build.gradle

   1 import org.apache.tools.ant.filters.ReplaceTokens
   2 import org.gradle.internal.os.OperatingSystem
   3 import org.gradle.plugins.ide.eclipse.model.*
   4 import groovy.transform.ExternalizeMethods
   5 import com.diffplug.gradle.GoomphCacheLocations
   6
   7 buildscript {
   8   repositories {
   9     /*
  10     mavenCentral()
  11     jcenter()
  12     */
  13         mavenLocal()
  14   }
  15 }
  16
  17 plugins {
  18   id 'java'
  19   id 'application'
  20   id 'eclipse'
  21   id 'com.diffplug.gradle.oomph.ide' version '3.18.1'
  22   id 'com.diffplug.gradle.equinoxlaunch' version '3.18.1'
  23   id 'com.diffplug.gradle.eclipse.mavencentral' version '3.18.1'
  24   id 'com.diffplug.gradle.p2.asmaven' version '3.18.1'
  25 }
  26
  27 def jalviewDirAbsolutePath = file(jalviewDir).getAbsolutePath()
  28
  29 repositories {
  30   jcenter()
  31   mavenCentral()
  32   //maven { url "http://maven.icm.edu.pl/artifactory/repo/" }
  33   //maven { url "http://maven.geomajas.org/" }
  34   //maven { url "https://repo.spring.io/plugins-release/" }
  35   //maven { url "http://maven.thingml.org/thirdparty/" }
  36   //maven { url "${jalviewDirAbsolutePath}/${m2RepoDir}" }
  37   //mavenLocal()
  38   flatDir {
  39     dirs gradlePluginsDir
  40   }
  41 }
  42
  43 configurations {
  44   jalviewjsIde
  45 }
  46
  47 p2AsMaven {
  48   group 'eclipseDeps', {
  49     repoEclipse goomph_eclipse_repo_version
  50     slicingOption 'latestVersionOnly', 'true'
  51     iu 'org.eclipse.update.configurator'
  52   }
  53   group 'eclipseOrbit', {
  54     repo goomph_orbit_repo
  55     slicingOption 'latestVersionOnly', 'true'
  56     iu 'org.apache.ant'
  57     iu 'org.apache.batik.css'
  58     iu 'org.apache.commons.jxpath'
  59     iu 'javax.servlet'
  60   }
  61 }
  62
  63 dependencies {
  64     //compile group: 'org.osgi', name: 'org.osgi.service.component', version: '1.4.0'
  65 /*
  66     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.14.0')
  67     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.common:3.10.400')
  68     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.jobs:3.10.400')
  69     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.update.configurator:3.4.300')
  70     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.runtime:3.16.0')
  71     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.ds:1.6.0')
  72     source.addMaven('javax.inject:com.springsource.javax.inject:1.0.0')
  73 */
  74
  75   //compile 'eclipseOrbit:org.apache.ant:1.10.5.v20190526-1402'
  76   //compile 'eclipseOrbit:javax.servlet:3.1.0.v201410161800'
  77   //compile 'eclipseDeps:net.sf.j2s.core:3.2.4'
  78   //compile 'eclipseDeps:com.seeq.eclipse.importprojects:1.4.0'
  79
  80   //compile 'eclipseDeps:org.eclipse.update.configurator:3.3.400'
  81
  82
  83 }
  84
  85
  86
  87
  88
  89
  90 eclipseMavenCentral {
  91   release goomph_eclipse_repo_version, {
  92
  93     //def platformCode="cocoa.macosx.x86_64"
  94     //compile 'org.eclipse.swt.'+platformCode
  95     useNativesForRunningPlatform()
  96     compile 'org.eclipse.swt'
  97
  98     compile 'org.eclipse.ant.core'
  99     compile 'org.eclipse.compare.core'
 100     compile 'org.eclipse.core.commands'
