examples/linkedapplets_ng.html

   1 <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">\r
   2 <html><!-- InstanceBegin template="/Templates/jtemplate.dwt" codeOutsideHTMLIsLocked="false" -->\r
   3 <head>\r
   4 <!-- InstanceBeginEditable name="doctitle" -->\r
   5 <title>Linked Jalview Applets Demo</title>\r
   6 <!-- InstanceEndEditable --> \r
   7 <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1"><meta http-equiv="keywords" content="jalview,multiple,sequence,alignment,editor,viewer,java,download,barton group,protein,dna,das,distributed annotation system">\r
   8 <!-- InstanceBeginEditable name="head" -->\r
   9 <script src="http://www.java.com/js/deployJava.js"></script>\r
  10 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>\r
  11 <script>  //deployJava.debug="true";\r
  12   \r
  13   function lJvApp() {\r
  14     var jvapp = document.getElementById("jvapp");\r
  15     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");\r
  16     setConsole(document.getElementById("stdout"));\r
  17     //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());\r
  18     linkJvJmol(jvapp);\r
  19   };\r
  20 \r
  21   function lJvFollow() {\r
  22     var jvapp = document.getElementById("jvapp");\r
  23     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");\r
  24     //jvfollower.setSeparator(""+jvfollower.getSeparator());\r
  25     linkJvJmol(jvfollower);\r
  26   };\r
  27 </script>\r
  28 \r
  29 <!-- InstanceEndEditable --> \r
  30 <style type="text/css">\r
  31 <!--\r
  32 td {\r
  33   font-family: Geneva, Arial, Helvetica, sans-serif;\r
  34   font-size: 12px;\r
  35 }\r
  36 .plain {\r
  37   font-family: Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif;\r
  38   font-size: 14px;\r
  39   text-decoration: none;\r
  40 }\r
  41 .plain:hover{\r
  42   background-color:#000000; color: #F2F2FF;\r
  43 }\r
  44  \r
  45 -->\r
  46 </style>\r
  47 <script language="JavaScript">\r
  48 function genHref()\r
  49 {\r
  50 var s1 = "ml:ljvwr", s2 = "athpai.g", s3 = "ioe@leo ", href="";\r
  51 for(i=0; i<8; i++)\r
  52 {href = href + s1.charAt(i) + s2.charAt(i) + s3.charAt(i);  }\r
  53 window.location=href;\r
  54 }\r
  55 function getEventTarget(e)\r
  56 {\r
  57 if(!e)\r
  58 e = window.event;\r
  59 if(e.target)\r
  60 return e.target;\r
  61 return e.srcElement;\r
  62 }\r
  63 </script>\r
  64 </head>\r
  65 <body alink="#000000" vlink="#000000" link="#000000">\r
  66 <script type="text/javascript">\r
  67 var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? \r
  68 "https://ssl." : "http://www.");\r
  69 document.write(unescape("%3Cscript src='" + gaJsHost + \r
  70 "google-analytics.com/ga.js' type='text/javascript'%3E%3C/script%3E"));\r
  71 </script>\r
  72 <script type="text/javascript">\r
  73 try{\r
  74 var pageTracker = _gat._getTracker("UA-9060947-1");\r
  75 pageTracker._trackPageview();\r
  76 } catch(err) {}\r
  77 </script>\r
  78 <div align="left"> \r
  79   <table width="805" height="100" cellpadding="5">\r
  80     <tr>\r
  81       <td background="../jalview.gif">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk" target="NEW"><img src="../uodc_r1_c1.gif" width="143" height="101" border="1"></a></td>\r
  82     </tr>\r
  83   </table>\r
  84   <table width="805" border="0" cellpadding="5" cellspacing="5">\r
  85     <tr> \r
  86       <td width="183" valign="top" bgcolor="#F2F2FF" border="5"> \r
  87     \r
  88     <div align="center">\r
  89           <table width="182" height="386" border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">\r
  90             <tr> \r
  91               <td align="left" valign="middle"><a href="../index.html" class="plain">Home</a></td>\r
  92             </tr>\r
  93             <tr> \r
  94               <td align="left" valign="middle"><a href="../overview.html" class="plain">Overview</a></td>\r
  95             </tr>\r
  96             <tr> \r
  97               <td align="left" valign="middle"><a href="../download.html" class="plain">Download</a></td>\r
  98             </tr>\r
  99             <tr> \r
 100               <td align="left" valign="middle"><a href="applets.html" class="plain">Applet \r
 101                 Version</a></td>\r
 102             </tr>\r
 103             <tr> \r
 104               <td align="left" valign="middle"><a href="examples.html" class="plain">Screenshots</a></td>\r
 105             </tr>\r
 106             <tr> \r
 107               <td align="left" valign="middle"><a href="../faq.html" class="plain">FAQ</a></td>\r
 108             </tr>\r
 109             <tr> \r
 110               <td align="left" valign="middle"><a href="../documentList.html" class="plain">Documentation</a></td>\r
 111             </tr>\r
 112             <tr>\r
 113               <td align="left" valign="middle" ><a href="../releaseHistory.html" class="plain">Release \r
 114                 history</a></td>\r
 115             </tr>\r
 116             <tr> \r
 117               <td align="left" valign="middle"><a href="../source/source.html" class="plain">Source \r
 118                 Code</a></td>\r
