build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   4 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   5 //import org.eclipse.osgi.*
   6 import com.diffplug.gradle.GoomphCacheLocations
   7
   8 /*
   9 buildscript {
  10   repositories {
  11     repos
  12     mavenCentral()
  13     jcenter()
  14   }
  15   dependencies {
  16     //eclipseDeps.each { compile "p2:${it}:+" }
  17     //classpath 'org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.15.0'
  18     //compile group: 'org.eclipse.platform', name: 'org.eclipse.osgi', version: '3.15.0'
  19     //classpath 'biz.aQute.bnd:biz.aQute.bnd.gradle:4.4.0'
  20   }
  21 }
  22 */
  23
  24 plugins {
  25   id 'java'
  26   id 'application'
  27   id 'eclipse'
  28   id 'com.diffplug.gradle.oomph.ide' version '3.18.1'
  29   id 'com.diffplug.gradle.equinoxlaunch' version '3.18.1'
  30
  31   //id 'com.diffplug.gradle.p2.asmaven' version '3.18.1'
  32
  33   //id 'org.eclipse.osgi' version '3.15.0'
  34   //id 'osgi'
  35 }
  36
  37
  38 /*
  39 def eclipseDeps = [
  40     // The dependencies we actually use
  41     'org.eclipse.jdt.core',
  42     'org.eclipse.text',
  43
  44     // Their transitives
  45     'org.eclipse.core.contenttype',
  46     'org.eclipse.core.jobs',
  47     'org.eclipse.core.runtime',
  48     'org.eclipse.core.resources',
  49     'org.eclipse.equinox.common',
  50     'org.eclipse.equinox.preferences',
  51     //'org.eclipse.osgi'
  52 ]
  53 */
  54
  55 /*
  56 p2AsMaven {
  57   group 'p2', {
  58     repoEclipse goomph_eclipse_version
  59     eclipseDeps.each { p2.addIU(it) }
  60     eclipseDeps.each { p2.addIU(it + '.source') }
  61   }
  62 }
  63 */
  64
  65
  66 /*
  67 dependencies {
  68   //eclipseDeps.each { compile "p2:${it}:+" }
  69   //implementation 'org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.15.0'
  70   //compile 'org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.15.0'
  71   //classpath 'biz.aQute.bnd:biz.aQute.bnd.gradle:4.4.0'
  72 }
  73 */
  74
  75
  76
  77 repositories {
  78   jcenter()
  79   mavenCentral()
  80   flatDir {
  81     dirs gradlePluginsDir
  82   }
  83 }
  84
  85 mainClassName = launcherClass
  86 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
  87
  88 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
  89
  90 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  91 def libDir
  92 def libDistDir
  93 def compile_source_compatibility
  94 def compile_target_compatibility
  95
  96 ext {
  97   buildProperties = jalviewDir + "/" + classesDir +"/" + buildPropertiesFile
  98
  99   gitHash = ""
 100   gitBranch = ""
 101
 102   jalviewjsServer = ""
 103 }
 104
 105 def JAVA_INTEGER_VERSION
 106 //def additional_compiler_args = []
 107 // this property is for the Java library used in eclipse
 108 def eclipse_java_runtime_name
 109 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
 110   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
 111   //libDir = j8libDir
 112   libDir = j11libDir
 113   libDistDir = j8libDir
 114   compile_source_compatibility = 1.8
 115   compile_target_compatibility = 1.8
 116   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
 117 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 118   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
 119   libDir = j11libDir
 120   libDistDir = j11libDir
 121   compile_source_compatibility = 11
 122   compile_target_compatibility = 11
 123   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 124   /* compile without modules -- using classpath libraries
 125   additional_compiler_args += [
 126   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 127   '--add-modules', j11modules
 128   ]
 129   */
 130 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
 131   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
 132   libDir = j11libDir
 133   libDistDir = j11libDir
 134   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
 135   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
 136   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 137   /* compile without modules -- using classpath libraries
 138   additional_compiler_args += [
 139   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 140   '--add-modules', j11modules
 141   ]
 142   */
 143 } else {
 144   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
 145 }
 146
 147 sourceSets {
 148
 149   main {
 150     java {
 151       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
 152       outputDir = file("$classes")
 153     }
 154
 155     resources {
 156       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
 157     }
 158
 159     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 160     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 161
 162     runtimeClasspath = compileClasspath
 163   }
 164
 165 }
 166
 167 eclipse {
 168   project {
 169     name = eclipse_project_name
 170
 171     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 172     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 173
 174     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 175     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 176   }
 177
 178   classpath {
 179     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 180     def removeThese = []
