examples/groovy/justifyRegionQuick.groovy

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 // Prototype Right/Left Justify Script
  23 boolean left=true;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26
  27 def msaf = jalview.bin.Jalview.getCurrentAlignFrame();
  28 if (msaf==null)
  29 {
  30     return;
  31 }
  32
  33 def al = msaf.getViewport().getAlignment();
  34 al.padGaps();
  35 def reg = msaf.getViewport().getSelectionGroup();
  36 int from,to;
  37 SequenceI[] seqs;
  38
  39 from=0;
  40 to=al.getWidth()-1;
  41 seqs = al.getSequences();
  42 if (reg!=null) {
  43   seqs = reg.getSequences();
  44   from=reg.getStartRes();
  45   to=reg.getEndRes();
  46 }
  47
  48 if ((to-from)<1) {
  49   return;
  50 }
  51
  52 jalview.commands.EditCommand[] edits=new jalview.commands.EditCommand[seqs.length];
  53 int s=0;
  54 for (SequenceI seq:seqs) {
  55   ContiguousI cont = seq.findPositions(from+1,to+1);
  56   if (cont==null) { continue; }
  57   int dsstart=seq.getDatasetSequence().getStart();
  58   char[] sqchar=seq.getDatasetSequence().getSequence(-dsstart+cont.getBegin(),-dsstart+cont.getEnd()+1);
  59   println sqchar;
  60   char[] alseq = new char[to-from+1];
  61   int sqstart = left ? 0 : alseq.length-sqchar.length;
  62   int gaps = alseq.length-sqchar.length;
  63   int gapstart=left ? sqchar.length : 0;
  64   char gc = al.getGapCharacter();
  65   for (int gp=0;gp<gaps;gp++) {
  66     alseq[gapstart+gp]=gc;
  67   }
  68
  69   for (int sqp=0;sqp<sqchar.length;sqp++) {
  70     alseq[sqp+sqstart]=sqchar[sqp];
  71   }
  72   SequenceI[] sqa=new SequenceI[1];
  73   sqa[0]=seq;
  74   // cant do this because the edit command isn't visible.
  75   //  edits[s++]=new jalview.commands.EditCommand.Edit(jalview.commands.EditCommand.Action.REPLACE,sqa,(from).intValue(),(int)alseq.length,al, new String(alseq));
  76   edits[s++]=new jalview.commands.EditCommand("justify",jalview.commands.EditCommand.Action.REPLACE, new String(alseq),sqa,(from).intValue(),(to).intValue()+1,al);
  77   println alseq;
  78 }
  79 jalview.commands.EditCommand finalEdit=new jalview.commands.EditCommand("Justify "+(left ? "Left" : "Right"));
  80 for (jalview.commands.EditCommand edit:edits) {
  81   if (edit!=null) {finalEdit.addEdit(edit.getEdits().get(0)); }
  82 }
  83 msaf.addHistoryItem(finalEdit);
  84 msaf.getViewport().firePropertyChange("alignment",null,seqs);