build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   4 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   5 import com.diffplug.gradle.GoomphCacheLocations
   6
   7 /*
   8 buildscript {
   9   repositories {
  10     mavenCentral()
  11     jcenter()
  12         mavenLocal()
  13   }
  14 }
  15 */
  16
  17 plugins {
  18   id 'java'
  19   id 'application'
  20   id 'eclipse'
  21   id 'com.diffplug.gradle.oomph.ide' version '3.18.1'
  22   id 'com.diffplug.gradle.equinoxlaunch' version '3.18.1'
  23   id 'com.diffplug.gradle.eclipse.mavencentral' version '3.18.1'
  24   id 'com.diffplug.gradle.p2.asmaven' version '3.18.1'
  25 }
  26
  27 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  28
  29 repositories {
  30   jcenter()
  31   mavenCentral()
  32   flatDir {
  33     dirs gradlePluginsDir
  34   }
  35 }
  36
  37 configurations {
  38   jalviewjsIde
  39 }
  40
  41 p2AsMaven {
  42   group 'eclipseDeps', {
  43     repoEclipse goomph_eclipse_repo_version
  44     //slicingOption 'latestVersionOnly', 'true'
  45     iu 'org.eclipse.update.configurator'
  46   }
  47   group 'eclipseOrbit', {
  48     repo goomph_orbit_repo
  49     slicingOption 'latestVersionOnly', 'true'
  50     iu 'javax.el'
  51     iu 'javax.servlet'
  52     iu 'javax.servlet.jsp'
  53     iu 'org.apache.ant'
  54     iu 'org.apache.batik.constants'
  55     iu 'org.apache.batik.css'
  56     iu 'org.apache.batik.i18n'
  57     iu 'org.apache.batik.util'
  58     iu 'org.apache.commons.beanutils'
  59     iu 'org.apache.commons.collections'
  60     iu 'org.apache.commons.jxpath'
  61     iu 'org.apache.commons.io'
  62     iu 'org.apache.commons.logging'
  63     iu 'org.apache.xmlgraphics'
  64     iu 'org.jdom'
  65     iu 'org.w3c.dom.events'
  66     iu 'org.w3c.dom.smil'
  67     iu 'org.w3c.dom.svg'
  68   }
  69 }
  70
  71 dependencies {
  72 /*
  73     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.14.0')
  74     // ...
  75     compile 'eclipseOrbit:org.apache.ant:1.10.5.v20190526-1402'
  76     // ...
  77     compile 'org.osgi:org.osgi.service.component:1.4.0'
  78     // ...
  79 */
  80
  81   jalviewjsIde name: 'net.sf.j2s.core-3.2.4'
  82   jalviewjsIde name: 'com.seeq.eclipse.importprojects-1.4.0'
  83
  84 }
  85
  86
  87
  88
  89
  90
  91 eclipseMavenCentral {
  92 // How do I add these to the jalviewjsIde configuration and not the compile configuration?
  93   release goomph_eclipse_repo_version, {
  94
  95     //def platformCode="cocoa.macosx.x86_64"
  96     //compile 'org.eclipse.swt.'+platformCode
  97     useNativesForRunningPlatform()
  98     compile 'org.eclipse.swt'
  99
 100     compile 'org.eclipse.ant.core'
 101     compile 'org.eclipse.compare.core'
 102     compile 'org.eclipse.core.commands'
 103     compile 'org.eclipse.core.contenttype'
 104     compile 'org.eclipse.core.jobs'
 105     compile 'org.eclipse.core.expressions'
 106     compile 'org.eclipse.core.filesystem'
 107     compile 'org.eclipse.core.resources'
 108     compile 'org.eclipse.core.runtime'
 109     compile 'org.eclipse.core.variables'
 110     compile 'org.eclipse.equinox.common'
 111     compile 'org.eclipse.equinox.ds'
 112     compile 'org.eclipse.equinox.app'
 113     compile 'org.eclipse.equinox.registry'
 114     compile 'org.eclipse.equinox.preferences'
 115     compile 'org.eclipse.jface'
 116     compile 'org.eclipse.osgi'
 117     compile 'org.eclipse.osgi.services'
 118     compile 'org.eclipse.ui'
 119     compile 'org.eclipse.ui.workbench'
 120     compile 'org.eclipse.team.core'
 121     compile 'org.eclipse.text'
 122
 123     compile 'org.eclipse.e4.core.commands'
 124     compile 'org.eclipse.e4.core.contexts'
 125     compile 'org.eclipse.e4.core.di'
 126     compile 'org.eclipse.e4.core.di.annotations'
 127     compile 'org.eclipse.e4.core.di.extensions.supplier'
 128     compile 'org.eclipse.e4.core.services'
 129     compile 'org.eclipse.e4.ui.bindings'
 130     compile 'org.eclipse.e4.ui.model.workbench'
 131     compile 'org.eclipse.e4.ui.workbench'
 132     compile 'org.eclipse.e4.ui.workbench.swt'
 133     compile 'org.eclipse.e4.ui.css.core'
 134     compile 'org.eclipse.e4.ui.css.swt'
 135     compile 'org.eclipse.e4.ui.css.swt.theme'
 136     compile 'org.eclipse.e4.ui.services'