 181     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 182         removeThese += it
 183       }
 184     }
 185
 186     minusConfigurations += removeThese
 187     plusConfigurations = [ ]
 188     file {
 189
 190       whenMerged { cp ->
 191         def removeTheseToo = []
 192         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 193         cp.entries.each { entry ->
 194           if (entry.kind == 'src') {
 195             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 196               removeTheseToo += entry
 197             } else {
 198               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 199             }
 200           }
 201         }
 202         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 203
 204         if (file(eclipse_bin_dir+"/main").isDirectory()) {
 205                 cp.entries += new Output(eclipse_bin_dir+"/main")
 206         }
 207         if (file(helpParentDir).isDirectory()) {
 208                 cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 209         }
 210         if (file(resourceDir).isDirectory()) {
 211                 cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 212         }
 213
 214         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 215
 216         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 217         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 218         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 219           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 220           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 221             // don't add dirs to classpath
 222             return
 223           }
 224           def itPath = it.toString()
 225           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 226             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 227           }
 228           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 229             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 230           } else {
 231             //println("Adding entry "+itPath)
 232             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 233             addedLibPath.put(itPath, true)
 234           }
 235         }
 236       } // whenMerged
 237
 238     } // file
 239
 240     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 241   } // classpath
 242
 243   jdt {
 244     // for the IDE, use java 11 compatibility
 245     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 246     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 247     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 248
 249     /*
 250     file {
 251     withProperties { props ->
 252     def jalview_prefs = new Properties()
 253     def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 254     jalview_prefs.load(ins)
 255     ins.close()
 256     jalview_prefs.forEach { t, v ->
 257     if (props.getAt(t) == null) {
 258     props.putAt(t, v)
 259     }
 260     }
 261     }
 262     }
 263      */
 264   } // jdt
 265
 266   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 267   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 268 } // eclipse
 269
 270 /*
 271 compileJava {
 272
 273   doFirst {
 274     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 275     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 276     //options.compilerArgs = additional_compiler_args
 277     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 278   }
 279
 280 }
 281
 282 clean {
 283   delete sourceSets.main.java.outputDir
 284 }
 285 */
 286
 287
 288
 289
 290
 291
 292
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 307
 308
 309
 310 GoomphCacheLocations.override_workspaces = file(jalviewDirAbsolutePath+"/"+goomph_workspace)
 311 oomphIde {
 312   repoEclipse goomph_eclipse_version
 313   jdt {
 314     /*
 315     installedJre {
 316       //markDefault = true
 317       //executionEnvironments = [ eclipse.jdt.javaRuntimeName ]
 318     }
 319     */
 320     //compilerComplianceLevel( JAVA_INTEGER_VERSION )
 321   }
 322   //repo 'http://download.eclipse.org/buildship/updates/e45/milestones/3.x/'
 323   repo goomph_repo_buildship
 324         feature goomph_feature_buildship
 325 }
 326
 327 equinoxLaunch {
 328   headlessAppSetup {
 329
 330     launchTask 'ideJalviewjsBuild', {
 331       //it.args = ["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", tempEclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 332       it.args = ["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 333     }
 334   }
 335 }
 336
 337 task ideCopyDropins (type: Copy) {
 338   dependsOn ideSetupP2
 339
 340   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 341   def outputDir = oomphIde.ideDir + "/" + com.diffplug.gradle.FileMisc.macContentsEclipse() + "/dropins"
 342
 343   from inputFiles
 344   into outputDir
 345   def outputFiles = []
 346   rename { filename ->
 347     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 348     println("COPYING ${filename} to ${outputFiles}")
 349     null
 350   }
 351   outputs.files outputFiles
 352   inputs.files inputFiles
 353
 354 }
 355
 356 ide.dependsOn eclipseProject
 357 ide.dependsOn eclipseClasspath
 358 ide.dependsOn eclipseJdt
 359 ide.dependsOn ideCopyDropins
 360 ideJalviewjsBuild.dependsOn ideSetupWorkspace
