examples/groovy/stripUniprotPrefixes.groovy

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 import jalview.analysis.*;
  22 import jalview.datamodel.*;
  23 import jalview.gui.AlignFrame;
  24 import jalview.gui.AlignViewport;
  25
  26 def af = Jalview.getAlignFrames();
  27
  28 // walk through  all alignments, stripping off all text prior to and including last '|' symbol in sequence IDs
  29
  30 for (ala in af)
  31 {
  32         def al = ala.viewport.alignment;
  33         if (al!=null)
  34         {
  35                 SequenceI[] seqs = al.getSequencesArray();
  36                 for (sq in seqs)
  37                 {
  38                         if (sq!=null) {
  39                                 if (sq.getName().indexOf("|")>-1)
  40                                 {
  41                                         sq.setName(sq.getName().substring(sq.getName().lastIndexOf("|")+1));
  42                                         if (sq.getDatasetSequence()!=null)
  43                                         {
  44                                                 sq.getDatasetSequence().setName(sq.getName());
  45                                         }
  46                                 }
  47                         }
  48                 }
  49         }
  50 }
  51