build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   4 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   5 //import org.eclipse.osgi.*
   6 import com.diffplug.gradle.GoomphCacheLocations
   7
   8 buildscript {
   9   repositories {
  10     /*
  11     mavenCentral()
  12     jcenter()
  13     */
  14         mavenLocal()
  15   }
  16   dependencies {
  17     //classpath 'org.apache.ant:org.apache.ant:1.6.5'
  18   }
  19 }
  20
  21 plugins {
  22   id 'java'
  23   id 'application'
  24   id 'eclipse'
  25   id 'com.diffplug.gradle.oomph.ide' version '3.18.1'
  26   id 'com.diffplug.gradle.equinoxlaunch' version '3.18.1'
  27   id 'com.diffplug.gradle.eclipse.mavencentral' version '3.18.1'
  28 }
  29
  30
  31 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  32
  33 repositories {
  34   jcenter()
  35   mavenCentral()
  36   maven { url "http://maven.icm.edu.pl/artifactory/repo/" }
  37   maven { url "http://maven.geomajas.org/" }
  38   maven { url "https://repo.spring.io/plugins-release/" }
  39   maven { url "http://maven.thingml.org/thirdparty/" }
  40   maven { url "${jalviewDirAbsolutePath}/${m2RepoDir}" }
  41   mavenLocal()
  42   flatDir {
  43     dirs gradlePluginsDir
  44   }
  45 }
  46
  47 dependencies {
  48     //compile group: 'org.osgi', name: 'org.osgi.service.component', version: '1.4.0'
  49 /*
  50     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.14.0')
  51     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.common:3.10.400')
  52     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.jobs:3.10.400')
  53     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.update.configurator:3.4.300')
  54     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.runtime:3.16.0')
  55     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.ds:1.6.0')
  56     source.addMaven('javax.inject:com.springsource.javax.inject:1.0.0')
  57 */
  58   //compile 'org.apache.ant:org.apache.ant:1.6.5'
  59 }
  60
  61
  62
  63
  64
  65
  66
  67 /*
  68 p2AsMaven {
  69   def requiredBundles = [
  70                 'org.eclipse.core.commands',
  71                 'org.eclipse.core.resources',
  72                 'org.eclipse.core.runtime',
  73                 'org.eclipse.ui',
  74                 'org.eclipse.ui.ide',
  75                 'org.eclipse.jface',
  76                 'org.eclipse.swt',
  77                 //"org.eclipse.swt.${com.diffplug.common.swt.os.SwtPlatform.getNative()}",
  78                 'org.eclipse.equinox.registry',
  79                 'org.eclipse.equinox.common',
  80                 'org.eclipse.osgi',
  81                 'org.eclipse.core.jobs',
  82                 'org.eclipse.ui.workbench',
  83                 'org.eclipse.jdt.core',
  84                 'org.eclipse.jdt.ui',
  85                 'org.eclipse.text'
  86   ]
  87
  88   group 'eclipse-deps', {
  89     repoEclipse '4.12.0'
  90     // reduce the number of plugins downloaded
  91     slicingOption 'latestVersionOnly', 'true'
  92     requiredBundles.each {
  93       iu "${it}"
  94     }
  95     append true
  96   }
  97 }
  98 */
  99
 100 /*
 101 eclipseMavenCentral {
 102   release '4.13.0', {
 103     compile 'org.eclipse.osgi'
 104     compile 'org.eclipse.equinox.common'
 105     compile 'org.eclipse.update.configurator'
 106     compile 'org.eclipse.core.runtime'
 107     compile 'org.eclipse.core.jobs'
 108     compile 'org.eclipse.equinox.ds'
 109     compile 'org.eclipse.osgi.services'
 110     useNativesForRunningPlatform()
 111   }
 112 }
 113 */
 114
 115
 116
 117
 118
 119
 120
 121
 122
 123
 124
 125
 126 mainClassName = launcherClass
 127 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
 128
 129 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
 130
 131 def libDir
 132 def libDistDir
 133 def compile_source_compatibility
 134 def compile_target_compatibility
 135
 136 ext {
 137   buildProperties = jalviewDir + "/" + classesDir +"/" + buildPropertiesFile
 138
 139   gitHash = ""
 140   gitBranch = ""
 141
 142   jalviewjsServer = ""
 143 }
 144
 145 def JAVA_INTEGER_VERSION
 146 //def additional_compiler_args = []
 147 // this property is for the Java library used in eclipse
 148 def eclipse_java_runtime_name
 149 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
 150   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
 151   //libDir = j8libDir
 152   libDir = j11libDir
 153   libDistDir = j8libDir
 154   compile_source_compatibility = 1.8
 155   compile_target_compatibility = 1.8
 156   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
 157 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 158   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
 159   libDir = j11libDir
 160   libDistDir = j11libDir
 161   compile_source_compatibility = 11
 162   compile_target_compatibility = 11
 163   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 164   /* compile without modules -- using classpath libraries
