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[jalview.git] / examples / linkedapplets_ng.html
1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd"> 
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
4  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
5  * 
6  * This file is part of Jalview.
7  * 
8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
9  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
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11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
18 -->
19 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
20 <head>
21 <title>Linked Jalview Applets Demo</title>
22   <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" /> 
23   
24  <link href="css/reset.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
25  <link href="css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
26 <script>
27 <!--//--><![CDATA[//><!--
28 var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_trackPageview"]);(function() {var ga = document.createElement("script");ga.type = "text/javascript";ga.async = true;ga.src = ("https:" == document.location.protocol ? "https://ssl" : "http://www") + ".google-analytics.com/ga.js";var s = document.getElementsByTagName("script")[0];s.parentNode.insertBefore(ga, s);})();
29 //--><!]]>
30 </script>
31 <script src="http://www.java.com/js/deployJava.js"></script>
32 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
33 <script>  //deployJava.debug="true";
34   
35   function lJvApp() {
36     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
37     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
38     setConsole(document.getElementById("stdout"));
39     //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
40     linkJvJmol(jvapp);
41   };
42
43   function lJvFollow() {
44     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
45     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
46     //jvfollower.setSeparator(""+jvfollower.getSeparator());
47     linkJvJmol(jvfollower);
48   };
49 </script>
50  
51   <!--[if IE 6]>
52  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie6.css" />
53 <![endif]-->
54
55 <!--[if IE 7]>
56  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie7.css" />
57 <![endif]-->
58
59 <!-- dd menu -->
60 <script type="text/javascript">
61 <!--
62 var timeout         = 500;
63 var closetimer  = 0;
64 var ddmenuitem      = 0;
65
66 // open hidden layer
67 function mopen(id)
68
69  // cancel close timer
70  mcancelclosetime();
71
72  // close old layer
73  if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
74
75  // get new layer and show it
76  ddmenuitem = document.getElementById(id);
77  ddmenuitem.style.visibility = 'visible';
78
79 }
80 // close showed layer
81 function mclose()
82 {
83  if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
84 }
85
86 // go close timer
87 function mclosetime()
88 {
89  closetimer = window.setTimeout(mclose, timeout);
90 }
91
92 // cancel close timer
93 function mcancelclosetime()
94 {
95  if(closetimer)
96  {
97   window.clearTimeout(closetimer);
98   closetimer = null;
99  }
100 }
101
102 // close layer when click-out
103 document.onclick = mclose; 
104 // -->
105 </script>
106
107 </head>
108
109
110 <body>
111
112
113 <div id="header">
114 <div id="logo"><a href="http://www.jalview.org" title="Home"></a></div>
115 <ul id="buttons">
116 <li id="applet"><a href="applets.html" title="applet"></a></li>
117 <li id="desktop"><a href="../webstart/jalview.jnlp" title="desktop"></a></li>
118 </ul>
119 </div>
120
121
122 <div id ="nav">
123 <div id="navInner">
124
125 <ul id="sddm">
126  <li><a href="http://www.jalview.org">Home</a></li>
127  <li><a href="http://www.jalview.org/about" onmouseover="mopen('m1')" onmouseout="mclosetime()">About</a>
128   <div id="m1" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
129   <a href="http://www.jalview.org/about/documentation">Documentation</a>
130   <a href="http://www.jalview.org/about/citation">Publications</a>
131   <a href="http://www.jalview.org/about/credits">Credits</a>
132   </div>
133  </li>
134  <li><a href="http://www.jalview.org/faq">FAQ</a></li>
135  <li><a href="http://www.jalview.org/community" onmouseover="mopen('m3')" onmouseout="mclosetime()" class="community">Community</a>
136   <div id="m3" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
137   <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-announce">News Mailing List</a>
138   <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-discuss">Discussion Mailing List</a>
139   <a href="http://www.jalview.org/community/links">Links</a>
140   <a href="http://www.jalview.org/community/community-news">Community News</a>
141   </div>
142  </li>
143  <li><a href="http://www.jalview.org/development" onmouseover="mopen('m4')" onmouseout="mclosetime()" class="development">Development</a>
