JAL-1782 refactored JAL-1766 JAL-653 tests to TestNG
[jalview.git] / examples / linkedapplets_ng.html
1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd"> 
2 <!--
3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
5  * 
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7  * 
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11  *  
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18  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
19 -->
20 <head>
21   <TITLE>Linked JalviewLites</TITLE>
22   <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8" /> 
23   
24  <link href="css/reset.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
25  <link href="css/style.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
26  
27   <!--[if IE 6]>
28  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie6.css" />
29 <![endif]-->
30
31 <!--[if IE 7]>
32  <link rel="stylesheet" type="text/css" href="css/ie7.css" />
33 <![endif]-->
34
35 <!-- dd menu -->
36 <script type="text/javascript">
37 <!--
38 var timeout         = 500;
39 var closetimer  = 0;
40 var ddmenuitem      = 0;
41
42 // open hidden layer
43 function mopen(id)
44
45  // cancel close timer
46  mcancelclosetime();
47
48  // close old layer
49  if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
50
51  // get new layer and show it
52  ddmenuitem = document.getElementById(id);
53  ddmenuitem.style.visibility = 'visible';
54
55 }
56 // close showed layer
57 function mclose()
58 {
59  if(ddmenuitem) ddmenuitem.style.visibility = 'hidden';
60 }
61
62 // go close timer
63 function mclosetime()
64 {
65  closetimer = window.setTimeout(mclose, timeout);
66 }
67
68 // cancel close timer
69 function mcancelclosetime()
70 {
71  if(closetimer)
72  {
73   window.clearTimeout(closetimer);
74   closetimer = null;
75  }
76 }
77
78 // close layer when click-out
79 document.onclick = mclose; 
80 // -->
81 </script>
82   <script>
83     <!--//--><![CDATA[//><!--
84 var _gaq = _gaq || [];_gaq.push(["_setAccount", "UA-9060947-1"]);_gaq.push(["_trackPageview"]);(function() {var ga = document.createElement("script");ga.type = "text/javascript";ga.async = true;ga.src = ("https:" == document.location.protocol ? "https://ssl" : "http://www") + ".google-analytics.com/ga.js";var s = document.getElementsByTagName("script")[0];s.parentNode.insertBefore(ga, s);})();
85 //--><!]]>
86   </script>
87
88 </head>
89
90
91 <body>
92
93
94 <div id="header">
95 <div id="logo"><a href="http://www.jalview.org" title="Home"></a></div>
96 <ul id="buttons">
97 <li id="applet"><a href="applets.html" title="applet"></a></li>
98 <li id="desktop"><a href="../webstart/jalview.jnlp" title="desktop"></a></li>
99 </ul>
100 </div>
101
102
103 <div id ="nav">
104 <div id="navInner">
105
106 <ul id="sddm">
107  <li><a href="http://www.jalview.org">Home</a></li>
108  <li><a href="http://www.jalview.org/about" onmouseover="mopen('m1')" onmouseout="mclosetime()">About</a>
109   <div id="m1" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
110   <a href="http://www.jalview.org/about/documentation">Documentation</a>
111   <a href="http://www.jalview.org/about/citation">Publications</a>
112   <a href="http://www.jalview.org/about/credits">Credits</a>
113   </div>
114  </li>
115  <li><a href="http://www.jalview.org/faq">FAQ</a></li>
116  <li><a href="http://www.jalview.org/community" onmouseover="mopen('m3')" onmouseout="mclosetime()" class="community">Community</a>
117   <div id="m3" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
118   <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-announce">News Mailing List</a>
119   <a href="http://www.jalview.org/mailman/listinfo/jalview-discuss">Discussion Mailing List</a>
120   <a href="http://www.jalview.org/community/links">Links</a>
121   <a href="http://www.jalview.org/community/community-news">Community News</a>
122   </div>
123  </li>
124  <li><a href="http://www.jalview.org/development" onmouseover="mopen('m4')" onmouseout="mclosetime()" class="development">Development</a>
125   <div id="m4" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
126   <a href="http://www.jalview.org/development/release-history">Release History</a>
127   <a href="http://issues.jalview.org">Jalview Bug Tracker</a>
128   <a href="http://source.jalview.org/gitweb/">Jalview Git Web</a>
129   <a href="http://www.jalview.org/development/development-news">Development News</a>
130   </div>
131  </li>
132  <li><a href="http://www.jalview.org/training" onmouseover="mopen('m5')" onmouseout="mclosetime()" class="training">Training</a>
133   <div id="m5" onmouseover="mcancelclosetime()" onmouseout="mclosetime()">
134   <a href="http://www.jalview.org/training/training-courses">Training Courses</a>
135   <a href="http://www.jalview.org/training/training-news">Training News</a>
136   </div>
137  </li>
138  <li><a href="http://www.jalview.org/download" class="download-right">Download</a></li>
139 </ul>
140 <div style="clear:both"></div>
141 </div>
142
143 </div>
144
145
146 <div id="pageWrap">
147
148 <div id="sideNav">
149 <ul>
150 <li><a href="applets.html">JalviewLite Examples</a></li>
151       <li ><a href="jalviewLiteJs.html">Javascript API</a></li>
152 <li><a href="appletParameters.html">Applet Parameters</a></li>
153       <li ><a href="embedded.html">Embedded Alignment</a></li>