 101     compile 'org.eclipse.core.contenttype'
 102     compile 'org.eclipse.core.jobs'
 103     compile 'org.eclipse.core.expressions'
 104     compile 'org.eclipse.core.filesystem'
 105     compile 'org.eclipse.core.resources'
 106     compile 'org.eclipse.core.runtime'
 107     compile 'org.eclipse.core.variables'
 108     compile 'org.eclipse.e4.core.commands'
 109     compile 'org.eclipse.e4.core.contexts'
 110     compile 'org.eclipse.e4.core.di'
 111     compile 'org.eclipse.e4.core.di.annotations'
 112     compile 'org.eclipse.e4.core.services'
 113     compile 'org.eclipse.equinox.common'
 114     compile 'org.eclipse.equinox.ds'
 115     compile 'org.eclipse.equinox.app'
 116     compile 'org.eclipse.equinox.registry'
 117     compile 'org.eclipse.equinox.preferences'
 118     compile 'org.eclipse.jface'
 119     compile 'org.eclipse.osgi'
 120     compile 'org.eclipse.osgi.services'
 121     compile 'org.eclipse.ui'
 122     compile 'org.eclipse.ui.workbench'
 123     compile 'org.eclipse.team.core'
 124     compile 'org.eclipse.text'
 125
 126     compile 'org.eclipse.e4.ui.bindings'
 127     compile 'org.eclipse.e4.ui.model.workbench'
 128     compile 'org.eclipse.e4.ui.workbench'
 129     compile 'org.eclipse.e4.ui.workbench.swt'
 130     compile 'org.eclipse.e4.ui.css.core'
 131     compile 'org.eclipse.e4.ui.css.swt'
 132     compile 'org.eclipse.e4.ui.services'
 133     compile 'org.eclipse.e4.ui.di'
 134
 135     // org.eclipse.update.configurator deliberately kept at 3.3.400 see https://github.com/diffplug/goomph/issues/69
 136     //compile 'org.eclipse.update.configurator'
 137
 138   }
 139 }
 140
 141
 142
 143
 144
 145
 146
 147
 148
 149
 150
 151
 152 mainClassName = launcherClass
 153 def classes = "$jalviewDir/$classesDir"
 154
 155 // configure classpath/args for j8/j11 compilation
 156
 157 def libDir
 158 def libDistDir
 159 def compile_source_compatibility
 160 def compile_target_compatibility
 161
 162 ext {
 163   buildProperties = jalviewDir + "/" + classesDir +"/" + buildPropertiesFile
 164
 165   gitHash = ""
 166   gitBranch = ""
 167
 168   jalviewjsServer = ""
 169 }
 170
 171 def JAVA_INTEGER_VERSION
 172 //def additional_compiler_args = []
 173 // this property is for the Java library used in eclipse
 174 def eclipse_java_runtime_name
 175 if (JAVA_VERSION.equals("1.8")) {
 176   JAVA_INTEGER_VERSION = "8"
 177   //libDir = j8libDir
 178   libDir = j11libDir
 179   libDistDir = j8libDir
 180   compile_source_compatibility = 1.8
 181   compile_target_compatibility = 1.8
 182   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-1.8"
 183 } else if (JAVA_VERSION.equals("11")) {
 184   JAVA_INTEGER_VERSION = "11"
 185   libDir = j11libDir
 186   libDistDir = j11libDir
 187   compile_source_compatibility = 11
 188   compile_target_compatibility = 11
 189   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 190   /* compile without modules -- using classpath libraries
 191   additional_compiler_args += [
 192   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 193   '--add-modules', j11modules
 194   ]
 195   */
 196 } else if (JAVA_VERSION.equals("12") || JAVA_VERSION.equals("13")) {
 197   JAVA_INTEGER_VERSION = JAVA_VERSION
 198   libDir = j11libDir
 199   libDistDir = j11libDir
