examples/groovy/annotationsascsv.groovy

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 // do something groovy in jalview
  22 print "Hello World.\n";
  23 def alf = Jalview.getAlignFrames();
  24 for (ala in alf)
  25 {
  26         def alignment = ala.viewport.alignment;
  27         // ala is an jalview.gui.AlignFrame object
  28         print new jalview.io.AnnotationFile().printCSVAnnotations(alignment.getAlignmentAnnotation())+"\n";
  29 }