 165   additional_compiler_args += [
 166   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 167   '--add-modules', j11modules
 168   ]
 169   */
 170 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
 171   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
 172   libDir = j11libDir
 173   libDistDir = j11libDir
 174   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
 175   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
 176   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 177   /* compile without modules -- using classpath libraries
 178   additional_compiler_args += [
 179   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 180   '--add-modules', j11modules
 181   ]
 182   */
 183 } else {
 184   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
 185 }
 186
 187
 188 sourceSets {
 189
 190   main {
 191     java {
 192       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
 193       outputDir = file("$classes")
 194     }
 195
 196     resources {
 197       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
 198     }
 199
 200     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 201     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 202
 203     runtimeClasspath = compileClasspath
 204   }
 205
 206 }
 207
 208 eclipse {
 209   project {
 210     name = eclipse_project_name
 211
 212     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 213     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 214
 215     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 216     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 217   }
 218
 219   classpath {
 220     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 221     def removeThese = []
 222     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 223         removeThese += it
 224       }
 225     }
 226
 227     minusConfigurations += removeThese
 228     plusConfigurations = [ ]
 229     file {
 230
 231       whenMerged { cp ->
 232         def removeTheseToo = []
 233         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 234         cp.entries.each { entry ->
 235           if (entry.kind == 'src') {
 236             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 237               removeTheseToo += entry
 238             } else {
 239               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 240             }
 241           }
 242         }
 243         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 244
 245         if (file(eclipse_bin_dir+"/main").isDirectory()) {
 246                 cp.entries += new Output(eclipse_bin_dir+"/main")
 247         }
 248         if (file(helpParentDir).isDirectory()) {
 249                 cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 250         }
 251         if (file(resourceDir).isDirectory()) {
 252                 cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 253         }
 254
 255         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 256
 257         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 258         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 259         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 260           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 261           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 262             // don't add dirs to classpath
 263             return
 264           }
 265           def itPath = it.toString()
 266           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 267             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 268           }
 269           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 270             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 271           } else {
 272             //println("Adding entry "+itPath)
 273             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 274             addedLibPath.put(itPath, true)
 275           }
 276         }
 277       } // whenMerged
 278
 279     } // file
 280
 281     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 282   } // classpath
 283
 284   jdt {
 285     // for the IDE, use java 11 compatibility
 286     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 287     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 288     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 289
 290     /*
 291     file {
 292     withProperties { props ->
 293     def jalview_prefs = new Properties()
 294     def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 295     jalview_prefs.load(ins)
 296     ins.close()
 297     jalview_prefs.forEach { t, v ->
 298     if (props.getAt(t) == null) {
 299     props.putAt(t, v)
 300     }
 301     }
 302     }
 303     }
 304      */
 305   } // jdt
 306
 307   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 308   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 309 } // eclipse
 310
 311 /*
 312 compileJava {
 313
 314   doFirst {
