build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   4 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   5 //import org.eclipse.osgi.*
   6 import com.diffplug.gradle.GoomphCacheLocations
   7
   8 buildscript {
   9   repositories {
  10     /*
  11     mavenCentral()
  12     jcenter()
  13     */
  14   }
  15 }
  16
  17 plugins {
  18   id 'java'
  19   id 'application'
  20   id 'eclipse'
  21   id 'com.diffplug.gradle.oomph.ide' version '3.18.1'
  22   id 'com.diffplug.gradle.equinoxlaunch' version '3.18.1'
  23   id 'com.diffplug.gradle.eclipse.mavencentral' version '3.18.1'
  24 }
  25
  26
  27 dependencies {
  28     //compile group: 'org.osgi', name: 'org.osgi.service.component', version: '1.4.0'
  29 /*
  30     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.14.0')
  31     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.common:3.10.400')
  32     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.jobs:3.10.400')
  33     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.update.configurator:3.4.300')
  34     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.runtime:3.16.0')
  35     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.ds:1.6.0')
  36     source.addMaven('javax.inject:com.springsource.javax.inject:1.0.0')
  37 */
  38   //compile 'com.ibm.icu:com.ibm.icu:4.4.2'
  39 }
  40
  41 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  42
  43 repositories {
  44   jcenter()
  45   mavenCentral()
  46   maven { url "http://maven.icm.edu.pl/artifactory/repo/" }
  47   maven { url "http://maven.geomajas.org/" }
  48   maven { url "https://repo.spring.io/plugins-release/" }
  49   maven { url "${jalviewDirAbsolutePath}/${m2RepoDir}" }
  50   mavenLocal()
  51   flatDir {
  52     dirs gradlePluginsDir
  53   }
  54 }
  55
  56
  57
  58
  59
  60
  61
  62 /*
  63 p2AsMaven {
  64   def requiredBundles = [
  65                 'org.eclipse.core.commands',
  66                 'org.eclipse.core.resources',
  67                 'org.eclipse.core.runtime',
  68                 'org.eclipse.ui',
  69                 'org.eclipse.ui.ide',
  70                 'org.eclipse.jface',
  71                 'org.eclipse.swt',
  72                 //"org.eclipse.swt.${com.diffplug.common.swt.os.SwtPlatform.getNative()}",
  73                 'org.eclipse.equinox.registry',
  74                 'org.eclipse.equinox.common',
  75                 'org.eclipse.osgi',
  76                 'org.eclipse.core.jobs',
  77                 'org.eclipse.ui.workbench',
  78                 'org.eclipse.jdt.core',
  79                 'org.eclipse.jdt.ui',
  80                 'org.eclipse.text'
  81   ]
  82
  83   group 'eclipse-deps', {
  84     repoEclipse '4.12.0'
  85     // reduce the number of plugins downloaded
  86     slicingOption 'latestVersionOnly', 'true'
  87     requiredBundles.each {
  88       iu "${it}"
  89     }
  90     append true
  91   }
  92 }
  93 */
  94
  95 /*
  96 eclipseMavenCentral {
  97   release '4.13.0', {
  98     compile 'org.eclipse.osgi'
  99     compile 'org.eclipse.equinox.common'
 100     compile 'org.eclipse.update.configurator'
 101     compile 'org.eclipse.core.runtime'
 102     compile 'org.eclipse.core.jobs'
 103     compile 'org.eclipse.equinox.ds'
 104     compile 'org.eclipse.osgi.services'
 105     useNativesForRunningPlatform()
 106   }
 107 }
 108 */
 109
 110
 111
 112
 113
 114
 115
 116
 117
 118
 119
 120
 121 mainClassName = launcherClass
 122 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
 123
 124 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
 125
 126 def libDir
 127 def libDistDir
 128 def compile_source_compatibility
 129 def compile_target_compatibility
 130
 131 ext {
 132   buildProperties = jalviewDir + "/" + classesDir +"/" + buildPropertiesFile
 133
 134   gitHash = ""
 135   gitBranch = ""
 136
 137   jalviewjsServer = ""
 138 }
 139
 140 def JAVA_INTEGER_VERSION
 141 //def additional_compiler_args = []
 142 // this property is for the Java library used in eclipse
 143 def eclipse_java_runtime_name
 144 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
 145   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
 146   //libDir = j8libDir
 147   libDir = j11libDir
 148   libDistDir = j8libDir
 149   compile_source_compatibility = 1.8
 150   compile_target_compatibility = 1.8
 151   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
 152 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 153   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
 154   libDir = j11libDir
 155   libDistDir = j11libDir
 156   compile_source_compatibility = 11
 157   compile_target_compatibility = 11
 158   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 159   /* compile without modules -- using classpath libraries
