JAL-3692 JAL-3861 remove extra call to .parse() so we don’t process the file again
[jalview.git] / examples / groovy / annotationsascsv.groovy
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 // do something groovy in jalview
22 print "Hello World.\n";
23 def alf = Jalview.getAlignFrames();
24 for (ala in alf)
25 {
26         def alignment = ala.viewport.alignment;
27         // ala is an jalview.gui.AlignFrame object 
28         print new jalview.io.AnnotationFile().printCSVAnnotations(alignment.getAlignmentAnnotation())+"\n";
29 }