 315     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 316     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 317     //options.compilerArgs = additional_compiler_args
 318     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 319   }
 320
 321 }
 322
 323 clean {
 324   delete sourceSets.main.java.outputDir
 325 }
 326 */
 327
 328
 329
 330
 331
 332
 333
 334
 335
 336
 337
 338
 339
 340
 341
 342
 343
 344
 345
 346
 347 def useIde = useGoomph.equals("true")
 348
 349 def eclipseWorkspace
 350 task jalviewjsSetEclipseWorkspace {
 351   def eclipseWsDir = useIde?goomph_workspace:jalviewjs_eclipse_workspace
 352   eclipseWorkspace = file(eclipseWsDir)
 353   if (!eclipseWorkspace.exists()) {
 354     eclipseWorkspace = file("${buildDir}/tmp/eclipse-workspace")
 355     //eclipseWorkspace.deleteOnExit()
 356   } else if (useIde) {
 357     GoomphCacheLocations.override_workspaces = file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath())
 358     eclipseWorkspace = oomphIde.workspaceRegistry.workspaceDir(project, file(oomphIde.ideDir))
 359   }
 360   println("ECLIPSE WORKSPACE: "+eclipseWorkspace.getPath())
 361 }
 362
 363 oomphIde {
 364   repoEclipse goomph_eclipse_version
 365   jdt {
 366     /*
 367     installedJre {
 368       //markDefault = true
 369       //executionEnvironments = [ eclipse.jdt.javaRuntimeName ]
 370     }
 371     */
 372     //compilerComplianceLevel( JAVA_INTEGER_VERSION )
 373   }
 374
 375   repo "https://download.eclipse.org/releases/${goomph_eclipse_version_name}/"
 376   feature goomph_eclipse_jee_feature, goomph_eclipse_jee_version
 377
 378   //iu 'org.eclipse.osgi'
 379
 380   thirdParty {
 381     buildship {
 382       repo goomph_repo_buildship
 383       feature goomph_feature_buildship
 384     }
 385
 386   }
 387
 388
 389
 390   // CLI ARGS HERE!
 391 }
 392
 393 equinoxLaunch {
 394   ideJalviewjsBuildSetup {
 395     //source.addThisProject()
 396
 397     source.addConfiguration(configurations.compile)
 398     source.addConfiguration(configurations.compileClasspath)
 399
 400     //source.addMaven('com.ibm.icu:icu4j:65.1')
 401     source.addMaven('org.eclipse.birt.runtime:com.ibm.icu:56.1.0.v201601250100')
 402
 403     source.addMaven('javax.inject:com.springsource.javax.inject:1.0.0')
 404
 405     //source.addMaven('org.apache.ant:ant:1.6.5')
 406     //source.addMaven('org.apache.ant:org.apache.ant:1.6.5')
 407     //source.addMaven('ant:ant:1.6.5')
 408
 409     source.addMaven('org.apache.felix:org.apache.felix.scr:2.1.16')
 410
 411     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.framework:1.9.0')
 412     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.service.component:1.4.0')
 413     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.util.promise:1.1.1')
 414     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.util.function:1.1.0')
 415
 416 ### TRY AND FIND A HEADLESS BUILD WITHOUT org.eclipse.jdt.apt.core
 417     source.addMaven('org.eclipse.maven:org.eclipse.jdt.apt.core:3.8.0')
 418     source.addMaven('org.eclipse.maven:org.eclipse.jdt.core:3.8.0')
 419     //source.addMaven('org.eclipse.jdt:org.eclipse.jdt.apt.core:3.6.500')
 420     //source.addMaven('org.eclipse.jdt:org.eclipse.jdt.core:3.19.0')
 421
 422     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.ant.core:3.5.500')
 423     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.compare.core:3.6.600')
 424     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.commands:3.9.500')
 425     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.contenttype:3.7.400')
 426     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.jobs:3.10.500')
 427     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.expressions:3.6.500')
 428     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.filesystem:1.7.500')
 429     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.resources:3.13.500')
 430     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.runtime:3.16.0')
 431     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.variables:3.4.600')
 432     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.common:3.10.500')
 433     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.ds:1.6.0')
 434     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.app:1.4.300')
 435     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.registry:3.8.500')
 436     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.preferences:3.7.500')
 437     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.14.0')
 438     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.team.core:3.8.700')
 439     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.text:3.9.0')
 440     // org.eclipse.update.configurator deliberately kept at 3.3.400 see https://github.com/diffplug/goomph/issues/69
 441     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.update.configurator:3.3.400')
 442     /*
 443     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.:3.')
