examples/groovy/JvLoadTester.groovy

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 import jalview.gui.*;
  22 import jalview.io.*;
  23
  24 def class JvLoadTest {
  25     FileLoader fl = null;
  26     def String safename = null;
  27     JvLoadTest(String sname) {
  28         if (!new File(sname).exists() || new File(sname).canWrite())
  29             {
  30                 safename = sname;
  31             } else {
  32                 System.err.println("Warning : "+sname+" isn't being used to store temporary files.");
  33             }
  34     }
  35     def public boolean doTest (file) {
  36         fl = new FileLoader(false);
  37         System.gc();
  38         AlignFrame af = fl.LoadFileWaitTillLoaded(file
  39                                                   ,FormatAdapter.FILE);
  40         return doTest(af);
  41     }
  42     def public boolean doSequentialReadTest (file) {
  43         return doSequentialReadTest(file, 0);
  44     }
  45     // Return true if there is more data to read.
  46     def public boolean peekFp(FileParse fp) {
  47         try { fp.mark(); }  catch (Exception ex) { System.err.println("FAILED mark."+ex); return false; };
  48         try {
  49           def String nl;
  50           for (i in 1..3) {
  51            nl = fp.nextLine();
  52            if (nl==null) { return false; }
  53            System.out.println(nl +"\\n");
  54           }
  55         } catch (Exception e) { // end of file.
  56                 return false; };
  57         try { fp.reset(); } catch (Exception ex) { System.err.println("FAILED rewind."+ex); return false; };
  58         return true;
  59     }
  60     /*
  61       Halt after loading the mx'th entry in the filestream
  62     */
  63     def public boolean doSequentialReadTest (file, int mx) {
  64         // first properly open the file
  65         //      if (!doTest(file)) { return };
  66         def FileParse fp = null;
  67         try {
  68                 fp = new FileParse(file, AppletFormatAdapter.FILE);
  69         } catch (Exception e) { System.err.println("Couldn't open "+file+"\\n"); e.printStackTrace(); return false;};
  70         Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null)
  71             System.gc();
  72         while (fp!=null && fp.isValid() && (mx==0 || mx!=fp.index)) {
  73             if (!peekFp(fp)) return false;
  74             fl = new FileLoader(false);
  75             AlignFrame af = fl.LoadFileWaitTillLoaded(fp, null);
  76             System.out.println("FileParse index: "+fp.index);
  77             if (af!=null && (mx==0 || mx!=fp.index))
  78                 {       def boolean res = doTest(af);
  79                 if (!res)
  80                     {
  81                         // return false;
  82                     }
  83                 } else {
  84                     // return false;
  85                 }
  86         }
  87         return true;
  88     }
  89     def public void waitTillSettled(AlignFrame af)
  90     {
  91         if (af==null) { return; }
  92         Thread.sleep(10);
  93         while (af.getViewport().updatingConsensus || af.getViewport().updatingConservation) {
  94             Thread.sleep(150); // wait until things settle down
  95         }
  96     }
  97     def public boolean doTest(AlignFrame af) {
  98         Object pr = af.getViewport().getAlignment().getProperty("AC");
  99         if (pr!=null) { System.out.println("Accession = "+(String) pr); }
 100         af.selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed(null)
 101             def boolean done = false;
 102         // Just try to save - don\'t mess around with clipboard
 103         /*while (!done) {
 104           try {
 105           af.copy_actionPerformed(null)
 106           done = true;
 107           } catch (Exception e) {
 108           Thread.sleep(100); // wait until clipboard might be available again
 109           }
 110           }*/
 111         if (af==null) { return false; }
 112         waitTillSettled(af);
 113         // Try and save as a jalview project and reload
 114         try {
 115             //      af.saveAlignment(safename, "Jalview")
 116             new Jalview2XML().SaveState(new java.io.File(safename));
 117             Thread.sleep(100);
 118                 } catch (Exception ex) {
 119                     System.out.println("Couldn\'t save.");
 120                     ex.printStackTrace(System.err);
 121                     return false;
 122                 }
 123         waitTillSettled(af);
 124         try {
 125             Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 126         } catch (Exception ex) {}
 127         System.gc();
 128         try {
 129             af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded(safename, FormatAdapter.FILE);
 130         }
 131         catch (Exception ex) {
 132             System.out.println("Couldn't reload saved file.");
 133             System.gc();
 134             return false;
 135         }
 136         waitTillSettled(af);
 137
 138         Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 139
 140         // af.paste(true)
 141         // af.newView_actionPerformed(null)
 142         // af.newView_actionPerformed(null)
 143
 144         return true;
 145     }
 146     def public boolean TestForAll(String dir) {
 147         println "For directory or file : "+dir;
 148         File fd = new File(dir);
 149         if (!fd.isDirectory()) { return doSequentialReadTest(dir); }
 150         fd.eachFile() { file -> TestForAll(file.getAbsolutePath()) };
 151     }
 152 }
 153 def JvLoadTest newJvLoadTest(String tempFile) {
 154         jalview.gui.Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
 155         System.gc();
 156         jalview.gui.Desktop.instance.desktop.showMemoryUsage(true);
 157         return new JvLoadTest(tempFile)
 158 }