moved loadingFromArchive flag modification to after GUI refreshes are completed and...
[jalview.git] / doc / developing.html
1 <!DOCTYPE html SYSTEM "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">\r
2 <!--\r
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
4  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
5  * \r
6  * This file is part of Jalview.\r
7  * \r
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
11  * \r
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
16  * \r
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
18 -->\r
19 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">\r
20   <head>Developing Jalview</head>\r
21   <body>\r
22 <p><h1>Developing Jalview</h1>\r
23 </p>\r
24 <ul>\r
25 <li>Basic Source Structure Guidelines</li>\r
26 <li>The Applet and The Application - whats the difference ?</li>\r
27 <li>Package Architecture<br>\r
28 </li>\r
29 <li>Specific  Development Guidelines\r
30 <ul>\r
31 <li><a href="newdmobj.html">Adding new datamodel objects to Jalview</a></li>\r
32 <li>Adding new IO capabilities to Jalview</li>\r
33 <li>Adding new database types to Jalview</li>\r
34 <li>Working with the Jalview DAS annotation fetcher</li>\r
35 <li>Adding new analysis methods to jalview</li>\r
36 <li>Adding new web service functionality to jalview</li>\r
37 </ul>\r
38 </li>\r
39 </ul>\r
40 </body>\r
41 </html>\r