Merge branch 'releases/Release_2_11_4_Branch'
[jalview.git] / commands / SlideSequencesCommand.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.commands;
22
23 import jalview.datamodel.*;
24
25 public class SlideSequencesCommand extends EditCommand
26 {
27   boolean gapsInsertedBegin = false;
28
29   public SlideSequencesCommand(String description, SequenceI[] seqsLeft,
30           SequenceI[] seqsRight, int slideSize, char gapChar)
31   {
32     this.description = description;
33
34     int lSize = seqsLeft.length;
35     gapsInsertedBegin = false;
36     int i, j;
37     for (i = 0; i < lSize; i++)
38     {
39       for (j = 0; j < slideSize; j++)
40         if (!jalview.util.Comparison.isGap(seqsLeft[i].getCharAt(j)))
41         {
42           gapsInsertedBegin = true;
43           break;
44         }
45     }
46
47     if (!gapsInsertedBegin)
48       edits = new Edit[]
49       { new Edit(DELETE_GAP, seqsLeft, 0, slideSize, gapChar) };
50     else
51       edits = new Edit[]
52       { new Edit(INSERT_GAP, seqsRight, 0, slideSize, gapChar) };
53
54     performEdit(0, null);
55   }
56
57   public boolean getGapsInsertedBegin()
58   {
59     return gapsInsertedBegin;
60   }
61
62   public boolean appendSlideCommand(SlideSequencesCommand command)
63   {
64     boolean same = false;
65
66     if (command.edits[0].seqs.length == edits[0].seqs.length)
67     {
68       same = true;
69       for (int i = 0; i < command.edits[0].seqs.length; i++)
70       {
71         if (edits[0].seqs[i] != command.edits[0].seqs[i])
72         {
73           same = false;
74         }
75       }
76     }
77
78     if (same)
79     {
80       Edit[] temp = new Edit[command.edits.length + 1];
81       System.arraycopy(command.edits, 0, temp, 0, command.edits.length);
82       command.edits = temp;
83       command.edits[command.edits.length - 1] = edits[0];
84     }
85
86     return same;
87   }
88 }