Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_Branch
[jalview.git] / examples / groovy / removeFeaturesByGroup.groovy
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 import jalview.analysis.*;
22 import jalview.datamodel.*;
23 import jalview.gui.AlignFrame;
24 import jalview.gui.AlignViewport;
25
26 def af = Jalview.getAlignFrames();
27
28 def todie = "PDBFile"; // about to delete this type of group
29 for (ala in af)
30 {
31         def al = ala.viewport.alignment.getDataset();
32         if (al!=null)
33         {
34                 SequenceI[] seqs = al.getSequencesArray();
35                 for (sq in seqs)
36                 {
37                         if (sq!=null) {
38                                 SequenceFeature[] sf = sq.getSequenceFeatures();
39                                 for (sfpos in sf)
40                                 {
41                                     if (sfpos!=null && sfpos.getFeatureGroup().equals(todie))
42                                         {
43                                                 sq.deleteFeature(sfpos);
44                                         }
45                                 }
46                         }
47                 }
48         }
49 }
50         
51