 160   additional_compiler_args += [
 161   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 162   '--add-modules', j11modules
 163   ]
 164   */
 165 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
 166   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
 167   libDir = j11libDir
 168   libDistDir = j11libDir
 169   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
 170   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
 171   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 172   /* compile without modules -- using classpath libraries
 173   additional_compiler_args += [
 174   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 175   '--add-modules', j11modules
 176   ]
 177   */
 178 } else {
 179   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
 180 }
 181
 182
 183 sourceSets {
 184
 185   main {
 186     java {
 187       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
 188       outputDir = file("$classes")
 189     }
 190
 191     resources {
 192       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
 193     }
 194
 195     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 196     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 197
 198     runtimeClasspath = compileClasspath
 199   }
 200
 201 }
 202
 203 eclipse {
 204   project {
 205     name = eclipse_project_name
 206
 207     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 208     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 209
 210     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 211     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 212   }
 213
 214   classpath {
 215     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 216     def removeThese = []
 217     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 218         removeThese += it
 219       }
 220     }
 221
 222     minusConfigurations += removeThese
 223     plusConfigurations = [ ]
 224     file {
 225
 226       whenMerged { cp ->
 227         def removeTheseToo = []
 228         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 229         cp.entries.each { entry ->
 230           if (entry.kind == 'src') {
 231             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 232               removeTheseToo += entry
 233             } else {
 234               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 235             }
 236           }
 237         }
 238         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 239
 240         if (file(eclipse_bin_dir+"/main").isDirectory()) {
 241                 cp.entries += new Output(eclipse_bin_dir+"/main")
 242         }
 243         if (file(helpParentDir).isDirectory()) {
 244                 cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 245         }
 246         if (file(resourceDir).isDirectory()) {
 247                 cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 248         }
 249
 250         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 251
 252         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 253         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 254         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 255           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 256           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 257             // don't add dirs to classpath
 258             return
 259           }
 260           def itPath = it.toString()
 261           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 262             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 263           }
 264           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 265             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 266           } else {
 267             //println("Adding entry "+itPath)
 268             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 269             addedLibPath.put(itPath, true)
 270           }
 271         }
 272       } // whenMerged
 273
 274     } // file
 275
 276     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 277   } // classpath
 278
 279   jdt {
 280     // for the IDE, use java 11 compatibility
 281     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 282     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 283     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 284
 285     /*
 286     file {
 287     withProperties { props ->
 288     def jalview_prefs = new Properties()
 289     def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 290     jalview_prefs.load(ins)
 291     ins.close()
 292     jalview_prefs.forEach { t, v ->
 293     if (props.getAt(t) == null) {
 294     props.putAt(t, v)
 295     }
 296     }
 297     }
 298     }
 299      */
 300   } // jdt
 301
