl(file(cl.outputfile).getName())
4079       htmlText += """
4080       <p><a href="${urlcore}">${jalviewjsJalviewTemplateName} [core ${cl.name}]. &lt;${urlcore}&gt;</a></p>
4081       """
4082       println("For core ${cl.name}: "+urlcore)
4083     }
4084
4085     file(htmlFile).text = htmlText
4086   }
4087
4088   outputs.file(htmlFile)
4089   outputs.upToDateWhen({false})
4090 }
4091
4092
4093 task cleanJalviewjsAll {
4094   group "JalviewJS"
4095   description "Delete all configuration and build artifacts to do with JalviewJS build"
4096   dependsOn cleanJalviewjsSite
4097   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
4098
4099   doFirst {
4100     delete "${jalviewDir}/${jalviewjsBuildDir}"
4101     delete "${jalviewDir}/${eclipse_bin_dir}"
4102     if (eclipseWorkspace != null && file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata").exists()) {
4103       delete file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
4104     }
4105     delete jalviewjsJ2sAltSettingsFileName
4106   }
4107
4108   outputs.upToDateWhen( { false } )
4109 }
4110
4111
4112 task jalviewjsIDE_checkJ2sPlugin {
4113   group "00 JalviewJS in Eclipse"
4114   description "Compare the swingjs/net.sf.j2s.core(-j11)?.jar file with the Eclipse IDE's plugin version (found in the 'dropins' dir)"
4115
4116   doFirst {
4117     def j2sPlugin = string("${jalviewDir}/${jalviewjsJ2sPlugin}")
4118     def j2sPluginFile = file(j2sPlugin)
4119     def eclipseHome = System.properties["eclipse.home.location"]
4120     if (eclipseHome == null || ! IN_ECLIPSE) {
4121       throw new StopExecutionException("Cannot find running Eclipse home from System.properties['eclipse.home.location']. Skipping J2S Plugin Check.")
4122     }
4123     def eclipseJ2sPluginDirs = [ "${eclipseHome}/dropins" ]
4124     def altPluginsDir = System.properties["org.eclipse.equinox.p2.reconciler.dropins.directory"]
4125     if (altPluginsDir != null && file(altPluginsDir).exists()) {
4126       eclipseJ2sPluginDirs += altPluginsDir
4127     }
4128     def foundPlugin = false
4129     def j2sPluginFileName = j2sPluginFile.getName()
4130     def eclipseJ2sPlugin
4131     def eclipseJ2sPluginFile
4132     eclipseJ2sPluginDirs.any { dir ->
4133       eclipseJ2sPlugin = "${dir}/${j2sPluginFileName}"
4134       eclipseJ2sPluginFile = file(eclipseJ2sPlugin)
4135       if (eclipseJ2sPluginFile.exists()) {
4136         foundPlugin = true
4137         return true
4138       }
4139     }
4140     if (!foundPlugin) {
4141       def msg = "Eclipse J2S Plugin is not installed (could not find '${j2sPluginFileName}' in\n"+eclipseJ2sPluginDirs.join("\n")+"\n)\nTry running task jalviewjsIDE_copyJ2sPlugin"
4142       System.err.println(msg)
4143       throw new StopExecutionException(msg)
4144     }
4145
4146     def digest = MessageDigest.getInstance("MD5")
4147
4148     digest.update(j2sPluginFile.text.bytes)
4149     def j2sPluginMd5 = new BigInteger(1, digest.digest()).toString(16).padLeft(32, '0')
4150
4151     digest.update(eclipseJ2sPluginFile.text.bytes)
4152     def eclipseJ2sPluginMd5 = new BigInteger(1, digest.digest()).toString(16).padLeft(32, '0')
4153
4154     if (j2sPluginMd5 != eclipseJ2sPluginMd5) {
4155       def msg = "WARNING! Eclipse J2S Plugin '${eclipseJ2sPlugin}' is different to this commit's version '${j2sPlugin}'"
4156       System.err.println(msg)
4157       throw new StopExecutionException(msg)
4158     } else {
4159       def msg = "Eclipse J2S Plugin '${eclipseJ2sPlugin}' is the same as '${j2sPlugin}' (this is good)"
4160       println(msg)
4161     }
4162   }
4163 }
4164
4165 task jalviewjsIDE_copyJ2sPlugin {
4166   group "00 JalviewJS in Eclipse"
4167   description "Copy the swingjs/net.sf.j2s.core(-j11)?.jar file into the Eclipse IDE's 'dropins' dir"
4168
4169   doFirst {
4170     def j2sPlugin = string("${jalviewDir}/${jalviewjsJ2sPlugin}")
4171     def j2sPluginFile = file(j2sPlugin)
4172     def eclipseHome = System.properties["eclipse.home.location"]
4173     if (eclipseHome == null || ! IN_ECLIPSE) {
4174       throw new StopExecutionException("Cannot find running Eclipse home from System.properties['eclipse.home.location']. NOT copying J2S Plugin.")