 361 ideJalviewjsBuild.dependsOn ideCopyDropins
 362
 363
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 371
 372
 373
 374
 375
 376
 377 def jalviewjsBuildDir
 378 def jalviewjsSiteDir
 379 task jalviewjsSitePath {
 380   if (jalviewjs_site_dir.startsWith("/")) {
 381     jalviewjsSiteDir = jalviewjs_site_dir
 382   } else {
 383     def relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
 384     jalviewjsBuildDir = "${relativeBuildDir}/jalviewjs"
 385     jalviewjsSiteDir = jalviewjsBuildDir + "/" + jalviewjs_site_dir
 386   }
 387 }
 388
 389 def tempEclipseWorkspace
 390 task jalviewjsSetTempEclipseWorkspace {
 391   tempEclipseWorkspace = file(jalviewjs_eclipse_workspace)
 392   if (!tempEclipseWorkspace.exists()) {
 393     tempEclipseWorkspace = file("${buildDir}/tmp/eclipse-workspace")
 394     //tempEclipseWorkspace.deleteOnExit()
 395   }
 396   println("ECLIPSE WORKSPACE: "+tempEclipseWorkspace.getPath())
 397 }
 398
 399 task jalviewjsUnzipFiles {
 400   dependsOn jalviewjsSitePath
 401
 402   def zipFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_libjs_dir).include("*.zip")
 403   zipFiles += jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_swingjs_zip
 404
 405   doLast {
 406     zipFiles.each { file_zip ->
 407       copy {
 408         from zipTree(file_zip)
 409         into jalviewjsSiteDir
 410       }
 411     }
 412   }
 413
 414   inputs.files zipFiles
 415   outputs.dir jalviewjsSiteDir
 416 }
 417
 418 def eclipseDropinsDir
 419 def eclipseBinary
 420 task jalviewjsEclipsePaths {
 421   def eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
 422   if (eclipseRoot.startsWith("~")) {
 423     eclipseRoot = System.getProperty("user.home") + eclipseRoot.substring(1)
 424   }
 425         if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 426     eclipseRoot += "/Eclipse.app"
 427                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/dropins"
 428                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/Contents/MacOS/eclipse"
 429         } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
 430                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 431                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 432         } else { // linux or unix
 433                 eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 434                 eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 435         }
 436 }
 437
 438 task jalviewjsEclipseCopyDropins (type: Copy) {
 439   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 440   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 441   def outputDir = eclipseDropinsDir
 442
 443   from inputFiles
 444   into outputDir
 445   def outputFiles = []
 446   rename { filename ->
 447     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 448     null
 449   }
 450   outputs.files outputFiles
 451   inputs.files inputFiles
 452 }
 453
 454 task jalviewjsEclipseSetup {
 455   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
 456   dependsOn jalviewjsSetTempEclipseWorkspace
 457 }
 458
 459
 460 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
 461   dependsOn jalviewjsSitePath
 462   outputFile (jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings)
 463   def props = project.properties.sort { it.key }
 464   def siteDirProperty = "j2s.site.directory"
 465   def setSiteDir = false
 466   props.each { prop, val ->
 467     if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
 468       if (prop == siteDirProperty) {
 469         if (!(val.startsWith("/") || val.startsWith("file://") )) {
 470           val = jalviewjsSiteDir+"/"+val
 471         }
 472         setSiteDir = true
 473       }
 474       property(prop,val)
 475     }
 476     if (!setSiteDir) {
 477       property(siteDirProperty,"${jalviewjsSiteDir}")
 478     }
 479   }
 480   outputs.file(outputFile)
 481 }
 482
 483 task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
 484   dependsOn jalviewjsSitePath
 485   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
 486   def outputDir = jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir
 487
 488   from inputFiles
 489   into outputDir
 490   def outputFiles = []
 491   rename { filename ->
 492     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 493     null
 494   }
 495   outputs.files outputFiles
 496   inputs.files inputFiles
 497 }
 498
 499 task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
 500   dependsOn jalviewjsSitePath
 501   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_site_resource_dir)
 502   def outputDir = jalviewjsSiteDir
 503
 504   from inputFiles
 505   into outputDir
 506   def outputFiles = []
 507   rename { filename ->
 508     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 509     null
 510   }
 511   outputs.files outputFiles
 512   inputs.files inputFiles
 513 }
 514
 515 task cleanJalviewjs {
 516   dependsOn jalviewjsSitePath
 517   /*
 518   delete jalviewDir+"/"+jalviewjsSiteDir
 519   delete jalviewDir+"/"+eclipse_bin_dir
 520   delete file(tempEclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
 521   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings
 522   */
 523 }
 524
 525 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
 526   // work out how to do this!
