examples/linkedapplets_ng.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
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  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
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  18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  19 -->
  20 <head>
  21   <TITLE>Linked JalviewLites</TITLE>
  22   <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" />
  23
  24  <link href="css/reset.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  25  <link href="css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
  26
  27   <!--[if IE 6]>
  28  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie6.css" />
  29 <![endif]-->
  30
  31 <!--[if IE 7]>
  32  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie7.css" />
  33 <![endif]-->
  34
  35 <!-- dd menu -->
  36 <script type="text/javascript">
  37 <!--
  38 var timeout         = 500;
  39 var closetimer  = 0;
  40 var ddmenuitem      = 0;
  41
  42 // open hidden layer
  43 function mopen(id)
  44 {
  45  // cancel close timer
  46  mcancelclosetime();
  47
  48  // close old layer
  49  if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  50
  51  // get new layer and show it
  52  ddmenuitem = document.getElementById(id);
  53  ddmenuitem.style.visibility = 'visible';
  54
  55 }
  56 // close showed layer
  57 function mclose()
  58 {
  59  if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
  60 }
  61
  62 // go close timer
  63 function mclosetime()
  64 {
  65  closetimer = window.setTimeout(mclose, timeout);
  66 }
  67
  68 // cancel close timer
  69 function mcancelclosetime()
  70 {
  71  if(closetimer)
  72  {
  73   window.clearTimeout(closetimer);
  74   closetimer = null;
  75  }
  76 }
  77
  78 // close layer when click-out
  79 document.onclick = mclose;
  80 // -->
  81 </script>
  82   <script>
  83     <!--//--><![CDATA[//><!--
  84 var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_trackPageview"]);(function() {var ga = document.createElement("script");ga.type = "text/javascript";ga.async = true;ga.src = ("https:" == document.location.protocol ? "https://ssl" : "http://www") + ".google-analytics.com/ga.js";var s = document.getElementsByTagName("script")[0];s.parentNode.insertBefore(ga, s);})();
  85 //--><!]]>
  86   </script>
  87
  88 </head>
  89
  90
  91 <body>
  92
  93
  94 <div id="header">
  95 <div id="logo"><a href="http://www.jalview.org" title="Home"></a></div>
  96 <ul id="buttons">
  97 <li id="applet"><a href="applets.html" title="applet"></a></li>
  98 <li id="desktop"><a href="../webstart/jalview.jnlp" title="desktop"></a></li>
  99 </ul>
 100 </div>
 101
 102
 103 <div id ="nav">
 104 <div id="navInner">
 105
 106 <ul id="sddm">
 107  <li><a href="http://www.jalview.org">Home</a></li>
 108  <li><a href="http://www.jalview.org/about" onmouseover="mopen('m1')" onmouseout="mclosetime()">About</a>
 109   <div id="m1" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 110   <a href="http://www.jalview.org/about/documentation">Documentation</a>
 111   <a href="http://www.jalview.org/about/citation">Publications</a>
 112   <a href="http://www.jalview.org/about/credits">Credits</a>
 113   </div>
 114  </li>
 115  <li><a href="http://www.jalview.org/faq">FAQ</a></li>
 116  <li><a href="http://www.jalview.org/community" onmouseover="mopen('m3')" onmouseout="mclosetime()" class="community">Community</a>
 117   <div id="m3" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 118   <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-announce">News Mailing List</a>
 119   <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-discuss">Discussion Mailing List</a>
 120   <a href="http://www.jalview.org/community/links">Links</a>
 121   <a href="http://www.jalview.org/community/community-news">Community News</a>
 122   </div>
 123  </li>
 124  <li><a href="http://www.jalview.org/development" onmouseover="mopen('m4')" onmouseout="mclosetime()" class="development">Development</a>
 125   <div id="m4" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 126   <a href="http://www.jalview.org/development/release-history">Release History</a>
 127   <a href="http://issues.jalview.org">Jalview Bug Tracker</a>
 128   <a href="http://source.jalview.org/gitweb/">Jalview Git Web</a>
 129   <a href="http://www.jalview.org/development/development-news">Development News</a>
 130   </div>
 131  </li>
 132  <li><a href="http://www.jalview.org/training" onmouseover="mopen('m5')" onmouseout="mclosetime()" class="training">Training</a>
 133   <div id="m5" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
 134   <a href="http://www.jalview.org/training/training-courses">Training Courses</a>
 135   <a href="http://www.jalview.org/training/training-news">Training News</a>
 136   </div>
 137  </li>
 138  <li><a href="http://www.jalview.org/download" class="download-right">Download</a></li>
 139 </ul>
 140 <div style="clear:both"></div>
 141 </div>
 142
 143 </div>
 144
 145
 146 <div id="pageWrap">
 147
 148 <div id="sideNav">
 149 <ul>
 150 <li><a href="applets.html">JalviewLite Examples</a></li>
 151       <li ><a href="jalviewLiteJs.html">Javascript API</a></li>
 152 <li><a href="appletParameters.html">Applet Parameters</a></li>
 153       <li ><a href="embedded.html">Embedded Alignment</a></li>
 154       <li ><a href="embeddedWJmol.html">Jalview and Jmol</a></li>