154       <li ><a href="embeddedWJmol.html">Jalview and Jmol</a></li>
155       <li ><a href="formComplete.html">Access from Javascript</a></li>
156       <li ><a href="javascriptLaunch.html">Javascript Launch</a></li>
157       <li class="jvlite-nav-small"><a href="linkedapplets_ng.html">Linked JalviewLites</a></li>
158 </ul>
159 </div>
160
161 <div id="content" class="content"> 
162
163
164 <!-- boiler plate link to alternate demopage -->
165
166 <div style="width: 100%">
167 <div style="width:35%; align:left; float:right;">
168 <div style="margin:8px; padding:8px; border: 2px solid black; align: center; float:center;">
169  Examples aren't working ?<br/>Try <a href="u_linkedapplets_ng.html">the unsigned applet demos</a>
170 </div>
171 <div style="margin:8px; padding:10px; align: left;">
172 <p>Quick Links to jars for example:<br/><a href="jalviewApplet.jar">jalviewApplet.jar</a> and <a href="JmolApplet-12.2.4.jar">JmolApplet.jar</a>
173 </p></div>
174 </div>
175 </div>
176
177 <!-- content template start -->
178 <script src="javascript/deployJava.js"></script>
179 <script src="javascript/jshashtable-2.1.js" language="javascript"></script>
180 <script src="javascript/jalview.js" language="javascript"></script>
181 <script>  //deployJava.debug="true";
182   
183   function lJvApp() {
184     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
185     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
186     setConsole(document.getElementById("stdout"));
187     //jvapp.setSeparator(""+jvapp.getSeparator());
188     linkJvJmol(jvapp);
189   };
190
191   function lJvFollow() {
192     var jvapp = document.getElementById("jvapp");
193     var jvfollower = document.getElementById("jvfollower");
194     //jvfollower.setSeparator(""+jvfollower.getSeparator());
195     linkJvJmol(jvfollower);
196   };
197 </script>
198     <h2>JalviewLite Linked Applets Demo</h2>
199     <p>The two applets below use <a href="jalviewLiteJs.html">JalviewLite's javascript API</a> to exchange events about the currently selected region and mouse position in the alignment.
200     </p>
201         <script> 
202   var attributes = {
203     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
204     archive : 'jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar',
205     width : 800,
206     height : 300,
207     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
208     id : 'jvapp'
209   };
210   var parameters = {
211     oninit : "lJvApp",
212     automaticScrolling : "true",
213     file : "plantfdx.fa",
214     annotations : "plantfdx.annotations",
215     debug : "true",
216     wrap : "false",
217     // separator : "^",
218     showAnnotation : "true",
219     embedded : "true",
220     showFullId : "false",
221     RGB : "F2F2FF",
222     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
223     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
224     ,
225     linkLabel_2 : "Uniprot"
226     ,
227     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
228     permissions : 'sandbox',
229     APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
230   };
231  
232   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
233 </script>
234 <script> 
235   var attributes = {
236     code : 'jalview.bin.JalviewLite',
237     archive : 'jalviewApplet.jar,JmolApplet-12.2.4.jar',
238     width : 800,
239     height : 300,
240     mayscript : 'True', scriptable: 'True',
241     id : "jvfollower"
242   };
243   var parameters = {
244     oninit : "lJvFollow",
245     file : "plantfdx.fa",
246     annotations : "plantfdx.annotations",
247     automaticScrolling : "true",
248     debug : "true",
249     wrap : "false",
250     // separator : "^",
251     showAnnotation : "true",
252     embedded : "true",
253     showFullId : "false",
254     RGB : "F2F2FF",
255     linkLabel_1 : "EMBL-EBI Search",
256     linkUrl_1 : "http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$"
257     ,
258     linkLabel_2 : "Uniprot",
259     linkUrl_2 : "http://www.uniprot.org/uniprot/$SEQUENCE_ID$",
260     permissions : 'sandbox',
261    APPLICATION_URL : "http://www.jalview.org/services/launchApp"
262   };
263   deployJava.runApplet(attributes, parameters, '1.6');
264 </script>
265     <p>
266 <!--      <a href="javascript:linkJvJmol()">Click Me If you don't see any messages below</a>
267       <br>
268        -->
269 <form name="console" id="console">
270 <textarea name="output"
271         id="stdout" rows="20" cols="80">Messages  will appear here.</textarea></form>
272       <br>
273 </p>
274 <!-- content template end -->
275
276
277
278 </div> <!-- end content div -->
279
280 </div> <!-- content -->
281 </div> <!-- pagewrap -->
282 <div id ="footer">
283 <div id="innerFooter">
284 <div id="copyright"><p>Published under <a href="http://creativecommons.org/licenses/by-sa/3.0/">CC-SA 3.0</a></p></div>
285 <div id="cite">
286 <p>
287 If you use Jalview in your work, please cite this publication:
288 </p>
289 <br />
290 <p>
291 Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
292 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
293 Bioinformatics 25 (9) 1189-1191 <a href="http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btp033">doi: 10.1093/bioinformatics/btp033</a>
294 </p>
295 </div>
296 </div>
297 </div>
298 </body>
299 </html>