examples/embeddedWJmol.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19 -->
  20 <head>
  21   <TITLE>Jalview and Jmol</TITLE>
  22   <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
  23
  24   <link href="css/reset.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  25   <link href="css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  26
  27   <!--[if IE 6]>
  28       <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie6.css" />
  29       <![endif]-->
  30
  31   <!--[if IE 7]>
  32       <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie7.css" />
  33       <![endif]-->
  34
  35   <!-- dd menu -->
  36   <script type="text/javascript">
  37     <!--
  38         var timeout         = 500;
  39         var closetimer  = 0;
  40         var ddmenuitem      = 0;
  41
  42         // open hidden layer
  43         function mopen(id)
  44         {
  45         // cancel close timer
  46         mcancelclosetime();
  47
  48         // close old layer
  49         if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  50
  51         // get new layer and show it
  52         ddmenuitem = document.getElementById(id);
  53         ddmenuitem.style.visibility = 'visible';
  54
  55         }
  56         // close showed layer
  57         function mclose()
  58         {
  59         if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  60         }
  61
  62         // go close timer
  63         function mclosetime()
  64         {
  65         closetimer = window.setTimeout(mclose, timeout);
  66         }
  67
  68         // cancel close timer
  69         function mcancelclosetime()
  70         {
  71         if(closetimer)
  72         {
  73         window.clearTimeout(closetimer);
  74         closetimer = null;
  75         }
  76         }
  77
  78         // close layer when click-out
  79         document.onclick = mclose;
  80         // -->
  81   </script>
  82   <script>
  83     <!--//--><![CDATA[//><!--
  84 var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_trackPageview"]);(function() {var ga = document.createElement("script");ga.type = "text/javascript";ga.async = true;ga.src = ("https:" == document.location.protocol ? "https://ssl" : "http://www") + ".google-analytics.com/ga.js";var s = document.getElementsByTagName("script")[0];s.parentNode.insertBefore(ga, s);})();
  85 //--><!]]>
  86   </script>
  87 <script src="javascript/deployJava.js"></script>
  88 <script src="jmol/Jmol2.js"></script>
  89 <script src="javascript/jquery-1.4.4.min.js"></script>
  90 <script src="javascript/jquery.timer.js"></script>
  91 <script src="javascript/jquery.blockUI.js"></script>
  92 <script src="javascript/jshashtable-2.1.js" language="javascript"></script>
  93 <!-- <script src="archive-min.js" language="javascript"></script>
  94 -->
  95 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
  96 <script language="JavaScript">
  97 // instead of this, we use a custom JmolApplet spec
  98 // jmolInitialize('jmol');
  99 jmolInitialize("","JmolApplet-14.2.14_2015.06.11.jar");
 100 </script>
 101 <script>
 102  var loglevel=1;
 103  function dbg(lvl,string) {
 104   if (_console && lvl<=loglevel) {_console.value += string + "\n";}
 105  }
 106  var _lastTime=new Date();
 107  var _path;
 108  var _datazip;
 109  var _zip;
 110  var alignA;
 111  var alignB;
 112  var featuresA;
 113  var featuresB;
 114  var pairs;
 115  var atompairs;
 116  var structdata;
 117  var jmolview;
 118  var jvstructassoc;
 119  var modeltofiles = new Array();
 120
 121  function lJvA() {
 122   jvfollower = document.getElementById("jvA");
 123   setConsole(document.getElementById("stdout"));
 124
 125  // sep = jvfollower.getSeparator();
 126   //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
 127   linkJvJmol(jvfollower, "jmolView", modeltofiles);
 128  };
 129
 130  var _jvA=new Object();
 131  _jvA.attributes = {
 132   code : 'jalview.bin.JalviewLite',
 133   archive : 'jalviewApplet.jar,JmolApplet-14.2.14_2015.06.11.jar',
 134   width : '500',
 135   height : '350',
 136   mayscript : 'True',
 137   scriptable: 'True',
 138   id : 'jvA'
 139  };
 140  _jvA.parameters = {
 141    java_arguments : "-Xmx256m",
 142   externalstructureviewer : "true",
 143    oninit : "lJvA",
 144   automaticScrolling : "true",
 145 //  <!-- defaultColour : "Strand Propensity", -->
 146   file : "uniref50_mz.fa",
 147
 148   relaxedidmatch : "true",
 149   debug : "true",
 150   wrap : "false",
 151   // separator : "^",
 152   showAnnotation : "false",
 153   embedded : "true",
 154   showFullId : "false",
 155   RGB : "F2F2FF",
 156   linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
 157   linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
 158   ,
 159   linkLabel_2 : "Uniprot"
 160   ,
 161   linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
 162   APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp",
 163   PDBfile : "1gaq.txt FER1_MAIZE",
 164   permissions : "sandbox"
 165  };
 166  jmolSetCallback("hoverCallback","_jmolhover");
 167   jmolSetCallback("pickCallback","_jmolpick");
 168   modeltofiles+="1gaq.txt";
 169 </script>
 170
 171 </head>
 172
 173
 174 <body>
 175
 176
 177   <div id="header">
 178     <div id="logo"><a href="http://www.jalview.org" title="Home"></a></div>
 179     <ul id="buttons">
 180       <li id="applet"><a href="applets.html" title="applet"></a></li>
