commands/RemoveGapColCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 /*
  24  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer Copyright (C) 2007 AM
  25  * Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  26  *
  27  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under
  28  * the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
  29  * Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later
  30  * version.
  31  *
  32  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  33  * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
  34  * FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more
  35  * details.
  36  *
  37  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with
  38  * this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc., 51
  39  * Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  40  */
  41
  42 import jalview.datamodel.*;
  43
  44 public class RemoveGapColCommand extends EditCommand
  45 {
  46   int columnsDeleted;
  47
  48   public RemoveGapColCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  49           int start, int end, AlignmentI al)
  50   {
  51     this.description = description;
  52
  53     int j, jSize = seqs.length;
  54
  55     int startCol = -1, endCol = -1;
  56     columnsDeleted = 0;
  57
  58     edits = new Edit[0];
  59
  60     boolean delete = true;
  61     for (int i = start; i <= end; i++)
  62     {
  63       delete = true;
  64
  65       for (j = 0; j < jSize; j++)
  66       {
  67         if (seqs[j].getLength() > i)
  68         {
  69           if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqs[j].getCharAt(i)))
  70           {
  71             if (delete)
  72             {
  73               endCol = i;
  74             }
  75
  76             delete = false;
  77             break;
  78           }
  79         }
  80       }
  81
  82       if (delete && startCol == -1)
  83       {
  84         startCol = i;
  85       }
  86
  87       if (!delete && startCol > -1)
  88       {
  89         this.appendEdit(DELETE_GAP, seqs, startCol - columnsDeleted, endCol
  90                 - startCol, al, false, null);
  91
  92         columnsDeleted += (endCol - startCol);
  93         startCol = -1;
  94         endCol = -1;
  95       }
  96     }
  97
  98     if (delete && startCol > -1)
  99     {
 100       // This is for empty columns at the
 101       // end of the alignment
 102
 103       this.appendEdit(DELETE_GAP, seqs, startCol - columnsDeleted, end
 104               - startCol + 1, al, false, null);
 105
 106       columnsDeleted += (end - startCol + 1);
 107     }
 108
 109     performEdit(0, null);
 110   }
 111
 112   public int getSize()
 113   {
 114     // We're interested in the number of columns deleted,
 115     // Not the number of sequence edits.
 116     return columnsDeleted;
 117   }
 118
 119 }