 302   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 303   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 304 } // eclipse
 305
 306 /*
 307 compileJava {
 308
 309   doFirst {
 310     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 311     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 312     //options.compilerArgs = additional_compiler_args
 313     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 314   }
 315
 316 }
 317
 318 clean {
 319   delete sourceSets.main.java.outputDir
 320 }
 321 */
 322
 323
 324
 325
 326
 327
 328
 329
 330
 331
 332
 333
 334
 335
 336
 337
 338
 339
 340
 341
 342 def useIde = useGoomph.equals("true")
 343
 344 def eclipseWorkspace
 345 task jalviewjsSetEclipseWorkspace {
 346   def eclipseWsDir = useIde?goomph_workspace:jalviewjs_eclipse_workspace
 347   eclipseWorkspace = file(eclipseWsDir)
 348   if (!eclipseWorkspace.exists()) {
 349     eclipseWorkspace = file("${buildDir}/tmp/eclipse-workspace")
 350     //eclipseWorkspace.deleteOnExit()
 351   } else if (useIde) {
 352     GoomphCacheLocations.override_workspaces = file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath())
 353     eclipseWorkspace = oomphIde.workspaceRegistry.workspaceDir(project, file(oomphIde.ideDir))
 354   }
 355   println("ECLIPSE WORKSPACE: "+eclipseWorkspace.getPath())
 356 }
 357
 358 oomphIde {
 359   repoEclipse goomph_eclipse_version
 360   jdt {
 361     /*
 362     installedJre {
 363       //markDefault = true
 364       //executionEnvironments = [ eclipse.jdt.javaRuntimeName ]
 365     }
 366     */
 367     //compilerComplianceLevel( JAVA_INTEGER_VERSION )
 368   }
 369
 370   repo "https://download.eclipse.org/releases/${goomph_eclipse_version_name}/"
 371   feature goomph_eclipse_jee_feature, goomph_eclipse_jee_version
 372
 373   //iu 'org.eclipse.osgi'
 374
 375   thirdParty {
 376     buildship {
 377       repo goomph_repo_buildship
 378       feature goomph_feature_buildship
 379     }
 380
 381   }
 382
 383
 384
 385   // CLI ARGS HERE!
 386 }
 387
 388 equinoxLaunch {
 389   ideJalviewjsBuildSetup {
 390     source.addThisProject()
 391
 392
 393     //source.addMaven('com.ibm.icu:icu4j:65.1')
 394     source.addMaven('org.eclipse.birt.runtime:com.ibm.icu:56.1.0.v201601250100')
 395
 396     source.addMaven('javax.inject:com.springsource.javax.inject:1.0.0')
 397
 398     //source.addMaven('org.apache.ant:ant:1.7.0')
 399     source.addMaven('org.apache.ant:org.apache.ant:1.6.5')
 400
 401     source.addMaven('org.apache.felix:org.apache.felix.scr:2.1.16')
 402
 403     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.framework:1.9.0')
 404     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.service.component:1.4.0')
 405     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.util.promise:1.1.1')
 406     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.util.function:1.1.0')
 407
 408     source.addMaven('org.eclipse.jdt:org.eclipse.jdt.apt.core:3.6.500')
 409     //source.addMaven('org.eclipse.jdt:org.eclipse.jdt.apt.ui:3.6.300')
 410     //source.addMaven('org.eclipse.jdt:org.eclipse.jdt.compiler.apt:1.3.700')
 411     source.addMaven('org.eclipse.jdt:org.eclipse.jdt.core:3.19.0')
 412
 413     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.ant.core:3.5.500')
 414     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.compare.core:3.6.600')
 415     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.commands:3.9.500')
 416     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.contenttype:3.7.400')
 417     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.jobs:3.10.500')
 418     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.expressions:3.6.500')
 419     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.filesystem:1.7.500')
 420     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.resources:3.13.500')
 421     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.runtime:3.16.0')
 422     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.variables:3.4.600')
 423     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.common:3.10.500')
 424     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.ds:1.6.0')
 425     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.app:1.4.300')
 426     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.registry:3.8.500')
 427     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.preferences:3.7.500')
 428     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.14.0')
 429     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.team.core:3.8.700')
 430     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.text:3.9.0')
 431     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.update.configurator:3.3.400')
 432     /*
 433     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.:3.')