 200   compile_source_compatibility = JAVA_VERSION
 201   compile_target_compatibility = JAVA_VERSION
 202   eclipse_java_runtime_name = "JavaSE-11"
 203   /* compile without modules -- using classpath libraries
 204   additional_compiler_args += [
 205   '--module-path', ext.modules_compileClasspath.asPath,
 206   '--add-modules', j11modules
 207   ]
 208   */
 209 } else {
 210   throw new GradleException("JAVA_VERSION=$JAVA_VERSION not currently supported by Jalview")
 211 }
 212
 213
 214 sourceSets {
 215
 216   main {
 217     java {
 218       srcDirs "$jalviewDir/$sourceDir"
 219       outputDir = file("$classes")
 220     }
 221
 222     resources {
 223       srcDirs "$jalviewDir/$resourceDir"
 224     }
 225
 226     compileClasspath = files(sourceSets.main.java.outputDir)
 227     compileClasspath += fileTree(dir: "$jalviewDir/$libDir", include: ["*.jar"])
 228
 229     runtimeClasspath = compileClasspath
 230   }
 231
 232 }
 233
 234 eclipse {
 235   project {
 236     name = eclipse_project_name
 237
 238     natures 'org.eclipse.jdt.core.javanature',
 239     'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectnature'
 240
 241     buildCommand 'org.eclipse.jdt.core.javabuilder'
 242     buildCommand 'org.eclipse.buildship.core.gradleprojectbuilder'
 243   }
 244
 245   classpath {
 246     //defaultOutputDir = sourceSets.main.java.outputDir
 247     def removeThese = []
 248     configurations.each{ if (it.isCanBeResolved()) {
 249         removeThese += it
 250       }
 251     }
 252
 253     minusConfigurations += removeThese
 254     plusConfigurations = [ ]
 255     file {
 256
 257       whenMerged { cp ->
 258         def removeTheseToo = []
 259         HashMap<String, Boolean> addedSrcPath = new HashMap<>();
 260         cp.entries.each { entry ->
 261           if (entry.kind == 'src') {
 262             if (addedSrcPath.getAt(entry.path) || !(entry.path == "src" || entry.path == "test")) {
 263               removeTheseToo += entry
 264             } else {
 265               addedSrcPath.putAt(entry.path, true)
 266             }
 267           }
 268         }
 269         cp.entries.removeAll(removeTheseToo)
 270
 271         if (file(eclipse_bin_dir+"/main").isDirectory()) {
 272                 cp.entries += new Output(eclipse_bin_dir+"/main")
 273         }
 274         if (file(helpParentDir).isDirectory()) {
 275                 cp.entries += new Library(fileReference(helpParentDir))
 276         }
 277         if (file(resourceDir).isDirectory()) {
 278                 cp.entries += new Library(fileReference(resourceDir))
 279         }
 280
 281         HashMap<String, Boolean> addedLibPath = new HashMap<>();
 282
 283         // changing from sourcesets.main.classpath to specific Java version lib
 284         //sourceSets.main.compileClasspath.each{
 285         fileTree("$jalviewDir/$libDistDir").include("**/*.jar").include("*.jar").each {
 286           //don't want to add outputDir as eclipse is using its own output dir in bin/main
 287           if (it.isDirectory() || ! it.exists()) {
 288             // don't add dirs to classpath
 289             return
 290           }
 291           def itPath = it.toString()
 292           if (itPath.startsWith(jalviewDirAbsolutePath+"/")) {