 137     compile 'org.eclipse.e4.ui.di'
 138
 139     //compile 'org.eclipse.e4.core.di.internal.extensions'
 140
 141     // org.eclipse.update.configurator deliberately kept at 3.3.400 see https://github.com/diffplug/goomph/issues/69
 142     //compile 'org.eclipse.update.configurator'
 143
 144
 145   }
 146 }
 147
 148
 149
 150
 151
 152
 153
 154
 155
 156
 157
 158
 159 mainClassName = launcherClass
 160 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
 161
 162 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
 163
 164 def libDir
 165 def libDistDir
 166 def compile_source_compatibility
 167 def compile_target_compatibility
 168
 169 ext {
 170   buildProperties = jalviewDir + "/" + classesDir +"/" + buildPropertiesFile
 171
 172   gitHash = ""
 173   gitBranch = ""
 174
 175   jalviewjsServer = ""
 176 }
 177
 178 def JAVA_INTEGER_VERSION
 179 //def additional_compiler_args = []
 180 // this property is for the Java library used in eclipse
 181 def eclipse_java_runtime_name
 182 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
 183   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
 184   //libDir = j8libDir
 185   libDir = j11libDir
 186   libDistDir = j8libDir
 187   compile_source_compatibility = 1.8
 188   compile_target_compatibility = 1.8
 189   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
 190 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 191   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
 192   libDir = j11libDir
 193   libDistDir = j11libDir
 194   compile_source_compatibility = 11
 195   compile_target_compatibility = 11
 196   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 197   /* compile without modules -- using classpath libraries
 198   additional_compiler_args += [
 199   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 200   '--add-modules', j11modules
 201   ]
 202   */
 203 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
 204   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
 205   libDir = j11libDir
 206   libDistDir = j11libDir
 207   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
 208   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
 209   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 210   /* compile without modules -- using classpath libraries
 211   additional_compiler_args += [
 212   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 213   '--add-modules', j11modules
 214   ]
 215   */
 216 } else {
 217   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
 218 }
 219
 220
 221 sourceSets {
 222
 223   main {
 224     java {
 225       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
 226       outputDir = file("$classes")
 227     }
 228
 229     resources {
 230       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
 231     }
 232
 233     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 234     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 235
 236     runtimeClasspath = compileClasspath
 237   }
 238
 239 }
 240
 241 eclipse {
 242   project {
 243     name = eclipse_project_name
 244
 245     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 246     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 247
 248     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 249     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 250   }
 251
 252   classpath {
 253     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 254     def removeThese = []
 255     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 256         removeThese += it
 257       }
 258     }
 259
 260     minusConfigurations += removeThese
 261     plusConfigurations = [ ]
 262     file {
 263
 264       whenMerged { cp ->
 265         def removeTheseToo = []
 266         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 267         cp.entries.each { entry ->
 268           if (entry.kind == 'src') {
 269             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 270               removeTheseToo += entry
 271             } else {
 272               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 273             }
 274           }
 275         }
 276         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 277
 278         if (file(eclipse_bin_dir+"/main").isDirectory()) {