 527   dependsOn eclipseProject
 528   dependsOn eclipseClasspath
 529   dependsOn eclipseJdt
 530   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 531   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
 532   executable(eclipseBinary)
 533   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", tempEclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
 534
 535   def projdir = tempEclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core"
 536   inputs.file(jalviewDir+"/.project")
 537   outputs.dir(projdir)
 538   outputs.upToDateWhen { file(projdir).exists() }
 539 }
 540
 541
 542
 543
 544
 545
 546
 547
 548 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
 549   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 550   dependsOn jalviewjsProjectImport
 551   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 552   executable(eclipseBinary)
 553   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", tempEclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ])
 554
 555   def stdout
 556   def stderr
 557   doFirst {
 558     stdout = new ByteArrayOutputStream()
 559     stderr = new ByteArrayOutputStream()
 560     standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(new FileOutputStream("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}"), stdout);
 561     errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(new FileOutputStream("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stderr}"), stderr);
 562   }
 563   doLast {
 564     if (stdout.toString().contains("Error processing ")) {
 565       // j2s did not complete transpile
 566       throw new TaskExecutionException("Error during transpilation:\n${stderr}\n")
 567     }
 568   }
 569
 570   inputs.dir(sourceDir)
 571   outputs.dir(eclipse_bin_dir+"/main")
 572   outputs.dir(jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir)
 573   outputs.file(jalviewjsSiteDir+jalviewjs_server_resource)
 574   outputs.upToDateWhen { file(jalviewjsSiteDir+jalviewjs_server_resource).exists() }
 575
 576 }
 577
 578
 579
 580
 581
 582
 583
 584
 585 task jalviewjsBuildSite {
 586   dependsOn jalviewjsSitePath
 587   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 588   dependsOn jalviewjsCopyResources
 589   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 590   dependsOn jalviewjsTranspile
 591 }
 592
 593 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
 594   dependsOn jalviewjsBuildSite
 595   def outputFilename = "jalviewjs-site-${JALVIEW_VERSION}.tar.gz"
 596   try {
 597     archiveFileName = outputFilename
 598   } catch (Exception e) {
 599     archiveName = outputFilename
 600   }
 601
 602   compression Compression.GZIP
 603
 604   from jalviewjsSiteDir
 605   into jalviewjs_site_dir // this is inside the tar file
 606
 607   inputs.dir(jalviewjsSiteDir)
 608 }
 609
 610 task jalviewjs {
 611   dependsOn jalviewjsBuildSite
 612 }
 613
 614 def jalviewjsServer = null
 615 task jalviewjsServerStart {
 616   dependsOn jalviewjsSitePath
 617   doLast {
 618
 619     if (jalviewjsServer != null) {
 620       println("SERVER ALREADY RUNNING. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 621     } else {
 622
 623       SimpleHttpFileServerFactory factory = new SimpleHttpFileServerFactory()
 624       def port = Integer.valueOf(jalviewjs_server_port)
 625       def start = port
 626       def running = false
 627       while(port < start+1000 && !running) {
 628         try {
 629           def doc_root = new File(jalviewDirAbsolutePath +"/"+ jalviewjsSiteDir)
 630           jalviewjsServer = factory.start(doc_root, port)
 631           running = true
 632           println("SERVER STARTED with document root ${doc_root}.\nGo to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 633           //println("Ctrl-c to stop.");java.lang.Thread.sleep(Integer.valueOf(jalviewjs_server_wait)*1000);
 634         } catch (Exception e) {
 635           port++;
 636         }
 637       }
 638
 639     }
 640
 641   }
 642
 643 }
 644
 645 /* server persists in gradle daemon but reference is not accessible across builds
 646 task jalviewjsServerStop {
 647   doLast {
 648
 649     if (jalviewjsServer != null) {
 650
 651       println("SERVER ON PORT "+jalviewjsServer.getPort()+" STOPPING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start again.")
 652       jalviewjsServer.stop()
 653
 654     } else {
 655       println("SERVER NOT RUNNING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start.")
 656     }
 657
 658   }
 659 }
 660 */
 661
 662 project.afterEvaluate {
 663   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseProject
 664   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseClasspath
 665   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseJdt
 666 }
 667
 668
 669