4175     }
4176     def eclipseJ2sPlugin = "${eclipseHome}/dropins/${j2sPluginFile.getName()}"
4177     def eclipseJ2sPluginFile = file(eclipseJ2sPlugin)
4178     def msg = "WARNING! Copying this commit's j2s plugin '${j2sPlugin}' to Eclipse J2S Plugin '${eclipseJ2sPlugin}'\n* May require an Eclipse restart"
4179     System.err.println(msg)
4180     copy {
4181       from j2sPlugin
4182       eclipseJ2sPluginFile.getParentFile().mkdirs()
4183       into eclipseJ2sPluginFile.getParent()
4184     }
4185   }
4186 }
4187
4188
4189 task jalviewjsIDE_j2sFile {
4190   group "00 JalviewJS in Eclipse"
4191   description "Creates the .j2s file"
4192   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
4193 }
4194
4195
4196 task jalviewjsIDE_SyncCore {
4197   group "00 JalviewJS in Eclipse"
4198   description "Build the core js lib closures listed in the classlists dir and publish core html from template"
4199   dependsOn jalviewjsSyncCore
4200 }
4201
4202
4203 task jalviewjsIDE_SyncSiteAll {
4204   dependsOn jalviewjsSyncAllLibs
4205   dependsOn jalviewjsSyncResources
4206   dependsOn jalviewjsSyncSiteResources
4207   dependsOn jalviewjsSyncBuildProperties
4208 }
4209
4210
4211 cleanJalviewjsTransferSite.mustRunAfter jalviewjsIDE_SyncSiteAll
4212
4213
4214 task jalviewjsIDE_PrepareSite {
4215   group "00 JalviewJS in Eclipse"
4216   description "Sync libs and resources to site dir, but not closure cores"
4217
4218   dependsOn jalviewjsIDE_SyncSiteAll
4219   //dependsOn cleanJalviewjsTransferSite // not sure why this clean is here -- will slow down a re-run of this task
4220 }
4221
4222
4223 task jalviewjsIDE_AssembleSite {
4224   group "00 JalviewJS in Eclipse"
4225   description "Assembles unzipped supporting zipfiles, resources, site resources and closure cores into the Eclipse transpiled site"
4226   dependsOn jalviewjsPrepareSite
4227 }
4228
4229
4230 task jalviewjsIDE_SiteClean {
4231   group "00 JalviewJS in Eclipse"
4232   description "Deletes the Eclipse transpiled site"
4233   dependsOn cleanJalviewjsSite
4234 }
4235
4236
4237 task jalviewjsIDE_Server {
4238   group "00 JalviewJS in Eclipse"
4239   description "Starts a webserver on localhost to test the website"
4240   dependsOn jalviewjsServer
4241 }
4242
4243
4244 // buildship runs this at import or gradle refresh
4245 task eclipseSynchronizationTask {
4246   //dependsOn eclipseSetup
4247   dependsOn createBuildProperties
4248   if (J2S_ENABLED) {
4249     dependsOn jalviewjsIDE_j2sFile
4250     dependsOn jalviewjsIDE_checkJ2sPlugin
4251     dependsOn jalviewjsIDE_PrepareSite
4252   }
4253 }
4254
4255
4256 // buildship runs this at build time or project refresh
4257 task eclipseAutoBuildTask {
4258   //dependsOn jalviewjsIDE_checkJ2sPlugin
4259   //dependsOn jalviewjsIDE_PrepareSite
4260 }
4261
4262
4263 task jalviewjsCopyStderrLaunchFile(type: Copy) {
4264   from file(jalviewjs_stderr_launch)
4265   into jalviewjsSiteDir
4266
4267   inputs.file jalviewjs_stderr_launch
4268   outputs.file jalviewjsStderrLaunchFilename
4269 }
4270
4271 task cleanJalviewjsChromiumUserDir {
4272   doFirst {
4273     delete jalviewjsChromiumUserDir
4274   }
4275   outputs.dir jalviewjsChromiumUserDir
4276   // always run when depended on
4277   outputs.upToDateWhen { !file(jalviewjsChromiumUserDir).exists() }
4278 }
4279
4280 task jalviewjsChromiumProfile {
4281   dependsOn cleanJalviewjsChromiumUserDir
4282   mustRunAfter cleanJalviewjsChromiumUserDir
4283
4284   def firstRun = file("${jalviewjsChromiumUserDir}/First Run")
4285
4286   doFirst {
4287     mkdir jalviewjsChromiumProfileDir
4288     firstRun.text = ""
4289   }
4290   outputs.file firstRun
4291 }
4292
4293 task jalviewjsLaunchTest {
4294   group "Test"
4295   description "Check JalviewJS opens in a browser"
4296   dependsOn jalviewjsBuildSite
4297   dependsOn jalviewjsCopyStderrLaunchFile
4298   dependsOn jalviewjsChromiumProfile
4299
4300   def macOS = OperatingSystem.current().isMacOsX()
4301   def chromiumBinary = macOS ? jalviewjs_macos_chromium_binary : jalviewjs_chromium_binary
4302   if (chromiumBinary.startsWith("~/")) {
4303     chromiumBinary = System.getProperty("user.home") + chromiumBinary.substring(1)
4304   }
4305
4306   def stdout
4307   def stderr
4308   doFirst {
4309     def timeoutms = Integer.valueOf(jalviewjs_chromium_overall_timeout) * 1000
4310
4311     def binary = file(chromiumBinary)
4312     if (!binary.exists()) {
4313       throw new StopExecutionException("Could not find chromium binary '${chromiumBinary}'. Cannot run task ${name}.")