 119             </tr>\r
 120       <tr> \r
 121               <td align="left" valign="middle"><a href="../versions.html" class="plain">Development Version</a></td>\r
 122             </tr>\r
 123       <tr> \r
 124               <td align="left" valign="middle"><a href="../links.html" class="plain">Links</a></td>\r
 125             </tr>\r
 126             <tr> \r
 127               <td align="left" valign="middle"><a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-announce" class="plain" target="NEW">News \r
 128                 Mailing List</a></td>\r
 129             </tr>\r
 130             <tr>\r
 131               <td align="left" valign="middle"><a\r
 132             href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-discuss"\r
 133             class="plain" target="NEW">Discussion Mailing List</a><br><br><em>Please send problems<br>and\r
 134             bug reports to the discussion list.</em></td>\r
 135             </tr>\r
 136             <tr></tr>\r
 137             <tr>\r
 138               <!--<td align="left" valign="middle"><br>\r
 139                 Please send problems<br>and\r
 140             bug reports to:<br><a href="#" onClick="javascript:genHref();"><img src="../help.gif" width="123" height="19" border="0"></a></td>-->\r
 141             </tr>\r
 142           </table>\r
 143         </div>\r
 144         <div align="center"> <a href="http://www.bbsrc.ac.uk/" target="NEW"><br>\r
 145           <img src="../bbsrc-new.gif" width="179" height="64" border="1"></a> \r
 146         </div>\r
 147         </td>\r
 148       <td valign="top" width="587" bgcolor="#F2F2FF"><!-- InstanceBeginEditable name="Contents" -->\r
 149     <p>&nbsp;</p>\r
 150     <strong>JalviewLite Linked Applets Demo<br></strong>\r
 151     <p>The two applets below use <a href="JalviewLiteJs.html">JalviewLite's javascript API</a> to exchange events about the currently selected region and mouse position in the alignment.\r
 152     </p>\r
 153     <p>See the other demonstration pages below to see the API in action:</p>\r
 154     <ul>\r
 155           <li><a href="formComplete.html">use Javascript to control and get data from JalviewLite</a></li>\r
 156           <li><a href="embeddedWJmol.html">configure JalviewLite to talk to a Jmol applet on the page.</a></li>\r
 157           <li><a href="javascriptLaunch.html">launch JalviewLite from a javascript button</a></li>\r
 158           \r
 159     </ul>\r
 160         <script> \r
 161   var attributes = {\r
 162     code : 'jalview.bin.JalviewLite',\r
 163     archive : 'jalviewApplet.jar',\r
 164     width : 800,\r
 165     height : 300,\r
 166     mayscript : 'True', scriptable: 'True',\r
 167     id : 'jvapp'\r
 168   };\r
 169   var parameters = {\r
 170     oninit : "lJvApp",\r
 171     automaticScrolling : "true",\r
 172     file : "plantfdx.fa",\r
 173     annotations : "plantfdx.annotations",\r
 174     debug : "true",\r
 175     wrap : "false",\r
 176     // separator : "^",\r
 177     showAnnotation : "true",\r
 178     embedded : "true",\r
 179     showFullId : "false",\r
 180     RGB : "F2F2FF",\r
 181     linkLabel_1 : "SRS",\r
 182     linkUrl_1 : "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]+-vn+2"\r
 183  \r
 184     ,\r
 185     linkLabel_2 : "Uniprot"\r
 186  \r
 187     ,\r
 188     linkUrl_2 : "http://us.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?$SEQUENCE_ID$",\r
 189     APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"\r
 190   };\r
 191  \r
 192   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');\r
 193 </script>\r
 194 <script> \r
 195   var attributes = {\r
 196     code : 'jalview.bin.JalviewLite',\r
 197     archive : 'jalviewApplet.jar',\r
 198     width : 800,\r
 199     height : 300,\r
 200     mayscript : 'True', scriptable: 'True',\r
 201     id : "jvfollower"\r
 202   };\r
 203   var parameters = {\r
 204     oninit : "lJvFollow",\r
 205     file : "plantfdx.fa",\r
 206     annotations : "plantfdx.annotations",\r
 207     automaticScrolling : "true",\r
 208     debug : "true",\r
 209     wrap : "false",\r
 210     // separator : "^",\r
 211     showAnnotation : "true",\r
 212     embedded : "true",\r
 213     showFullId : "false",\r
 214     RGB : "F2F2FF",\r
 215     linkLabel_1 : "SRS",\r
 216     linkUrl_1 : "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]+-vn+2"\r
 217  \r
 218     ,\r
 219     linkLabel_2 : "Uniprot"\r
 220  \r
 221     ,\r
 222     linkUrl_2 : "http://us.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?$SEQUENCE_ID$",\r
 223     APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"\r
 224   };\r
 225   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');\r
 226 </script>\r
 227     <p>\r
 228 <!--      <a href="javascript:linkJvJmol()">Click Me If you don't see any messages below</a>\r
 229       <br>\r
 230        --><form name="console" id="console"><textarea name="output"\r
 231         id="stdout" rows="20" cols="80">Messages  will appear here.</textarea></form>\r
 232       <br>\r
 233 </p>\r
 234 \r
 235 </body>\r
 236 </html>