 293             itPath = itPath.substring(jalviewDirAbsolutePath.length()+1)
 294           }
 295           if (addedLibPath.get(itPath)) {
 296             //println("Not adding duplicate entry "+itPath)
 297           } else {
 298             //println("Adding entry "+itPath)
 299             cp.entries += new Library(fileReference(itPath))
 300             addedLibPath.put(itPath, true)
 301           }
 302         }
 303       } // whenMerged
 304
 305     } // file
 306
 307     containers 'org.eclipse.buildship.core.gradleclasspathcontainer'
 308   } // classpath
 309
 310   jdt {
 311     // for the IDE, use java 11 compatibility
 312     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 313     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 314     javaRuntimeName = eclipse_java_runtime_name
 315
 316     /*
 317     file {
 318     withProperties { props ->
 319     def jalview_prefs = new Properties()
 320     def ins = new FileInputStream(jalviewDirAbsolutePath+"/"+eclipse_extra_jdt_prefs_file)
 321     jalview_prefs.load(ins)
 322     ins.close()
 323     jalview_prefs.forEach { t, v ->
 324     if (props.getAt(t) == null) {
 325     props.putAt(t, v)
 326     }
 327     }
 328     }
 329     }
 330      */
 331   } // jdt
 332
 333   //synchronizationTasks eclipseClasspath
 334   //autoBuildTasks eclipseClasspath
 335 } // eclipse
 336
 337 /*
 338 compileJava {
 339
 340   doFirst {
 341     sourceCompatibility = compile_source_compatibility
 342     targetCompatibility = compile_target_compatibility
 343     //options.compilerArgs = additional_compiler_args
 344     print ("Setting target compatibility to "+targetCompatibility+"\n")
 345   }
 346
 347 }
 348
 349 clean {
 350   delete sourceSets.main.java.outputDir
 351 }
 352 */
 353
 354
 355
 356
 357
 358
 359
 360
 361
 362
 363
 364
 365
 366
 367
 368
 369
 370
 371
 372
 373 def useIde = useGoomph.equals("true")
 374
 375 def eclipseWorkspace
 376 task jalviewjsSetEclipseWorkspace {
 377   def eclipseWsDir = useIde?goomph_workspace:jalviewjs_eclipse_workspace
 378   eclipseWorkspace = file(eclipseWsDir)
 379   if (!eclipseWorkspace.exists()) {
 380     eclipseWorkspace = file("${buildDir}/tmp/eclipse-workspace")
 381     //eclipseWorkspace.deleteOnExit()
 382   } else if (useIde) {
 383     GoomphCacheLocations.override_workspaces = file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath())
 384     eclipseWorkspace = oomphIde.workspaceRegistry.workspaceDir(project, file(oomphIde.ideDir))
 385   }
 386   println("ECLIPSE WORKSPACE: "+eclipseWorkspace.getPath())
 387 }
 388
 389 oomphIde {
 390   repoEclipse goomph_eclipse_version
 391   jdt {
 392     /*
 393     installedJre {
 394       //markDefault = true
 395       //executionEnvironments = [ eclipse.jdt.javaRuntimeName ]
 396     }
 397     */
 398     //compilerComplianceLevel( JAVA_INTEGER_VERSION )
 399   }
 400
 401   repo "https://download.eclipse.org/releases/${goomph_eclipse_version_name}/"
 402   feature goomph_eclipse_jee_feature, goomph_eclipse_jee_version
 403
 404   //iu 'org.eclipse.osgi'
 405
 406   thirdParty {
 407     buildship {
 408       repo goomph_repo_buildship
 409       feature goomph_feature_buildship
 410     }
 411
 412   }
 413
 414
 415
 416   // CLI ARGS HERE!