4314     }
4315     stdout = new ByteArrayOutputStream()
4316     stderr = new ByteArrayOutputStream()
4317     def execStdout
4318     def execStderr
4319     if (jalviewjs_j2s_to_console.equals("true")) {
4320       execStdout = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
4321         stdout,
4322         System.out)
4323       execStderr = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(
4324         stderr,
4325         System.err)
4326     } else {
4327       execStdout = stdout
4328       execStderr = stderr
4329     }
4330     // macOS not running properly with timeout arguments
4331     def execArgs = macOS ? [] : [
4332       "--timeout=${timeoutms}",
4333       "--virtual-time-budget=${timeoutms}",
4334     ]
4335     execArgs += [
4336       "--no-sandbox", // --no-sandbox IS USED BY THE THORIUM APPIMAGE ON THE BUILDSERVER
4337       "--headless=new",
4338       "--disable-gpu",
4339       "--user-data-dir=${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_chromium_user_dir}",
4340       "--profile-directory=${jalviewjs_chromium_profile_name}",
4341       "--allow-file-access-from-files",
4342       "--enable-logging=stderr",
4343       "file://${jalviewDirAbsolutePath}/${jalviewjsStderrLaunchFilename}"
4344     ]
4345
4346     if (true || macOS) {
4347       ScheduledExecutorService executor = Executors.newScheduledThreadPool(3);
4348       Future f1 = executor.submit(
4349         () -> {
4350           exec {
4351             standardOutput = execStdout
4352             errorOutput = execStderr
4353             executable(chromiumBinary)
4354             args(execArgs)
4355             println "COMMAND: '"+commandLine.join(" ")+"'"
4356           }
4357           executor.shutdownNow()
4358         }
4359       )
4360
4361       def noChangeBytes = 0
4362       def noChangeIterations = 0
4363       executor.scheduleAtFixedRate(
4364         () -> {
4365           String stderrString = stderr.toString()
4366           // shutdown the task if we have a success string
4367           if (stderrString.contains(jalviewjs_desktop_init_string)) {
4368             f1.cancel()
4369             Thread.sleep(1000)
4370             executor.shutdownNow()
4371           }
4372           // if no change in stderr for 10s then also end
4373           if (noChangeIterations >= jalviewjs_chromium_idle_timeout) {
4374             executor.shutdownNow()
4375           }
4376           if (stderrString.length() == noChangeBytes) {
4377             noChangeIterations++
4378           } else {
4379             noChangeBytes = stderrString.length()
4380             noChangeIterations = 0
4381           }
4382         },
4383         1, 1, TimeUnit.SECONDS)
4384
4385       executor.schedule(new Runnable(){
4386         public void run(){
4387           f1.cancel()
4388           executor.shutdownNow()
4389         }
4390       }, timeoutms, TimeUnit.MILLISECONDS)
4391
4392       executor.awaitTermination(timeoutms+10000, TimeUnit.MILLISECONDS)
4393       executor.shutdownNow()
4394     }
4395
4396   }
4397
4398   doLast {
4399     def found = false
4400     stderr.toString().eachLine { line ->
4401       if (line.contains(jalviewjs_desktop_init_string)) {
4402         println("Found line '"+line+"'")
4403         found = true
4404         return
4405       }
4406     }
4407     if (!found) {
4408       throw new GradleException("Could not find evidence of Desktop launch in JalviewJS.")
4409     }
4410   }
4411 }
4412
4413
4414 task jalviewjs {
4415   group "JalviewJS"
4416   description "Build the JalviewJS site and run the launch test"
4417   dependsOn jalviewjsBuildSite
4418   dependsOn jalviewjsLaunchTest
4419 }