JAL-2759 Keep numColumns up to date
[jalview.git] / examples / groovy / alignLoadedFile.groovy
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 // run an alignment on the current alignFrame
22 import jalview.ws.jws2.*;
23 import jalview.datamodel.*;
24
25 // First get the JABA service discoverer and see if there are any services.
26 jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer disc = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer();
27 while (disc.isRunning()) {
28 Thread.sleep(50);
29 }
30 if (!disc.isRunning() && !disc.hasServices())
31 {
32   // discoverer is not running, and has no services - so run it again.
33   disc.run();
34 }
35
36 for (jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.Jws2Instance service: disc.getServices()) {
37
38 if (service.serviceType.indexOf("uscle")>-1) {
39   // now - go through the services if any, and find a Muscle service
40   def msaf;
41   try {
42         msaf = currentAlFrame;
43   } catch (q) {
44         // currentAlFrame is not defined - so we were run as an interactive script from the Groovy console
45         // in that case, just pick the first alignmentFrame in the stack.
46         msaf = Jalview.getAlignFrames()[0]
47   };
48   // Finally start Jalview's JabaWS MSA Client with the alignment from msaf
49   new MsaWSClient(service, msaf.getTitle(), msaf.gatherSequencesForAlignment(), false,
50                 true, msaf.getViewport().getAlignment()
51                 .getDataset(), msaf);
52   break;
53 }
54 }