 279                 cp.entries += new Output(eclipse_bin_dir+"/main")
 280         }
 281         if (file(helpParentDir).isDirectory()) {
 282                 cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 283         }
 284         if (file(resourceDir).isDirectory()) {
 285                 cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 286         }
 287
 288         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 289
 290         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 291         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 292         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 293           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 294           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 295             // don't add dirs to classpath
 296             return
 297           }
 298           def itPath = it.toString()
 299           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 300             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 301           }
 302           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 303             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 304           } else {
 305             //println("Adding entry "+itPath)
 306             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 307             addedLibPath.put(itPath, true)
 308           }
 309         }
 310       } // whenMerged
 311
 312     } // file
 313
 314     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 315   } // classpath
 316
 317   jdt {
 318     // for the IDE, use java 11 compatibility
 319     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 320     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 321     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 322
 323     /*
 324     file {
 325     withProperties { props ->
 326     def jalview_prefs = new Properties()
 327     def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 328     jalview_prefs.load(ins)
 329     ins.close()
 330     jalview_prefs.forEach { t, v ->
 331     if (props.getAt(t) == null) {
 332     props.putAt(t, v)
 333     }
 334     }
 335     }
 336     }
 337      */
 338   } // jdt
 339
 340   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 341   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 342 } // eclipse
 343
 344 /*
 345 compileJava {
 346
 347   doFirst {
 348     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 349     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 350     //options.compilerArgs = additional_compiler_args
 351     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 352   }
 353
 354 }
 355
 356 clean {
 357   delete sourceSets.main.java.outputDir
 358 }
 359 */
 360
 361
 362
 363
 364
 365
 366
 367
 368
 369
 370
 371
 372
 373
 374
 375
 376
 377
 378
 379
 380 def useIde = useGoomph.equals("true")
 381
 382 def eclipseWorkspace
 383 task jalviewjsSetEclipseWorkspace {
 384   def eclipseWsDir = useIde?goomph_workspace:jalviewjs_eclipse_workspace
 385   eclipseWorkspace = file(eclipseWsDir)
 386   if (!eclipseWorkspace.exists()) {
 387     eclipseWorkspace = file("${buildDir}/tmp/eclipse-workspace")
 388     //eclipseWorkspace.deleteOnExit()
 389   } else if (useIde) {
 390     GoomphCacheLocations.override_workspaces = file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath())
 391     eclipseWorkspace = oomphIde.workspaceRegistry.workspaceDir(project, file(oomphIde.ideDir))
 392   }
 393   println("ECLIPSE WORKSPACE: "+eclipseWorkspace.getPath())
 394 }
 395
 396 oomphIde {
 397   repoEclipse goomph_eclipse_version
 398   jdt {
 399     /*
 400     installedJre {
 401       //markDefault = true
 402       //executionEnvironments = [ eclipse.jdt.javaRuntimeName ]
 403     }
 404     */
 405     //compilerComplianceLevel( JAVA_INTEGER_VERSION )
 406   }
 407
 408   repo "https://download.eclipse.org/releases/${goomph_eclipse_version_name}/"
 409   feature goomph_eclipse_jee_feature, goomph_eclipse_jee_version
 410
 411   //iu 'org.eclipse.osgi'
 412
 413   thirdParty {
 414     buildship {
 415       repo goomph_repo_buildship
 416       feature goomph_feature_buildship
 417     }
 418
 419   }
 420
 421
 422
 423   // CLI ARGS HERE!