 444     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.:3.')
 445     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.:3.')
 446     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.:3.')
 447     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.:3.')
 448     */
 449
 450
 451
 452
 453     launchTask 'ideJalviewjsBuild', {
 454       //it.args = ["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", eclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 455       //it.args = ["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 456       it.args = ["-consoleLog", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 457       //it.vmArgs = ['-Dosgi.bundles=org.eclipse.core.jobs@2:start,org.eclipse.equinox.common@3:start,org.eclipse.core.runtime@2:start']
 458       //it.vmArgs = ['-Dequinox.use.ds=false']
 459
 460     }
 461   }
 462 }
 463
 464 /*
 465 task ideCopyDropins (type: Copy) {
 466   dependsOn ideSetupP2
 467
 468   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 469   def outputDir = oomphIde.ideDir + "/" + com.diffplug.gradle.FileMisc.macContentsEclipse() + "/dropins"
 470
 471   from inputFiles
 472   into outputDir
 473   def outputFiles = []
 474   rename { filename ->
 475     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 476     println("COPYING ${filename} to ${outputFiles}")
 477     null
 478   }
 479   outputs.files outputFiles
 480   inputs.files inputFiles
 481
 482 }
 483 */
 484
 485 ideSetupWorkspace.dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
 486 ideSetupWorkspace.outputs.upToDateWhen {file(eclipseWorkspace).exists()}
 487
 488 task ideSetup {
 489   dependsOn ideSetupP2
 490   dependsOn ideSetupWorkspace
 491 }
 492
 493
 494
 495
 496
 497
 498
 499
 500
 501
 502
 503
 504
 505
 506
 507 def jalviewjsBuildDir
 508 def jalviewjsSiteDir
 509 task jalviewjsSitePath {
 510   if (jalviewjs_site_dir.startsWith("/")) {
 511     jalviewjsSiteDir = jalviewjs_site_dir
 512   } else {
 513     def relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
 514     jalviewjsBuildDir = "${relativeBuildDir}/jalviewjs"
 515     jalviewjsSiteDir = jalviewjsBuildDir + "/" + jalviewjs_site_dir
 516   }
 517 }
 518
 519
 520 task jalviewjsUnzipFiles {
 521   dependsOn jalviewjsSitePath
 522
 523   def zipFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_libjs_dir).include("*.zip")
 524   zipFiles += jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_swingjs_zip
 525
 526   doLast {
 527     zipFiles.each { file_zip ->
 528       copy {
 529         from zipTree(file_zip)
 530         into jalviewjsSiteDir
 531       }
 532     }
 533   }
 534
 535   inputs.files zipFiles
 536   outputs.dir jalviewjsSiteDir
 537 }
 538
 539 def eclipseDropinsDir
 540 def eclipseBinary
 541 task jalviewjsEclipsePaths {
 542   def eclipseRoot
 543   if (useIde) {
 544     eclipseRoot = oomphIde.ideDir
 545     eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/"+com.diffplug.gradle.FileMisc.macContentsEclipse()+"/dropins"
 546     eclipseBinary = eclipseRoot+"/"+com.diffplug.common.swt.os.OS.getNative().winMacLinux("", "Contents/MacOS", "")+"/eclipse"
 547   } else {
 548     eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
 549     if (eclipseRoot.startsWith("~")) {
 550       eclipseRoot = System.getProperty("user.home") + eclipseRoot.substring(1)
 551     }
 552     if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 553       eclipseRoot += "/Eclipse.app"
 554       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/dropins"