 434     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.:3.')
 435     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.:3.')
 436     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.:3.')
 437     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.:3.')
 438     */
 439
 440
 441
 442
 443     launchTask 'ideJalviewjsBuild', {
 444       //it.args = ["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", eclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 445       //it.args = ["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 446       it.args = ["-consoleLog", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 447       //it.vmArgs = ['-Dosgi.bundles=org.eclipse.core.jobs@2:start,org.eclipse.equinox.common@3:start,org.eclipse.core.runtime@2:start']
 448       //it.vmArgs = ['-Dequinox.use.ds=false']
 449
 450     }
 451   }
 452 }
 453
 454 /*
 455 task ideCopyDropins (type: Copy) {
 456   dependsOn ideSetupP2
 457
 458   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 459   def outputDir = oomphIde.ideDir + "/" + com.diffplug.gradle.FileMisc.macContentsEclipse() + "/dropins"
 460
 461   from inputFiles
 462   into outputDir
 463   def outputFiles = []
 464   rename { filename ->
 465     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 466     println("COPYING ${filename} to ${outputFiles}")
 467     null
 468   }
 469   outputs.files outputFiles
 470   inputs.files inputFiles
 471
 472 }
 473 */
 474
 475 ideSetupWorkspace.dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
 476 ideSetupWorkspace.outputs.upToDateWhen {file(eclipseWorkspace).exists()}
 477
 478 task ideSetup {
 479   dependsOn ideSetupP2
 480   dependsOn ideSetupWorkspace
 481 }
 482
 483
 484
 485
 486
 487
 488
 489
 490
 491
 492
 493
 494
 495
 496
 497 def jalviewjsBuildDir
 498 def jalviewjsSiteDir
 499 task jalviewjsSitePath {
 500   if (jalviewjs_site_dir.startsWith("/")) {
 501     jalviewjsSiteDir = jalviewjs_site_dir
 502   } else {
 503     def relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
 504     jalviewjsBuildDir = "${relativeBuildDir}/jalviewjs"
 505     jalviewjsSiteDir = jalviewjsBuildDir + "/" + jalviewjs_site_dir
 506   }
 507 }
 508
 509
 510 task jalviewjsUnzipFiles {
 511   dependsOn jalviewjsSitePath
 512
 513   def zipFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_libjs_dir).include("*.zip")
 514   zipFiles += jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_swingjs_zip
 515
 516   doLast {
 517     zipFiles.each { file_zip ->
 518       copy {
 519         from zipTree(file_zip)
 520         into jalviewjsSiteDir
 521       }
 522     }
 523   }
 524
 525   inputs.files zipFiles
 526   outputs.dir jalviewjsSiteDir
 527 }
 528
 529 def eclipseDropinsDir
 530 def eclipseBinary
 531 task jalviewjsEclipsePaths {
 532   def eclipseRoot
 533   if (useIde) {
 534     eclipseRoot = oomphIde.ideDir
 535     eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/"+com.diffplug.gradle.FileMisc.macContentsEclipse()+"/dropins"
 536     eclipseBinary = eclipseRoot+"/"+com.diffplug.common.swt.os.OS.getNative().winMacLinux("", "Contents/MacOS", "")+"/eclipse"
 537   } else {
 538     eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
 539     if (eclipseRoot.startsWith("~")) {
 540       eclipseRoot = System.getProperty("user.home") + eclipseRoot.substring(1)
 541     }
 542     if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 543       eclipseRoot += "/Eclipse.app"
 544       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/dropins"
 545       eclipseBinary = eclipseRoot+"/Contents/MacOS/eclipse"
 546     } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
 547       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 548       eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 549     } else { // linux or unix
 550       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 551       eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 552     }
 553   }
 554   //println("ECLIPSE_ROOT=${eclipseRoot}")
 555   //println("ECLIPSE_BINARY=${eclipseBinary}")
 556 }
 557
 558 //task jalviewjsEclipseCopyDropins (type: Copy) {
 559 task jalviewjsEclipseCopyDropins {
 560   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 561   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir, include: "*.jar")
 562   def outputDir = eclipseDropinsDir
