examples/testdata/exonerateoutput.fullgff

   1 Command line: [exonerate --model protein2genome Input_Sequences63/dcsA.fas NewSequencedGenome/A_Ellipt_clc_pe_contigs.fa --bestn 1 --showtargetgff]
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  13    143 : SerProSerSerGluTyrGlyThrThrSerGlyGlyGlnArgPheAspThrLeuValAsp :   162
  14          ||||||!:!! !|||   !.!  !  !  !!.!  !! !!.!|||!!:||||||:!!|||
  15          SerProAsnMetGluLeuAlaArgAspLeuAlaGlnProHisPheGluThrLeuIleAsp
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  19          ||||||!!:!!!! !!.!|||!!:||||||||||||||||||||||||!.!:!!!  |||
  20          ProAspMetThrProGlyGluIleGluGluLysMetArgGlnHisLysAlaHisLeuGlu
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  24                      ..!|||:!!.....!..!:!!!  |||:!!|||..!:!!  !! !  !
  25          ------------MetGlnLysSerSerSerGluLeuLysLysLysSerGlnMetGlnLeu
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  28    203 : SerGlnLysLysLysProSerSerMetGlnLeuSerLysLysLysHisValAlaLysGlu :   222
  29          !.!||| ! :!!:!!  !..!..!:!:     !!.!|||   :::   :!!  !:!!!!:
  30          LysGlnAspGlnGlnLysGlnGlnValValAlaLysLysProArgSerIleLeuGlnAsp
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  32
  33    223 : AspSerGluThrLeuGluThrIleIleGlyGluGluLysLysGluValValPheGluVal :   242
  34          |||! !||||||! !||||||:!!.!!!.!||||||:::|||||||||||||||||||||
  35          AspMetGluThrSerGluThrLeuPheAlaGluGluArgLysGluValValPheGluVal
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  39          :::|||||||||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  40          ArgProTyrPheSerHisSerIleLeuGlnAlaThrMetAlaValPheLeuIleTrpAsn
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  44          |||||||||||||||||||||  !|||||||||||||||! !  !:!!  !:!!   ..!
  45          IlePheTyrPheAlaTyrArgMetGlyTrpThrMetAsnThrGlnAsnGlyValTyrVal
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  49          .!!!!!||||||:!:||||||:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  50          LeuCysTyrSerValLeuPheLeuIleValGluPheIleSerPheLeuGlySerAlaLeu
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  59          ||||||:::|||||||||     !||||||||||||||||||:!!|||||||||||||||
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  64          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||:!!|||
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  84          |||||||||..!:::||||||!.!!!!||||||||||||:!!||||||||||||||||||
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 260 #
 261 -- completed exonerate analysis