 555       eclipseBinary = eclipseRoot+"/Contents/MacOS/eclipse"
 556     } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
 557       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 558       eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 559     } else { // linux or unix
 560       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 561       eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 562     }
 563   }
 564   //println("ECLIPSE_ROOT=${eclipseRoot}")
 565   //println("ECLIPSE_BINARY=${eclipseBinary}")
 566 }
 567
 568 //task jalviewjsEclipseCopyDropins (type: Copy) {
 569 task jalviewjsEclipseCopyDropins {
 570   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 571   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir, include: "*.jar")
 572   def outputDir = eclipseDropinsDir
 573
 574   inputs.files inputFiles
 575   inputFiles.each { file ->
 576     outputs.file(outputDir+"/"+file.name)
 577   }
 578
 579   doLast {
 580     def outputFiles = []
 581     inputFiles.each { file ->
 582       copy {
 583         from file
 584         into outputDir
 585       }
 586     }
 587   }
 588 }
 589
 590 task jalviewjsEclipseSetup {
 591   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
 592   dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
 593 }
 594
 595
 596 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
 597   dependsOn jalviewjsSitePath
 598   outputFile (jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings)
 599   def props = project.properties.sort { it.key }
 600   def siteDirProperty = "j2s.site.directory"
 601   def setSiteDir = false
 602   props.each { prop, val ->
 603     if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
 604       if (prop == siteDirProperty) {
 605         if (!(val.startsWith("/") || val.startsWith("file://") )) {
 606           val = jalviewjsSiteDir+"/"+val
 607         }
 608         setSiteDir = true
 609       }
 610       property(prop,val)
 611     }
 612     if (!setSiteDir) {
 613       property(siteDirProperty,"${jalviewjsSiteDir}")
 614     }
 615   }
 616   outputs.file(outputFile)
 617 }
 618
 619 task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
 620   dependsOn jalviewjsSitePath
 621   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
 622   def outputDir = jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir
 623
 624   from inputFiles
 625   into outputDir
 626   def outputFiles = []
 627   rename { filename ->
 628     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 629     null
 630   }
 631   outputs.files outputFiles
 632   inputs.files inputFiles
 633 }
 634
 635 task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
 636   dependsOn jalviewjsSitePath
 637   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_site_resource_dir)
 638   def outputDir = jalviewjsSiteDir
 639
 640   from inputFiles
 641   into outputDir
 642   def outputFiles = []
 643   rename { filename ->
 644     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 645     null
 646   }
 647   outputs.files outputFiles
 648   inputs.files inputFiles
 649 }
 650
 651 task cleanJalviewjs {
 652   dependsOn jalviewjsSitePath
 653   /*
 654   delete jalviewDir+"/"+jalviewjsSiteDir
 655   delete jalviewDir+"/"+eclipse_bin_dir
 656   delete file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
 657   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings
 658   */
 659 }
 660
 661 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
 662   // work out how to do this!