 563
 564   inputs.files inputFiles
 565   inputFiles.each { file ->
 566     outputs.file(outputDir+"/"+file.name)
 567   }
 568
 569   doLast {
 570     def outputFiles = []
 571     inputFiles.each { file ->
 572       copy {
 573         from file
 574         into outputDir
 575       }
 576     }
 577   }
 578 }
 579
 580 task jalviewjsEclipseSetup {
 581   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
 582   dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
 583 }
 584
 585
 586 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
 587   dependsOn jalviewjsSitePath
 588   outputFile (jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings)
 589   def props = project.properties.sort { it.key }
 590   def siteDirProperty = "j2s.site.directory"
 591   def setSiteDir = false
 592   props.each { prop, val ->
 593     if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
 594       if (prop == siteDirProperty) {
 595         if (!(val.startsWith("/") || val.startsWith("file://") )) {
 596           val = jalviewjsSiteDir+"/"+val
 597         }
 598         setSiteDir = true
 599       }
 600       property(prop,val)
 601     }
 602     if (!setSiteDir) {
 603       property(siteDirProperty,"${jalviewjsSiteDir}")
 604     }
 605   }
 606   outputs.file(outputFile)
 607 }
 608
 609 task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
 610   dependsOn jalviewjsSitePath
 611   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
 612   def outputDir = jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir
 613
 614   from inputFiles
 615   into outputDir
 616   def outputFiles = []
 617   rename { filename ->
 618     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 619     null
 620   }
 621   outputs.files outputFiles
 622   inputs.files inputFiles
 623 }
 624
 625 task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
 626   dependsOn jalviewjsSitePath
 627   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_site_resource_dir)
 628   def outputDir = jalviewjsSiteDir
 629
 630   from inputFiles
 631   into outputDir
 632   def outputFiles = []
 633   rename { filename ->
 634     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 635     null
 636   }
 637   outputs.files outputFiles
 638   inputs.files inputFiles
 639 }
 640
 641 task cleanJalviewjs {
 642   dependsOn jalviewjsSitePath
 643   /*
 644   delete jalviewDir+"/"+jalviewjsSiteDir
 645   delete jalviewDir+"/"+eclipse_bin_dir
 646   delete file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
 647   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings
 648   */
 649 }
 650
 651 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
 652   // work out how to do this!
 653   dependsOn eclipseProject
 654   dependsOn eclipseClasspath
 655   dependsOn eclipseJdt
 656   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 657   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
 658   executable(eclipseBinary)
 659   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", eclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
 660
 661   def projdir = eclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core"
 662   inputs.file(jalviewDir+"/.project")
 663   outputs.dir(projdir)
 664   outputs.upToDateWhen { file(projdir).exists() }
 665 }
 666
 667
 668
 669
 670
 671
 672
 673
 674 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
 675   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 676   dependsOn jalviewjsProjectImport
 677   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 678   executable(eclipseBinary)
 679   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", eclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ])
 680
 681   def stdout
 682   def stderr
 683   doFirst {
 684     stdout = new ByteArrayOutputStream()
 685     stderr = new ByteArrayOutputStream()
 686     standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(new FileOutputStream("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}"), stdout);
 687     errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(new FileOutputStream("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stderr}"), stderr);
 688   }
 689   doLast {
 690     if (stdout.toString().contains("Error processing ")) {
 691       // j2s did not complete transpile