144   <div id="m4" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
145   <a href="http://www.jalview.org/development/release-history">Release History</a>
146   <a href="http://issues.jalview.org">Jalview Bug Tracker</a>
147   <a href="http://source.jalview.org/gitweb/">Jalview Git Web</a>
148   <a href="http://www.jalview.org/development/development-news">Development News</a>
149   </div>
150  </li>
151  <li><a href="http://www.jalview.org/training" onmouseover="mopen('m5')" onmouseout="mclosetime()" class="training">Training</a>
152   <div id="m5" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
153   <a href="http://www.jalview.org/training/training-courses">Training Courses</a>
154   <a href="http://www.jalview.org/training/training-news">Training News</a>
155   </div>
156  </li>
157  <li><a href="http://www.jalview.org/download" class="download-right">Download</a></li>
158 </ul>
159 <div style="clear:both"></div>
160 </div>
161
162 </div>
163
164
165 <div id="pageWrap">
166
167 <div id="sideNav">
168 <ul>
169 <li><a href="applets.html">JalviewLite Examples</a></li>
170 <li><a href="appletParameters.html">Applet Parameters</a></li>
171 <li><a href="jalviewLiteJs.html">Javascript API</a></li>
172 <li><a href="formComplete.html">in-page API demo</a></li>
173 <li class="jvlite-nav-small"><a href="linkedApplets_ng.html">Two JalviewLites demo</a></li>
174 <li><a href="embeddedWJmol.html">Jalview and Jmol demo</a></li>
175 </ul>
176 </div>
177
178 <div id="content" class="content"> 
179     <strong>JalviewLite Linked Applets Demo<br></strong>
180     <p>The two applets below use <a href="JalviewLiteJs.html">JalviewLite's javascript API</a> to exchange events about the currently selected region and mouse position in the alignment.
181     </p>
182         <script> 
183   var attributes = {
184     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
185     archive : 'jalviewApplet.jar',
186     width : 800,
187     height : 300,
188     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
189     id : 'jvapp'
190   };
191   var parameters = {
192     oninit : "lJvApp",
193     automaticScrolling : "true",
194     file : "plantfdx.fa",
195     annotations : "plantfdx.annotations",
196     debug : "true",
197     wrap : "false",
198     // separator : "^",
199     showAnnotation : "true",
200     embedded : "true",
201     showFullId : "false",
202     RGB : "F2F2FF",
203     linkLabel_1 : "SRS",
204     linkUrl_1 : "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]+-vn+2"
205  
206     ,
207     linkLabel_2 : "Uniprot"
208  
209     ,
210     linkUrl_2 : "http://us.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?$SEQUENCE_ID$",
211     APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
212   };
213  
214   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
215 </script>
216 <script> 
217   var attributes = {
218     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
219     archive : 'jalviewApplet.jar',
220     width : 800,
221     height : 300,
222     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
223     id : "jvfollower"
224   };
225   var parameters = {
226     oninit : "lJvFollow",
227     file : "plantfdx.fa",
228     annotations : "plantfdx.annotations",
229     automaticScrolling : "true",
230     debug : "true",
231     wrap : "false",
232     // separator : "^",
233     showAnnotation : "true",
234     embedded : "true",
235     showFullId : "false",
236     RGB : "F2F2FF",
237     linkLabel_1 : "SRS",
238     linkUrl_1 : "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]+-vn+2"
239  
240     ,
241     linkLabel_2 : "Uniprot"
242  
243     ,
244     linkUrl_2 : "http://us.expasy.org/cgi-bin/niceprot.pl?$SEQUENCE_ID$",
245     APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
246   };
247   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
248 </script>
249     <p>
250 <!--      <a href="javascript:linkJvJmol()">Click Me If you don't see any messages below</a>
251       <br>
252        --><form name="console" id="console"><textarea name="output"
253         id="stdout" rows="20" cols="80">Messages  will appear here.</textarea></form>
254       <br>
255 </p>
256 </div>
257 </div>
258 <div id ="footer">
259 <div id="innerFooter">
260 <div id="copyright"><p>Published under <a href="http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/">CC-SA 3.0</a></p></div>
261 <div id="cite">
262 <p>
263 If you use Jalview in your work, please cite this publication:
264 </p>
265 <br />
266 <p>
267 Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
268 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
269 Bioinformatics 25 (9) 1189-1191 <a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp033">doi: 10.1093/bioinformatics/btp033</a>
270 </p>
271 </div>
272 </div>
273 </div>
274 </body>
275 </html>