 417 }
 418
 419 equinoxLaunch {
 420   ideJalviewjsBuildSetup {
 421
 422     source.addConfiguration(configurations.compile)
 423
 424     source.addMaven('eclipseOrbit:org.apache.ant:1.10.5.v20190526-1402')
 425     source.addMaven('eclipseOrbit:javax.servlet:3.1.0.v201410161800')
 426
 427     source.addMaven('org.eclipse.birt.runtime:com.ibm.icu:56.1.0.v201601250100')
 428     source.addMaven('javax.inject:com.springsource.javax.inject:1.0.0')
 429
 430     //source.addMaven('eclipse-deps:org.apache.ant:1.10.5')
 431
 432     source.addMaven('org.apache.felix:org.apache.felix.scr:2.1.16')
 433
 434     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.framework:1.9.0')
 435     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.service.component:1.4.0')
 436     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.service.event:1.4.0')
 437     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.util.promise:1.1.1')
 438     source.addMaven('org.osgi:org.osgi.util.function:1.1.0')
 439
 440 //### TRY AND FIND A HEADLESS BUILD WITHOUT org.eclipse.jdt.apt.core
 441     source.addMaven('org.eclipse.jdt:org.eclipse.jdt.apt.core:3.6.500')
 442     source.addMaven('org.eclipse.jdt:org.eclipse.jdt.core:3.19.0')
 443
 444     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.update.configurator:3.3.400')
 445
 446     //source.addMaven('org.eclipse.e4.ui.internal.workbench.swt')
 447     /*
 448     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.ant.core:3.5.500')
 449     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.compare.core:3.6.600')
 450     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.commands:3.9.500')
 451     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.contenttype:3.7.400')
 452     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.jobs:3.10.500')
 453     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.expressions:3.6.500')
 454     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.filesystem:1.7.500')
 455     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.resources:3.13.500')
 456     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.runtime:3.16.0')
 457     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.core.variables:3.4.600')
 458     //source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.e4.commands:3.10.500')
 459     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.e4.core.commands:0.12.700')
 460     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.e4.core.contexts:1.8.200')
 461     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.e4.core.di:1.7.400')
 462     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.e4.core.di.annotations:1.6.400')
 463     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.e4.core.services:2.2.0')
 464     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.e4.ui.workbench:1.10.100')
 465     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.common:3.10.500')
 466     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.ds:1.6.0')
 467     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.app:1.4.300')
 468     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.registry:3.8.500')
 469     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.equinox.preferences:3.7.500')
 470     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.jface:3.17.0')
 471     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.osgi:3.14.0')
 472     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.swt:3.112.0')
 473     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.ui:3.114.0')
 474     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.ui.workbench:3.116.0')
 475     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.team.core:3.8.700')
 476     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.text:3.9.0')
 477     // org.eclipse.update.configurator deliberately kept at 3.3.400 see https://github.com/diffplug/goomph/issues/69
 478     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.update.configurator:3.3.400')
 479
 480     source.addMaven('org.eclipse.platform:org.eclipse.e4.ui.bindings:0.12.600')
 481     */
 482
 483
 484
 485
 486     launchTask 'ideJalviewjsBuild', {