 424 }
 425
 426 equinoxLaunch {
 427   ideJalviewjsBuildSetup {
 428
 429     source.addConfiguration(configurations.compile)
 430     source.addConfiguration(configurations.jalviewjsIde)
 431
 432     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.ant:1.10.5.v20190526-1402')
 433     source.addMaven('eclipseOrbit:javax.servlet:3.1.0.v201410161800')
 434     source.addMaven('eclipseOrbit:javax.servlet.jsp:2.2.0.v201112011158')
 435     source.addMaven('eclipseOrbit:javax.el:2.2.0.v201303151357')
 436     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.batik.constants:1.11.0.v20190515-0436')
 437     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.batik.css:1.11.0.v20190515-0436')
 438     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.batik.i18n:1.11.0.v20190515-0436')
 439     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.batik.util:1.11.0.v20190515-0436')
 440     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.commons.beanutils:1.8.0.v201205091237')
 441     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.commons.collections:3.2.2.v201511171945')
 442     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.xmlgraphics:2.3.0.v20190515-0436')
 443     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.commons.jxpath:1.3.0.v200911051830')
 444     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.commons.io:2.6.0.v20190123-2029')
 445     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.commons.logging:1.2.0.v20180409-1502')
 446     source.addMaven('eclipseOrbit:org.jdom:1.1.1.v201101151400')
 447     source.addMaven('eclipseOrbit:org.w3c.dom.svg:1.1.0.v201011041433')
 448     source.addMaven('eclipseOrbit:org.w3c.dom.smil:1.0.1.v200903091627')
 449     source.addMaven('eclipseOrbit:org.w3c.dom.events:3.0.0.draft20060413_v201105210656')
 450     source.addMaven('org.eclipse.birt.runtime:com.ibm.icu:56.1.0.v201601250100')
 451     source.addMaven('javax.inject:com.springsource.javax.inject:1.0.0')
 452     source.addMaven('org.apache.felix:org.apache.felix.scr:2.1.16')
 453     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.framework:1.9.0')
 454     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.service.component:1.4.0')
 455     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.service.event:1.4.0')
 456     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.util.promise:1.1.1')
 457     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.util.function:1.1.0')
 458     source.addMaven('org.eclipse.jdt:org.eclipse.jdt.apt.core:3.6.500')
 459     source.addMaven('org.eclipse.jdt:org.eclipse.jdt.core:3.19.0')
 460     source.addMaven('org.eclipse.jdt:org.eclipse.jdt.annotation:2.2.300')
 461
 462     // org.eclipse.update.configurator deliberately kept at 3.3.400 see https://github.com/diffplug/goomph/issues/69
 463     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.update.configurator:3.3.400')
 464
 465     launchTask 'ideJalviewjsImport', {
 466       it.args = ["-consoleLog", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", eclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath ]
 467     }
 468
 469     launchTask 'ideJalviewjsBuild', {
 470       it.args = ["-consoleLog", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", eclipseWorkspace.getPath(), "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 471
 472     }
 473   }
 474 }
 475
 476 /*
 477 task ideCopyDropins (type: Copy) {
 478   dependsOn ideSetupP2
 479
 480   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 481   def outputDir = oomphIde.ideDir + "/" + com.diffplug.gradle.FileMisc.macContentsEclipse() + "/dropins"
 482
 483   from inputFiles
 484   into outputDir
 485   def outputFiles = []
 486   rename { filename ->
 487     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 488     println("COPYING ${filename} to ${outputFiles}")
 489     null
 490   }
 491   outputs.files outputFiles
 492   inputs.files inputFiles
 493
 494 }
 495 */
 496
 497 ideSetupWorkspace.dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
 498 ideSetupWorkspace.outputs.upToDateWhen {file(eclipseWorkspace).exists()}
 499
 500 task ideSetup {
 501   dependsOn ideSetupP2
 502   dependsOn ideSetupWorkspace
 503 }
 504
 505
 506
 507
 508
 509
 510
 511
 512
 513
 514
 515
 516
 517
 518
 519 def jalviewjsBuildDir
 520 def jalviewjsSiteDir
 521 task jalviewjsSitePath {
 522   if (jalviewjs_site_dir.startsWith("/")) {
 523     jalviewjsSiteDir = jalviewjs_site_dir
 524   } else {
 525     def relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
 526     jalviewjsBuildDir = "${relativeBuildDir}/jalviewjs"
 527     jalviewjsSiteDir = jalviewjsBuildDir + "/" + jalviewjs_site_dir
 528   }
 529 }
 530
 531
 532 task jalviewjsUnzipFiles {
 533   dependsOn jalviewjsSitePath
 534