 663   dependsOn eclipseProject
 664   dependsOn eclipseClasspath
 665   dependsOn eclipseJdt
 666   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 667   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
 668   executable(eclipseBinary)
 669   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", eclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
 670
 671   def projdir = eclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core"
 672   inputs.file(jalviewDir+"/.project")
 673   outputs.dir(projdir)
 674   outputs.upToDateWhen { file(projdir).exists() }
 675 }
 676
 677
 678
 679
 680
 681
 682
 683
 684 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
 685   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 686   dependsOn jalviewjsProjectImport
 687   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 688   executable(eclipseBinary)
 689   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", eclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ])
 690
 691   def stdout
 692   def stderr
 693   doFirst {
 694     stdout = new ByteArrayOutputStream()
 695     stderr = new ByteArrayOutputStream()
 696     standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(new FileOutputStream("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}"), stdout);
 697     errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(new FileOutputStream("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stderr}"), stderr);
 698   }
 699   doLast {
 700     if (stdout.toString().contains("Error processing ")) {
 701       // j2s did not complete transpile
 702       throw new GradleException("Error during transpilation:\n${stderr}\nSee eclipse transpile log files '${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}' and '${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stderr}'\n")
 703     }
 704   }
 705
 706   inputs.dir(sourceDir)
 707   outputs.dir(eclipse_bin_dir+"/main")
 708   outputs.files(
 709     fileTree(
 710       dir: jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir,
 711       includes: [ "**/*.js" ],
 712       excludes: [
 713         //jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir+"/intervalstore/**",
 714         //jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir+"/org/json/**",
 715         "intervalstore/**",
 716         "org/json/**",
 717       ]
 718     ).files
 719   )
 720   outputs.file(jalviewjsSiteDir+jalviewjs_server_resource)
 721
 722 }
 723
 724
 725
 726
 727
 728
 729 jalviewjsUnzipFiles.mustRunAfter jalviewjsTranspile
 730 jalviewjsTranspile.mustRunAfter jalviewjsCopyResources
 731 jalviewjsTranspile.mustRunAfter jalviewjsCopySiteResources
 732
 733 task jalviewjsBuildSite {
 734   dependsOn jalviewjsSitePath
 735   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 736   dependsOn jalviewjsCopyResources
 737   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 738   dependsOn jalviewjsTranspile
 739 }
 740
 741 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
 742   dependsOn jalviewjsBuildSite
 743   def outputFilename = "jalviewjs-site-${JALVIEW_VERSION}.tar.gz"
 744   try {
 745     archiveFileName = outputFilename
 746   } catch (Exception e) {
 747     archiveName = outputFilename
 748   }
 749
 750   compression Compression.GZIP
 751
 752   from jalviewjsSiteDir
 753   into jalviewjs_site_dir // this is inside the tar file
 754
 755   inputs.dir(jalviewjsSiteDir)
 756 }
 757
 758 def jalviewjsServer = null
 759 task jalviewjsServerStart {
 760   dependsOn jalviewjsSitePath
 761   doLast {
 762
 763     if (jalviewjsServer != null) {
 764       println("SERVER ALREADY RUNNING. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 765     } else {
 766
 767       SimpleHttpFileServerFactory factory = new SimpleHttpFileServerFactory()
 768       def port = Integer.valueOf(jalviewjs_server_port)
 769       def start = port
 770       def running = false
 771       while(port < start+1000 && !running) {
 772         try {
 773           def doc_root = new File(jalviewDirAbsolutePath +"/"+ jalviewjsSiteDir)
 774           jalviewjsServer = factory.start(doc_root, port)
 775           running = true
 776           println("SERVER STARTED with document root ${doc_root}.\nGo to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle --stop  to stop (kills all gradle daemons).")
 777           //println("Ctrl-c to stop.");java.lang.Thread.sleep(Integer.valueOf(jalviewjs_server_wait)*1000);
 778         } catch (Exception e) {
 779           port++;
 780         }
 781       }
 782
 783     }
 784
 785   }
 786
 787 }
 788
 789 /* server persists in gradle daemon but reference is not accessible across builds
 790 task jalviewjsServerStop {
 791   doLast {
 792
 793     if (jalviewjsServer != null) {
 794
 795       println("SERVER ON PORT "+jalviewjsServer.getPort()+" STOPPING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start again.")
 796       jalviewjsServer.stop()
 797
 798     } else {
 799       println("SERVER NOT RUNNING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start.")
 800     }
 801
 802   }
 803 }
 804 */
 805
 806 task ideBuildSite {
 807   dependsOn jalviewjsSitePath
 808   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 809   dependsOn jalviewjsCopyResources
 810   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 811   dependsOn ideSetup
 812   dependsOn ide
 813 }
 814
 815
 816
 817
 818 task jalviewjs {
 819   dependsOn jalviewjsBuildSite
 820 }
 821
 822
 823 project.afterEvaluate {
 824   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseProject
 825   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseClasspath
 826   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseJdt
 827   //tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn ideSetup
 828
 829   tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseProject
 830   tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseClasspath
 831   tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseJdt
 832 }
 833
 834
 835