 487       //it.args = ["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", eclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 488       //it.args = ["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 489       it.args = ["-consoleLog", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ]
 490       //it.vmArgs = ['-Dosgi.bundles=org.eclipse.core.jobs@2:start,org.eclipse.equinox.common@3:start,org.eclipse.core.runtime@2:start']
 491       //it.vmArgs = ['-Dequinox.use.ds=false']
 492
 493     }
 494   }
 495 }
 496
 497 /*
 498 task ideCopyDropins (type: Copy) {
 499   dependsOn ideSetupP2
 500
 501   def inputFiles = fileTree(jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir)
 502   def outputDir = oomphIde.ideDir + "/" + com.diffplug.gradle.FileMisc.macContentsEclipse() + "/dropins"
 503
 504   from inputFiles
 505   into outputDir
 506   def outputFiles = []
 507   rename { filename ->
 508     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 509     println("COPYING ${filename} to ${outputFiles}")
 510     null
 511   }
 512   outputs.files outputFiles
 513   inputs.files inputFiles
 514
 515 }
 516 */
 517
 518 ideSetupWorkspace.dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
 519 ideSetupWorkspace.outputs.upToDateWhen {file(eclipseWorkspace).exists()}
 520
 521 task ideSetup {
 522   dependsOn ideSetupP2
 523   dependsOn ideSetupWorkspace
 524 }
 525
 526
 527
 528
 529
 530
 531
 532
 533
 534
 535
 536
 537
 538
 539
 540 def jalviewjsBuildDir
 541 def jalviewjsSiteDir
 542 task jalviewjsSitePath {
 543   if (jalviewjs_site_dir.startsWith("/")) {
 544     jalviewjsSiteDir = jalviewjs_site_dir
 545   } else {
 546     def relativeBuildDir = file(jalviewDirAbsolutePath).toPath().relativize(buildDir.toPath())
 547     jalviewjsBuildDir = "${relativeBuildDir}/jalviewjs"
 548     jalviewjsSiteDir = jalviewjsBuildDir + "/" + jalviewjs_site_dir
 549   }
 550 }
 551
 552
 553 task jalviewjsUnzipFiles {
 554   dependsOn jalviewjsSitePath
 555
 556   def zipFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_libjs_dir).include("*.zip")
 557   zipFiles += jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_swingjs_zip
 558
 559   doLast {
 560     zipFiles.each { file_zip ->
 561       copy {
 562         from zipTree(file_zip)
 563         into jalviewjsSiteDir
 564       }
 565     }
 566   }
 567
 568   inputs.files zipFiles
 569   outputs.dir jalviewjsSiteDir
 570 }
 571
 572 def eclipseDropinsDir
 573 def eclipseBinary
 574 task jalviewjsEclipsePaths {
 575   def eclipseRoot
 576   if (useIde) {
 577     eclipseRoot = oomphIde.ideDir
 578     eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/"+com.diffplug.gradle.FileMisc.macContentsEclipse()+"/dropins"
 579     eclipseBinary = eclipseRoot+"/"+com.diffplug.common.swt.os.OS.getNative().winMacLinux("", "Contents/MacOS", "")+"/eclipse"
 580   } else {
 581     eclipseRoot = jalviewjs_eclipse_root
 582     if (eclipseRoot.startsWith("~")) {
 583       eclipseRoot = System.getProperty("user.home") + eclipseRoot.substring(1)
 584     }
 585     if (OperatingSystem.current().isMacOsX()) {
 586       eclipseRoot += "/Eclipse.app"
 587       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/Contents/Eclipse/dropins"
 588       eclipseBinary = eclipseRoot+"/Contents/MacOS/eclipse"
 589     } else if (OperatingSystem.current().isWindows()) { // check these paths!!
 590       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 591       eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 592     } else { // linux or unix
 593       eclipseDropinsDir = eclipseRoot+"/dropins"
 594       eclipseBinary = eclipseRoot+"/eclipse"
 595     }
 596   }
 597   //println("ECLIPSE_ROOT=${eclipseRoot}")
 598   //println("ECLIPSE_BINARY=${eclipseBinary}")
 599 }
 600
 601 //task jalviewjsEclipseCopyDropins (type: Copy) {
 602 task jalviewjsEclipseCopyDropins {
 603   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 604   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_eclipse_dropins_dir, include: "*.jar")
 605   def outputDir = eclipseDropinsDir
 606
 607   inputs.files inputFiles
 608   inputFiles.each { file ->
 609     outputs.file(outputDir+"/"+file.name)
 610   }
 611
 612   doLast {
 613     def outputFiles = []
 614     inputFiles.each { file ->