 155       <li ><a href="formComplete.html">Access from Javascript</a></li>
 156       <li ><a href="javascriptLaunch.html">Javascript Launch</a></li>
 157       <li class="jvlite-nav-small"><a href="linkedapplets_ng.html">Linked JalviewLites</a></li>
 158 </ul>
 159 </div>
 160
 161 <div id="content" class="content">
 162
 163
 164 <!-- boiler plate link to alternate demopage -->
 165
 166 <div style="width: 100%">
 167 <div style="width:35%; align:left; float:right;">
 168 <div style="margin:8px; padding:8px; border: 2px solid black; align: center; float:center;">
 169  Examples aren't working ?<br/>Try <a href="u_linkedapplets_ng.html">the unsigned applet demos</a>
 170 </div>
 171 <div style="margin:8px; padding:10px; align: left;">
 172 <p>Quick Links to jars for example:<br/><a href="jalviewApplet.jar">jalviewApplet.jar</a> and <a href="JmolApplet-12.2.4.jar">JmolApplet.jar</a>
 173 </p></div>
 174 </div>
 175 </div>
 176
 177 <!-- content template start -->
 178 <script src="javascript/deployJava.js"></script>
 179 <script src="javascript/jshashtable-2.1.js" language="javascript"></script>
 180 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
 181 <script>  //deployJava.debug="true";
 182
 183   function lJvApp() {
 184     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
 185     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
 186     setConsole(document.getElementById("stdout"));
 187     //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
 188     linkJvJmol(jvapp);
 189   };
 190
 191   function lJvFollow() {
 192     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
 193     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
 194     //jvfollower.setSeparator(""+jvfollower.getSeparator());
 195     linkJvJmol(jvfollower);
 196   };
 197 </script>
 198     <h2>JalviewLite Linked Applets Demo</h2>
 199     <p>The two applets below use <a href="jalviewLiteJs.html">JalviewLite's javascript API</a> to exchange events about the currently selected region and mouse position in the alignment.
 200     </p>
 201         <script>
 202   var attributes = {
 203     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
 204     archive : 'jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar',
 205     width : 800,
 206     height : 300,
 207     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
 208     id : 'jvapp'
 209   };
 210   var parameters = {
 211     oninit : "lJvApp",
 212     automaticScrolling : "true",
 213     file : "plantfdx.fa",
 214     annotations : "plantfdx.annotations",
 215     debug : "true",
 216     wrap : "false",
 217     // separator : "^",
 218     showAnnotation : "true",
 219     embedded : "true",
 220     showFullId : "false",
 221     RGB : "F2F2FF",
 222     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
 223     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
 224     ,
 225     linkLabel_2 : "Uniprot"
 226     ,
 227     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
 228     permissions : 'sandbox',
 229     APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
 230   };
 231
 232   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
 233 </script>
 234 <script>
 235   var attributes = {
 236     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
 237     archive : 'jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar',
 238     width : 800,
 239     height : 300,
 240     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
 241     id : "jvfollower"
 242   };
 243   var parameters = {
 244     oninit : "lJvFollow",
 245     file : "plantfdx.fa",
 246     annotations : "plantfdx.annotations",
 247     automaticScrolling : "true",
 248     debug : "true",
 249     wrap : "false",
 250     // separator : "^",
 251     showAnnotation : "true",
 252     embedded : "true",
 253     showFullId : "false",
 254     RGB : "F2F2FF",
 255     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
 256     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
 257     ,
 258     linkLabel_2 : "Uniprot",
 259     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
 260     permissions : 'sandbox',
 261    APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
 262   };
 263   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
 264 </script>
 265     <p>
 266 <!--      <a href="javascript:linkJvJmol()">Click Me If you don't see any messages below</a>
 267       <br>
 268        -->
 269 <form name="console" id="console">
 270 <textarea name="output"
 271         id="stdout" rows="20" cols="80">Messages  will appear here.</textarea></form>
 272       <br>
 273 </p>
 274 <!-- content template end -->
 275
 276
 277
 278 </div> <!-- end content div -->
 279
 280 </div> <!-- content -->
 281 </div> <!-- pagewrap -->
 282 <div id ="footer">
 283 <div id="innerFooter">
 284 <div id="copyright"><p>Published under <a href="http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/">CC-SA 3.0</a></p></div>
 285 <div id="cite">
 286 <p>
 287 If you use Jalview in your work, please cite this publication:
 288 </p>
 289 <br />
 290 <p>
 291 Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
 292 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
 293 Bioinformatics 25 (9) 1189-1191 <a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp033">doi: 10.1093/bioinformatics/btp033</a>
 294 </p>
 295 </div>
 296 </div>
 297 </div>
 298 </body>
 299 </html>