Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_Branch
[jalview.git] / examples / groovy / parseproperties.groovy
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2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 import jalview.analysis.*;
22 import jalview.datamodel.*;
23 import jalview.gui.AlignFrame;
24 import jalview.gui.AlignViewport;
25
26 def af = Jalview.getAlignFrames();
27 def al = af[0].viewport.alignment;
28 ParseProperties pp = new ParseProperties(al);
29 pp.getScoresFromDescription("Score", "ScanPS Raw Score", "([-0-9.+]+)");
30 def sqs = al.getSequenceAt(0);
31 def annots = sqs.getAnnotation();
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