 615       copy {
 616         from file
 617         into outputDir
 618       }
 619     }
 620   }
 621 }
 622
 623 task jalviewjsEclipseSetup {
 624   dependsOn jalviewjsEclipseCopyDropins
 625   dependsOn jalviewjsSetEclipseWorkspace
 626 }
 627
 628
 629 task jalviewjsCreateJ2sSettings(type: WriteProperties) {
 630   dependsOn jalviewjsSitePath
 631   outputFile (jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings)
 632   def props = project.properties.sort { it.key }
 633   def siteDirProperty = "j2s.site.directory"
 634   def setSiteDir = false
 635   props.each { prop, val ->
 636     if (prop.startsWith("j2s.") && val != null) {
 637       if (prop == siteDirProperty) {
 638         if (!(val.startsWith("/") || val.startsWith("file://") )) {
 639           val = jalviewjsSiteDir+"/"+val
 640         }
 641         setSiteDir = true
 642       }
 643       property(prop,val)
 644     }
 645     if (!setSiteDir) {
 646       property(siteDirProperty,"${jalviewjsSiteDir}")
 647     }
 648   }
 649   outputs.file(outputFile)
 650 }
 651
 652 task jalviewjsCopyResources (type: Copy) {
 653   dependsOn jalviewjsSitePath
 654   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_resource_dir)
 655   def outputDir = jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir
 656
 657   from inputFiles
 658   into outputDir
 659   def outputFiles = []
 660   rename { filename ->
 661     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 662     null
 663   }
 664   outputs.files outputFiles
 665   inputs.files inputFiles
 666 }
 667
 668 task jalviewjsCopySiteResources (type: Copy) {
 669   dependsOn jalviewjsSitePath
 670   def inputFiles = fileTree(dir: jalviewjs_utils_dir+"/"+jalviewjs_site_resource_dir)
 671   def outputDir = jalviewjsSiteDir
 672
 673   from inputFiles
 674   into outputDir
 675   def outputFiles = []
 676   rename { filename ->
 677     outputFiles += outputDir+"/"+filename
 678     null
 679   }
 680   outputs.files outputFiles
 681   inputs.files inputFiles
 682 }
 683
 684 task cleanJalviewjs {
 685   dependsOn jalviewjsSitePath
 686   /*
 687   delete jalviewDir+"/"+jalviewjsSiteDir
 688   delete jalviewDir+"/"+eclipse_bin_dir
 689   delete file(eclipseWorkspace.getAbsolutePath()+"/.metadata")
 690   delete jalviewDir+"/"+jalviewjs_j2s_settings
 691   */
 692 }
 693
 694 task jalviewjsProjectImport(type: Exec) {
 695   // work out how to do this!
 696   dependsOn eclipseProject
 697   dependsOn eclipseClasspath
 698   dependsOn eclipseJdt
 699   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 700   dependsOn jalviewjsEclipseSetup
 701   executable(eclipseBinary)
 702   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "com.seeq.eclipse.importprojects.headlessimport", "-data", eclipseWorkspace.getPath(), "-import", jalviewDirAbsolutePath])
 703
 704   def projdir = eclipseWorkspace.getPath()+"/.metadata/.plugins/org.eclipse.core.resources/.projects/jalview/org.eclipse.jdt.core"
 705   inputs.file(jalviewDir+"/.project")
 706   outputs.dir(projdir)
 707   outputs.upToDateWhen { file(projdir).exists() }
 708 }
 709
 710
 711
 712
 713
 714
 715
 716
 717 task jalviewjsTranspile(type: Exec) {
 718   dependsOn jalviewjsCreateJ2sSettings
 719   dependsOn jalviewjsProjectImport
 720   dependsOn jalviewjsEclipsePaths
 721   executable(eclipseBinary)
 722   args(["-nosplash", "--launcher.suppressErrors", "-application", "org.eclipse.jdt.apt.core.aptBuild", "-data", eclipseWorkspace, "-"+jalviewjs_eclipseBuildArg, eclipse_project_name ])
 723
 724   def stdout
 725   def stderr
 726   doFirst {
 727     stdout = new ByteArrayOutputStream()
 728     stderr = new ByteArrayOutputStream()
 729     standardOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(new FileOutputStream("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}"), stdout);
 730     errorOutput = new org.apache.tools.ant.util.TeeOutputStream(new FileOutputStream("${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stderr}"), stderr);
 731   }
 732   doLast {
 733     if (stdout.toString().contains("Error processing ")) {
 734       // j2s did not complete transpile
 735       throw new GradleException("Error during transpilation:\n${stderr}\nSee eclipse transpile log files '${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stdout}' and '${jalviewjsBuildDir}/${jalviewjs_j2s_stderr}'\n")