 535   def zipFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_libjs_dir).include("*.zip")
 536   zipFiles += jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_swingjs_zip
 537
 538   doLast {
 539     zipFiles.each { file_zip ->
 540       copy {
 541         from zipTree(file_zip)
 542         into jalviewjsSiteDir
 543       }
 544     }
 545   }
 546
 547   inputs.files zipFiles
 548   outputs.dir jalviewjsSiteDir
 549 }
 550
 551 def eclipseDropinsDir
 552 def eclipseBinary
 553 task jalviewjsEclipsePaths {
 554   def eclipseRoot
 555   if (useIde) {
 556     eclipseRoot = oomphIde.ideDir
 557     eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/"+com.diffplug.gradle.FileMisc.macContentsEclipse()+"/dropins"
 558     eclipseBinary = eclipseRoot+"/"+com.diffplug.common.swt.os.OS.getNative().winMacLinux("", "Contents/MacOS", "")+"/eclipse"
 559   } else {
 560     eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
 561     if (eclipseRoot.startsWith("~")) {
 562       eclipseRoot = System.getProperty("user.home") + eclipseRoot.substring(1)
 563     }
 564     if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 565       eclipseRoot += "/Eclipse.app"
 566       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/dropins"
 567       eclipseBinary = eclipseRoot+"/Contents/MacOS/eclipse"
 568     } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
 569       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 570       eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 571     } else { // linux or unix
 572       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 573       eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 574     }
 575   }
 576   //println("ECLIPSE_ROOT=${eclipseRoot}")
 577   //println("ECLIPSE_BINARY=${eclipseBinary}")
 578 }
 579
 580 //task jalviewjsEclipseCopyDropins (type: Copy) {
 581 task jalviewjsEclipseCopyDropins {
 582   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 583   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir, include: "*.jar")
 584   def outputDir = eclipseDropinsDir
 585
 586   inputs.files inputFiles
 587   inputFiles.each { file ->
 588     outputs.file(outputDir+"/"+file.name)
 589   }
 590
 591   doLast {
 592     def outputFiles = []
 593     inputFiles.each { file ->
 594       copy {
 595         from file
 596         into outputDir
 597       }
 598     }
 599   }
 600 }
 601
 602 task jalviewjsEclipseSetup {
 603   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
 604   dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
 605 }
 606
 607
 608 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
 609   dependsOn jalviewjsSitePath
 610   outputFile (jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings)
 611   def props = project.properties.sort { it.key }
 612   def siteDirProperty = "j2s.site.directory"
 613   def setSiteDir = false
 614   props.each { prop, val ->
 615     if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
 616       if (prop == siteDirProperty) {
 617         if (!(val.startsWith("/") || val.startsWith("file://") )) {
 618           val = jalviewjsSiteDir+"/"+val
 619         }
 620         setSiteDir = true
 621       }
 622       property(prop,val)
 623     }
 624     if (!setSiteDir) {
 625       property(siteDirProperty,"${jalviewjsSiteDir}")
 626     }
 627   }
 628   outputs.file(outputFile)
 629 }
 630
 631 task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
 632   dependsOn jalviewjsSitePath
 633   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
 634   def outputDir = jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir
 635
 636   from inputFiles
 637   into outputDir
 638   def outputFiles = []
 639   rename { filename ->
 640     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 641     null
 642   }
 643   outputs.files outputFiles
 644   inputs.files inputFiles
 645 }
 646
 647 task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
 648   dependsOn jalviewjsSitePath
 649   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_site_resource_dir)
 650   def outputDir = jalviewjsSiteDir
 651
 652   from inputFiles
 653   into outputDir
 654   def outputFiles = []
 655   rename { filename ->
 656     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 657     null
 658   }
 659   outputs.files outputFiles
 660   inputs.files inputFiles
 661 }
 662
 663 task cleanJalviewjs {
 664   dependsOn jalviewjsSitePath
 665   /*
 666   delete jalviewDir+"/"+jalviewjsSiteDir
 667   delete jalviewDir+"/"+eclipse_bin_dir
 668   delete file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
 669   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings
 670   */
 671 }
 672
 673 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
 674   // work out how to do this!