 692       throw new GradleException("Error during transpilation:\n${stderr}\nSee eclipse transpile log files '${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}' and '${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stderr}'\n")
 693     }
 694   }
 695
 696   inputs.dir(sourceDir)
 697   outputs.dir(eclipse_bin_dir+"/main")
 698   outputs.files(
 699     fileTree(
 700       dir: jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir,
 701       includes: [ "**/*.js" ],
 702       excludes: [
 703         //jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir+"/intervalstore/**",
 704         //jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir+"/org/json/**",
 705         "intervalstore/**",
 706         "org/json/**",
 707       ]
 708     ).files
 709   )
 710   outputs.file(jalviewjsSiteDir+jalviewjs_server_resource)
 711
 712 }
 713
 714
 715
 716
 717
 718
 719 jalviewjsUnzipFiles.mustRunAfter jalviewjsTranspile
 720 jalviewjsTranspile.mustRunAfter jalviewjsCopyResources
 721 jalviewjsTranspile.mustRunAfter jalviewjsCopySiteResources
 722
 723 task jalviewjsBuildSite {
 724   dependsOn jalviewjsSitePath
 725   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 726   dependsOn jalviewjsCopyResources
 727   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 728   dependsOn jalviewjsTranspile
 729 }
 730
 731 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
 732   dependsOn jalviewjsBuildSite
 733   def outputFilename = "jalviewjs-site-${JALVIEW_VERSION}.tar.gz"
 734   try {
 735     archiveFileName = outputFilename
 736   } catch (Exception e) {
 737     archiveName = outputFilename
 738   }
 739
 740   compression Compression.GZIP
 741
 742   from jalviewjsSiteDir
 743   into jalviewjs_site_dir // this is inside the tar file
 744
 745   inputs.dir(jalviewjsSiteDir)
 746 }
 747
 748 def jalviewjsServer = null
 749 task jalviewjsServerStart {
 750   dependsOn jalviewjsSitePath
 751   doLast {
 752
 753     if (jalviewjsServer != null) {
 754       println("SERVER ALREADY RUNNING. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 755     } else {
 756
 757       SimpleHttpFileServerFactory factory = new SimpleHttpFileServerFactory()
 758       def port = Integer.valueOf(jalviewjs_server_port)
 759       def start = port
 760       def running = false
 761       while(port < start+1000 && !running) {
 762         try {
 763           def doc_root = new File(jalviewDirAbsolutePath +"/"+ jalviewjsSiteDir)
 764           jalviewjsServer = factory.start(doc_root, port)
 765           running = true
 766           println("SERVER STARTED with document root ${doc_root}.\nGo to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle --stop  to stop (kills all gradle daemons).")
 767           //println("Ctrl-c to stop.");java.lang.Thread.sleep(Integer.valueOf(jalviewjs_server_wait)*1000);
 768         } catch (Exception e) {
 769           port++;
 770         }
 771       }
 772
 773     }
 774
 775   }
 776
 777 }
 778
 779 /* server persists in gradle daemon but reference is not accessible across builds
 780 task jalviewjsServerStop {
 781   doLast {
 782
 783     if (jalviewjsServer != null) {
 784
 785       println("SERVER ON PORT "+jalviewjsServer.getPort()+" STOPPING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start again.")
 786       jalviewjsServer.stop()
 787
 788     } else {
 789       println("SERVER NOT RUNNING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start.")
 790     }
 791
 792   }
 793 }
 794 */
 795
 796 task ideBuildSite {
 797   dependsOn jalviewjsSitePath
 798   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 799   dependsOn jalviewjsCopyResources
 800   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 801   dependsOn ideSetup
 802   dependsOn ide
 803 }
 804
 805
 806
 807
 808 task jalviewjs {
 809   dependsOn jalviewjsBuildSite
 810 }
 811
 812
 813 project.afterEvaluate {
 814   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseProject
 815   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseClasspath
 816   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseJdt
 817   //tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn ideSetup
 818
 819   tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseProject
 820   tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseClasspath
 821   tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseJdt
 822 }
 823
 824
 825