JAL-1894 update RELEASE for 2.9.0b1 release
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1 Command line: [exonerate --model protein2genome Input_Sequences63/dcsA.fas NewSequencedGenome/A_Ellipt_clc_pe_contigs.fa --bestn 1 --showtargetgff]
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4 C4 Alignment:
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14          ||||||!:!! !|||   !.!  !  !  !!.!  !! !!.!|||!!:||||||:!!|||
15          SerProAsnMetGluLeuAlaArgAspLeuAlaGlnProHisPheGluThrLeuIleAsp
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18    163 : ProAspIleSerLeuAlaGluMetGluGluLysMetArgGlnHisLysValTyrGlnGlu :   182
19          ||||||!!:!!!! !!.!|||!!:||||||||||||||||||||||||!.!:!!!  |||
20          ProAspMetThrProGlyGluIleGluGluLysMetArgGlnHisLysAlaHisLeuGlu
21  11211 : CCCGACATGACGCCCGGCGAGATCGAGGAGAAGATGCGCCAGCACAAGGCGCACCTCGAG : 11152
22
23    183 : GlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnLysGlnLysAspLysGluLeuSer :   202
24                      ..!|||:!!.....!..!:!!!  |||:!!|||..!:!!  !! !  !
25          ------------MetGlnLysSerSerSerGluLeuLysLysLysSerGlnMetGlnLeu
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27
28    203 : SerGlnLysLysLysProSerSerMetGlnLeuSerLysLysLysHisValAlaLysGlu :   222
29          !.!||| ! :!!:!!  !..!..!:!:     !!.!|||   :::   :!!  !:!!!!:
30          LysGlnAspGlnGlnLysGlnGlnValValAlaLysLysProArgSerIleLeuGlnAsp
31  11103 : AAGCAGGATCAGCAGAAACAACAAGTCGTCGCAAAGAAGCCCCGTTCGATCCTCCAGGAC : 11044
32
33    223 : AspSerGluThrLeuGluThrIleIleGlyGluGluLysLysGluValValPheGluVal :   242
34          |||! !||||||! !||||||:!!.!!!.!||||||:::|||||||||||||||||||||
35          AspMetGluThrSerGluThrLeuPheAlaGluGluArgLysGluValValPheGluVal
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38    243 : LysProTyrPheSerHisAlaIleLeuGlnAlaThrMetAlaValPheLeuIleTrpAsn :   262
39          :::|||||||||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
40          ArgProTyrPheSerHisSerIleLeuGlnAlaThrMetAlaValPheLeuIleTrpAsn
41  10983 : CGTCCCTACTTCTCGCACTCTATCCTCCAGGCGACGATGGCCGTCTTCCTCATCTGGAAC : 10924
42
43    263 : IlePheTyrPheAlaTyrArgAlaGlyTrpThrMetAsnArgThrAspTyrIle<->Thr :   281
44          |||||||||||||||||||||  !|||||||||||||||! !  !:!!  !:!!   ..!
45          IlePheTyrPheAlaTyrArgMetGlyTrpThrMetAsnThrGlnAsnGlyValTyrVal
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47
48    282 : PheSerTyrSerIleLeuPheIleIleValGluPheIleSerPheLeuGlySerAlaLeu :   301
49          .!!!!!||||||:!:||||||:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
50          LeuCysTyrSerValLeuPheLeuIleValGluPheIleSerPheLeuGlySerAlaLeu
51  10863 : CTCTGCTACTCGGTGCTCTTCCTCATCGTCGAGTTCATCTCTTTCCTCGGCTCCGCGCTC : 10804
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54          |||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||||||||||||||
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59          ||||||:::|||||||||     !||||||||||||||||||:!!|||||||||||||||
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64          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||:!!|||
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69          ||||||||||||||||||||||||||||||:!!|||!:!||||||||||||||||||:!!
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74          ||||||||||||||||||||||||||||||!:!  !|||||||||::::!!||||||:!!
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79          ||||||||||||  !|||||||||.!!..!|||  !|||||||||:!!|||||||||..!
80          ValHisAsnIleAlaProProValAlaGlnGlnAlaGluAspProTyrGlyIleLeuGly
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83    422 : GluThrSerSerLysIleGluSerSerThrLysGluValIleGluAlaGluValGlnTrp :   441
84          |||||||||..!:::||||||!.!!!!||||||||||||:!!||||||||||||||||||
85          GluThrSerGluArgIleGluLysThrThrLysGluValValGluAlaGluValGlnTrp
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89          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!! !!::|||  !  !! !!!:
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94           !!..!||||||||||||  !!!!|||:!!! !||||||!!:|||||||||||| !!|||
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114          ..!!!:|||:!!  !||||||||||||:!!|||! !||||||||||||||||||:!!|||
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119          !::|||!!::!:|||:!!|||||||||||||||||||||||| !!     !||| !!:!!
120          PheAspAspValSerAlaGlyAsnValArgIleAspPheAspPro---ThrGlySerVal
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124          |||!!!|||:::||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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139          !:!||||||!!:|||!!.!!::!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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199          :!!|||!:!!  ||||||||||||:!!|||:::|||:!!|||||||||||||||||||||
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209            !!:!||||||:!!|||||||||:!!.!.  !!!:   .!!:!!|||  !!.!|||  !
210          ArgTyrArgGlnSerLysLeuValHisHisAlaGlu---ThrGluGluHisLysGlyPro
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214          !.!|||||||||||||||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||
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260 #
261 -- completed exonerate analysis