 675   dependsOn eclipseProject
 676   dependsOn eclipseClasspath
 677   dependsOn eclipseJdt
 678   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 679   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
 680   executable(eclipseBinary)
 681   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", eclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
 682
 683   def projdir = eclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core"
 684   inputs.file(jalviewDir+"/.project")
 685   outputs.dir(projdir)
 686   outputs.upToDateWhen { file(projdir).exists() }
 687 }
 688
 689
 690
 691
 692
 693
 694
 695
 696 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
 697   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 698   dependsOn jalviewjsProjectImport
 699   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 700   executable(eclipseBinary)
 701   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", eclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ])
 702
 703   def stdout
 704   def stderr
 705   doFirst {
 706     stdout = new ByteArrayOutputStream()
 707     stderr = new ByteArrayOutputStream()
 708     standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(new FileOutputStream("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}"), stdout);
 709     errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(new FileOutputStream("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stderr}"), stderr);
 710   }
 711   doLast {
 712     if (stdout.toString().contains("Error processing ")) {
 713       // j2s did not complete transpile
 714       throw new GradleException("Error during transpilation:\n${stderr}\nSee eclipse transpile log files '${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}' and '${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stderr}'\n")
 715     }
 716   }
 717
 718   inputs.dir(sourceDir)
 719   outputs.dir(eclipse_bin_dir+"/main")
 720   outputs.files(
 721     fileTree(
 722       dir: jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir,
 723       includes: [ "**/*.js" ],
 724       excludes: [
 725         //jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir+"/intervalstore/**",
 726         //jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir+"/org/json/**",
 727         "intervalstore/**",
 728         "org/json/**",
 729       ]
 730     ).files
 731   )
 732   outputs.file(jalviewjsSiteDir+jalviewjs_server_resource)
 733
 734 }
 735
 736
 737
 738
 739
 740
 741 jalviewjsUnzipFiles.mustRunAfter jalviewjsTranspile
 742 jalviewjsTranspile.mustRunAfter jalviewjsCopyResources
 743 jalviewjsTranspile.mustRunAfter jalviewjsCopySiteResources
 744
 745 task jalviewjsBuildSite {
 746   dependsOn jalviewjsSitePath
 747   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 748   dependsOn jalviewjsCopyResources
 749   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 750   dependsOn jalviewjsTranspile
 751 }
 752
 753 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
 754   dependsOn jalviewjsBuildSite
 755   def outputFilename = "jalviewjs-site-${JALVIEW_VERSION}.tar.gz"
 756   try {
 757     archiveFileName = outputFilename
 758   } catch (Exception e) {
 759     archiveName = outputFilename
 760   }
 761
 762   compression Compression.GZIP
 763
 764   from jalviewjsSiteDir
 765   into jalviewjs_site_dir // this is inside the tar file
 766
 767   inputs.dir(jalviewjsSiteDir)
 768 }
 769
 770 def jalviewjsServer = null
 771 task jalviewjsServerStart {
 772   dependsOn jalviewjsSitePath
 773   doLast {
 774
 775     if (jalviewjsServer != null) {
 776       println("SERVER ALREADY RUNNING. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 777     } else {
 778
 779       SimpleHttpFileServerFactory factory = new SimpleHttpFileServerFactory()
 780       def port = Integer.valueOf(jalviewjs_server_port)
 781       def start = port
 782       def running = false
 783       while(port < start+1000 && !running) {
 784         try {
 785           def doc_root = new File(jalviewDirAbsolutePath +"/"+ jalviewjsSiteDir)
 786           jalviewjsServer = factory.start(doc_root, port)
 787           running = true
 788           println("SERVER STARTED with document root ${doc_root}.\nGo to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle --stop  to stop (kills all gradle daemons).")
 789           //println("Ctrl-c to stop.");java.lang.Thread.sleep(Integer.valueOf(jalviewjs_server_wait)*1000);
 790         } catch (Exception e) {
 791           port++;
 792         }
 793       }
 794
 795     }
 796
 797   }
 798
 799 }
 800
 801 /* server persists in gradle daemon but reference is not accessible across builds
 802 task jalviewjsServerStop {
 803   doLast {
 804
 805     if (jalviewjsServer != null) {
 806
 807       println("SERVER ON PORT "+jalviewjsServer.getPort()+" STOPPING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start again.")
 808       jalviewjsServer.stop()
 809
 810     } else {
 811       println("SERVER NOT RUNNING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start.")
 812     }
 813
 814   }
 815 }
 816 */
 817
 818 task ideBuildSite {
 819   dependsOn jalviewjsSitePath
 820   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 821   dependsOn jalviewjsCopyResources
 822   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 823   dependsOn ideSetup
 824   dependsOn ide
 825 }
 826
 827
 828
 829
 830 task jalviewjs {
 831   dependsOn jalviewjsBuildSite
 832 }
 833
 834
 835 project.afterEvaluate {
 836   tasks.findByName('ideJalviewjsImport').dependsOn eclipseProject
 837   tasks.findByName('ideJalviewjsImport').dependsOn eclipseClasspath
 838   tasks.findByName('ideJalviewjsImport').dependsOn eclipseJdt
 839   tasks.findByName('ideJalviewjsImport').dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
 840
 841   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn tasks.findByName('ideJalviewjsImport')
 842
 843   tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseProject
 844   tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseClasspath
 845   tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseJdt
 846 }
 847
 848
 849