 736     }
 737   }
 738
 739   inputs.dir(sourceDir)
 740   outputs.dir(eclipse_bin_dir+"/main")
 741   outputs.files(
 742     fileTree(
 743       dir: jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir,
 744       includes: [ "**/*.js" ],
 745       excludes: [
 746         //jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir+"/intervalstore/**",
 747         //jalviewjsSiteDir+"/"+jalviewjs_j2s_subdir+"/org/json/**",
 748         "intervalstore/**",
 749         "org/json/**",
 750       ]
 751     ).files
 752   )
 753   outputs.file(jalviewjsSiteDir+jalviewjs_server_resource)
 754
 755 }
 756
 757
 758
 759
 760
 761
 762 jalviewjsUnzipFiles.mustRunAfter jalviewjsTranspile
 763 jalviewjsTranspile.mustRunAfter jalviewjsCopyResources
 764 jalviewjsTranspile.mustRunAfter jalviewjsCopySiteResources
 765
 766 task jalviewjsBuildSite {
 767   dependsOn jalviewjsSitePath
 768   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 769   dependsOn jalviewjsCopyResources
 770   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 771   dependsOn jalviewjsTranspile
 772 }
 773
 774 task jalviewjsSiteTar(type: Tar) {
 775   dependsOn jalviewjsBuildSite
 776   def outputFilename = "jalviewjs-site-${JALVIEW_VERSION}.tar.gz"
 777   try {
 778     archiveFileName = outputFilename
 779   } catch (Exception e) {
 780     archiveName = outputFilename
 781   }
 782
 783   compression Compression.GZIP
 784
 785   from jalviewjsSiteDir
 786   into jalviewjs_site_dir // this is inside the tar file
 787
 788   inputs.dir(jalviewjsSiteDir)
 789 }
 790
 791 def jalviewjsServer = null
 792 task jalviewjsServerStart {
 793   dependsOn jalviewjsSitePath
 794   doLast {
 795
 796     if (jalviewjsServer != null) {
 797       println("SERVER ALREADY RUNNING. Go to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle jalviewjsServerStop  to stop.")
 798     } else {
 799
 800       SimpleHttpFileServerFactory factory = new SimpleHttpFileServerFactory()
 801       def port = Integer.valueOf(jalviewjs_server_port)
 802       def start = port
 803       def running = false
 804       while(port < start+1000 && !running) {
 805         try {
 806           def doc_root = new File(jalviewDirAbsolutePath +"/"+ jalviewjsSiteDir)
 807           jalviewjsServer = factory.start(doc_root, port)
 808           running = true
 809           println("SERVER STARTED with document root ${doc_root}.\nGo to "+jalviewjsServer.getResourceUrl(jalviewjs_server_resource)+" . Run  gradle --stop  to stop (kills all gradle daemons).")
 810           //println("Ctrl-c to stop.");java.lang.Thread.sleep(Integer.valueOf(jalviewjs_server_wait)*1000);
 811         } catch (Exception e) {
 812           port++;
 813         }
 814       }
 815
 816     }
 817
 818   }
 819
 820 }
 821
 822 /* server persists in gradle daemon but reference is not accessible across builds
 823 task jalviewjsServerStop {
 824   doLast {
 825
 826     if (jalviewjsServer != null) {
 827
 828       println("SERVER ON PORT "+jalviewjsServer.getPort()+" STOPPING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start again.")
 829       jalviewjsServer.stop()
 830
 831     } else {
 832       println("SERVER NOT RUNNING. Run  gradle jalviewjsServerStart  to start.")
 833     }
 834
 835   }
 836 }
 837 */
 838
 839 task ideBuildSite {
 840   dependsOn jalviewjsSitePath
 841   dependsOn jalviewjsUnzipFiles
 842   dependsOn jalviewjsCopyResources
 843   dependsOn jalviewjsCopySiteResources
 844   dependsOn ideSetup
 845   dependsOn ide
 846 }
 847
 848
 849
 850
 851 task jalviewjs {
 852   dependsOn jalviewjsBuildSite
 853 }
 854
 855
 856 project.afterEvaluate {
 857   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseProject
 858   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseClasspath
 859   tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn eclipseJdt
 860   //tasks.findByName('ideJalviewjsBuild').dependsOn ideSetup
 861
 862   tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseProject
 863   tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseClasspath
 864   tasks.findByName('ide').dependsOn eclipseJdt
 865 }
 866
 867
 868