examples/testdata/exonerateoutput.gff

   1 # (exonerate delimits GFF with [START|END] OF GFF DUMP)
   2 # --- START OF GFF DUMP ---
   3 #
   4 #
   5 ##gff-version 2
   6 ##source-version exonerate:protein2genome:local 2.2.0
   7 ##date 2015-01-16
   8 ##type DNA
   9 #
  10 #
  11 # seqname source feature start end score strand frame attributes
  12 #
  13 contig_1146     exonerate:protein2genome:local  gene    8534    11269   3652    -       .       gene_id 0 ; sequence DDB_G0269124 ; gene_orientation .
  14 contig_1146     exonerate:protein2genome:local  cds     8534    11269   .       -       .
  15 contig_1146     exonerate:protein2genome:local  exon    8534    11269   .       -       .       insertions 3 ; deletions 6
  16 #TODO need to understand why GFF features is from 11269 but Align is from 11270
  17 contig_1146     exonerate:protein2genome:local  similarity      8534    11269   3652    -       .       alignment_id 0 ; Query DDB_G0269124 ; Align 11270 143 120 ; Align 11150 187 282 ; Align 10865 281 888 ; Align 9977 578 1068 ; Align 8909 935 375
  18 # and a made-up alignment to a sequence in exonerateseqs.fa
  19 contig_1146     exonerate:protein2genome:local  similarity      8534    11269   3652    -       .       alignment_id 0 ; Query DDB_G0280897 ; Align 11270 143 120
  20 # --- END OF GFF DUMP ---