doc/AnnotationPostAnalysis.txt

   1 Init.
   2 optimise rendering - use same model as alignment but with vertical binary sweep to select range of annotation to render:
   3 Vertical interval list
   4 . run length compress the sizes -> n_i * v_height_i -> label each node - total and accumulated total vertical pos (under current visibility settings ?)
   5 --> ins/delete/hide/show of one or more contiguous individual rows causes local -> global update of position sums.
   6 --
   7 .
   8 indexOf(VPosition in annotation display window),
   9 VPositionOf(AnnotationI)
  10
  11 0.
  12 i. Hide/show by whole annotation set id
  13 ii. move to top/bottom
  14 iii.
  15
  16 1. Summarising annotation
  17 { Annotation Class ID
  18 |_ { Type string } }
  19 ->
  20
  21 Simple modal :
  22 - Proportion of sequences with most frequent symbol
  23 - symbol logo
  24 [ option to drill down and subselect based on particular symbol or subdivide by all symbols ]
  25
  26 3. Clustering based on annotation
  27 A few routes:
  28 use built in PCA calculation to do scalar product based analysis of one or many annotation vectors.
  29 Sliding window over alignment doing pca at each point. Analyse trajectories through PCA ?  (see maximum/minimum and stretches of local similarity)
  30
  31
  32 * ''' ACCESS ALL MENUS '''
  33 -> allow context popup to show all window submenus
  34 { local relevant }
  35 { Parent window -> file,edit,etc }
  36 { Desktop -> File, Tools, ... }
  37 { other areas more distant - e.g. sequence/annotation ID popup from middle of alignment/annotation area }
  38
  39