 181       <li id="desktop"><a href="../webstart/jalview.jnlp" title="desktop"></a></li>
 182     </ul>
 183   </div>
 184
 185
 186   <div id ="nav">
 187     <div id="navInner">
 188
 189       <ul id="sddm">
 190         <li><a href="http://www.jalview.org">Home</a></li>
 191         <li><a href="http://www.jalview.org/about" onmouseover="mopen('m1')" onmouseout="mclosetime()">About</a>
 192           <div id="m1" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 193             <a href="http://www.jalview.org/about/documentation">Documentation</a>
 194             <a href="http://www.jalview.org/about/citation">Publications</a>
 195             <a href="http://www.jalview.org/about/credits">Credits</a>
 196           </div>
 197         </li>
 198         <li><a href="http://www.jalview.org/faq">FAQ</a></li>
 199         <li><a href="http://www.jalview.org/community" onmouseover="mopen('m3')" onmouseout="mclosetime()" class="community">Community</a>
 200           <div id="m3" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 201             <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-announce">News Mailing List</a>
 202             <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-discuss">Discussion Mailing List</a>
 203             <a href="http://www.jalview.org/community/links">Links</a>
 204             <a href="http://www.jalview.org/community/community-news">Community News</a>
 205           </div>
 206         </li>
 207         <li><a href="http://www.jalview.org/development" onmouseover="mopen('m4')" onmouseout="mclosetime()" class="development">Development</a>
 208           <div id="m4" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 209             <a href="http://www.jalview.org/development/release-history">Release History</a>
 210             <a href="http://issues.jalview.org">Jalview Bug Tracker</a>
 211             <a href="http://source.jalview.org/gitweb/">Jalview Git Web</a>
 212             <a href="http://www.jalview.org/development/development-news">Development News</a>
 213           </div>
 214         </li>
 215         <li><a href="http://www.jalview.org/training" onmouseover="mopen('m5')" onmouseout="mclosetime()" class="training">Training</a>
 216           <div id="m5" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 217             <a href="http://www.jalview.org/training/training-courses">Training Courses</a>
 218             <a href="http://www.jalview.org/training/training-news">Training News</a>
 219           </div>
 220         </li>
 221         <li><a href="http://www.jalview.org/download" class="download-right">Download</a></li>
 222       </ul>
 223       <div style="clear:both"></div>
 224     </div>
 225
 226   </div>
 227 <div id="pageWrap">
 228
 229 <div id="sideNav">
 230   <ul>
 231       <li ><a href="applets.html">JalviewLite Examples</a></li>
 232       <li ><a href="jalviewLiteJs.html">Javascript API</a></li>
 233       <li ><a href="appletParameters.html">Applet Parameters</a></li>
 234       <li ><a href="embedded.html">Embedded Alignment</a></li>
 235       <li class="jvlite-nav-small"><a href="embeddedWJmol.html">Jalview and Jmol</a></li>
 236       <li ><a href="formComplete.html">Access from Javascript</a></li>
 237       <li ><a href="javascriptLaunch.html">Javascript Launch</a></li>
 238       <li ><a href="linkedapplets_ng.html">Linked JalviewLites</a></li>
 239   </ul>
 240 </div>
 241
 242 <div id="content" class="content">
 243
 244
 245 <!-- boiler plate link to alternate demopage -->
 246
 247 <div style="width: 100%">
 248 <div style="width:35%; align:left; float:right;">
 249 <div style="margin:8px; padding:8px; border: 2px solid black; align: center; float:center;">
 250  Examples aren't working ?<br/>Try <a href="u_embeddedWJmol.html">the unsigned applet demos</a>
 251 </div>
 252 <div style="margin:8px; padding:10px; align: left;">
 253 <p>Quick Links to jars for example:<br/><a href="jalviewApplet.jar">jalviewApplet.jar</a> and <a href="JmolApplet-12.2.4.jar">JmolApplet.jar</a>
 254 </p></div>
 255 </div>
 256 </div>
 257
 258 <!-- content template start -->
 259 <h2>Structure and Alignment</h2>
 260 <p>This demo shows how JalviewLite and Jmol can be integrated with the JalviewLite javascript library.</p>
 261 <center>
 262  <script>
 263   jmolApplet("500x500","zap; load FILE '1gaq.txt'; frame 0; select all; wireframe off; spacefill off; cartoons; restrict; center *; set selectionhalos true;select 0","jmolView");
 264  </script>
 265  <script>
 266   deployJava.runApplet(_jvA.attributes, _jvA.parameters, '1.4');
 267  </script>
 268 </center>
 269 <!-- content template end -->
 270
 271
 272
 273 </div> <!-- end content div -->
 274
 275 </div> <!-- content -->
 276 </div> <!-- pagewrap -->
 277 <div id ="footer">
 278 <div id="innerFooter">
 279 <div id="copyright"><p>Published under <a href="http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/">CC-SA 3.0</a></p></div>
 280 <div id="cite">
 281 <p>
 282 If you use Jalview in your work, please cite this publication:
 283 </p>
 284 <br />
 285 <p>
 286 Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
 287 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
 288 Bioinformatics 25 (9) 1189-1191 <a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp033">doi: 10.1093/bioinformatics/btp033</a>
 289 </p>
 290 </div>
 291 </div>
 292 </div>
 293 </body>
 294 </html>