examples/groovy/alignLoadedFile.groovy

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 // run an alignment on the current alignFrame
  22 import jalview.ws.jws2.*;
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 // First get the JABA service discoverer and see if there are any services.
  26 jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer disc = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer();
  27 while (disc.isRunning()) {
  28 Thread.sleep(50);
  29 }
  30 if (!disc.isRunning() && !disc.hasServices())
  31 {
  32   // discoverer is not running, and has no services - so run it again.
  33   disc.run();
  34 }
  35
  36 for (jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.Jws2Instance service: disc.getServices()) {
  37
  38 if (service.serviceType.indexOf("uscle")>-1) {
  39   // now - go through the services if any, and find a Muscle service
  40   def msaf;
  41   try {
  42         msaf = currentAlFrame;
  43   } catch (q) {
  44         // currentAlFrame is not defined - so we were run as an interactive script from the Groovy console
  45         // in that case, just pick the first alignmentFrame in the stack.
  46         msaf = Jalview.getAlignFrames()[0]
  47   };
  48   // Finally start Jalview's JabaWS MSA Client with the alignment from msaf
  49   new MsaWSClient(service, msaf.getTitle(), msaf.gatherSequencesForAlignment(), false,
  50                 true, msaf.getViewport().getAlignment()
  51                 .getDataset(), msaf);
  52   break;
  53 }
  54 }