datamodel/AnnotatedCollectionI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 public interface AnnotatedCollectionI extends SequenceCollectionI
  24 {
  25
  26   /**
  27    * TODO: decide if null is a valid response if there is no annotation on the
  28    * object
  29    *
  30    * @return null
  31    */
  32   AlignmentAnnotation[] getAlignmentAnnotation();
  33
  34   Iterable<AlignmentAnnotation> findAnnotation(String calcId);
  35
  36   /**
  37    * context for this annotated collection
  38    *
  39    * @return null or the collection upon which this collection is defined (e.g.
  40    *         alignment, parent group).
  41    */
  42   AnnotatedCollectionI getContext();
  43 }